genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  203  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63249880--63249918	6	6.5	6	90	0	60	15	5	0	79	0.90
63252852--63252884	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63257184--63257221	20	1.9	20	84	10	51	39	10	2	47	1.52
63258853--63258887	17	2.0	18	88	5	54	22	17	0	60	1.37
63261233--63261301	16	4.3	16	94	0	120	39	5	33	21	1.77
63261281--63261371	46	2.0	46	91	4	150	27	4	29	38	1.76
63261281--63261387	46	2.5	44	83	11	134	29	3	29	36	1.75
63261530--63261685	17	10.5	15	65	30	61	54	2	1	41	1.22
63261535--63261568	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
63261652--63261685	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
63261515--63262004	117	4.3	117	93	3	795	51	3	1	42	1.30
63261764--63261802	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
63261769--63261802	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
63261835--63261874	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
63261842--63261921	28	2.8	28	81	11	92	56	1	0	42	1.07
63261619--63261954	43	8.3	41	65	24	137	51	4	1	42	1.31
63261964--63262027	32	2.0	32	81	0	74	48	3	0	48	1.17
63312922--63312951	16	1.9	15	93	6	51	43	6	3	46	1.46
63312941--63312978	17	2.2	18	95	4	69	44	13	0	42	1.43
63315665--63315720	7	7.6	7	92	8	85	25	1	1	71	1.05
63315665--63315720	15	3.8	14	90	9	85	25	1	1	71	1.05
63315836--63315899	25	2.6	25	73	14	60	46	4	4	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63316097--63316135	15	2.7	15	84	4	53	51	28	0	20	1.48
63316107--63316148	22	1.9	22	85	0	57	52	23	0	23	1.47
63316288--63316338	15	3.6	14	84	10	59	43	31	0	25	1.55
63316300--63316349	14	3.5	14	81	13	57	46	32	0	22	1.52
63316424--63316466	14	2.9	15	79	6	61	46	27	2	23	1.64
63316424--63316471	14	3.4	14	82	2	60	47	25	2	25	1.62
63316793--63316840	23	2.1	22	85	11	62	27	0	22	50	1.50
63316882--63317198	41	7.8	41	90	0	465	21	23	22	32	1.98
63317237--63317262	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
63324118--63324189	34	2.1	34	84	5	92	54	15	1	29	1.50
63328852--63328876	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
63328952--63328980	14	2.1	14	100	0	58	51	0	0	48	1.00
63331497--63331596	50	2.0	50	100	0	200	24	24	16	36	1.94
63334752--63334815	29	2.2	28	78	8	67	31	1	1	65	1.11
63335084--63335137	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
63335099--63335135	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
63335170--63335206	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
63335225--63335268	22	2.0	22	86	4	63	56	0	0	43	0.99
63335247--63335278	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
63338114--63338236	33	3.8	32	78	9	106	34	11	22	31	1.90
63338140--63338229	33	2.8	33	83	8	112	32	10	24	33	1.88
63344285--63344315	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63345572--63345628	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
63346011--63346086	21	3.5	23	80	12	88	14	21	26	38	1.91
63349137--63349240	39	2.7	39	89	0	145	23	21	27	27	1.99
63349148--63349288	39	3.6	39	86	1	167	24	21	27	26	1.99
63355051--63355174	39	3.2	39	91	0	194	21	20	29	27	1.98
63355051--63355201	39	3.9	40	87	3	148	21	21	30	26	1.98
63355051--63355212	78	2.1	78	81	5	186	21	21	29	27	1.99
63358899--63358940	21	2.0	21	85	0	57	38	23	0	38	1.55
63358910--63358940	10	2.9	11	90	9	55	35	29	0	35	1.58
63364676--63364976	126	2.4	126	85	5	383	27	14	19	38	1.91
63364682--63365017	126	2.6	127	81	6	322	28	15	18	37	1.92
63374754--63374881	64	2.0	64	92	0	211	28	16	17	37	1.91
63374948--63375282	84	4.0	84	92	0	553	37	24	20	16	1.93
63375044--63375181	40	3.3	40	69	21	122	36	23	21	17	1.94
63375000--63375233	44	5.5	44	64	23	115	37	24	21	16	1.93
63375044--63375273	40	5.6	40	65	21	116	37	23	21	17	1.94
63377342--63377653	126	2.5	127	86	4	407	27	14	19	38	1.90
