genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57255998--57256025	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
57268501--57268532	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
57268627--57268868	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
57268627--57268876	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
57271642--57271781	69	2.0	69	95	0	253	46	9	5	38	1.60
57276348--57276401	26	2.1	25	93	6	90	42	1	3	51	1.30
57277606--57277669	31	2.1	31	84	0	83	25	9	6	59	1.52
57294437--57294461	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
57310571--57310609	19	2.1	19	85	9	53	43	5	23	28	1.75
57313858--57313903	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
57313858--57313910	11	5.1	11	86	11	76	49	16	0	33	1.47
57313862--57313910	5	9.2	6	81	18	56	48	16	0	34	1.46
57313904--57313934	14	2.1	15	94	5	55	61	0	6	32	1.21
57313896--57313946	18	3.1	17	78	21	63	62	1	5	29	1.29
57324265--57324293	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
57331359--57331404	24	1.9	24	86	8	67	71	4	0	23	1.03
57336839--57336864	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
57336950--57337011	30	2.1	30	100	0	124	30	24	16	29	1.96
57341411--57341461	23	2.3	23	86	10	70	37	0	3	58	1.16
57341575--57341646	29	2.4	29	80	13	76	30	8	0	61	1.26
57341633--57341709	31	2.5	30	79	10	77	27	5	0	67	1.12
57341721--57341776	12	4.3	12	75	20	51	32	7	1	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57346125--57346164	20	2.1	20	86	9	57	52	0	15	32	1.43
57347690--57347741	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
57349804--57349853	25	2.0	25	84	7	66	46	0	0	54	1.00
57349796--57349870	29	2.6	30	82	4	91	52	0	1	46	1.09
57354345--57354438	47	2.0	47	95	0	170	37	7	24	30	1.83
57355469--57355518	26	1.9	26	100	0	100	32	30	20	18	1.96
57359027--57359067	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
57359104--57359167	31	2.1	31	91	2	103	25	3	14	57	1.51
57359743--57359811	31	2.3	30	85	12	88	46	20	10	23	1.80
57361977--57362041	23	2.9	21	77	9	58	41	0	1	56	1.08
57362102--57362132	15	2.1	15	93	0	53	48	3	0	48	1.17
57368851--57368901	14	3.9	13	78	14	52	58	1	1	37	1.20
57368946--57369076	29	4.9	27	78	13	119	61	3	6	29	1.35
57368927--57369257	26	12.4	25	69	14	139	61	3	5	29	1.35
57368982--57369031	16	3.4	16	71	25	56	68	0	4	28	1.08
57368988--57369050	23	2.5	24	80	14	74	66	0	3	30	1.07
57369087--57369199	59	1.9	59	85	3	156	62	3	5	28	1.33
57370509--57370542	14	2.3	15	90	5	52	11	2	14	70	1.27
57370772--57370868	51	1.9	51	85	8	135	27	15	16	40	1.89
57371030--57371284	45	5.7	46	73	7	157	27	20	21	29	1.98
57371030--57371420	45	8.6	45	71	9	148	28	20	20	30	1.98
57371030--57371285	89	2.8	90	75	3	221	28	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57375287--57375326	11	3.8	11	78	21	50	0	17	0	82	0.67
57375286--57375325	15	2.6	16	84	11	57	0	20	0	80	0.72
57375288--57375326	20	2.0	20	90	10	62	0	17	0	82	0.68
57381851--57381897	18	2.7	17	84	12	60	72	2	0	25	0.96
57381861--57381898	18	2.1	18	95	0	67	71	0	0	28	0.87
57381861--57381906	18	2.5	18	89	3	56	69	0	2	28	1.00
57381915--57382055	74	1.9	75	82	5	178	60	4	3	31	1.35
57381959--57382795	26	33.8	25	66	18	180	59	4	4	31	1.37
57381973--57382083	48	2.2	50	78	10	120	63	6	1	28	1.29
57382036--57382127	43	2.1	45	86	11	129	63	4	5	27	1.36
57381962--57382806	198	4.3	197	91	4	1319	59	4	4	31	1.37
57382235--57382324	42	2.1	42	84	10	112	58	5	6	28	1.46
57382633--57382725	42	2.2	42	81	14	120	60	4	7	27	1.43
57381962--57382806	397	2.1	394	91	4	1337	59	4	4	31	1.37
57382693--57382814	27	4.6	27	81	8	144	63	1	4	30	1.25
57389576--57389648	25	2.9	25	89	4	94	21	31	15	31	1.94
