genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25359418--25359564	40	3.5	42	75	12	144	2	70	0	27	1.03
25359838--25360302	61	7.1	62	67	20	188	3	72	0	24	1.01
25360019--25360302	7	39.7	7	65	28	61	3	73	0	22	0.97
25359824--25360060	128	1.9	123	80	11	275	2	70	0	26	1.05
25359824--25360298	128	3.8	122	71	22	269	3	72	0	24	1.02
25359821--25360297	188	2.5	187	77	14	455	3	72	0	24	1.01
25360613--25360827	64	3.4	64	71	20	168	3	69	0	26	1.03
25360761--25364440	82	44.2	81	65	21	348	3	70	0	25	1.07
25360900--25361094	78	2.6	73	74	21	181	2	70	0	26	1.00
25361389--25361519	61	2.0	67	83	13	170	5	72	0	22	1.04
25361976--25362067	24	3.8	23	75	12	69	4	72	0	22	1.02
25361738--25362072	139	2.4	136	75	18	302	3	72	0	22	1.05
25362122--25362496	146	2.6	144	78	15	321	2	72	0	24	1.01
25362311--25362532	102	2.2	103	76	12	219	3	72	0	23	1.03
25362089--25362546	147	3.2	141	75	17	303	2	72	0	23	1.01
25362587--25363746	49	23.1	50	65	25	165	3	69	0	26	1.08
25356769--25359221	66	36.7	66	66	23	329	2	72	0	24	0.99
25362864--25363840	100	9.6	98	68	22	339	2	70	0	27	1.04
25362770--25363101	181	1.8	180	79	10	390	3	69	0	26	1.08
25362935--25364440	71	21.2	68	65	21	257	2	70	0	25	1.03
25362865--25363256	99	3.9	103	75	17	257	2	71	0	25	1.00
25363120--25363518	213	1.8	224	79	12	483	3	68	1	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25363442--25363562	3	40.3	3	72	21	60	3	67	0	28	1.06
25363772--25364430	26	24.7	26	66	19	151	2	72	0	23	1.02
25364218--25364281	3	23.0	3	76	17	50	0	75	0	25	0.81
25364217--25364413	69	2.8	70	79	14	199	1	75	0	22	0.88
25388753--25388841	44	2.0	44	95	0	160	14	16	34	33	1.90
25395856--25395965	42	2.5	44	84	5	136	23	18	25	32	1.97
25395856--25396000	42	3.4	43	77	6	134	24	17	25	31	1.97
25410946--25411121	46	3.8	46	77	14	191	22	21	28	27	1.99
25410943--25411113	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	27	1.99
25413042--25413169	39	3.3	39	93	2	204	30	18	25	25	1.98
25413166--25413342	39	4.5	39	90	1	273	20	23	28	27	1.99
25413042--25413342	78	3.8	78	82	6	254	24	21	27	26	1.99
25421171--25421392	39	5.7	40	83	8	269	25	27	22	24	1.99
25429123--25429345	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
25429121--25429345	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
25431390--25431457	34	2.0	34	91	0	109	25	1	26	47	1.61
25431805--25431922	42	2.8	43	77	3	123	26	15	24	33	1.95
25431805--25431924	43	2.8	43	76	6	127	25	15	25	34	1.94
25436199--25436347	27	5.5	26	84	4	190	41	22	16	19	1.90
25436199--25436347	81	1.8	81	86	2	219	41	22	16	19	1.90
25437502--25437729	122	1.9	122	84	1	305	26	24	24	24	2.00
25437718--25438228	145	3.5	145	95	0	914	44	15	17	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25438795--25438827	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
25438850--25438889	14	2.9	14	92	0	62	22	0	42	35	1.54
25438862--25438900	12	3.1	12	88	7	51	20	0	48	30	1.50
25439193--25439247	7	7.7	7	79	4	65	20	0	47	32	1.50
25439179--25439255	21	3.6	21	77	8	75	23	1	41	33	1.63
25439565--25439618	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
25439890--25439929	16	2.7	15	88	7	55	20	35	0	45	1.51
25444294--25444475	43	4.2	43	89	0	265	22	17	27	32	1.96
25444992--25445255	78	3.4	78	84	3	331	29	25	21	23	1.99
25444992--25445215	39	5.7	39	89	0	322	30	25	20	22	1.98
25454791--25454860	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25454791--25454888	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25463732--25463916	39	4.7	39	90	2	282	30	24	21	23	1.99
25466733--25466837	27	3.9	27	84	0	147	36	20	11	31	1.89
25466733--25466837	54	1.9	54	90	0	165	36	20	11	31	1.89
25467788--25467982	25	8.0	24	90	5	302	27	21	21	30	1.98
25467788--25467982	48	4.0	48	91	5	302	27	21	21	30	1.98
