genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27439577--27439652	2	42.0	2	72	23	53	39	2	0	57	1.12
27439657--27439699	19	2.3	19	92	4	70	27	4	2	65	1.25
27442959--27443210	40	6.5	40	89	6	351	23	23	28	25	1.99
27442959--27443210	79	3.2	79	89	6	349	23	23	28	25	1.99
27442958--27443210	119	2.2	115	87	7	359	23	23	28	24	2.00
27448365--27448548	40	4.7	40	83	8	225	25	28	22	23	1.99
27448365--27448548	79	2.3	81	81	9	218	25	28	22	23	1.99
27454415--27454672	40	6.5	39	90	3	349	22	24	28	24	1.99
27456309--27456343	15	2.2	16	95	5	63	45	25	8	20	1.79
27458623--27458665	15	2.9	15	80	16	54	25	25	9	39	1.85
27466659--27467157	205	2.4	205	86	0	692	31	18	21	28	1.97
27468805--27469060	30	8.3	31	67	20	105	34	3	1	60	1.23
27468806--27469041	19	12.5	19	72	17	124	34	3	1	61	1.21
27468817--27469009	16	12.1	16	72	18	102	35	3	1	60	1.20
27468805--27469053	102	2.5	102	77	12	237	34	3	1	61	1.21
27472535--27473085	47	11.6	47	92	2	886	31	8	30	29	1.87
27472535--27473085	96	5.8	96	92	3	907	31	8	30	29	1.87
27472535--27473085	143	3.9	142	92	1	881	31	8	30	29	1.87
27475513--27475672	82	2.0	80	80	13	184	35	23	21	19	1.96
27475554--27475672	41	2.9	41	93	1	195	31	25	22	20	1.98
27476867--27477056	80	2.3	81	83	6	242	36	14	21	27	1.93
27481543--27481873	183	1.8	183	97	0	635	28	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482086--27482572	241	2.0	241	93	1	834	35	16	13	34	1.88
27482758--27482840	9	9.0	9	79	8	87	46	20	0	32	1.51
27482769--27482828	21	3.0	21	83	7	72	46	23	0	30	1.52
27483683--27483922	81	3.0	81	85	2	286	38	18	8	34	1.82
27483683--27483922	27	8.9	27	80	5	243	38	18	8	34	1.82
27483962--27484537	27	21.0	27	82	7	617	35	17	20	26	1.95
27484111--27484183	37	2.0	37	91	0	119	39	17	23	19	1.92
27484057--27484237	91	2.0	91	92	0	299	37	17	21	24	1.94
27484887--27484945	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
27485107--27485167	25	2.3	27	83	5	81	16	22	22	37	1.93
27485313--27485377	25	2.6	25	90	0	94	16	18	16	47	1.83
27485310--27485391	6	13.3	6	71	19	62	18	17	15	48	1.81
27486043--27486114	9	7.7	9	78	9	81	45	23	1	29	1.61
27486046--27486098	27	2.0	27	96	0	97	45	22	1	30	1.63
27486168--27486207	17	2.4	16	88	12	55	42	17	0	40	1.49
27491654--27491701	21	2.3	21	96	0	87	20	20	58	0	1.40
27492452--27492496	20	2.2	20	80	7	56	33	2	0	64	1.06
27492452--27492495	21	2.2	20	84	12	54	31	2	0	65	1.05
27497993--27498205	49	4.5	47	77	10	177	25	29	18	26	1.98
27497993--27498234	47	5.1	46	74	12	163	24	30	19	25	1.98
27497993--27498299	94	3.3	91	77	9	280	24	29	19	26	1.98
27498567--27498604	18	2.1	18	90	0	58	21	15	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499440--27499471	15	2.1	15	100	0	64	56	0	6	37	1.25
27505305--27505483	47	3.8	47	70	12	125	22	32	18	25	1.97
27505165--27505478	94	3.4	93	78	5	312	24	30	19	26	1.98
27511818--27511895	39	1.9	39	82	10	95	35	25	15	23	1.94
27511871--27511934	30	2.2	29	91	2	101	35	23	17	23	1.95
27515402--27515617	45	4.9	45	91	2	314	22	23	29	25	1.99
27519227--27519285	31	1.9	31	100	0	118	42	27	6	23	1.79
27522635--27522664	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27522914--27522970	26	2.2	26	87	3	80	43	17	1	36	1.60
27524188--27524359	93	1.8	93	87	0	254	29	28	20	22	1.98
27524180--27524355	46	3.8	45	75	10	158	30	27	19	22	1.98
27526742--27526830	30	3.0	30	79	8	92	58	15	15	10	1.63
27526742--27526817	15	5.1	15	81	7	84	57	14	17	10	1.64
27529796--27529972	46	3.9	44	76	11	176	29	28	20	22	1.98
27529804--27529975	93	1.8	93	88	2	265	28	29	20	21	1.98
27542566--27542658	39	2.4	39	85	0	123	23	22	27	25	2.00
27558471--27558677	43	4.9	43	86	5	298	29	25	15	28	1.96
27558471--27558668	85	2.3	85	99	0	387	29	25	16	29	1.96
27563875--27564131	43	6.0	43	86	4	333	33	26	13	26	1.94
