genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60351430--60351457	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
60364560--60364599	11	3.4	12	86	13	57	47	2	0	50	1.14
60367284--60367340	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
60371875--60371912	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
60379034--60379206	46	3.7	46	73	10	154	30	26	19	23	1.98
60380186--60380281	42	2.3	42	81	3	113	16	20	19	42	1.89
60380213--60380298	42	2.0	43	84	2	111	13	24	20	40	1.89
60390921--60390951	16	1.9	16	100	0	62	32	12	19	35	1.90
60394215--60394247	15	2.2	15	89	10	50	81	6	12	0	0.85
60394291--60394321	15	2.1	15	93	0	53	77	3	0	19	0.90
60395090--60395170	35	2.3	35	85	4	110	40	32	12	14	1.83
60396233--60396266	18	1.9	17	88	5	50	41	8	0	50	1.34
60402997--60403042	24	1.9	24	90	0	74	67	0	2	30	1.03
60403041--60403075	18	1.9	18	88	0	52	62	0	2	34	1.10
60402995--60403080	25	3.4	26	75	13	74	63	0	2	33	1.07
60403618--60403674	30	1.9	30	89	7	89	52	14	14	19	1.74
60403763--60405417	2	809.0	2	74	12	1325	44	6	4	43	1.50
60403763--60405385	157	10.0	158	76	15	1088	44	6	4	43	1.50
60418441--60418502	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
60421055--60421087	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
60423716--60423758	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
60445101--60445128	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60445300--60445335	19	1.9	19	88	5	56	36	2	0	61	1.11
60445412--60445450	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
60447318--60447346	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
60447468--60447507	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
60448098--60448122	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
60448929--60448972	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
60449109--60449154	21	2.0	24	88	12	71	21	13	4	60	1.49
60457515--60457585	5	13.2	6	77	16	59	49	16	2	30	1.61
60457511--60457556	20	2.2	21	92	7	85	47	19	0	32	1.50
60457511--60457557	11	4.5	11	87	12	73	46	19	0	34	1.50
60457538--60457593	27	2.1	27	96	0	103	53	12	7	26	1.64
60457582--60457609	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
60461740--60461835	20	4.9	20	70	16	69	63	0	2	34	1.06
60461741--60461832	9	10.6	9	70	18	61	63	0	2	34	1.07
60461743--60461835	11	8.5	11	75	14	61	63	0	2	34	1.07
60461717--60461855	21	6.8	21	70	19	64	61	0	4	33	1.21
60461739--60461836	23	4.3	22	75	13	74	64	0	2	33	1.05
60463690--60463768	27	2.9	27	73	0	86	35	25	10	29	1.88
60463690--60463783	18	5.4	18	89	3	122	36	24	9	29	1.87
60472693--60472721	14	2.1	14	93	6	51	6	0	3	89	0.57
60472182--60472847	337	2.0	325	92	7	1110	29	17	19	33	1.95
60473435--60473479	20	2.2	20	92	7	74	37	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60473465--60473494	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
60473434--60473485	20	2.7	20	78	21	58	38	1	0	59	1.08
60473635--60473673	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
60474712--60474755	12	3.8	12	84	6	63	70	0	9	20	1.14
60475911--60475935	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
60479432--60479686	2	123.5	2	75	11	221	43	4	6	44	1.51
60484579--60484666	44	2.0	44	97	0	167	27	14	25	32	1.95
60490387--60490456	36	2.0	34	88	5	104	41	10	12	35	1.77
60492159--60492200	19	2.3	18	84	12	50	40	0	2	57	1.12
60494136--60494165	11	2.6	12	94	5	53	30	0	0	70	0.88
60499837--60499902	33	2.0	32	85	2	87	45	19	9	25	1.80
60506110--60506237	35	3.5	36	78	10	143	33	21	10	33	1.89
60507856--60507944	27	3.3	27	87	6	126	23	24	13	38	1.91
60508010--60508180	31	5.5	31	82	6	206	26	28	16	28	1.97
60508036--60508180	59	2.4	60	89	3	220	26	27	17	27	1.98
