genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18189918--18189999	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
18192758--18192854	30	3.2	30	68	8	81	27	15	27	28	1.96
18193022--18194089	445	2.4	445	96	0	1933	35	15	25	24	1.94
18194983--18195017	10	3.5	10	96	0	61	37	22	28	11	1.89
18202743--18202805	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
18203469--18203516	20	2.4	20	71	0	51	33	18	27	20	1.96
18205013--18205055	6	7.0	6	86	2	50	6	16	2	74	1.14
18205118--18205174	5	11.0	5	78	17	55	3	17	3	75	1.09
18205116--18205185	16	4.4	16	74	13	56	4	18	2	74	1.11
18208781--18208845	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
18210619--18210681	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
18210679--18210734	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
18210678--18210734	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
18210741--18210798	18	3.3	18	80	4	73	5	15	6	72	1.24
18210768--18210802	11	3.2	11	91	0	52	0	14	5	80	0.89
18210696--18210802	6	17.7	6	69	7	65	6	18	3	71	1.24
18214134--18214230	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
18216070--18216096	14	1.9	14	100	0	54	44	0	33	22	1.53
18218697--18218782	30	2.8	31	80	5	95	13	20	2	62	1.42
18218842--18218903	5	12.0	5	77	19	65	3	19	0	77	0.90
18218842--18218899	31	1.9	30	86	10	82	3	18	0	77	0.91
18218842--18218910	16	4.6	14	77	15	66	2	18	1	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18221443--18221539	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
18228253--18228306	21	2.5	21	84	3	63	31	5	29	33	1.80
18228255--18228320	21	3.0	22	82	4	62	31	4	28	34	1.78
18230340--18230383	15	2.9	15	76	10	54	81	4	11	2	0.92
18231787--18231874	30	2.9	30	75	0	104	27	26	17	29	1.97
18233065--18233093	14	2.1	14	100	0	58	13	13	20	51	1.75
18233566--18233610	12	3.7	12	90	3	72	73	6	6	13	1.24
18234540--18234596	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
18234529--18234596	21	3.2	20	80	12	66	76	1	17	4	1.03
18234540--18234596	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
18234540--18234596	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
18234644--18234674	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
18234677--18234758	30	2.7	31	79	5	96	65	2	20	10	1.35
18238192--18238254	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
18238257--18238310	14	3.9	14	76	16	58	5	20	0	74	1.02
18238251--18238308	27	2.1	27	87	6	82	8	18	0	72	1.10
18238252--18238309	15	4.1	15	70	18	52	8	18	0	72	1.10
18239374--18239443	22	3.2	22	80	11	90	4	15	1	78	0.98
18239428--18239466	10	3.8	10	89	3	51	7	2	5	84	0.84
18239438--18239473	12	3.2	12	92	7	58	13	0	8	77	0.98
18243047--18243143	30	3.2	30	76	2	97	27	26	16	28	1.97
18248511--18248535	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18250212--18250251	21	1.9	20	85	10	53	22	22	20	35	1.96
18254259--18254355	30	3.2	30	72	8	90	28	15	27	27	1.96
18255395--18255433	20	2.0	20	90	10	62	2	10	5	82	0.93
18255391--18255440	14	3.5	15	81	8	50	2	16	4	78	1.00
18263423--18263520	30	3.3	30	71	4	81	27	24	16	31	1.96
18265114--18265155	13	3.3	13	83	3	50	71	4	4	19	1.22
18266159--18266239	30	2.7	30	78	12	87	64	1	20	13	1.35
18267856--18267916	13	5.1	12	77	15	63	73	4	4	16	1.18
18267960--18268027	26	2.5	29	79	16	90	73	2	13	10	1.20
18267961--18268027	27	2.5	28	85	11	95	74	2	11	10	1.17
18270381--18270435	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
18272907--18272950	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
18276432--18276473	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
18283543--18283605	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
18284960--18284993	15	2.3	15	89	0	50	0	20	2	76	0.92
18290726--18290772	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
