genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11138530--11138608	40	2.0	40	82	0	95	41	20	7	30	1.80
11142300--11142324	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
11149201--11149265	11	5.7	12	72	18	50	4	26	0	69	1.08
11149208--11149243	12	3.1	11	88	11	54	0	22	0	77	0.76
11149201--11149243	20	2.0	20	86	8	59	0	25	0	74	0.82
11150453--11150562	27	4.1	26	85	8	139	16	23	22	37	1.94
11150453--11150562	54	2.0	54	89	3	168	16	23	22	37	1.94
11152674--11152710	18	2.1	18	100	0	74	27	10	21	40	1.86
11155590--11155759	91	1.9	91	87	0	250	32	24	11	31	1.91
11163611--11163782	93	1.8	93	96	0	317	29	29	20	20	1.98
11163604--11163779	46	3.8	46	79	12	216	30	29	19	20	1.97
11171167--11171338	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
11171160--11171335	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
11172772--11172803	13	2.5	13	100	0	64	6	34	40	18	1.76
11174475--11174644	46	3.7	45	77	14	179	29	28	20	22	1.98
11176420--11176448	15	2.0	15	93	6	51	13	0	0	86	0.58
11179027--11179202	49	3.6	49	91	0	262	25	18	27	28	1.98
11188088--11188130	22	1.9	22	85	4	59	32	2	4	60	1.30
11198682--11198996	143	2.2	143	94	1	542	40	14	11	33	1.82
11207550--11207725	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
11207547--11207717	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
11210666--11210734	15	4.6	15	81	5	68	13	20	11	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11213134--11213309	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
11213131--11213301	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
11218316--11218358	21	2.0	21	86	0	59	53	0	6	39	1.28
11224990--11225023	17	1.9	18	94	5	61	11	0	0	88	0.52
11226923--11226967	23	2.0	22	86	4	63	60	0	6	33	1.23
11227034--11227095	26	2.4	26	78	10	65	61	1	3	33	1.22
11227209--11227259	15	3.3	16	81	13	54	58	0	5	35	1.22
11227307--11227387	41	2.1	40	80	13	91	61	4	3	29	1.34
11244035--11244186	53	2.9	52	83	5	189	34	12	13	38	1.83
11248380--11248417	20	1.9	20	88	0	58	52	10	0	36	1.36
11255246--11255290	13	3.3	14	85	11	58	77	0	22	0	0.76
11255246--11255279	15	2.3	15	85	5	52	82	0	17	0	0.67
11255248--11255280	14	2.3	15	90	10	52	78	0	21	0	0.75
11255245--11255289	24	1.9	24	82	13	58	75	0	24	0	0.80
11257388--11257417	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
11257442--11257473	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
11264617--11264813	99	2.0	99	88	4	290	27	14	27	30	1.95
11265422--11265451	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
11278857--11278917	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
11279308--11279472	87	1.9	87	81	5	199	26	22	17	33	1.96
11279546--11280294	205	3.7	205	92	1	1177	29	22	18	30	1.97
11285243--11285288	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11285900--11285930	16	1.9	16	93	0	53	3	19	22	54	1.58
11287675--11287703	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
11297696--11298025	40	8.4	40	69	11	173	29	19	22	29	1.98
11297721--11298159	196	2.2	196	85	2	587	30	19	22	27	1.98
11298093--11298192	40	2.5	40	80	0	119	29	22	24	25	1.99
11297932--11298295	155	2.3	156	83	5	468	29	20	21	28	1.98
11299125--11299158	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
11299497--11299580	40	2.1	40	88	0	123	46	16	17	19	1.84
11300184--11300262	35	2.3	35	93	2	133	37	10	6	45	1.63
11302466--11302541	29	2.6	29	89	2	116	47	0	10	42	1.38
11302579--11302624	18	2.5	18	89	3	65	43	0	4	52	1.21
11304249--11304328	25	3.3	24	69	19	67	25	5	2	67	1.23
11304579--11304812	85	2.8	85	84	5	287	23	14	29	32	1.95
11304580--11304814	42	5.5	43	84	3	282	23	15	29	31	1.95
11305036--11305169	38	3.3	38	71	21	117	32	16	20	31	1.94
11305009--11305164	85	1.8	85	91	0	258	32	16	19	32	1.93
