genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15171503--15171545	21	2.2	19	83	8	50	72	4	9	13	1.26
15180172--15180250	37	2.1	37	83	4	97	26	29	17	26	1.98
15190919--15191038	29	4.1	29	85	7	147	26	29	14	30	1.95
15191097--15191130	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
15191115--15191146	9	3.4	10	87	12	50	15	34	21	28	1.94
15191249--15191291	8	5.4	8	85	0	50	6	23	20	48	1.73
15206020--15206266	39	6.3	39	92	0	406	18	23	29	29	1.97
15231418--15231458	21	2.0	21	85	4	57	46	26	2	24	1.65
15232362--15232576	39	5.5	39	90	2	335	45	20	2	30	1.66
15232359--15232414	17	2.8	22	66	25	59	44	17	3	33	1.66
15232362--15232576	77	2.8	78	89	2	335	45	20	2	30	1.66
15232365--15232576	116	1.8	117	90	3	347	45	21	2	31	1.64
15234905--15235063	27	5.9	27	80	11	166	34	21	24	19	1.96
15234923--15235063	54	2.6	54	89	2	212	34	22	24	18	1.96
15236667--15236748	26	3.2	26	92	0	146	36	25	7	30	1.83
15240126--15240286	51	3.2	51	95	0	268	29	23	14	32	1.94
15253378--15253494	43	2.7	43	78	12	116	28	26	20	24	1.99
15256856--15256973	43	2.7	43	80	5	123	28	21	16	33	1.94
15258907--15258942	16	2.3	15	86	9	54	77	8	5	8	1.11
15273308--15273334	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
15281006--15281065	26	2.3	26	91	0	93	28	15	15	41	1.86
15286116--15286158	6	7.2	6	100	0	86	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15297501--15297539	5	8.0	5	83	16	55	82	0	17	0	0.68
15297493--15297539	21	2.2	21	85	7	60	80	0	19	0	0.70
15297508--15297539	11	3.0	11	95	4	57	81	0	18	0	0.70
15300822--15300852	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
15303189--15303245	11	5.2	10	76	17	51	52	1	22	22	1.56
15303189--15303245	5	10.4	5	76	16	51	52	1	22	22	1.56
15304937--15304961	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15305839--15305975	57	2.4	58	85	3	179	29	18	18	33	1.95
15308281--15308315	14	2.5	14	100	0	70	37	28	8	25	1.85
15314129--15314222	21	4.5	21	85	4	109	35	18	29	17	1.93
15314129--15314222	42	2.2	42	88	3	136	35	18	29	17	1.93
15315950--15316038	46	2.0	45	88	4	135	33	13	24	28	1.93
15315952--15316057	44	2.4	45	83	3	124	35	14	21	28	1.92
15320112--15320274	55	3.0	55	85	0	182	27	7	14	50	1.70
15325583--15325645	32	2.0	31	84	9	83	38	1	17	42	1.59
15330449--15330500	17	2.9	17	83	10	68	42	9	19	28	1.82
15333172--15333363	40	4.8	41	88	2	266	27	27	21	23	1.99
15342560--15342776	40	5.4	40	87	2	271	25	26	22	25	2.00
15345675--15345731	20	3.3	17	71	20	55	66	0	0	33	0.92
15345668--15345725	26	2.2	26	90	6	91	58	0	0	41	0.98
15345679--15345736	9	6.3	10	76	15	54	62	0	0	37	0.96
15345675--15345733	26	2.2	27	87	3	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15351497--15351556	24	2.5	24	86	2	75	21	3	16	58	1.53
15352645--15352687	16	2.6	16	85	7	50	41	6	11	39	1.68
15355207--15355284	37	2.1	37	90	0	120	25	32	17	24	1.97
15355403--15355908	49	10.6	49	93	2	797	30	29	7	32	1.86
15356133--15356317	40	4.7	40	78	6	189	25	26	22	25	2.00
15356133--15356317	79	2.3	82	80	7	211	25	26	22	25	2.00
15359888--15360152	40	6.7	40	91	2	417	26	29	21	23	1.99
15359888--15360152	119	2.2	120	91	0	424	26	29	21	23	1.99
15361364--15361441	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
15361560--15362013	47	9.6	47	94	2	750	30	29	7	32	1.85
15362238--15362422	40	4.7	40	79	6	198	25	27	22	24	2.00
15366025--15366113	44	2.0	44	93	0	151	38	20	19	22	1.94
15378660--15378945	96	3.0	95	94	1	473	12	34	18	34	1.88
15380633--15380765	51	2.6	51	78	0	149	41	12	6	39	1.69
15383475--15383506	6	5.3	6	96	0	55	28	34	18	18	1.95
15386777--15386819	15	2.9	14	83	13	50	81	2	11	4	0.93
