genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057040--23057207	85	2.0	86	81	9	200	35	24	16	24	1.95
23061849--23061911	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
23064735--23064807	27	2.7	27	86	0	101	49	19	17	13	1.80
23069333--23069537	40	5.2	40	89	2	256	24	27	22	24	2.00
23073582--23073673	32	2.8	33	81	12	102	43	9	11	34	1.75
23081187--23081260	24	3.1	24	88	0	112	32	31	12	24	1.92
23083670--23083841	46	3.7	46	77	13	199	29	27	20	23	1.99
23083674--23083845	93	1.8	93	93	0	299	28	27	20	23	1.99
23090733--23090904	46	3.7	46	74	13	181	28	27	20	22	1.99
23090738--23090908	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
23092642--23092753	58	1.9	58	98	0	215	23	21	13	41	1.88
23098453--23098589	24	5.7	24	68	6	80	32	27	15	25	1.95
23100937--23101344	47	8.6	47	91	2	618	32	8	29	29	1.86
23100946--23101333	194	2.0	192	93	1	659	32	8	29	29	1.87
23106050--23106162	40	2.8	39	80	7	120	29	26	21	23	1.99
23106136--23106218	40	2.1	40	93	0	139	30	18	18	33	1.94
23115742--23115799	27	2.1	27	93	0	98	29	17	17	36	1.92
23120190--23120401	43	4.9	43	87	0	289	27	17	25	29	1.97
23120182--23120401	86	2.6	86	90	0	332	27	16	25	29	1.97
23120350--23120450	43	2.3	43	85	6	141	29	14	21	33	1.94
23120181--23120421	129	1.9	129	82	1	304	26	17	26	29	1.97
23120181--23120450	129	2.1	129	80	1	299	27	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23125292--23125332	17	2.4	17	91	0	64	41	19	17	21	1.90
23127905--23128176	48	5.7	48	86	0	346	26	30	18	25	1.98
23127905--23128176	144	1.9	144	87	0	400	26	30	18	25	1.98
23128246--23128271	6	4.3	6	100	0	52	50	15	0	34	1.45
23137365--23137536	46	3.8	44	78	11	168	27	27	21	23	1.99
23137372--23137542	93	1.8	93	88	0	261	27	27	22	22	1.99
23144585--23144872	145	2.0	148	82	6	363	24	29	19	26	1.98
23144594--23144913	145	2.2	148	80	7	350	25	29	17	27	1.98
23144594--23144927	50	6.8	50	76	10	215	25	29	17	28	1.97
23154545--23154577	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
23155378--23155434	26	2.2	26	84	6	71	61	3	0	35	1.13
23155393--23155446	27	2.0	28	89	7	85	61	3	0	35	1.14
23164379--23164633	130	2.0	130	91	1	413	45	9	22	21	1.81
23165488--23165521	12	2.6	14	81	18	54	52	5	5	35	1.50
23173189--23173297	48	2.3	48	83	3	130	40	22	17	19	1.91
23173889--23173940	11	4.7	12	76	23	60	15	0	46	38	1.46
23173888--23173940	22	2.4	22	84	15	74	16	0	45	37	1.48
23184932--23185051	44	2.8	42	80	9	134	22	15	26	35	1.94
23184947--23185068	44	2.8	44	81	10	128	24	18	24	32	1.97
23186380--23186414	17	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
23203310--23203487	40	4.5	40	85	4	209	24	28	24	23	2.00
23211557--23211773	40	5.5	39	84	5	231	21	27	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23211666--23211730	20	3.2	20	64	0	58	13	30	18	36	1.90
23212622--23212817	54	3.6	54	79	2	169	25	20	26	28	1.99
23212826--23212923	43	2.3	43	92	0	169	21	29	27	21	1.98
23215152--23215335	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
23215152--23215332	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
23215233--23215382	40	3.8	38	80	8	122	24	22	28	24	1.99
23223029--23223205	40	4.4	40	80	6	182	24	19	25	29	1.98
23225680--23225709	13	2.3	13	94	0	51	3	23	43	30	1.70
23230020--23230081	29	2.1	29	90	0	97	40	20	4	33	1.74
23230363--23230397	17	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
23230379--23230442	23	2.7	24	80	17	71	65	1	6	26	1.25
23230484--23230528	22	2.0	22	86	0	63	48	22	2	26	1.62
23230597--23230640	22	2.0	21	86	4	61	38	0	25	36	1.56
23235724--23235779	28	2.0	28	96	0	103	41	0	8	50	1.34
23238352--23238561	40	5.2	40	77	5	201	33	23	15	26	1.95
23238349--23238561	80	2.7	80	88	1	302	33	23	15	26	1.95
23238352--23238576	120	1.9	120	80	3	265	35	24	15	25	1.94
