genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51142816--51142853	10	3.8	10	92	0	67	89	0	0	10	0.49
51143393--51143652	143	1.8	143	82	5	337	30	12	11	45	1.77
51144207--51144232	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
51144215--51144275	29	2.2	29	83	16	76	37	0	0	62	0.96
51145098--51145167	27	2.6	27	86	0	95	22	28	28	20	1.98
51148521--51148789	146	1.8	147	83	3	362	36	20	21	21	1.96
51152929--51152970	17	2.5	17	80	0	57	57	2	4	35	1.33
51163514--51163538	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
51178696--51179195	64	7.8	64	76	8	424	48	10	16	25	1.77
51178757--51179198	136	3.4	131	76	11	344	48	10	15	25	1.77
51180798--51181070	91	3.0	91	82	1	287	33	26	15	24	1.95
51184133--51184180	24	2.0	25	87	4	71	41	8	10	39	1.69
51185635--51185694	18	3.3	18	77	9	68	40	13	16	30	1.87
51193885--51193976	25	3.8	25	72	18	86	32	22	4	40	1.74
51193869--51193976	50	2.2	50	98	0	207	34	22	3	39	1.72
51205839--51205898	31	1.9	31	89	0	93	8	36	0	55	1.30
51207508--51208093	293	2.0	293	98	0	1145	32	13	20	32	1.92
51209154--51209195	18	2.5	17	81	11	50	73	4	0	21	1.01
51209575--51209629	21	2.7	20	76	20	60	65	3	1	29	1.20
51209568--51209640	33	2.2	32	88	9	103	65	4	1	28	1.19
51209574--51209629	12	5.0	11	76	10	51	64	3	1	30	1.21
51209653--51209719	30	2.3	28	80	10	71	62	1	4	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51209672--51209722	27	2.0	27	88	7	79	64	1	0	33	1.05
51209682--51209725	9	4.9	9	80	0	52	63	2	0	34	1.07
51209665--51209730	29	2.2	30	84	7	82	63	1	1	33	1.13
51214063--51214170	26	4.2	26	89	0	171	35	25	8	31	1.85
51215333--51215370	19	2.0	19	94	0	67	47	13	10	28	1.76
51215362--51215392	14	2.2	14	94	0	53	35	16	12	35	1.87
51215366--51215399	14	2.5	13	86	13	50	29	14	11	44	1.81
51220017--51220075	6	10.2	6	78	7	59	49	11	1	37	1.50
51220021--51220073	8	6.6	8	82	0	61	49	11	1	37	1.50
51224248--51224278	5	6.2	5	92	0	53	64	0	0	35	0.94
51227640--51227795	41	3.8	41	96	1	278	30	23	19	26	1.98
51228125--51228189	17	3.9	16	73	13	51	44	16	0	38	1.48
51235134--51235198	17	3.9	16	73	13	51	44	16	0	38	1.48
51236971--51237027	22	2.6	21	76	17	62	59	1	5	33	1.30
51238664--51239259	262	2.3	262	92	0	969	27	20	18	33	1.96
51238662--51239259	87	6.9	87	69	13	388	27	20	18	33	1.96
51243120--51243164	18	2.5	19	78	10	58	37	6	0	55	1.26
51243180--51243218	13	3.1	13	88	3	62	30	0	0	69	0.89
51243182--51243247	12	5.5	12	73	10	55	34	1	0	63	1.04
51243182--51243245	25	2.6	25	80	9	69	35	1	0	62	1.05
51243180--51243261	43	1.9	43	82	9	105	34	2	0	63	1.08
51243542--51243612	35	2.0	35	97	0	133	14	23	33	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51245032--51245073	22	1.9	22	85	0	57	33	2	2	61	1.21
51255469--51255532	18	3.5	20	76	19	59	62	1	1	34	1.14
51255840--51255873	17	2.0	17	88	0	50	76	0	2	20	0.92
51260336--51260365	13	2.3	13	100	0	60	53	23	6	16	1.66
51274595--51274640	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
51276438--51276483	24	1.9	24	86	8	67	28	0	0	71	0.86
51277772--51277802	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
51283771--51283829	9	6.6	9	80	7	66	45	13	10	30	1.76
51283771--51283829	18	3.3	18	85	0	82	45	13	10	30	1.76
51284099--51284151	18	2.9	18	80	0	61	30	15	16	37	1.90
51289178--51289210	17	2.0	17	88	5	50	3	12	21	63	1.41
51291659--51291902	33	7.3	33	69	10	136	29	24	15	30	1.96
51291675--51291910	101	2.3	101	86	3	348	29	25	15	29	1.96
51293053--51293087	15	2.4	15	85	4	54	60	0	2	37	1.12
51296708--51296747	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
51304654--51304731	29	2.7	29	85	0	111	32	25	19	23	1.98
51309488--51309563	26	2.9	26	84	7	109	32	14	9	43	1.77
51309707--51309731	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
