genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75977354--75977673	46	7.0	46	88	0	408	40	14	23	21	1.90
75977958--75977990	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
75986861--75986993	70	1.9	71	86	7	191	29	13	30	26	1.94
75990547--75990640	46	2.0	46	100	0	188	31	15	17	35	1.91
75991569--75991645	31	2.5	31	87	2	102	49	6	7	36	1.58
75996833--75996943	31	3.6	31	90	2	161	27	23	18	31	1.97
75996792--75996962	31	5.5	31	80	4	103	28	23	16	31	1.96
75996824--75996962	62	2.2	63	78	3	156	28	23	15	33	1.95
75996960--75996985	7	3.7	7	100	0	52	15	15	11	57	1.65
76004280--76004324	21	2.2	21	92	4	74	15	0	11	73	1.10
76004280--76004334	21	2.7	21	86	8	69	16	0	9	74	1.06
76007137--76007173	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
76007323--76007373	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
76011307--76011400	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
76012984--76013353	87	4.3	87	73	11	206	27	20	20	31	1.97
76013024--76013353	44	7.6	45	74	10	230	26	20	20	31	1.98
76025907--76026000	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
76030341--76030377	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
76030526--76030576	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
76031281--76031320	17	2.4	16	84	12	53	37	0	5	57	1.21
76031465--76031531	23	2.8	24	78	15	59	41	0	25	32	1.56
76031675--76031770	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76032706--76032751	24	2.0	24	83	8	60	26	2	10	60	1.41
76035547--76035741	57	3.4	55	84	6	203	22	32	10	34	1.88
76042117--76042168	27	1.9	27	88	7	79	32	5	0	61	1.20
76042117--76042180	9	6.8	9	75	21	51	32	4	1	60	1.26
76070296--76070325	4	7.5	4	92	0	51	53	23	0	23	1.46
76070331--76070707	189	2.0	185	87	4	542	31	18	12	37	1.88
76073934--76073974	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
76088635--76088664	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
76089957--76090006	6	9.0	6	78	12	54	62	0	0	38	0.96
76089959--76090006	15	3.0	16	81	9	62	60	0	0	39	0.97
76092267--76092443	50	3.5	50	90	0	273	35	15	23	26	1.94
76092419--76092567	31	4.8	31	92	0	244	26	18	27	26	1.98
76092585--76092708	47	2.7	46	83	2	158	28	16	26	29	1.97
76092679--76092794	43	2.7	43	84	6	155	31	13	27	27	1.94
76105446--76105496	6	8.5	6	77	0	57	21	58	3	15	1.53
76105435--76105496	30	2.1	30	93	0	106	24	58	4	12	1.54
76105465--76105551	24	3.4	24	76	17	93	26	56	5	11	1.57
76105447--76105551	30	3.5	29	82	7	106	24	57	5	12	1.57
76105505--76105562	24	2.4	23	77	8	62	25	58	8	6	1.53
76105591--76105700	30	3.7	30	80	6	134	22	50	5	20	1.68
76105614--76106074	72	7.0	67	75	14	320	20	48	6	24	1.72
76105591--76106206	60	10.2	60	73	15	331	21	49	6	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76105644--76105733	42	2.1	42	85	4	119	21	47	6	24	1.74
76105686--76105892	30	6.9	30	80	4	220	19	49	6	25	1.71
76105686--76105892	90	2.3	89	81	6	256	19	49	6	25	1.71
76105891--76106024	30	4.5	30	81	0	151	18	49	5	26	1.69
76105837--76106063	42	5.3	42	73	14	192	19	49	5	25	1.70
76106035--76106246	30	7.1	30	82	6	198	23	53	7	15	1.67
76105948--76106093	72	2.0	72	81	0	166	18	50	8	22	1.73
76105620--76106117	132	3.8	132	87	0	602	20	49	6	23	1.72
76106035--76106246	90	2.4	90	81	6	234	23	53	7	15	1.67
76106196--76106296	30	3.4	30	87	0	112	22	60	4	11	1.51
76106249--76106360	6	18.2	6	72	5	62	26	58	4	10	1.51
76106255--76106337	30	2.8	30	84	0	103	28	56	4	9	1.52
76106242--76106319	18	4.3	18	79	6	86	25	57	6	10	1.55
76109009--76109047	18	2.0	21	85	14	57	41	5	7	46	1.55
76126821--76126863	19	2.3	18	88	4	59	53	2	0	44	1.13
76130997--76131090	46	2.0	46	100	0	188	39	8	8	43	1.66
