genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  62  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19104908--19105042	56	2.4	56	91	2	209	28	22	20	28	1.98
19112927--19112976	21	2.2	22	82	10	57	24	12	18	46	1.82
19113758--19113813	23	2.5	22	82	5	76	66	5	16	12	1.42
19114693--19114727	15	2.3	15	85	0	52	68	0	20	11	1.20
19115570--19115598	13	2.3	13	94	5	51	31	10	17	41	1.83
19115607--19115655	24	2.0	24	100	0	98	28	14	24	32	1.94
19116369--19116398	15	1.9	16	93	6	53	36	0	3	60	1.14
19116528--19116573	23	2.0	23	95	0	83	36	8	6	47	1.60
19116755--19116787	11	3.1	11	86	8	50	30	0	18	51	1.46
19119761--19119806	12	3.7	12	88	5	65	71	6	6	15	1.27
19119784--19119823	19	2.2	19	86	8	57	75	5	7	12	1.18
19120726--19120777	9	5.1	10	76	19	54	75	0	15	9	1.05
19120727--19120796	20	3.3	20	75	18	63	75	0	17	7	1.01
19120725--19120794	31	2.3	31	85	9	90	74	0	17	8	1.06
19120738--19120792	16	3.5	16	80	14	69	78	0	14	7	0.96
19120863--19120944	30	2.7	31	81	5	96	65	2	21	9	1.34
19123025--19123111	30	2.9	30	75	3	95	28	27	16	27	1.97
19141663--19141843	67	2.8	64	74	5	184	23	27	15	33	1.95
19150418--19150733	46	6.7	49	77	11	277	28	19	28	22	1.98
19154456--19154707	43	6.0	43	78	4	264	32	25	16	25	1.96
19154459--19154707	84	3.0	84	90	0	390	32	25	16	25	1.96
19154685--19154731	24	2.0	24	95	0	85	25	34	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19155587--19155637	24	2.1	24	96	0	93	9	9	7	72	1.28
19158505--19158564	26	2.3	26	97	0	111	51	8	1	38	1.42
19160708--19160984	48	5.8	48	75	9	244	27	26	19	26	1.99
19161530--19161811	141	2.0	141	99	0	555	40	19	10	30	1.84
19168857--19168920	27	2.4	27	89	0	101	26	20	18	34	1.96
19169416--19169471	27	2.1	27	100	0	112	30	28	10	30	1.91
19172394--19172465	33	2.2	33	87	0	108	29	26	20	23	1.99
19175857--19175911	27	2.0	27	100	0	110	36	40	14	9	1.78
19176610--19176678	21	3.5	20	77	16	63	68	1	20	10	1.27
19176648--19176710	18	3.5	17	80	6	63	68	1	17	12	1.29
19194486--19194968	27	17.8	27	77	5	233	37	20	8	33	1.83
19194455--19194667	81	2.6	81	78	0	255	35	20	7	37	1.80
19194455--19194763	81	3.8	81	77	2	244	36	20	7	35	1.81
19194622--19194884	81	3.3	81	85	3	316	41	21	8	28	1.82
19194999--19195090	27	3.4	27	85	8	116	34	19	26	19	1.96
19197606--19197666	29	2.1	30	96	3	115	27	13	34	24	1.93
19197672--19197849	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
19197672--19197849	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
19197673--19197828	81	1.9	82	88	3	235	26	14	29	29	1.95
19199297--19199446	26	5.8	26	92	0	248	28	25	21	25	1.99
19199591--19199682	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
19199706--19199814	31	3.5	31	93	0	173	29	14	27	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210773--19210857	38	2.2	38	82	0	98	23	25	23	27	2.00
19210796--19210880	38	2.2	38	85	0	107	22	20	25	31	1.98
19210873--19210984	43	2.6	43	94	0	197	10	25	33	31	1.90
19213009--19213266	45	5.9	45	76	9	257	31	26	17	25	1.97
19217405--19217691	137	2.1	137	96	0	520	31	25	19	24	1.98
19218677--19218760	44	1.9	44	97	0	159	34	16	9	39	1.81
19219524--19219607	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
19223666--19223746	39	2.1	39	90	4	128	46	14	9	28	1.77
19224531--19224582	25	2.1	25	85	7	70	36	13	13	36	1.84
19228729--19228788	17	3.6	16	74	17	50	26	30	8	35	1.86
19229184--19229280	30	3.2	30	73	2	97	27	17	27	26	1.98
19229493--19229562	22	3.2	22	80	8	88	41	14	20	24	1.89
19230447--19230498	21	2.5	21	87	0	86	30	25	26	17	1.97
19230437--19230535	21	4.6	21	80	8	83	38	22	21	18	1.93
19230433--19230535	23	4.7	22	78	9	95	38	22	20	18	1.93
19232190--19232241	25	2.1	25	85	7	70	36	13	13	36	1.84