27579174--27579239	33	2.0	33	93	0	114	36	15	9	39	1.79
27582524--27582673	43	3.5	43	89	5	196	36	26	13	24	1.92
27583289--27583326	20	2.0	20	84	5	51	47	21	7	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587046--27587270	108	2.1	109	83	2	283	22	24	28	24	1.99
27587094--27587299	108	1.9	108	79	4	227	23	23	26	26	2.00
27595638--27595843	40	5.2	40	84	1	263	26	28	22	23	1.99
27598160--27598337	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27598161--27598316	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27598157--27598337	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27615678--27615909	40	5.8	40	84	3	261	26	28	21	24	1.99
27615678--27615909	80	2.9	80	87	1	322	26	28	21	24	1.99
27615658--27615908	120	2.1	120	90	2	398	27	27	21	23	1.99
27623736--27623885	40	3.7	40	81	7	194	26	28	22	22	1.99
27623720--27623889	40	4.2	40	79	5	189	28	28	21	22	1.99
27623735--27623888	82	1.9	82	97	0	290	27	27	22	22	1.99
27624074--27624164	43	2.1	44	97	2	175	37	16	14	31	1.89
27645851--27646010	43	3.8	42	76	4	133	33	23	14	28	1.94
27649574--27649744	93	1.8	93	96	0	315	28	29	20	21	1.98
27649569--27649741	46	3.7	46	80	13	219	29	28	20	21	1.98
27652140--27652195	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
27660524--27660593	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
27662919--27662957	21	1.9	20	89	5	60	30	7	35	25	1.84
27670052--27670299	50	4.9	50	82	1	307	26	17	26	29	1.97
27670052--27670299	101	2.5	100	81	2	300	26	17	26	29	1.97
27685351--27685500	43	3.5	43	80	5	151	32	24	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27693047--27693089	16	2.7	16	81	0	59	53	16	18	11	1.72
27693299--27693410	28	4.0	28	77	9	111	32	10	29	27	1.90
27696179--27696253	37	2.0	37	87	5	107	40	25	13	21	1.89
27698258--27698289	15	2.1	15	94	0	55	53	3	37	6	1.42
27701130--27701169	20	2.0	21	85	14	57	17	12	2	67	1.33
27705202--27705322	59	2.2	56	80	15	128	40	2	2	54	1.27
27706794--27706875	41	2.0	42	88	7	123	36	9	0	53	1.34
27714124--27714166	22	2.0	22	85	0	59	30	23	30	16	1.96
27719738--27719853	43	2.7	43	78	1	126	24	17	27	31	1.97
27724683--27724748	33	2.0	33	81	0	78	40	25	9	24	1.84
27734125--27734307	39	4.7	40	82	8	207	23	21	28	26	1.99
27734178--27734340	78	2.1	78	82	6	197	25	20	28	26	1.99
27742128--27742312	40	4.7	40	82	6	184	24	22	27	25	2.00
27742181--27742345	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
27751415--27751619	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
27751415--27751618	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
27751469--27751618	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
27759543--27759747	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
27759543--27759746	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
27759597--27759746	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
27767143--27767215	30	2.4	31	81	6	87	41	4	4	50	1.40
27768602--27768667	34	1.9	34	100	0	132	45	15	6	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27768704--27768739	17	2.2	16	90	5	54	47	0	2	50	1.15
27769181--27769231	16	3.1	16	86	5	66	68	0	11	19	1.20
27774162--27774280	58	2.1	58	91	0	193	28	10	26	35	1.89
27778943--27778976	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
27782681--27782709	14	2.1	14	100	0	58	44	20	20	13	1.85
27788669--27788786	43	2.8	42	76	11	116	26	18	24	30	1.98
27795292--27795338	21	2.2	21	88	0	67	19	21	23	36	1.95
27801603--27801756	42	3.6	42	74	1	146	29	14	24	31	1.94
27802920--27802973	20	2.7	20	88	0	81	22	37	27	12	1.91
27818927--27819076	42	3.5	42	77	2	158	28	16	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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