76131472--76131509	20	1.9	20	88	0	58	44	0	2	52	1.14
76136585--76136649	31	2.1	31	82	2	78	40	7	12	40	1.71
76138096--76138166	32	2.2	31	80	11	81	56	2	2	38	1.29
76138096--76138176	20	4.4	18	71	26	55	56	3	2	37	1.30
76138411--76138460	20	2.5	19	84	9	64	20	0	4	76	0.95
76141120--76141179	27	2.3	26	81	16	63	30	11	10	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76141345--76141392	25	2.0	24	84	12	62	70	2	14	12	1.25
76147987--76148018	6	5.7	6	85	14	50	31	0	18	50	1.48
76184507--76184539	15	2.2	15	89	10	50	6	6	45	42	1.53
76185956--76186024	29	2.4	28	76	9	77	49	14	7	28	1.70
76187434--76187523	44	2.0	44	95	0	162	35	7	22	34	1.83
76192171--76192213	22	2.0	23	81	9	54	53	0	4	41	1.21
76200926--76200955	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
76200925--76200965	15	2.7	15	79	20	50	31	0	0	68	0.90
76203147--76203179	16	2.0	17	94	5	59	33	0	0	66	0.92
76208240--76208436	101	2.0	99	81	2	232	41	13	7	37	1.73
76209124--76209215	46	2.0	46	100	0	184	43	2	6	47	1.41
76209124--76209187	16	4.1	16	69	15	53	43	1	6	48	1.37
76209334--76209366	14	2.4	14	90	10	50	69	0	0	30	0.88
76220485--76220511	7	3.9	7	100	0	54	29	14	40	14	1.86
76223317--76223350	16	2.1	16	100	0	68	44	5	29	20	1.75
76228381--76228411	16	1.9	16	93	0	53	9	0	6	83	0.79
76230085--76230128	19	2.5	17	86	13	63	45	0	2	52	1.13
76233048--76233076	13	2.2	13	100	0	58	51	17	0	31	1.45
76236272--76236311	21	1.9	21	89	0	62	60	0	12	27	1.33
76245890--76246334	105	4.2	104	84	5	488	27	23	16	33	1.96
76245897--76246334	210	2.1	210	85	2	585	27	23	15	33	1.95
76253830--76253932	46	2.2	48	87	3	147	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76253830--76253949	48	2.6	46	85	2	141	35	15	20	29	1.93
76274634--76274697	27	2.3	29	82	12	80	54	4	4	35	1.42
76279009--76279068	32	1.9	31	82	3	75	33	1	5	60	1.29
76282982--76283018	17	2.2	17	95	0	65	45	0	8	45	1.32
76285491--76285518	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
76288814--76288887	30	2.4	29	82	8	85	58	0	2	39	1.13
76292137--76292168	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
76292220--76292283	31	2.1	31	81	0	74	39	4	6	50	1.49
76298069--76298106	2	19.0	2	88	0	58	47	2	0	50	1.15
76298578--76298648	23	3.0	23	77	6	72	54	0	0	45	0.99
76300244--76300291	11	4.2	12	79	17	50	52	2	2	43	1.24
76308152--76308310	81	2.0	81	86	2	221	39	14	8	37	1.77
76313282--76313455	46	3.8	46	76	14	196	20	17	30	31	1.96
76313275--76313446	93	1.8	93	91	2	283	19	19	30	30	1.96
76315937--76315975	16	2.4	16	86	0	51	30	25	7	35	1.84
76317871--76317942	35	2.1	35	100	0	144	37	8	16	37	1.79
76327307--76327338	15	2.1	15	100	0	64	40	6	21	31	1.78
76327920--76327946	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
76328729--76329133	220	1.8	219	82	4	521	41	11	10	36	1.76
76336114--76336231	59	2.0	59	98	0	227	41	18	24	15	1.89
76336228--76336312	42	2.0	42	93	0	143	40	14	9	36	1.78
76336595--76336672	22	3.3	22	67	16	66	48	2	10	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76338613--76338673	31	2.0	31	96	0	113	36	19	18	26	1.94
76343618--76343776	87	1.8	86	93	1	273	35	4	10	49	1.56
76343826--76343877	22	2.3	22	96	3	95	61	13	9	15	1.56
76347878--76347995	59	2.0	59	98	0	227	41	18	24	15	1.89
76347992--76348076	42	2.0	42	93	0	143	40	14	9	36	1.78
76349871--76349926	27	2.2	26	80	6	60	25	8	21	44	1.81
76349885--76349940	27	2.1	27	100	0	112	23	12	25	39	1.89
76351966--76352123	83	1.9	83	92	5	266	41	16	10	31	1.82
76353894--76354018	64	2.0	63	87	4	180	37	21	4	36	1.72
76355191--76355225	17	2.1	17	100	0	70	65	5	5	22	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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