57389592--57389648	25	2.3	25	96	0	105	21	33	14	31	1.92
57391778--57391866	25	3.6	25	81	1	90	30	22	25	21	1.99
57403521--57403584	28	2.2	28	88	2	92	26	15	4	53	1.62
57413112--57413161	25	2.0	25	100	0	100	28	16	12	44	1.83
57416750--57416863	35	3.1	35	73	18	115	25	20	21	33	1.97
57416750--57416946	35	5.4	35	69	18	114	26	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57416749--57416989	74	3.2	75	88	1	360	25	21	21	31	1.98
57416679--57417059	149	2.6	142	74	11	365	24	22	20	32	1.98
57423037--57423154	3	41.0	3	79	9	104	66	0	29	2	1.10
57423042--57423168	33	3.9	32	81	7	123	65	0	31	2	1.11
57424303--57424331	14	2.0	15	93	6	51	0	37	6	55	1.27
57424722--57424762	21	2.0	21	90	0	64	26	29	19	24	1.98
57431090--57431130	15	2.9	15	82	13	52	65	4	0	29	1.13
57431108--57431132	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
57434549--57434584	17	2.1	17	90	10	56	83	5	0	11	0.80
57436154--57436182	14	2.1	14	100	0	58	37	13	6	41	1.72
57436946--57437263	127	2.5	125	83	6	372	27	17	20	34	1.95
57439374--57439430	30	1.9	30	85	0	78	31	19	8	40	1.82
57441819--57441865	19	2.5	19	86	6	60	23	23	10	42	1.85
57445935--57446503	87	6.5	87	83	4	662	32	19	23	23	1.97
57445935--57446503	176	3.3	174	88	2	775	32	19	23	23	1.97
57447515--57447554	16	2.6	16	84	4	55	62	17	20	0	1.33
57448854--57448882	14	2.1	14	100	0	58	37	13	6	41	1.72
57449669--57449965	127	2.3	127	87	0	414	24	18	20	36	1.95
57458034--57458097	14	4.9	14	70	14	55	45	21	1	31	1.62
57458068--57458105	14	2.8	13	88	11	58	47	15	0	36	1.46
57458105--57458144	20	2.0	20	85	5	53	17	7	37	37	1.78
57470475--57470525	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57470338--57470708	104	3.6	105	94	2	624	30	30	20	18	1.96
57477455--57477816	104	3.6	104	91	6	591	30	30	20	19	1.97
57478566--57478673	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
57484614--57484723	31	3.5	31	92	3	186	29	19	28	23	1.98
57484754--57484962	47	4.5	47	81	8	207	27	15	27	29	1.96
57484754--57485006	42	5.6	48	83	8	207	28	14	26	29	1.95
57484754--57484971	91	2.4	93	82	7	250	27	14	27	30	1.95
57488635--57488664	5	6.0	5	92	0	51	80	3	0	16	0.85
57488979--57489068	44	2.0	45	91	2	146	34	22	15	27	1.94
57497067--57497121	28	1.9	28	85	10	76	18	41	21	18	1.90
57497577--57497695	58	2.1	58	96	0	220	40	16	10	32	1.82
57498273--57498387	46	2.5	44	84	6	142	24	29	19	26	1.98
57498311--57498484	46	3.7	46	74	10	149	21	28	21	27	1.99
57502581--57502670	33	2.7	33	87	0	135	17	8	33	40	1.81
57503339--57503486	45	3.1	45	80	19	190	63	6	10	19	1.47
57503410--57503494	28	3.0	28	68	19	77	61	3	11	23	1.46
57503380--57503494	56	2.1	55	98	1	221	63	5	10	20	1.45
57503480--57503520	21	2.0	21	85	9	57	65	2	7	24	1.30
57503380--57503509	56	2.4	53	83	11	181	64	5	9	20	1.42
57504440--57504493	25	2.2	24	86	3	72	18	22	18	40	1.91
57504624--57504671	25	1.9	25	91	0	78	18	27	20	33	1.96
57504624--57504704	25	3.2	25	79	10	76	24	24	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57512324--57512403	14	5.8	14	76	8	74	12	13	42	31	1.82
57512357--57512403	7	6.7	7	87	0	67	6	14	48	29	1.69
57512351--57512403	21	2.5	21	93	0	88	9	15	45	30	1.77
57516329--57516375	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
57532725--57533217	245	2.0	245	100	0	986	31	12	19	36	1.88
57537585--57537640	28	2.0	28	100	0	112	25	17	14	42	1.87
57538806--57538849	4	11.5	4	85	9	56	45	27	4	22	1.72
57540902--57540936	16	2.2	17	90	10	56	2	0	14	82	0.77
57541349--57541373	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57541395--57541438	18	2.6	17	83	13	56	65	2	0	31	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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