genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22281213--22281280	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
22281224--22281280	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
22281224--22281280	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
22281328--22281359	12	2.7	12	95	0	55	43	12	18	25	1.85
22281361--22281385	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
22281352--22281397	18	2.6	18	82	0	56	67	2	17	13	1.33
22281366--22281428	24	2.6	22	73	24	56	65	0	22	12	1.26
22286949--22287062	23	4.8	23	81	9	124	24	18	18	38	1.93
22286949--22287062	47	2.4	48	84	10	144	24	18	18	38	1.93
22294598--22294716	23	5.0	23	73	9	96	26	21	19	33	1.97
22295699--22295772	6	12.3	6	78	7	71	17	2	4	75	1.07
22295703--22295774	37	1.9	37	86	5	101	16	4	4	75	1.12
22300165--22300383	46	4.7	46	80	8	230	22	20	27	29	1.98
22306133--22306348	46	4.9	44	81	12	262	21	19	28	29	1.98
22306148--22306239	42	2.3	38	83	14	107	22	16	28	32	1.96
22311159--22311324	46	3.6	47	75	15	168	27	29	21	21	1.98
22311159--22311327	93	1.8	91	88	7	261	27	29	21	21	1.99
22318683--22318856	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	20	1.98
22318690--22318860	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
22320669--22320795	49	2.5	51	87	6	179	27	27	15	29	1.96
22327338--22327523	27	6.9	27	78	6	171	26	11	16	44	1.82
22327361--22327512	81	1.9	82	88	1	234	29	10	16	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340568--22340615	21	2.3	21	85	0	60	25	31	10	33	1.89
22344864--22345034	39	4.3	39	84	6	202	25	21	28	25	1.99
22344811--22345034	79	2.8	79	81	7	222	25	20	28	25	1.99
22344891--22345067	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
22350236--22350457	40	5.6	40	82	6	202	25	21	27	25	1.99
22350316--22350492	78	2.2	80	81	4	191	25	22	28	24	1.99
22354160--22354380	46	4.7	46	74	12	164	25	26	19	29	1.98
22354071--22354381	48	6.7	46	73	12	210	26	27	18	28	1.98
22354166--22354380	94	2.3	94	86	4	283	25	26	18	29	1.98
22358928--22358961	17	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
22366214--22366301	44	2.0	44	97	0	167	31	14	15	37	1.89
22373783--22373939	43	3.7	42	76	13	151	23	20	27	28	1.99
22374745--22374776	8	4.0	8	91	0	55	62	21	0	15	1.32
22376254--22376355	29	3.6	28	77	9	107	29	18	31	20	1.97
22383832--22384007	46	3.8	46	72	14	155	28	27	21	22	1.99
22383839--22384011	93	1.9	93	87	2	258	27	28	21	22	1.99
22383840--22384026	46	4.0	46	70	16	129	28	27	20	22	1.99
22386293--22386344	24	2.2	23	86	3	68	53	17	19	9	1.70
22386309--22386344	16	2.3	15	86	9	54	55	19	16	8	1.66
22386567--22386671	29	3.7	28	74	11	97	27	19	30	22	1.98
22386559--22386673	58	2.0	57	83	5	142	29	17	29	23	1.97
22394473--22394629	44	3.7	41	76	13	140	24	19	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22396481--22396527	23	2.0	24	84	12	62	51	17	8	23	1.72
22405636--22405741	43	2.5	43	87	3	160	28	16	27	27	1.97
22405636--22405770	43	3.1	43	80	10	127	28	17	27	26	1.98
22418322--22418404	29	2.9	29	87	1	114	25	16	31	26	1.97
22419526--22419559	18	1.9	18	88	5	52	41	5	17	35	1.74
22423501--22423546	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
22423508--22423552	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
22430343--22430408	33	2.0	33	100	0	132	30	24	24	21	1.99
22432494--22432540	24	1.9	25	82	4	60	34	23	4	38	1.74
22437886--22437914	13	2.1	14	93	6	51	37	3	13	44	1.61
22440635--22440772	6	22.3	6	71	19	97	48	15	15	20	1.81
22440644--22440772	31	4.2	30	80	15	131	48	14	16	20	1.80
22440649--22440748	37	2.7	37	84	6	130	47	16	17	20	1.83
22440704--22440760	19	3.4	19	66	31	56	47	17	15	19	1.83
22440928--22441010	27	3.1	27	79	6	87	39	20	21	18	1.92
22441169--22441233	22	3.0	21	78	13	69	32	23	24	20	1.98
22441660--22441908	27	9.3	27	85	0	320	26	20	19	33	1.96
