genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77025395--77026377	328	3.0	326	87	5	1305	29	19	22	28	1.98
77026182--77026377	45	4.4	45	65	8	121	27	19	23	29	1.98
77026149--77026726	130	4.4	129	91	2	708	27	20	24	27	1.99
77026406--77026717	44	7.2	43	67	7	155	27	20	26	25	1.99
77026279--77026749	130	3.6	130	93	0	753	27	20	24	26	1.99
77026865--77027222	50	7.2	50	65	6	183	30	23	22	24	1.99
77026828--77027228	99	4.0	99	85	4	502	30	23	22	24	1.99
77027691--77027759	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
77029114--77029164	15	3.5	15	84	10	70	35	11	0	52	1.38
77036314--77036356	21	2.0	21	100	0	86	34	0	23	41	1.55
77039306--77039482	47	3.8	47	79	12	202	29	27	20	22	1.98
77039314--77039484	94	1.8	93	89	1	270	28	27	21	22	1.99
77039904--77039963	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
77040476--77040652	47	3.8	47	79	12	202	29	27	20	22	1.98
77040484--77040654	94	1.8	93	89	1	270	28	27	21	22	1.99
77041074--77041133	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
77062239--77062264	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
77062984--77063025	22	1.9	22	85	0	57	71	7	2	19	1.20
77064292--77064332	14	2.8	15	78	14	50	56	0	0	43	0.99
77064630--77064845	107	2.0	107	100	0	432	32	11	12	43	1.78
77065668--77065695	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
77067053--77067085	13	2.6	13	95	4	59	66	3	6	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77066881--77067259	189	2.0	189	100	0	758	45	11	12	30	1.77
77072125--77072160	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
77072666--77072712	13	3.6	14	81	13	57	55	0	8	36	1.31
77073616--77073673	27	2.1	28	84	9	75	18	25	34	20	1.96
77076023--77076106	42	2.0	42	100	0	168	42	14	0	42	1.45
77085792--77085856	29	2.2	29	80	2	76	41	12	7	38	1.71
77101261--77101437	92	1.9	92	91	0	291	23	18	22	36	1.95
77125178--77125209	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
77126046--77126156	53	2.1	53	82	0	132	36	7	8	47	1.61
77126697--77126748	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
77128663--77128714	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
77130107--77130131	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77132468--77132520	23	2.3	23	78	12	56	50	5	7	35	1.54
77133892--77133937	22	2.1	21	84	4	56	41	0	2	56	1.11
77139129--77139180	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
77140667--77140721	25	2.2	26	96	3	103	36	25	7	30	1.83
77145413--77145479	22	3.0	21	83	12	82	40	17	23	17	1.91
77146611--77146704	7	13.3	7	76	12	59	51	1	1	46	1.15
77146613--77146659	5	10.0	5	80	13	55	55	0	0	44	0.99
77146612--77146667	10	6.0	9	80	14	60	53	0	0	46	1.00
77146978--77147002	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
77148776--77148808	17	2.0	17	88	5	50	27	15	6	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77150270--77150305	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
77150257--77150297	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
77150402--77150528	23	5.5	23	94	0	227	48	38	3	9	1.54
77150787--77150827	10	4.3	10	81	12	50	31	24	0	43	1.54
77151024--77151076	15	3.5	15	81	0	70	49	11	1	37	1.50
77151766--77151792	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
77151811--77151856	15	2.9	15	78	15	56	6	28	8	56	1.54
77157036--77157309	46	6.0	46	91	0	406	39	14	23	21	1.91
77160245--77160329	28	3.0	28	69	19	86	25	15	31	27	1.95
77168381--77168410	14	2.1	14	93	0	51	13	3	20	63	1.43
77172690--77172770	40	2.0	40	100	0	162	58	17	12	12	1.64
77172704--77172768	21	3.2	21	66	16	64	56	18	12	12	1.66
77178944--77178999	27	2.1	27	96	0	103	14	8	16	60	1.57
77179311--77179466	80	2.0	80	94	0	276	35	9	7	46	1.65
77179934--77179997	16	4.0	16	71	15	51	32	1	7	57	1.37
77186912--77186980	30	2.3	31	87	2	104	40	4	10	44	1.58