15389012--15389240	46	5.0	46	86	4	282	20	25	15	38	1.92
15389012--15389240	93	2.5	92	85	3	298	20	25	15	38	1.92
15400590--15400661	36	2.0	36	100	0	144	47	11	19	22	1.80
15402991--15403330	48	7.0	48	91	3	540	31	27	6	34	1.82
15410746--15410875	50	2.6	49	90	3	190	29	29	17	23	1.97
15410746--15410932	101	1.9	99	85	4	259	28	29	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15413894--15414241	75	4.6	75	92	1	565	22	22	24	29	1.99
15413894--15414264	113	3.3	113	89	3	534	22	22	24	30	1.99
15413894--15414241	38	9.2	38	91	3	553	22	22	24	29	1.99
15414257--15414411	43	3.6	43	94	0	274	11	25	32	30	1.91
15417685--15417731	20	2.4	20	80	13	53	27	10	4	57	1.51
15423299--15423523	94	2.4	92	80	8	247	35	22	8	33	1.84
15430244--15430332	31	2.9	31	80	14	96	38	3	7	50	1.48
15433082--15433150	30	2.3	30	92	0	120	26	50	5	17	1.68
15433689--15433747	25	2.3	26	77	8	68	37	3	1	57	1.25
15433736--15433827	24	3.9	23	77	12	80	31	6	5	56	1.48
15433696--15433800	30	3.7	28	71	9	79	33	4	4	57	1.41
15433767--15433828	24	2.7	23	85	5	81	30	4	6	58	1.44
15433891--15433946	23	2.3	24	82	14	71	35	16	3	44	1.65
15445057--15445090	12	2.7	13	81	9	52	79	0	20	0	0.73
15445968--15446026	31	1.9	31	92	0	100	20	18	35	25	1.95
15446042--15446089	14	3.5	14	88	5	71	16	14	6	62	1.51
15446042--15446086	13	3.4	13	84	3	63	13	13	6	66	1.43
15445999--15446264	99	2.7	99	88	3	367	22	16	19	40	1.91
15446238--15446270	14	2.3	15	89	5	50	15	3	9	72	1.21
15446255--15446861	73	8.3	72	85	5	772	30	16	19	33	1.94
15446255--15446861	147	4.1	146	89	3	796	30	16	19	33	1.94
15446260--15446861	220	2.7	221	92	2	955	30	16	19	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15446830--15447316	87	5.3	90	75	12	375	26	17	17	39	1.91
15446783--15447118	180	1.9	177	86	4	478	27	18	18	35	1.94
15447031--15447219	101	1.9	102	89	4	301	27	15	17	39	1.90
15447031--15447243	101	2.1	101	83	7	261	27	15	16	41	1.88
15447157--15447383	87	2.6	86	81	2	249	30	15	19	33	1.94
15448015--15448111	13	6.6	14	67	28	60	22	48	7	21	1.74
15448029--15448106	30	2.6	30	95	2	140	23	50	6	20	1.71
15448620--15448780	25	6.6	25	75	11	84	32	7	5	54	1.52
15448642--15448797	25	6.4	25	77	10	108	31	7	4	56	1.48
15448855--15448891	18	2.1	18	89	0	56	40	18	0	40	1.51
15449648--15449695	21	2.4	21	83	16	66	50	0	0	50	1.00
15452664--15452887	39	5.6	40	84	7	253	25	27	21	25	1.99
15452664--15452874	80	2.7	79	81	10	225	26	27	20	26	1.99
15460172--15460266	25	3.9	24	76	14	79	58	5	6	29	1.44
15460665--15460703	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
15460862--15460989	30	4.3	30	95	0	220	18	6	50	25	1.70
15461764--15462132	102	3.8	98	80	11	317	38	17	16	28	1.91
15461864--15462221	93	3.9	90	81	8	379	37	17	17	27	1.92
15461864--15462221	92	3.9	88	81	8	355	37	17	17	27	1.92
15462128--15462735	73	8.3	73	84	5	746	34	19	16	29	1.94
15462128--15462802	221	3.0	221	88	6	887	33	20	16	29	1.94
15462905--15462949	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15462733--15462993	100	2.6	99	90	3	400	39	21	17	21	1.92
15462966--15463024	31	1.9	31	96	0	109	27	35	16	20	1.94
15476093--15476256	40	4.3	40	87	8	195	25	28	21	25	1.99
15476093--15476309	76	2.8	80	79	14	249	24	27	22	24	2.00
15484002--15484224	40	5.7	39	86	6	265	25	27	21	25	2.00
15484002--15484224	78	2.8	79	82	8	249	25	27	21	25	2.00
15484002--15484222	117	1.9	119	83	7	290	24	27	21	25	1.99
15488884--15488968	35	2.4	35	84	4	98	41	16	15	27	1.88
15489842--15489894	25	2.1	25	82	0	61	24	16	43	15	1.87
15489846--15489901	25	2.2	24	78	9	58	25	14	42	17	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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