60508185--60508281	33	3.0	32	83	7	124	27	22	12	37	1.90
60508185--60508276	32	2.8	32	86	4	132	28	22	11	36	1.90
60508271--60508454	91	2.0	91	98	0	359	25	19	13	41	1.88
60514378--60514405	14	2.0	14	100	0	56	21	7	28	42	1.79
60515416--60515614	99	2.0	99	98	0	380	29	18	17	35	1.94
60525204--60525228	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
60525201--60525269	29	2.3	31	80	9	81	60	5	0	33	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60531277--60531301	10	2.5	10	100	0	50	48	0	16	36	1.46
60532796--60532971	47	3.7	48	86	3	232	34	25	14	26	1.94
60532796--60532971	95	1.9	94	85	1	244	34	25	14	26	1.94
60540434--60540512	37	2.3	33	80	17	83	16	22	7	53	1.68
60540445--60540519	37	2.0	37	97	0	141	17	21	6	54	1.65
60540688--60540727	18	2.2	18	86	0	53	25	5	2	67	1.23
60541245--60541303	26	2.3	25	80	11	66	32	6	3	57	1.41
60542310--60542365	27	2.1	27	96	0	103	19	8	7	64	1.45
60543169--60543321	11	13.9	11	68	15	75	34	3	3	58	1.33
60543169--60543319	24	6.8	23	73	20	119	34	3	3	58	1.33
60543309--60543390	22	3.6	23	71	19	73	30	4	4	59	1.39
60543272--60543352	36	2.2	38	82	10	96	34	3	3	58	1.34
60546488--60546549	21	2.9	22	78	9	74	58	1	4	35	1.29
60557453--60557491	15	2.5	16	83	8	53	38	0	0	61	0.96
60560422--60560474	28	1.9	28	88	3	81	45	0	11	43	1.40
60560418--60560480	27	2.3	26	73	10	63	41	0	9	49	1.35
60563326--60563409	38	2.2	38	84	0	105	35	23	17	22	1.95
60568695--60568731	5	7.4	5	100	0	74	0	0	21	78	0.75
60570951--60570976	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
60573417--60573460	7	6.4	7	89	5	63	38	9	2	50	1.47
60573417--60573460	20	2.1	21	87	4	63	38	9	2	50	1.47
60575016--60575187	87	2.0	87	96	0	317	41	13	12	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60577024--60577057	7	4.9	7	100	0	68	14	0	0	85	0.60
60577813--60577864	7	7.3	7	73	4	50	42	34	0	23	1.54
60577814--60577864	14	3.6	14	86	2	66	43	33	0	23	1.54
60577932--60577970	15	2.7	14	92	7	69	46	33	0	20	1.51
60578226--60578384	45	3.5	41	68	25	106	28	16	23	30	1.96
60578177--60578367	96	2.0	96	98	0	373	30	18	23	27	1.98
60578509--60578617	40	2.8	40	91	1	130	27	22	18	32	1.97
60578524--60578617	40	2.3	40	98	0	179	27	23	18	30	1.97
60578667--60578772	40	2.7	41	78	11	121	32	20	17	29	1.96
60578674--60578796	39	3.1	39	81	5	115	29	19	16	34	1.93
60584907--60584932	8	3.2	8	100	0	52	11	15	11	61	1.57
60587482--60587543	33	1.9	32	86	3	88	54	4	0	40	1.22
60588892--60588916	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
60591457--60591516	29	2.1	29	100	0	120	41	20	10	28	1.84
60604547--60604610	31	2.1	31	100	0	128	17	3	29	50	1.61
60608015--60608232	46	4.8	45	79	6	190	26	20	31	22	1.98
60608015--60608226	92	2.3	90	82	4	237	26	20	31	22	1.98
60613345--60613382	18	2.1	18	100	0	76	31	15	23	28	1.96
60613709--60613755	23	2.0	23	100	0	94	61	0	21	17	1.34
60626866--60627043	89	2.0	89	98	0	347	29	9	19	41	1.83
60630496--60630543	24	2.0	24	95	0	87	39	4	18	37	1.70
60632889--60632923	18	2.0	18	94	5	63	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60633928--60633962	18	1.9	18	88	0	52	17	2	8	71	1.23
60634345--60634418	27	2.7	26	81	8	76	54	1	2	41	1.23
60635026--60635152	63	2.0	64	98	1	247	55	3	4	36	1.36
60638505--60638546	14	3.2	14	77	16	54	69	0	30	0	0.89
60641089--60641139	22	2.3	23	89	3	77	17	25	3	52	1.61
60645151--60645181	6	5.2	6	96	0	53	32	0	0	67	0.91
60645338--60645395	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
60646716--60646775	10	6.0	10	86	7	77	68	1	6	23	1.22
60647423--60647604	96	1.9	97	84	5	244	30	26	15	26	1.96
60648749--60648826	15	5.4	15	70	22	60	71	1	2	24	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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