23246933--23247202	48	5.6	48	74	11	196	28	18	27	24	1.98
23246931--23247070	46	3.0	45	82	8	156	27	18	27	25	1.98
23246933--23247205	96	2.8	98	81	8	253	28	18	28	24	1.98
23249295--23249399	40	2.6	40	84	0	129	35	23	16	24	1.95
23267193--23267396	40	5.1	40	92	2	306	24	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23274081--23274242	9	18.0	9	72	11	91	37	1	15	46	1.54
23274118--23274242	18	6.8	18	73	10	110	37	1	15	45	1.56
23274119--23274256	65	2.1	67	87	2	199	36	1	14	47	1.53
23274578--23274616	16	2.4	16	86	0	51	58	0	0	41	0.98
23274504--23274677	90	2.0	87	89	6	271	52	3	6	36	1.45
23274586--23274950	105	3.6	105	90	4	593	55	4	4	35	1.41
23274510--23274950	205	2.2	195	91	5	708	54	4	5	35	1.42
23277911--23277958	15	3.3	15	82	5	62	45	35	0	18	1.50
23277914--23277999	22	4.0	21	70	16	68	46	29	1	23	1.60
23278109--23278196	7	12.3	7	73	17	74	37	43	0	19	1.51
23278109--23278175	29	2.3	28	85	10	82	37	43	0	19	1.51
23278174--23278221	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
23278451--23278666	115	1.9	116	82	4	276	35	18	16	29	1.93
23278647--23278785	40	3.5	40	84	3	167	34	23	15	27	1.94
23282413--23282635	119	1.9	120	82	6	283	25	26	22	25	2.00
23282411--23282635	40	5.7	40	83	6	269	25	27	22	24	2.00
23287709--23287942	49	4.7	48	80	5	234	30	26	16	26	1.97
23287709--23287942	100	2.4	97	81	4	270	30	26	16	26	1.97
23290434--23290478	15	3.0	14	83	9	54	53	13	13	20	1.72
23293287--23293458	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
23293280--23293460	46	3.9	46	76	11	190	28	29	20	21	1.98
23296358--23296530	49	3.5	49	82	6	233	29	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23296358--23296538	98	1.8	99	93	1	319	28	28	16	25	1.97
23308392--23308434	16	2.7	16	92	0	68	48	16	23	11	1.78
23308669--23308768	29	3.5	28	75	6	103	31	12	31	26	1.92
23315223--23315269	15	3.0	16	79	14	53	31	19	2	46	1.61
23315645--23315689	24	1.9	24	86	4	65	44	15	20	20	1.87
23315687--23315736	24	2.1	24	100	0	100	54	12	16	18	1.72
23315764--23315800	18	2.1	18	100	0	74	62	0	0	37	0.96
23317104--23317137	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
23318133--23318223	28	3.2	28	85	0	101	26	31	13	28	1.93
23319186--23319232	24	2.0	24	87	4	69	27	31	12	27	1.93
23328131--23328348	40	5.5	40	93	1	350	25	27	22	24	2.00
23331103--23331327	40	5.6	40	80	2	254	23	27	23	25	2.00
23331103--23331327	80	2.8	80	82	2	281	23	27	23	25	2.00
23339617--23339794	40	4.5	40	92	2	279	25	28	22	24	2.00
23343551--23343670	39	3.1	39	98	0	231	30	24	14	30	1.94
23352142--23352188	22	2.2	22	85	14	64	44	6	0	48	1.28
23352242--23352287	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
23358416--23358443	11	2.5	11	100	0	56	35	17	21	25	1.95
23362072--23362155	42	2.0	43	88	4	125	20	29	26	23	1.99
23362072--23362203	45	3.0	45	83	7	139	24	26	23	25	2.00
23362533--23362687	43	3.6	43	97	1	285	29	32	25	12	1.92
23375130--23375706	47	12.3	47	91	0	922	34	7	28	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23375180--23375255	22	3.3	22	67	16	64	32	9	30	27	1.88
23379702--23380018	48	6.6	48	81	1	375	26	25	18	29	1.98
23379702--23380018	96	3.3	96	86	2	422	26	25	18	29	1.98
23380138--23380167	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
23384740--23384951	106	2.0	106	99	0	415	37	19	18	24	1.94
23386796--23386908	27	4.2	27	83	9	133	16	23	22	38	1.93
23392907--23392938	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
23393328--23393439	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
23393328--23393439	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
23401204--23407002	295	19.8	295	97	1	11002	27	19	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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