19235354--19235386	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
19238151--19238341	47	4.1	47	88	2	251	35	9	28	26	1.89
19238198--19238276	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
19238180--19238251	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
19238315--19238410	46	2.1	46	86	3	131	33	8	33	25	1.86
19250449--19250642	48	4.0	48	94	0	334	34	6	28	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19250783--19250885	37	2.8	37	89	0	161	23	18	31	27	1.97
19252170--19252376	40	5.2	40	93	1	353	25	20	28	25	1.99
19252174--19252400	120	1.9	119	89	4	350	25	20	28	25	1.99
19252412--19252566	28	5.5	27	71	9	103	23	19	27	30	1.98
19252421--19252575	57	2.7	57	83	0	202	25	18	26	29	1.98
19256091--19256284	48	4.0	48	93	0	325	34	6	28	30	1.82
19256429--19256527	37	2.7	37	96	0	180	24	19	32	24	1.97
19257828--19257918	47	1.9	48	86	2	130	56	15	6	21	1.62
19258281--19258317	8	4.6	8	89	0	56	75	0	2	21	0.92
19267121--19267194	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
19275243--19275316	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
19283411--19283583	46	3.7	46	76	14	194	22	20	27	29	1.99
19283408--19283578	93	1.8	93	93	2	299	22	21	28	28	1.99
19287321--19287353	13	2.5	13	95	0	57	24	0	15	60	1.35
19288796--19288919	62	2.0	62	98	0	239	30	12	13	42	1.82
19289020--19289059	21	1.9	21	94	0	71	27	7	15	50	1.70
19290433--19290495	32	2.0	32	96	0	117	36	26	11	25	1.90
19293714--19293770	30	1.9	30	85	3	80	28	24	8	38	1.85
19294661--19294711	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
19295207--19295400	27	7.2	27	83	0	226	25	20	19	35	1.96
19295302--19295428	27	4.7	27	82	1	94	26	14	20	38	1.91
19295228--19295422	81	2.4	81	83	3	205	25	18	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19306729--19306775	15	3.2	14	82	8	58	10	23	4	61	1.46
19310291--19310459	84	2.0	83	91	1	275	34	23	14	27	1.94
19314233--19314400	83	2.0	84	89	1	257	33	23	14	28	1.94
19318271--19318446	46	3.8	45	76	11	178	22	19	28	29	1.98
19318267--19318438	93	1.8	93	90	2	274	22	20	29	28	1.98
19322749--19322852	6	16.8	6	72	16	79	47	13	20	19	1.82
19322761--19322852	25	3.7	25	94	0	148	45	14	20	19	1.85
19322767--19322849	19	4.7	19	68	22	65	44	15	21	18	1.86
19322970--19323034	27	2.5	26	87	5	94	38	20	23	18	1.93
19323208--19323272	22	3.0	22	75	8	69	29	23	27	20	1.98
19323699--19324033	27	12.4	27	85	4	376	24	20	18	36	1.95
19323703--19324026	54	6.0	54	87	0	461	24	21	18	35	1.95
19324014--19324215	27	7.6	27	82	6	234	28	8	20	41	1.83
19323716--19324214	54	9.3	53	79	9	254	26	16	19	38	1.92
19323717--19324026	81	3.8	81	92	0	487	24	20	19	36	1.95
19324015--19324215	26	7.6	25	81	8	197	28	8	20	41	1.82
19324015--19324215	53	3.8	53	86	3	264	28	8	20	41	1.82
19332723--19332967	40	6.2	39	93	3	343	23	22	28	25	1.99
19340796--19341040	40	6.2	40	91	3	329	22	22	28	26	1.99
19343974--19344018	14	3.2	13	82	14	54	2	15	4	77	1.02
19343966--19344023	18	3.2	18	74	13	57	3	15	3	77	1.04
19348694--19348757	9	7.6	9	73	18	57	56	18	1	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348814--19348960	19	8.1	19	66	14	85	44	14	8	31	1.76
19348804--19348982	54	3.3	54	92	3	288	43	15	8	32	1.77
19360179--19360332	43	3.6	42	78	5	157	24	20	27	27	1.99
19366526--19366608	27	3.1	27	85	0	112	33	19	19	27	1.96
19366590--19366686	27	3.6	27	88	0	122	39	20	9	30	1.84
19366563--19366686	54	2.3	54	79	5	135	38	20	11	29	1.87
19366638--19366744	27	4.0	27	85	4	128	38	20	10	30	1.86
19366590--19366783	54	3.6	54	74	6	137	38	20	8	32	1.83
19366736--19367091	27	13.2	27	85	2	355	30	21	6	41	1.79
19366736--19367091	54	6.6	53	83	1	406	30	21	6	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250