genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21630633--21630762	47	2.8	47	88	2	172	23	14	28	33	1.94
21633878--21633902	10	2.5	10	100	0	50	20	12	40	28	1.87
21641404--21641616	71	3.0	71	79	5	243	19	22	22	36	1.95
21641394--21641620	69	3.3	69	79	4	249	20	22	22	34	1.96
21650781--21650840	30	2.0	31	86	3	86	41	18	23	16	1.90
21657577--21657608	12	2.7	12	95	0	55	78	0	21	0	0.76
21658302--21658343	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
21658519--21658562	23	1.9	23	86	9	63	40	0	13	45	1.44
21658712--21658803	44	2.1	44	89	0	139	20	19	25	34	1.96
21659841--21659877	19	1.9	19	100	0	74	27	37	24	10	1.88
21659883--21659923	21	2.0	21	85	0	55	21	21	34	21	1.97
21660271--21660319	19	2.5	19	80	6	53	4	30	0	65	1.11
21661099--21661133	17	2.1	17	94	0	61	25	2	11	60	1.45
21663815--21664003	55	3.4	55	88	0	243	25	31	20	22	1.98
21664780--21665031	44	5.4	48	74	12	202	24	27	19	29	1.98
21664864--21665034	93	1.9	91	82	7	220	24	28	19	27	1.99
21665376--21665432	30	1.9	30	92	0	96	28	24	14	33	1.94
21667797--21667839	18	2.2	20	88	8	63	39	2	4	53	1.34
21679976--21680040	31	2.1	31	100	0	130	18	16	29	35	1.93
21687024--21687109	43	2.0	43	82	8	104	25	18	27	27	1.98
21703412--21703469	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
21703809--21704031	47	4.8	46	73	14	177	28	21	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21703814--21704169	94	3.8	93	75	10	305	29	19	27	23	1.98
21703814--21704118	47	6.6	47	72	14	172	28	19	27	24	1.99
21707372--21707432	30	2.0	30	87	0	86	31	24	1	42	1.64
21709840--21709872	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21717842--21717923	17	5.4	16	74	16	68	18	3	2	75	1.06
21717858--21717889	4	7.8	4	93	6	55	21	0	0	78	0.76
21717842--21717902	21	2.9	20	79	18	70	19	1	1	77	0.95
21717851--21717893	9	4.8	9	86	11	61	20	0	0	79	0.74
21720827--21720859	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21725113--21725177	18	3.6	18	87	0	94	41	15	20	23	1.89
21733335--21733449	40	2.9	40	85	2	160	26	22	26	23	2.00
21733422--21733475	26	2.0	27	92	3	92	25	25	31	16	1.97
21733385--21733515	67	2.0	66	90	1	208	26	23	28	21	1.99
21741398--21741509	39	2.9	40	89	6	185	25	24	27	23	2.00
21741483--21741535	26	2.0	26	96	0	97	24	26	32	16	1.97
21741448--21741575	66	2.0	64	92	3	211	26	24	28	21	1.99
21741512--21741602	40	2.3	39	84	5	112	28	24	27	19	1.99
22044625--22044809	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
22044626--22044842	79	2.7	80	77	7	230	25	21	27	25	2.00
22046620--22046740	47	2.5	47	85	5	154	25	29	22	22	1.99
22046620--22046795	96	1.8	96	85	6	246	23	28	22	25	1.99
22046617--22046976	46	7.6	48	75	11	216	23	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22052951--22053019	28	2.5	28	88	4	95	34	26	11	27	1.91
22057814--22057852	21	1.9	20	89	5	60	33	7	25	33	1.84
22060589--22060617	12	2.4	12	100	0	58	20	27	41	10	1.85
22062372--22062442	28	2.5	28	88	4	99	32	23	12	30	1.92
22066350--22066567	46	4.6	48	74	13	148	23	31	16	27	1.96
22069772--22069838	10	6.9	10	74	14	52	26	0	1	71	0.94
22069777--22069806	8	3.6	8	91	8	51	23	0	0	76	0.78
22069767--22069830	19	3.2	19	80	8	65	29	0	1	68	0.99
22069777--22069850	17	4.4	17	72	13	64	27	0	2	70	1.01
22074389--22074493	52	2.0	52	100	0	210	39	9	11	40	1.74
22076905--22076929	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
22076954--22077006	6	8.5	6	87	8	70	77	5	0	16	0.96
22077026--22077102	9	8.6	9	88	0	100	25	6	22	45	1.76
22078007--22078043	13	3.0	13	88	7	51	78	0	21	0	0.75
