genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  102  of  250  ( 29906 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33155646--33155683	20	1.9	20	94	0	67	34	0	10	55	1.34
33159072--33160273	301	4.0	300	81	5	1267	34	20	15	28	1.94
33160648--33160672	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
33163186--33163473	68	4.3	66	84	8	175	22	28	15	32	1.95
33163282--33163507	68	3.3	68	94	0	398	24	29	15	30	1.95
33163282--33163533	136	1.9	135	88	5	382	24	28	15	32	1.95
33163288--33163575	136	2.1	135	84	7	361	25	28	15	30	1.96
33187494--33187664	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
33187489--33187661	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
33188077--33188136	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
33189050--33189233	27	6.9	27	80	6	178	25	15	18	41	1.89
33190097--33190184	43	2.0	45	93	4	153	31	21	20	26	1.98
33193674--33193716	19	2.2	19	83	8	50	16	27	0	55	1.41
33194323--33194362	16	2.5	16	83	0	62	50	22	20	7	1.73
33194612--33194699	29	3.1	29	79	14	101	26	13	30	29	1.94
33196452--33196595	27	5.3	27	84	3	182	29	22	6	40	1.80
33196452--33196591	54	2.6	54	87	2	201	30	22	6	40	1.79
33196627--33196884	110	2.4	105	80	8	270	41	20	8	30	1.81
33196627--33196886	27	9.7	27	81	5	210	40	20	8	31	1.81
33196905--33196978	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
33196918--33196982	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
33197792--33197886	25	3.8	25	87	2	129	26	22	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33197792--33197899	25	4.4	25	82	8	91	28	20	24	26	1.99
33198034--33198125	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
33200548--33200614	6	10.8	6	75	12	64	52	13	14	19	1.75
33201385--33201795	27	15.3	27	87	3	551	25	20	19	33	1.97
33201385--33201849	54	8.6	54	85	4	512	26	19	20	34	1.96
33201780--33201905	27	4.7	27	81	3	119	27	8	22	41	1.83
33201781--33201937	54	2.9	54	80	1	154	30	8	22	38	1.83
33201842--33202119	81	3.4	81	84	0	322	36	7	22	33	1.82
33201898--33202121	27	8.3	27	86	0	313	38	7	22	31	1.82
33202134--33202254	27	4.5	26	80	12	122	30	10	19	39	1.85
33203875--33203961	27	3.2	27	93	0	147	25	22	11	40	1.88
33203993--33204143	27	5.6	27	84	1	196	41	22	7	28	1.80
33203993--33204142	81	1.9	81	87	2	221	42	22	7	28	1.80
33203993--33204226	54	4.3	54	77	5	193	40	20	8	30	1.82
33204109--33204206	27	3.6	27	77	10	90	40	18	7	33	1.78
33205134--33205225	25	3.7	25	85	2	107	27	23	22	26	2.00
33205376--33205467	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
33212234--33212591	93	3.8	93	95	0	608	27	29	20	22	1.98
33212280--33212541	47	5.6	47	74	13	272	28	29	19	23	1.98
33212226--33212587	46	7.8	46	73	12	310	28	29	19	22	1.98
33220892--33221111	40	5.5	39	86	5	282	27	25	22	24	2.00
33220892--33221111	80	2.8	79	90	3	334	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33244554--33247030	286	8.6	286	86	3	3348	32	19	18	29	1.96
33244554--33247030	574	4.3	573	87	2	3397	32	19	18	29	1.96
33244554--33247030	860	2.9	853	87	3	3418	32	19	18	29	1.96
33247059--33249639	296	8.7	292	74	15	1090	29	18	18	32	1.95
33249685--33250733	286	3.7	286	81	3	1069	30	16	20	32	1.95
33250745--33251699	279	3.4	285	75	11	762	29	17	20	33	1.95
33251320--33252311	551	1.8	550	81	5	1261	29	16	19	33	1.94
33252245--33252471	117	1.9	117	84	5	298	33	20	22	23	1.98
33252474--33253555	540	2.0	547	84	6	1436	29	18	19	32	1.95
33253021--33256997	289	13.9	286	74	11	2734	29	17	20	32	1.95
33252426--33256997	577	8.0	571	73	13	2582	29	17	20	32	1.95
33256864--33257140	143	1.9	145	84	7	375	34	15	21	28	1.94
33256577--33257412	432	1.9	431	80	8	959	31	16	21	30	1.96
33257010--33258302	288	4.5	290	79	9	1292	29	17	21	31	1.96
33259107--33259165	30	2.0	30	89	0	91	32	16	22	28	1.96
33259666--33259933	45	5.9	43	73	11	171	26	20	29	23	1.99
