genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36545923--36546050	42	3.1	42	89	4	197	32	23	19	25	1.98
36545920--36546052	40	3.3	40	89	6	198	31	23	20	24	1.98
36549725--36549808	39	2.2	39	88	0	123	27	11	25	35	1.91
36551533--36551579	9	5.2	9	76	7	51	44	0	0	55	0.99
36551800--36551825	7	3.7	7	100	0	52	0	0	42	57	0.98
36551790--36551828	13	2.9	13	85	14	53	2	0	43	53	1.14
36555059--36555112	24	2.2	24	90	3	81	38	12	22	25	1.90
36556682--36556708	13	2.1	13	100	0	54	37	25	7	29	1.83
36559126--36559430	95	3.3	95	82	2	377	27	26	15	30	1.96
36562903--36563028	28	4.5	28	92	2	191	26	12	27	32	1.93
36562903--36563028	55	2.2	57	90	2	193	26	12	27	32	1.93
36562931--36563042	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
36569476--36569542	28	2.4	28	82	5	82	31	7	10	50	1.64
36569725--36569810	43	2.0	44	83	2	111	23	19	24	32	1.98
36579083--36579248	38	4.3	39	76	6	158	19	20	27	33	1.96
36580999--36581099	29	3.5	28	71	9	87	23	19	26	29	1.98
36580996--36581106	57	1.9	58	89	5	172	23	18	28	28	1.98
36585385--36585495	40	2.8	39	75	8	100	21	21	23	33	1.97
36590789--36591010	109	2.0	110	84	2	270	24	17	19	38	1.93
36598600--36598725	48	2.6	48	91	0	207	24	15	30	30	1.95
36598745--36598942	42	4.6	42	76	8	164	29	17	25	27	1.98
36598808--36598902	48	2.0	48	83	4	120	31	22	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36603843--36603908	32	2.1	32	94	0	114	21	10	25	42	1.85
36614524--36614563	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
36614529--36614571	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
36640567--36640783	40	5.5	40	88	3	271	25	27	23	23	2.00
36641962--36643045	541	2.0	542	97	0	2055	28	24	12	34	1.91
36654025--36654148	46	2.7	46	93	0	203	21	18	28	31	1.97
36661892--36661938	16	2.9	16	87	0	67	29	31	2	36	1.70
36662444--36662506	25	2.5	25	80	10	67	55	14	19	11	1.68
36664903--36665076	49	3.5	49	82	3	233	30	27	16	25	1.97
36664895--36665081	100	1.9	99	94	1	329	29	26	18	25	1.98
36669527--36669659	47	2.8	47	90	0	203	24	18	27	30	1.98
36685294--36685341	20	2.3	21	80	13	55	77	8	6	8	1.14
36686069--36686415	47	7.4	47	91	1	507	28	30	7	33	1.85
36690355--36690459	39	2.7	39	89	2	158	24	30	23	20	1.99
36691406--36691622	40	5.5	40	86	3	271	23	23	28	25	2.00
36691406--36691622	80	2.7	79	88	5	305	23	23	28	25	2.00
36692975--36693265	40	7.3	40	94	0	492	25	30	22	21	1.99
36695119--36695472	47	7.6	47	92	1	541	27	30	8	33	1.86
36695119--36695472	186	1.9	188	90	1	568	27	30	8	33	1.86
36699524--36699571	20	2.3	21	92	3	80	45	0	4	50	1.21
36700498--36700532	16	2.2	16	90	10	54	40	0	5	54	1.24
36700896--36701032	41	3.5	41	69	12	108	23	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36704112--36704329	40	5.5	40	87	4	284	24	28	23	22	1.99
36709583--36709630	20	2.3	21	92	3	80	45	0	4	50	1.21
36710558--36710592	16	2.2	16	90	10	54	40	0	5	54	1.24
36710956--36711092	41	3.5	41	69	12	108	23	19	27	29	1.98
36716505--36716549	9	4.8	9	83	2	54	22	42	4	31	1.73
36728130--36728255	44	2.9	44	90	0	207	42	11	17	27	1.84
36735385--36735561	49	3.6	49	76	6	171	27	19	28	24	1.99
36735342--36735560	93	2.3	94	81	6	237	26	19	28	25	1.99
36735383--36735563	98	1.9	97	84	3	247	27	19	28	24	1.99
36739496--36739550	12	4.2	12	77	22	58	41	1	3	52	1.29
36739489--36739541	27	2.0	27	100	0	106	41	1	3	52	1.30
36739660--36739693	16	2.1	16	89	10	52	44	2	2	50	1.32
36747870--36747923	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
36750353--36750460	19	5.9	19	90	6	163	36	13	12	37	1.82
36750356--36750468	17	6.3	19	87	8	114	37	12	13	37	1.82
36750811--36751084	45	6.1	45	78	8	288	24	27	16	31	1.96
36750811--36751084	89	3.0	89	83	6	311	24	27	16	31	1.96
