genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54296367--54296413	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
54306184--54306224	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
54312116--54312173	29	2.0	29	86	0	80	29	24	6	39	1.81
54329810--54329876	18	3.6	18	75	17	57	28	2	1	67	1.14
54344868--54345063	38	5.2	38	86	0	266	44	26	14	14	1.84
54344868--54345063	76	2.6	76	88	0	293	44	26	14	14	1.84
54345998--54346042	24	1.9	23	81	4	54	33	17	0	48	1.48
54351628--54351687	10	6.6	9	74	14	52	30	1	5	63	1.25
54351639--54351694	18	3.1	18	76	5	60	35	1	1	60	1.17
54354853--54354936	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
54357321--54357360	19	2.2	19	90	4	64	57	7	0	35	1.27
54361238--54361294	21	2.6	22	78	13	64	29	1	0	68	1.00
54361254--54361295	22	2.0	22	90	4	68	23	2	0	73	0.94
54361696--54361753	30	1.9	30	82	6	73	55	10	12	22	1.66
54372922--54372990	21	3.4	20	75	13	61	31	1	7	59	1.33
54373086--54373183	22	4.4	22	75	20	71	33	4	4	58	1.36
54373280--54373345	22	3.0	22	77	18	66	33	0	7	59	1.26
54373292--54373393	23	4.2	23	71	21	68	30	6	6	55	1.52
54373925--54374419	134	3.7	133	73	9	350	35	18	18	27	1.94
54376990--54377806	44	18.2	44	84	5	931	25	32	14	27	1.95
54376990--54377806	132	6.1	132	86	5	1089	25	32	14	27	1.95
54377425--54377542	61	1.9	61	89	0	182	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54377381--54377586	105	2.0	105	86	1	288	28	30	14	27	1.95
54377337--54377630	149	2.0	149	87	1	428	26	30	14	27	1.95
54377253--54377806	237	2.4	237	83	7	691	26	31	14	27	1.95
54377986--54378354	131	2.8	131	83	5	435	27	26	17	28	1.97
54378306--54378720	45	9.5	45	67	12	175	26	24	17	31	1.97
54378209--54378531	177	1.8	178	91	3	535	26	25	18	30	1.98
54378351--54378656	125	2.4	127	87	6	431	27	24	17	30	1.97
54378096--54378980	302	2.9	302	91	5	1338	27	24	18	29	1.98
54378483--54378852	177	2.1	170	87	5	537	26	25	18	30	1.98
54378659--54379009	132	2.7	132	94	0	612	26	23	19	31	1.98
54378603--54378984	45	8.6	45	68	9	174	25	24	18	31	1.98
54382655--54382720	5	13.6	5	77	17	68	40	15	19	24	1.90
54382645--54382726	24	3.4	24	80	11	89	42	13	19	24	1.87
54382655--54382720	29	2.3	29	94	0	114	40	15	19	24	1.90
54384264--54384626	130	2.7	132	75	9	321	37	19	17	26	1.93
54391116--54391160	22	2.0	22	91	0	72	28	20	2	48	1.61
54398589--54398748	44	3.6	44	90	2	241	46	15	23	14	1.82
54399540--54399757	75	2.9	74	84	4	258	31	13	21	33	1.92
54399694--54399823	64	2.0	64	90	0	206	23	18	23	34	1.96
54399914--54399949	17	2.1	17	94	0	63	13	5	2	77	1.05
54400101--54400248	56	2.7	56	89	5	237	29	14	20	34	1.93
54401930--54402029	3	31.7	3	71	18	62	31	3	5	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54401967--54402063	49	2.0	50	80	15	114	29	3	9	57	1.45
54402135--54402183	22	2.1	24	85	14	68	36	2	4	57	1.30
54402308--54402374	22	3.0	22	77	18	68	32	0	7	59	1.25
54402411--54402472	26	2.4	26	83	5	72	35	6	3	54	1.42
54409857--54409926	22	3.3	22	64	28	60	48	25	7	18	1.73
54409855--54409939	42	2.0	42	95	4	154	47	23	9	20	1.79
54413284--54413321	20	1.9	20	88	0	58	36	15	10	36	1.82
54426943--54428023	539	2.0	540	98	0	2083	40	18	17	24	1.91
54429812--54429961	75	2.0	75	97	0	282	46	7	19	26	1.76
54437713--54437750	18	2.1	19	90	5	60	34	5	0	60	1.19
54437713--54437757	19	2.3	19	85	11	56	33	6	0	60	1.23
54440476--54440520	19	2.3	19	80	7	54	22	6	2	68	1.24
54446281--54446331	15	3.2	16	73	13	52	64	0	0	35	0.94
54446282--54446354	32	2.2	32	83	7	85	61	0	0	38	0.96