33259851--33259979	49	2.6	47	81	12	136	27	20	27	24	1.99
33261008--33266366	293	18.8	281	74	13	3304	28	17	20	33	1.95
33261008--33271039	578	17.3	576	72	12	5509	29	17	20	32	1.95
33266256--33266484	117	2.0	117	84	5	302	32	20	22	23	1.98
33266778--33267289	257	2.0	260	87	3	737	31	18	18	32	1.95
33267032--33271039	289	13.9	289	79	4	3933	29	17	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33267032--33271039	868	4.6	868	80	5	4045	29	17	20	32	1.95
33271052--33272352	288	4.5	290	84	3	1632	29	17	21	30	1.97
33271052--33272323	581	2.2	580	84	2	1673	29	17	21	31	1.96
33273173--33273231	30	2.0	30	89	0	91	32	16	22	28	1.96
33273754--33274066	46	6.6	47	74	14	204	27	20	28	23	1.99
33273937--33274066	50	2.6	49	82	11	158	26	20	29	23	1.99
33275103--33282682	583	13.0	581	84	3	8926	28	16	21	33	1.95
33275103--33282682	291	26.0	290	83	2	8898	28	16	21	33	1.95
33275103--33282682	876	8.7	871	86	3	8900	28	16	21	33	1.95
33283630--33283717	27	3.3	27	82	6	124	38	14	19	27	1.91
33284153--33284217	22	3.0	22	75	8	69	21	24	23	30	1.99
33284376--33284483	27	4.0	26	78	5	90	19	21	20	38	1.93
33284601--33284698	6	15.8	6	71	17	67	17	20	14	47	1.82
33284632--33284681	19	2.6	19	93	0	82	18	22	14	46	1.84
33284601--33284686	25	3.7	24	73	17	92	17	20	15	46	1.84
33285352--33287102	293	6.1	276	77	10	1034	27	16	19	35	1.94
33286060--33287102	293	3.6	288	82	4	1164	27	17	20	34	1.95
33285369--33287074	855	2.0	824	79	9	1839	27	17	19	34	1.94
33299915--33299982	34	2.0	34	100	0	136	29	14	17	38	1.90
33304646--33306153	288	5.3	287	84	2	1834	30	17	19	33	1.95
33304646--33306153	575	2.6	572	84	2	1925	30	17	19	33	1.95
33308796--33308823	11	2.5	11	100	0	56	25	7	7	60	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33309218--33309359	51	2.8	51	82	8	164	28	28	17	25	1.98
33317703--33317749	21	2.3	20	75	10	51	55	10	29	4	1.53
33330050--33330297	56	4.4	56	91	0	370	33	24	14	27	1.94
33330302--33330505	41	4.8	43	77	6	193	30	26	16	25	1.97
33330302--33330513	84	2.5	84	82	4	250	30	26	16	25	1.97
33333306--33333395	45	2.0	45	95	0	162	28	24	22	24	1.99
33333854--33333884	10	3.1	10	95	0	53	0	16	6	77	0.97
33336275--33336520	56	4.4	56	89	3	381	32	26	14	26	1.95
33336275--33336520	110	2.2	111	88	5	381	32	26	14	26	1.95
33336545--33336736	41	4.6	43	85	5	266	32	25	17	25	1.97
33336545--33336736	84	2.3	84	93	0	321	32	25	17	25	1.97
33339084--33339259	46	3.8	45	77	14	171	28	28	19	22	1.98
33340670--33340714	17	2.6	17	100	0	90	35	24	4	35	1.76
33346590--33346763	45	3.8	46	78	15	207	29	29	20	20	1.98
33346597--33346766	92	1.8	93	94	1	306	28	29	21	21	1.98
33348468--33348623	67	2.3	67	93	2	260	32	13	30	23	1.93
33348468--33348687	67	3.3	64	86	8	187	32	15	30	21	1.94
33356240--33356279	21	2.0	21	85	5	55	30	25	32	12	1.92
33363127--33363309	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
33363125--33363309	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
33367965--33368186	40	5.6	40	88	3	315	28	26	21	22	1.99
33367965--33368186	80	2.8	80	92	0	356	28	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33393885--33393937	25	2.1	25	89	0	79	33	26	15	24	1.95
33400667--33400706	21	1.9	21	94	0	71	22	30	37	10	1.87
33401871--33401980	47	2.4	48	81	9	138	23	29	18	29	1.98
33409379--33409515	48	2.9	49	83	5	174	22	32	17	27	1.96
33412094--33412287	96	2.0	96	85	2	264	12	32	17	36	1.88
33413567--33413639	28	2.6	28	100	0	146	21	31	21	24	1.98
33415325--33415422	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
33415353--33415435	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
33415325--33415436	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
33423200--33423297	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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