36751024--36751239	78	2.8	78	90	2	344	25	23	18	32	1.97
36751199--36751282	44	1.9	43	85	2	114	23	20	17	38	1.93
36751181--36751596	221	1.9	220	86	2	602	28	22	17	31	1.97
36751466--36751851	87	4.4	87	91	1	621	32	26	14	26	1.95
36751817--36752115	44	6.8	44	76	8	277	27	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36751889--36752130	131	1.9	129	89	3	378	27	26	14	31	1.95
36752392--36752425	16	2.1	16	94	0	59	32	23	2	41	1.69
36752894--36752955	7	9.0	7	83	11	67	0	14	1	83	0.71
36758632--36758707	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
36758668--36758775	19	5.9	19	88	6	154	36	15	11	37	1.83
36761215--36761262	25	1.9	25	86	0	69	35	25	12	27	1.92
36763346--36763379	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
36774241--36774304	21	3.1	21	78	14	71	25	28	35	10	1.89
36777327--36777402	38	2.0	38	97	0	143	40	11	10	36	1.76
36780916--36780951	17	2.1	17	100	0	72	41	0	5	52	1.24
36783952--36784236	37	7.8	37	80	8	316	26	18	28	26	1.98
36783952--36784236	73	3.9	73	89	2	412	26	18	28	26	1.98
36784231--36784366	48	2.8	48	88	2	184	29	14	25	30	1.95
36785520--36785548	14	2.1	14	100	0	58	24	0	20	55	1.44
36788026--36788101	40	1.9	40	86	0	107	21	17	31	30	1.96
36792914--36792958	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
36793723--36793905	91	2.0	91	98	0	357	34	16	13	35	1.88
36797613--36797755	74	1.9	74	87	2	207	37	11	15	36	1.83
36798463--36798679	60	3.7	59	85	2	249	40	14	9	36	1.78
36798493--36798679	57	3.2	58	86	2	241	39	14	9	36	1.80
36801316--36801349	17	1.9	18	88	5	52	17	0	55	26	1.42
36805944--36805988	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36809689--36809733	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
36816752--36816873	39	3.1	39	88	3	165	31	31	21	15	1.94
36816859--36816886	13	2.2	13	100	0	56	35	35	14	14	1.86
36816820--36816925	52	2.0	52	96	0	194	30	32	20	16	1.95
36816872--36816960	39	2.3	39	96	0	169	29	29	22	19	1.98
36816781--36816960	91	2.0	91	92	2	299	30	30	22	17	1.97
36825587--36825669	43	1.9	43	87	0	121	21	18	32	27	1.96
36830778--36830802	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
36834716--36835054	47	7.2	47	91	0	507	34	11	28	25	1.90
36835068--36835158	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
36838267--36838392	46	2.7	46	82	6	137	22	30	21	26	1.99
36838990--36839049	27	2.2	27	96	0	111	36	25	10	28	1.88
36839768--36839852	29	2.9	29	87	0	80	31	22	15	30	1.95
36839780--36839870	29	3.1	28	85	6	112	31	19	12	36	1.89
36842015--36842075	26	2.3	26	78	10	63	57	0	4	37	1.20
36849935--36850024	44	2.0	44	100	0	180	30	26	15	27	1.96
36849956--36850025	22	3.2	22	62	22	56	30	25	17	27	1.97
36854221--36854248	14	2.0	14	100	0	56	21	35	21	21	1.96
36860224--36860268	17	2.8	17	83	12	51	66	2	0	31	1.04
36860463--36860497	18	1.9	18	88	0	52	45	0	37	17	1.48
36874434--36874501	33	2.1	33	100	0	136	45	23	8	22	1.80
36875224--36875263	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36875840--36875875	18	2.0	18	94	0	63	44	13	5	36	1.68
36884499--36884546	10	4.8	10	79	7	53	6	10	8	75	1.20
36885294--36885343	21	2.4	21	75	0	55	16	24	28	32	1.96
36886499--36886569	35	2.0	36	94	2	126	39	9	14	36	1.79
36886560--36886604	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
36886491--36886581	19	4.9	19	88	8	143	38	8	15	37	1.78
36886570--36886614	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
36886873--36886906	18	1.9	17	88	5	50	26	2	0	70	1.01
36900583--36900635	26	2.0	26	100	0	106	32	11	18	37	1.87
36904801--36904838	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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