51313051--51313117	31	2.1	33	86	5	93	55	7	14	22	1.65
51313690--51313729	12	3.5	11	86	10	53	32	2	0	65	1.06
51332686--51332746	22	2.8	21	83	11	61	57	1	3	37	1.25
51333872--51333902	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51337658--51337692	17	2.0	18	88	5	54	11	5	14	68	1.37
51341306--51341332	12	2.2	12	100	0	54	37	25	0	37	1.57
51345530--51345588	23	2.6	21	77	15	64	27	22	15	35	1.94
51352213--51352446	25	9.2	24	71	7	94	22	26	19	31	1.98
51352237--51352332	50	1.9	50	82	4	122	16	28	20	34	1.95
51352371--51352446	27	2.8	27	95	0	134	26	30	18	25	1.98
51352343--51352446	52	2.0	54	80	3	122	26	26	18	27	1.98
51354501--51354546	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
51354508--51354552	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
51362754--51362942	49	3.8	49	72	13	145	21	28	18	31	1.97
51362753--51362938	25	7.4	26	68	14	115	20	28	18	31	1.97
51362896--51362964	25	2.8	25	82	2	68	20	28	21	28	1.98
51362905--51362987	25	3.4	24	81	1	76	22	27	20	28	1.99
51362773--51362963	101	1.9	101	82	6	244	20	28	18	31	1.96
51362930--51362999	25	2.8	25	84	0	77	21	25	20	32	1.97
51364243--51364296	20	2.7	19	83	11	63	25	29	0	44	1.54
51364250--51364299	20	2.5	20	90	0	73	26	26	0	48	1.52
51366063--51366101	17	2.2	18	86	13	55	69	2	0	28	1.02
51370826--51370850	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
51377624--51377685	31	2.0	31	100	0	124	22	9	25	41	1.84
51378821--51378861	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
51380954--51382105	383	3.0	383	98	0	2216	37	6	20	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51382517--51382594	33	2.4	33	79	12	88	28	17	28	25	1.98
51388764--51388830	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
51388881--51388998	23	5.1	23	86	4	166	31	18	18	31	1.95
51389213--51389276	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
51395989--51396044	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
51395978--51396044	20	3.3	20	93	0	116	35	10	20	32	1.87
51396095--51396189	23	4.1	23	90	5	156	28	18	22	30	1.97
51396404--51396467	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
51399031--51399079	21	2.1	24	85	14	68	48	14	4	32	1.62
51403658--51403731	37	2.0	37	100	0	148	43	16	21	18	1.88
51405965--51406043	38	2.1	37	90	6	124	22	24	18	34	1.97
51408995--51409102	52	2.1	52	91	1	182	24	13	14	47	1.81
51410309--51410346	20	1.9	20	84	10	51	26	5	7	60	1.46
51410831--51410903	36	2.0	36	86	5	103	30	1	34	34	1.67
51427237--51427342	54	1.9	55	81	5	126	37	18	14	29	1.90
51427333--51427357	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
51427291--51427487	87	2.3	86	83	4	227	34	23	17	24	1.96
51427430--51427667	73	3.4	70	82	5	291	33	25	15	24	1.95
51427430--51427738	73	4.3	69	81	6	278	33	23	15	26	1.95
51440255--51440854	119	5.0	119	89	3	918	33	17	20	29	1.95
51440260--51440854	241	2.5	238	90	2	935	33	17	20	29	1.95
51440778--51441047	83	3.2	83	86	1	369	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51440802--51441034	84	2.8	83	90	0	349	33	20	20	25	1.97
51442729--51442780	24	2.2	24	82	0	59	28	3	1	65	1.21
51442818--51442855	20	1.9	19	85	15	51	34	0	2	63	1.09
51445704--51445746	21	2.0	22	86	4	61	46	0	4	48	1.22
51445723--51445755	17	1.9	17	88	11	50	42	3	0	54	1.15
51448503--51448539	18	2.1	18	89	0	56	35	2	0	62	1.10
51453507--51453559	21	2.5	21	90	0	79	28	37	9	24	1.86
51458690--51458736	24	1.9	25	86	4	69	34	17	2	46	1.59
51462425--51462643	46	4.7	46	78	13	200	28	16	30	24	1.96
51466801--51466862	21	3.0	21	83	9	65	33	4	3	58	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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