63377358--63377694	126	2.6	125	82	7	331	28	15	18	37	1.91
63380960--63381083	63	2.0	64	93	1	214	37	15	8	37	1.79
63382835--63382870	6	6.0	6	100	0	72	16	50	0	33	1.46
63389544--63389619	40	1.9	40	86	5	109	30	27	15	26	1.96
63396989--63397064	40	1.9	40	89	5	118	28	27	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63397495--63399214	863	2.0	857	94	1	3054	36	20	11	31	1.89
63402466--63402597	40	3.3	40	76	8	117	37	22	21	18	1.94
63402640--63402743	38	2.7	39	84	3	129	30	19	21	28	1.97
63402796--63402894	21	4.8	21	74	8	69	22	1	27	49	1.56
63402796--63402922	14	9.1	14	73	11	82	20	0	30	48	1.55
63402878--63402931	28	1.9	28	92	0	90	16	0	38	44	1.48
63402886--63402931	14	3.3	14	81	0	56	15	0	39	45	1.46
63403287--63403336	22	2.3	22	90	10	77	22	0	32	46	1.52
63403730--63404208	114	4.2	115	81	6	429	24	13	23	38	1.91
63403802--63404206	114	3.5	115	83	5	464	24	13	23	38	1.91
63404109--63404303	97	2.0	100	84	5	263	17	13	25	42	1.87
63404392--63404509	57	2.1	58	86	1	166	23	37	3	35	1.72
63407052--63407090	19	2.0	20	90	5	62	69	0	0	30	0.89
63407379--63407469	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
63407379--63407469	35	2.5	37	91	8	150	36	15	10	37	1.83
63408685--63408731	10	5.0	9	80	15	51	40	8	0	51	1.33
63409012--63409085	21	3.2	23	69	20	64	40	13	6	39	1.71
63409181--63409211	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47
63409214--63409243	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
63409227--63409409	43	4.0	43	78	19	206	48	18	0	33	1.52
63409189--63409409	99	2.2	99	91	3	372	48	17	0	33	1.51
63409272--63409382	56	2.0	55	94	3	188	47	16	0	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63409315--63409339	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
63409387--63409459	9	8.1	9	73	11	60	42	21	2	32	1.67
63409356--63409442	36	2.5	36	88	3	133	47	18	1	33	1.56
63414558--63414586	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
63414969--63415020	21	2.5	21	83	0	68	30	17	50	1	1.57
63415274--63415339	31	2.1	31	88	0	96	16	12	21	50	1.77
63427781--63427842	22	2.8	23	92	4	94	11	0	54	33	1.36
63428333--63429416	206	5.3	206	96	0	1954	27	23	19	29	1.98
63431349--63431479	41	3.1	43	91	4	198	29	33	25	12	1.92
63436214--63436430	46	4.7	46	88	1	301	41	15	24	18	1.89
63436214--63436425	92	2.3	92	91	0	343	41	15	24	17	1.89
63441672--63441697	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
63441798--63442030	48	4.7	49	78	13	214	26	24	28	20	1.99
63448948--63449005	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
63449217--63449248	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
63460166--63460247	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
63460232--63460273	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
63460511--63460569	22	2.7	22	89	0	91	11	0	54	33	1.37
63461682--63461708	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
63463816--63463845	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
63479587--63479630	18	2.4	18	78	14	54	43	2	2	52	1.26
63485205--63485230	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63489603--63489700	49	2.0	51	85	4	137	35	14	21	28	1.92
63498650--63498693	17	2.5	17	81	7	52	61	4	6	27	1.41
63505245--63505493	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
63505244--63505493	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
63505588--63505619	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
63505831--63505888	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
63511067--63511099	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
63511507--63511582	25	3.2	25	64	21	72	19	22	15	42	1.89
63511529--63511637	54	2.0	54	92	0	182	22	23	12	40	1.89
63511377--63511658	46	6.0	46	84	7	332	21	23	14	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250