22078007--22078047	9	4.7	9	85	11	50	78	0	21	0	0.76
22079424--22079480	18	3.2	18	71	0	60	36	14	15	33	1.88
22079522--22079637	31	3.7	31	92	0	196	27	25	16	30	1.97
22079522--22079641	62	1.9	62	96	0	222	27	25	17	29	1.98
22083750--22083802	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
22086669--22086701	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
22088473--22088788	157	2.0	157	99	0	623	37	18	17	25	1.93
22089473--22089731	143	1.8	143	79	5	308	48	4	4	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22095676--22095721	15	3.1	16	78	18	62	54	26	0	19	1.44
22095675--22095737	14	4.4	14	76	11	65	50	26	0	22	1.49
22095674--22095737	7	9.0	7	76	10	58	50	26	0	23	1.50
22095841--22095906	16	4.2	16	70	24	52	19	0	31	48	1.49
22095976--22096189	41	5.2	41	79	7	220	20	19	23	35	1.95
22095976--22096182	81	2.5	81	83	5	231	20	19	23	36	1.95
22098959--22098997	20	2.0	20	89	0	60	35	5	0	58	1.20
22100641--22101029	15	25.4	15	65	18	101	29	8	2	59	1.41
22100711--22100755	21	2.1	21	87	0	63	28	6	0	64	1.19
22100825--22101029	3	69.3	3	69	16	99	28	6	3	61	1.37
22106178--22106246	21	3.3	20	76	9	59	68	1	18	11	1.28
22110162--22110191	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
22117374--22117403	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
22120863--22120914	26	2.0	26	84	0	68	36	34	13	15	1.87
22123418--22123474	27	2.0	29	83	6	73	43	7	5	43	1.54
22124481--22124519	14	2.7	15	85	14	55	38	0	2	58	1.12
22127761--22127940	88	2.1	87	95	1	324	38	12	22	25	1.90
22127959--22128152	96	2.0	96	98	0	379	37	11	15	35	1.84
22129710--22129734	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
22130102--22130135	16	2.1	16	100	0	68	44	26	11	17	1.83
22131991--22132049	25	2.5	24	78	13	59	35	0	8	55	1.30
22133284--22133399	43	2.7	43	81	5	119	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22136011--22136080	28	2.5	28	84	9	81	30	25	15	28	1.96
22141628--22141652	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
22143947--22144107	43	3.8	43	77	5	139	27	16	25	31	1.96
22145711--22145793	42	2.0	42	82	0	103	31	8	25	34	1.86
22148212--22148456	49	4.9	49	81	3	292	28	26	17	26	1.98
22150328--22150362	17	2.1	17	94	0	61	37	5	14	42	1.69
22155887--22155933	21	2.2	21	100	0	94	23	12	27	36	1.91
22161322--22161354	8	4.2	8	92	7	59	24	0	24	51	1.48
22162270--22162301	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
22164479--22164513	18	2.0	18	88	5	54	65	5	17	11	1.43
22168504--22168678	46	3.8	46	79	10	212	28	26	21	23	1.99
22168511--22168682	93	1.8	93	93	0	299	27	26	21	23	1.99
22179256--22179456	46	4.7	46	68	20	150	21	20	27	29	1.98
22179316--22179380	30	2.0	30	82	11	76	21	18	29	30	1.97
22186849--22187021	46	3.7	46	74	10	181	23	19	26	31	1.98
22186846--22187016	93	1.8	93	91	0	279	22	19	26	30	1.98
22196607--22196782	49	3.5	49	79	12	187	28	25	19	26	1.99
22196601--22196786	101	1.9	100	90	1	300	28	25	19	25	1.99
22204063--22204292	50	4.6	49	79	6	214	30	26	17	25	1.98
22208919--22209106	55	3.5	54	78	6	175	21	24	17	36	1.94
22209092--22209213	47	2.6	47	96	0	217	25	24	13	36	1.91
22219990--22220024	16	2.2	16	94	0	61	51	17	20	11	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22220217--22220306	29	3.1	29	85	1	110	26	16	26	30	1.97
22245186--22245311	46	2.7	46	93	0	207	20	22	27	29	1.98
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22280271--22280312	11	3.5	12	90	6	59	76	7	2	14	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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