11312318--11312460	6	23.3	6	70	14	96	49	14	15	20	1.79
11312353--11312460	31	3.5	31	87	0	126	50	12	14	22	1.77
11312592--11312693	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
11312592--11312694	54	1.9	53	86	2	143	35	20	23	20	1.96
11312610--11312711	54	1.9	54	84	4	127	37	21	22	18	1.94
11312863--11312916	22	2.5	22	79	11	74	37	22	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11314665--11314840	46	3.8	46	75	12	171	28	29	20	21	1.98
11314672--11314844	93	1.9	93	90	0	274	27	30	20	21	1.98
11317217--11317305	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
11317217--11317296	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
11317228--11317305	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
11317977--11318171	27	7.3	27	87	3	216	24	15	21	37	1.93
11318188--11318354	27	6.2	27	85	0	208	37	6	25	30	1.81
11318188--11318354	81	2.1	81	89	0	253	37	6	25	30	1.81
11318407--11318613	27	7.7	26	84	5	216	30	9	19	39	1.84
11318334--11318613	54	5.1	54	79	4	240	32	10	18	38	1.85
11318432--11318613	81	2.2	81	85	0	238	31	10	19	37	1.87
11320096--11320186	12	7.2	12	70	23	55	35	5	1	58	1.29
11329428--11329479	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
11329351--11329780	104	4.2	104	92	4	712	19	19	30	31	1.96
11329636--11329686	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
11329351--11329780	207	2.1	206	92	4	724	19	19	30	31	1.96
11329699--11329850	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
11335936--11335964	14	2.0	15	93	6	51	34	13	13	37	1.85
11341084--11341135	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
11341290--11341340	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
11341009--11341429	102	4.2	102	91	5	662	19	18	30	31	1.96
11341009--11341429	205	2.1	200	91	5	670	19	18	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11341353--11341499	67	2.1	70	86	9	205	23	16	29	29	1.96
11345322--11345893	44	13.0	44	86	1	743	28	14	27	30	1.95
11347474--11347562	28	3.0	27	73	18	72	35	5	0	58	1.22
11347474--11347581	12	9.1	12	71	24	70	35	4	0	59	1.25
11347593--11347626	17	2.0	17	88	0	50	32	2	2	61	1.26
11349731--11349827	48	2.0	48	100	0	194	29	24	16	28	1.97
11356194--11356771	48	12.0	48	92	0	958	35	6	26	32	1.81
11362328--11362857	44	12.0	44	88	0	756	28	14	27	29	1.95
11364438--11364519	24	3.7	21	75	23	62	31	3	3	60	1.31
11364377--11364462	15	5.2	17	73	17	58	32	3	2	61	1.25
11364396--11364493	12	8.1	12	72	22	64	34	4	2	59	1.28
11364862--11364898	16	2.1	19	85	14	53	16	5	10	67	1.38
11367946--11368142	27	7.3	27	80	5	184	40	22	7	29	1.82
11367946--11368142	54	3.7	54	84	4	238	40	22	7	29	1.82
11367938--11368142	81	2.5	81	84	3	245	39	21	7	30	1.82
11367946--11368166	27	8.2	27	78	8	164	39	22	7	31	1.81
11367966--11368166	54	3.7	53	82	2	206	39	21	6	31	1.80
11368162--11368382	27	8.2	27	82	5	232	35	15	20	28	1.93
11368170--11368384	54	4.0	54	83	3	263	35	16	20	26	1.94
11368494--11368568	11	7.1	11	73	7	57	34	13	18	33	1.90
11368494--11368540	21	2.2	21	88	0	67	36	12	21	29	1.91
11368506--11368554	21	2.3	21	92	0	80	32	10	20	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11368601--11368672	24	3.0	23	85	6	90	27	22	22	27	1.99
11395678--11395861	67	2.8	64	77	10	196	28	16	30	24	1.96
11398534--11398671	40	3.5	40	89	3	190	23	23	28	23	2.00
11402475--11402505	11	2.7	11	95	5	53	9	6	3	80	0.99
11413665--11413776	20	5.8	19	73	13	86	63	1	0	33	1.11
11413665--11413773	11	11.1	11	69	19	64	62	1	0	34	1.12
11414389--11414610	10	22.9	10	66	21	73	35	1	3	59	1.21
11414399--11414445	18	2.5	19	83	13	62	38	2	0	59	1.09
11414389--11414460	28	2.5	28	80	17	85	34	1	1	62	1.13
11414512--11414562	18	2.8	18	74	11	50	29	0	3	66	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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