77187426--77187466	21	1.9	22	90	5	66	36	0	2	60	1.10
77187435--77187484	24	2.0	25	82	17	61	38	0	2	60	1.09
77188217--77188257	22	1.9	21	85	14	57	26	0	4	68	1.10
77188422--77188571	9	15.6	9	68	13	52	60	1	5	32	1.27
77188418--77188487	18	3.5	20	75	11	65	64	1	7	27	1.28
77188416--77188562	20	7.4	20	70	12	90	59	1	5	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77194420--77194461	20	2.0	22	82	17	54	45	4	9	40	1.58
77194584--77194636	22	2.4	22	90	6	81	33	7	15	43	1.74
77198116--77198147	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
77202894--77202962	29	2.3	30	82	10	86	34	0	10	55	1.34
77211543--77211576	17	2.0	17	100	0	68	29	11	11	47	1.76
77211962--77212037	31	2.5	31	85	8	93	50	5	3	40	1.44
77218307--77218628	129	2.5	130	87	4	472	36	9	17	37	1.82
77218561--77218724	85	1.9	85	82	4	206	38	9	18	32	1.84
77218432--77218853	214	2.0	214	86	3	591	36	9	17	37	1.82
77218644--77219023	129	2.9	129	82	4	480	35	7	17	38	1.79
77223120--77223144	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
77224140--77224179	20	2.0	20	100	0	80	20	10	0	70	1.16
77252221--77252259	18	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
77262931--77262964	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
77263106--77263147	22	1.9	22	85	0	57	64	2	0	33	1.07
77265676--77265731	16	3.4	16	81	13	53	62	0	0	37	0.95
77265880--77266208	186	1.8	178	82	7	419	34	17	16	31	1.93
77270641--77270697	29	2.0	29	89	0	87	47	0	0	52	1.00
77272128--77272169	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
77272178--77272208	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
77276844--77276885	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
77276894--77276924	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77281314--77281359	12	3.7	13	75	18	53	56	2	0	41	1.11
77281299--77281365	33	2.1	33	82	2	82	55	1	0	43	1.09
77282377--77282420	22	2.0	22	86	8	63	56	4	9	29	1.50
77293393--77293452	30	2.0	30	96	0	111	36	5	16	41	1.70
77300165--77300204	18	2.3	18	87	8	57	57	2	0	40	1.12
77303349--77303462	51	2.2	51	95	0	201	33	14	23	28	1.94
77307606--77307821	110	2.0	111	87	4	312	31	14	9	44	1.77
77315683--77315725	18	2.4	18	92	3	70	27	0	0	72	0.85
77328020--77328055	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
77329993--77330021	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
77337622--77337655	5	6.8	5	100	0	68	17	0	0	82	0.67
77344579--77344644	29	2.3	29	94	0	114	30	12	13	43	1.80
77348963--77349044	34	2.4	35	81	4	87	60	2	2	34	1.23
77354793--77354856	27	2.4	27	97	0	119	17	21	45	15	1.85
77360348--77360402	27	2.0	27	82	10	67	70	3	3	21	1.18
77361031--77361063	16	2.1	16	100	0	66	45	24	6	24	1.75
77367709--77367734	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
77372037--77372072	6	5.7	6	87	12	54	30	0	0	69	0.89
77372037--77372072	14	2.8	13	91	8	56	30	0	0	69	0.89
77372037--77372085	26	1.9	25	87	4	71	26	0	2	71	0.97
77372987--77373031	23	2.0	23	82	8	56	22	22	8	46	1.79
77401966--77402047	23	3.6	23	73	6	78	23	8	1	67	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77401958--77402047	45	2.0	46	89	6	139	26	8	2	62	1.37
77407039--77407130	40	2.3	40	100	0	184	44	9	13	32	1.76
77415626--77415662	18	2.1	18	89	0	56	48	21	13	16	1.80
77422922--77423003	30	2.7	30	77	11	85	40	9	4	45	1.59
77425406--77425749	172	2.0	172	99	0	679	27	8	23	41	1.82
77437875--77437910	18	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
77441274--77441317	15	2.9	15	86	10	54	65	2	2	29	1.16
77441274--77441328	14	3.7	15	83	11	60	67	1	1	29	1.11
77441735--77441804	27	2.5	29	71	15	67	35	0	1	62	1.04
77444280--77444400	63	1.9	63	85	6	165	23	14	25	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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