18292438--18292492	21	2.6	20	72	11	56	69	0	21	9	1.16
18292539--18292568	9	3.3	9	90	0	51	73	0	23	3	0.98
18296779--18296817	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
18296781--18296884	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
18296835--18296884	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
18296810--18296891	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18296888--18296984	42	2.3	42	87	1	133	14	21	5	58	1.55
18296895--18296962	21	3.2	21	66	22	52	11	19	7	61	1.53
18301537--18301630	49	1.9	48	87	6	136	32	4	11	51	1.58
18302774--18302820	20	2.3	20	77	0	58	23	21	19	36	1.95
18304923--18304961	17	2.2	18	90	4	62	38	5	12	43	1.65
18310113--18310345	50	4.7	51	80	7	209	24	29	18	27	1.98
18313727--18313777	20	2.5	20	82	17	61	29	25	11	33	1.91
18313727--18313773	10	4.6	10	77	15	51	29	27	12	29	1.93
18314446--18314502	20	2.8	20	81	2	69	28	35	12	24	1.91
18316683--18316725	16	2.7	16	81	0	50	76	6	13	2	1.08
18317725--18317804	24	3.2	24	69	5	61	66	1	23	8	1.27
18317735--18317833	12	8.6	12	68	20	59	66	1	20	12	1.29
18317788--18317836	17	2.7	18	81	9	64	67	0	18	14	1.23
18317768--18317834	29	2.4	27	85	9	91	70	0	17	11	1.17
18317851--18317913	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
18319648--18319698	20	2.5	20	82	17	61	29	25	11	33	1.91
18319648--18319694	10	4.6	10	77	15	51	29	27	12	29	1.93
18322159--18322259	12	8.6	12	65	16	50	68	0	17	12	1.27
18322220--18322261	19	2.2	19	86	0	57	73	0	14	11	1.09
18322236--18322280	13	3.4	13	78	6	54	71	2	15	11	1.24
18322937--18323007	29	2.4	29	79	4	81	28	15	30	25	1.96
18326953--18326993	14	2.9	14	88	0	55	51	7	31	9	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18328811--18328840	8	3.8	8	90	0	51	60	23	13	3	1.48
18331787--18331943	30	5.2	30	76	4	156	29	26	14	29	1.95
18331799--18331943	60	2.4	60	97	0	272	29	26	15	28	1.96
18337330--18337505	46	3.8	46	77	5	194	28	30	20	20	1.98
18337338--18337509	93	1.8	93	90	2	274	27	30	20	20	1.98
18339884--18339972	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
18339884--18339966	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
18339895--18339972	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
18349279--18349330	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
18350694--18350725	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
18355742--18356074	51	6.5	49	76	8	279	28	27	17	26	1.98
18355809--18356028	50	4.4	49	80	3	224	29	28	16	25	1.97
18355741--18356081	150	2.2	152	90	3	524	28	27	17	26	1.98
18355899--18356082	101	1.8	99	83	2	242	29	27	17	25	1.97
18358206--18358259	15	3.7	15	75	20	51	61	18	12	7	1.54
18360862--18360958	30	3.2	30	75	5	90	29	16	25	27	1.97
18362843--18363180	50	6.8	48	77	9	313	29	27	17	25	1.97
18362848--18363187	150	2.3	150	93	2	576	29	28	17	25	1.98
18362842--18363188	101	3.5	98	76	9	326	28	27	17	25	1.98
18365990--18366043	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
18367666--18367695	13	2.3	13	94	0	51	80	3	3	13	0.97
18367676--18367718	22	1.9	23	85	4	61	79	2	11	6	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18368748--18368790	21	2.0	21	86	13	61	72	2	20	4	1.14
18368768--18368819	15	3.5	15	80	15	54	73	0	17	9	1.09
18368769--18368833	27	2.4	28	80	19	84	72	0	16	10	1.12
18368769--18368853	14	6.3	13	69	20	50	70	1	17	10	1.21
18368850--18368912	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
18370688--18370741	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
18370688--18370761	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
18370688--18370752	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
18373014--18373061	25	1.9	25	95	0	87	43	10	12	33	1.77
18373090--18373123	11	3.2	11	87	8	52	52	8	8	29	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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