genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71956238--71956275	15	2.5	15	95	0	67	42	5	34	18	1.73
71961996--71962084	7	13.3	7	72	17	55	48	1	1	49	1.16
71975773--71975837	12	5.2	12	75	17	53	61	3	0	35	1.12
71975763--71975838	22	3.5	22	76	13	70	61	3	0	34	1.14
71975760--71975829	11	6.3	11	73	18	56	61	4	0	34	1.16
71975898--71975948	21	2.4	22	80	9	61	66	0	3	29	1.09
71977632--71977900	86	3.1	85	66	18	219	26	19	19	34	1.96
71977588--71978297	175	4.1	174	88	3	1033	26	19	19	34	1.96
71977978--71978246	86	3.1	86	65	17	210	25	19	20	34	1.96
71977636--71978297	342	1.9	342	91	0	1092	26	19	19	34	1.96
71982741--71983043	146	2.1	146	96	0	561	25	23	21	30	1.99
71987370--71987453	31	2.7	32	78	12	95	50	9	11	28	1.70
71993818--71993893	38	2.0	37	92	2	125	39	23	7	28	1.83
71995406--71995445	15	2.6	16	84	11	57	32	0	0	67	0.91
71995452--71995485	15	2.3	15	89	0	50	38	2	2	55	1.30
71995566--71995616	25	2.0	25	100	0	102	43	15	0	41	1.47
71995622--71995665	23	1.9	23	81	9	54	29	0	6	63	1.20
71997084--71997126	21	2.0	21	100	0	86	30	18	13	37	1.90
71999936--71999992	20	2.8	20	79	15	62	42	3	1	52	1.28
72000268--72000314	13	3.5	14	80	5	53	76	2	8	12	1.09
72004471--72004585	42	2.7	42	89	4	178	27	26	13	32	1.94
72004704--72004885	31	5.8	31	93	2	283	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72004704--72004885	64	2.9	63	91	3	296	25	26	20	27	1.99
72004712--72004885	95	1.8	95	92	0	294	25	27	19	28	1.99
72004861--72004989	50	2.5	51	87	5	190	25	23	15	35	1.94
72007846--72008174	134	2.5	132	82	3	322	35	20	17	27	1.95
72007923--72008174	134	1.9	134	90	0	405	36	19	18	25	1.94
72008930--72009520	44	13.4	44	92	0	921	27	31	15	26	1.96
72021292--72021544	135	1.9	135	89	0	398	37	18	17	26	1.93
72022186--72022241	19	2.8	20	73	13	53	37	3	16	42	1.65
72022480--72022585	45	2.4	45	78	15	128	24	16	16	41	1.89
72029626--72029667	21	2.0	22	85	4	59	38	0	2	59	1.10
72035639--72035737	3	32.7	3	80	17	100	69	2	1	27	1.05
72036672--72036890	18	11.7	18	70	11	73	36	15	12	35	1.84
72036663--72036731	36	1.9	36	87	0	102	40	14	7	37	1.74
72036752--72036948	54	3.6	54	77	6	193	38	15	11	34	1.83
72036753--72036954	72	2.8	70	79	5	215	38	15	10	35	1.82
72036752--72036954	18	11.3	18	78	6	169	38	15	10	35	1.82
72038925--72038987	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
72041991--72042289	152	2.0	152	84	0	391	35	11	8	43	1.72
72042155--72042409	87	2.9	87	82	2	316	36	10	9	43	1.73
72042350--72042710	83	4.5	82	76	10	282	32	13	8	45	1.73
72045454--72046276	87	9.6	87	81	6	682	31	12	11	44	1.78
72045454--72046322	174	5.1	173	79	8	756	32	12	11	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72045449--72046276	261	3.2	260	80	5	760	31	12	11	44	1.77
72046021--72046254	77	2.9	78	78	7	245	31	10	8	49	1.68
72046415--72046883	83	5.8	79	70	14	230	29	13	10	46	1.77
72046343--72046849	243	2.1	243	89	0	773	28	13	10	46	1.77
72046534--72046903	77	4.6	77	72	13	255	28	14	11	45	1.79
72046902--72046934	6	5.5	6	100	0	66	15	0	18	66	1.25
72046343--72046921	243	2.4	243	86	1	732	28	13	11	46	1.77
72047006--72047035	12	2.4	13	94	5	53	26	6	23	43	1.78
72049089--72049138	20	2.6	19	80	3	55	30	4	10	56	1.51
72049716--72049965	87	2.9	85	80	4	268	32	13	9	45	1.75
72050015--72050304	82	3.5	80	75	11	196	33	8	10	47	1.68
72062172--72062228	30	1.9	30	88	0	87	15	28	31	24	1.96
72079374--72079398	6	4.2	6	100	0	50	32	0	16	52	1.44