25468032--25468098	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
25468032--25468087	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
25468135--25468182	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25469895--25469969	27	2.8	27	91	0	114	46	20	4	29	1.68
25469962--25470095	27	5.0	27	87	0	160	34	17	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25469927--25470067	54	2.6	52	80	6	138	37	17	17	27	1.92
25469925--25470096	81	2.1	81	80	4	204	37	16	18	27	1.92
25471120--25471320	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
25478391--25478591	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
25479960--25480010	21	2.4	21	86	0	66	37	9	19	33	1.85
25479960--25480012	11	5.0	11	81	6	65	35	9	20	33	1.85
25479973--25480021	21	2.3	21	92	0	80	34	8	18	38	1.80
25480069--25480138	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
25482708--25482854	43	3.4	43	84	1	179	35	27	12	24	1.92
25486471--25486542	33	2.2	33	84	0	90	22	30	22	25	1.99
25486971--25487087	27	4.4	27	83	2	155	23	19	18	37	1.94
25486971--25487087	54	2.2	54	89	1	173	23	19	18	37	1.94
25486971--25487101	27	4.9	27	81	3	95	24	17	20	37	1.94
25490538--25490917	47	8.1	47	90	4	514	31	10	30	27	1.90
25490538--25490917	138	2.7	139	87	4	546	31	10	30	27	1.90
25490538--25490897	185	1.9	187	88	2	535	31	10	30	27	1.90
25490891--25490981	46	2.0	46	88	0	137	35	8	30	25	1.86
25493481--25493537	20	2.9	21	85	10	68	38	10	19	31	1.86
25493587--25493710	26	4.8	26	88	6	164	28	18	23	29	1.98
25495687--25495724	15	2.5	15	95	0	67	18	7	31	42	1.79
25500624--25500680	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
25500730--25500853	26	4.8	26	89	1	187	27	20	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503696--25503836	27	5.2	27	81	11	164	19	24	21	34	1.96
25503694--25503836	54	2.6	54	92	2	225	19	24	20	34	1.96
25514221--25514247	8	3.4	8	100	0	54	62	14	0	22	1.31
25518202--25518340	39	3.6	39	93	0	233	29	25	20	23	1.99
25521913--25522206	50	5.8	50	77	3	268	31	24	17	27	1.97
25522342--25522375	13	2.5	14	90	4	52	67	5	0	26	1.13
25528194--25528250	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
25528300--25528396	26	3.8	26	89	4	153	26	21	22	28	1.99
25531381--25531458	31	2.5	31	91	2	122	25	26	19	28	1.99
25531482--25531573	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
25531721--25531815	25	3.8	25	92	0	145	24	23	26	26	2.00
25532609--25532669	27	2.3	28	83	10	76	27	22	19	29	1.98
25532696--25532852	54	2.9	54	78	5	156	31	10	17	40	1.83
25532721--25532872	81	1.9	81	81	8	184	30	7	21	40	1.81
25532722--25532872	27	5.6	27	77	7	146	29	7	21	41	1.81
25532909--25532996	27	3.3	27	90	0	131	40	6	23	28	1.80
25532946--25533036	27	3.3	27	73	15	80	32	8	20	37	1.84
25538113--25538151	20	2.0	20	85	10	53	15	20	41	23	1.90
25538494--25538550	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
25538600--25538723	26	4.8	26	90	1	178	26	19	24	29	1.98
25548216--25548241	12	2.2	12	100	0	52	30	0	30	38	1.58
25554886--25555063	50	3.5	51	80	5	168	32	27	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25554873--25555066	101	1.9	101	85	3	266	31	26	16	25	1.96
25557227--25557494	49	5.6	48	75	11	196	27	17	29	25	1.98
25574245--25574321	27	2.9	26	75	12	75	36	2	1	59	1.19
25574281--25574319	20	2.0	20	89	0	60	33	0	2	64	1.08
25574274--25574361	43	2.0	45	86	8	128	30	1	2	65	1.12
25574268--25574485	19	10.6	19	66	22	68	31	3	3	62	1.27
25574274--25574379	45	2.4	44	80	16	114	30	1	1	66	1.13
25574721--25574754	11	3.0	12	87	12	54	20	0	0	79	0.73
25574721--25574752	16	2.0	16	100	0	64	18	0	0	81	0.70
25581683--25581737	29	2.0	27	85	7	74	16	20	23	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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