22441890--22442287	27	14.7	27	79	2	332	32	9	20	38	1.84
22441687--22441937	81	3.1	81	81	6	215	27	18	19	34	1.95
22442028--22442297	108	2.5	108	90	2	425	31	9	20	38	1.84
22442012--22442287	27	10.2	27	85	0	354	31	9	19	38	1.84
22445966--22446268	40	7.6	40	92	0	491	26	28	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22454132--22454314	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
22454133--22454316	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
22454185--22454349	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
22460038--22460215	27	6.6	27	82	3	187	29	27	15	27	1.96
22460059--22460214	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
22492452--22492698	40	6.2	40	79	12	235	23	23	27	25	2.00
22492451--22492675	80	2.8	79	84	4	283	24	23	27	24	2.00
22492452--22492668	119	1.8	120	85	3	312	23	23	28	24	2.00
22492492--22492698	79	2.6	80	85	3	249	24	23	27	25	2.00
22499633--22499737	44	2.4	43	84	4	131	33	25	16	24	1.96
22500856--22500882	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
22503532--22503617	34	2.5	34	83	3	111	25	24	23	26	2.00
22509350--22509439	28	3.2	28	80	10	96	20	23	23	33	1.97
22510527--22510560	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
22517141--22517230	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
22517141--22517230	27	3.2	28	81	7	94	20	24	23	32	1.98
22521922--22521977	22	2.7	22	81	13	57	46	1	1	50	1.22
22521933--22521974	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
22522041--22522086	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
22526749--22526829	39	2.1	39	100	0	162	46	17	4	30	1.69
22535612--22535787	31	5.7	31	95	2	311	27	26	17	28	1.97
22535612--22535787	61	2.9	62	93	2	311	27	26	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22535612--22535787	92	1.9	92	94	2	309	27	26	17	28	1.97
22535811--22535944	42	3.2	42	95	2	243	34	20	13	32	1.91
22536092--22536160	25	2.8	24	89	6	102	24	24	28	21	1.99
22537066--22537275	27	7.7	27	76	6	147	31	7	19	40	1.80
22537296--22537412	27	4.3	27	88	0	153	39	8	25	26	1.84
22537291--22537412	54	2.2	54	83	1	172	39	9	24	26	1.86
22544164--22544473	47	6.7	46	73	10	222	27	20	28	23	1.99
22544170--22544527	94	3.8	93	77	9	275	27	19	28	24	1.99
22544170--22544518	47	7.5	46	72	14	216	28	19	28	24	1.99
22544355--22544526	91	1.9	94	85	8	246	27	17	29	25	1.97
22549400--22549506	41	2.6	42	88	2	155	26	14	28	31	1.94
22552828--22552894	28	2.3	29	84	2	91	31	31	11	25	1.92
22558954--22559136	39	4.6	39	79	11	178	25	28	21	24	1.99
22558956--22559136	79	2.3	78	80	11	183	25	28	21	24	1.99
22566032--22566057	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
22577558--22577685	9	13.6	9	76	9	112	31	0	20	47	1.56
22577558--22577685	57	2.2	57	84	0	166	31	0	20	47	1.56
22577864--22578349	240	2.0	241	95	0	866	34	14	16	34	1.90
22583301--22583477	81	2.2	79	86	4	246	28	20	14	35	1.93
22584279--22584399	40	3.0	40	86	4	163	17	20	21	40	1.91
22588974--22589056	25	3.1	26	68	20	62	53	1	1	44	1.16
22592506--22592592	31	2.9	30	91	3	147	34	9	2	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592695--22592734	20	2.0	21	85	5	55	35	0	2	62	1.09
22599663--22599694	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
22603779--22603813	16	2.2	16	90	10	54	42	17	5	34	1.73
22606882--22607000	50	2.3	52	91	2	188	31	15	14	37	1.88
22608292--22608563	46	5.8	48	71	16	162	26	17	30	25	1.97
22608301--22608505	46	4.4	45	80	12	195	26	17	30	24	1.97
22616629--22616659	9	3.4	9	90	0	53	32	3	22	41	1.70
22616769--22616824	28	2.0	28	100	0	112	39	7	0	53	1.28
22617731--22617796	30	2.2	31	86	7	93	24	33	21	21	1.97
22618502--22618721	46	4.8	44	78	11	192	23	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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