54448894--54448925	9	3.7	9	91	8	57	9	9	0	81	0.88
54448895--54448925	8	3.8	8	95	4	53	9	9	0	80	0.90
54448895--54448932	17	2.2	17	90	0	58	10	7	5	76	1.15
54448912--54448967	24	2.3	24	81	6	60	12	5	7	75	1.18
54449001--54449056	28	2.1	28	83	6	71	44	0	1	53	1.11
54449027--54449075	22	2.3	22	82	10	57	48	0	0	51	1.00
54449162--54449187	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
54449302--54449357	26	2.1	28	86	6	80	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54449700--54449759	21	2.8	21	78	16	70	63	1	0	35	1.05
54449716--54449764	21	2.4	21	81	15	59	63	0	0	36	0.95
54449723--54449766	9	4.4	9	81	18	52	68	0	0	31	0.90
54449816--54449873	22	2.6	23	84	13	77	56	1	0	41	1.09
54449822--54449881	21	2.9	20	83	13	77	58	1	0	40	1.08
54449837--54449927	33	2.7	33	79	14	98	56	2	0	41	1.12
54449862--54449940	23	3.3	23	77	8	79	53	1	1	44	1.16
54449875--54449955	23	3.6	22	72	9	67	49	1	1	48	1.17
54449953--54450056	9	11.2	9	71	13	52	75	3	3	16	1.09
54449966--54450001	15	2.3	16	90	4	56	77	2	0	19	0.88
54453697--54453740	20	2.2	20	84	8	54	52	2	18	27	1.57
54459128--54459177	19	2.7	19	85	11	61	10	4	8	78	1.09
54463004--54463042	19	2.1	18	90	4	60	23	0	0	76	0.78
54464218--54464260	22	2.0	21	86	4	59	39	0	4	55	1.20
54466601--54466648	25	1.9	25	83	8	62	18	8	4	68	1.31
54466600--54466654	25	2.2	25	77	6	58	21	7	3	67	1.31
54470212--54470352	25	5.6	25	82	1	158	32	18	27	21	1.96
54470197--54470328	50	2.6	50	85	0	183	31	19	26	22	1.98
54470246--54470412	75	2.2	75	80	2	174	34	18	26	20	1.96
54470296--54470418	25	4.9	25	74	5	106	36	19	24	19	1.95
54476856--54476932	31	2.5	30	72	6	73	25	11	12	49	1.75
54477061--54477438	191	2.0	195	82	4	462	41	13	20	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54481681--54481723	20	2.2	20	87	8	61	34	2	0	62	1.08
54484284--54484328	23	2.0	23	95	0	81	11	24	26	37	1.89
54484393--54484450	26	2.3	26	80	8	77	18	24	18	37	1.94
54491074--54491134	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
54491928--54492199	45	6.2	45	88	6	380	18	19	21	40	1.91
54492091--54492161	37	1.9	37	97	0	133	16	16	22	43	1.87
54492184--54492220	6	6.2	6	87	0	56	18	13	13	54	1.71
54492384--54492666	18	15.3	18	71	12	162	36	12	15	36	1.85
54492384--54492666	36	7.6	36	69	13	189	36	12	15	36	1.85
54495256--54495301	23	2.0	23	100	0	92	47	4	13	34	1.62
54495256--54495310	23	2.4	23	90	0	74	47	7	12	32	1.69
54495755--54495780	13	2.0	13	100	0	52	0	0	7	92	0.39
54496381--54497063	317	2.1	320	83	4	855	27	16	26	30	1.97
54499268--54499296	14	2.0	15	93	6	51	44	0	6	48	1.29
54500195--54500233	16	2.4	16	83	16	53	53	5	5	35	1.45
54500201--54500232	15	2.1	16	94	5	57	56	3	6	34	1.40
54508752--54508813	24	2.6	24	84	0	70	29	16	11	43	1.82
54510014--54510074	30	2.0	30	84	6	79	29	6	1	62	1.30
54512231--54512293	31	2.0	31	96	0	117	42	9	23	23	1.83
54524482--54524600	32	3.8	32	83	9	154	41	11	9	37	1.74
54527519--54527600	42	2.0	42	92	0	137	37	18	9	34	1.84
54528840--54528902	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54528840--54528919	30	2.7	30	86	5	83	23	3	15	57	1.54
54535285--54535327	14	2.9	14	86	6	50	62	6	2	27	1.33
54535357--54535425	31	2.3	31	89	2	104	52	7	17	23	1.69
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54549427--54549518	20	4.3	21	71	17	73	35	1	6	56	1.32
54550286--54550340	27	2.0	27	96	0	101	32	25	14	27	1.95
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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