72079378--72079426	12	4.0	12	84	5	53	38	0	6	55	1.25
72092477--72092503	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
72092500--72092914	87	4.7	87	81	8	471	26	16	18	38	1.92
72092662--72092696	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
72092491--72092932	182	2.5	174	84	6	525	26	16	18	38	1.92
72092839--72092875	19	1.9	19	88	0	56	21	5	0	72	1.04
72092502--72092914	177	2.3	174	84	8	473	26	16	18	38	1.92
72094990--72095019	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
72094990--72095048	12	4.8	12	84	12	57	38	0	8	52	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72100491--72100644	77	2.0	77	100	0	308	14	20	32	32	1.93
72101957--72102022	21	3.2	20	89	10	98	62	0	4	33	1.16
72102558--72102590	16	2.1	16	88	11	50	33	6	0	60	1.21
72102988--72103018	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
72106313--72106461	31	4.8	31	91	0	217	29	20	24	25	1.99
72106479--72106602	47	2.7	46	82	2	149	29	15	26	29	1.96
72106561--72106655	49	2.0	48	93	2	163	27	13	26	32	1.94
72108346--72108375	13	2.3	13	100	0	60	23	0	6	70	1.11
72109936--72109980	23	2.0	23	86	0	63	66	0	6	26	1.16
72119120--72119146	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
72119187--72119226	21	2.0	19	85	9	53	37	0	0	62	0.95
72129097--72129169	3	24.3	3	75	10	69	61	5	1	31	1.27
72129635--72129672	11	3.2	12	88	11	60	47	0	52	0	1.00
72129727--72129757	6	5.2	6	100	0	62	0	51	48	0	1.00
72130174--72130198	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
72137076--72137126	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
72138712--72138983	135	2.0	135	99	0	535	37	13	11	37	1.81
72142594--72142632	12	3.4	11	85	7	51	69	2	0	28	1.02
72146252--72146291	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
72148389--72148428	17	2.4	17	95	0	71	47	0	2	50	1.14
72151929--72152007	41	1.9	41	94	0	140	40	13	11	34	1.81
72151925--72152009	23	3.9	22	71	21	63	41	15	11	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72153742--72153793	25	2.3	23	83	12	63	53	3	1	40	1.30
72156048--72156414	46	7.6	49	86	8	431	34	14	22	28	1.93
72156048--72156414	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	28	1.93
72156062--72156414	196	1.8	196	92	0	598	35	14	22	28	1.93
72156378--72156486	37	3.0	37	93	2	186	36	16	22	24	1.94
72158163--72158188	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
72158639--72158686	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
72159368--72159552	33	5.7	32	74	7	131	34	11	22	31	1.90
72165717--72165783	30	2.2	30	86	0	89	28	16	1	53	1.52
72165717--72165783	15	4.5	15	78	10	66	28	16	1	53	1.52
72166096--72166130	17	2.1	17	100	0	70	11	37	5	45	1.64
72169408--72169438	16	1.9	16	93	0	53	35	3	22	38	1.71
72170544--72170573	14	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
72179627--72179677	25	2.1	25	82	10	61	54	0	3	41	1.19
72187103--72187302	99	2.0	99	100	0	400	43	13	17	26	1.85
72189793--72189826	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
72192627--72192667	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
72194573--72194606	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
72196104--72196148	21	2.1	21	95	0	81	31	17	20	31	1.96
72205330--72205381	28	1.9	26	84	7	68	25	1	1	71	1.07
72205331--72205392	9	6.8	9	75	15	56	29	1	1	67	1.09
72205339--72205393	27	2.0	28	82	10	69	27	1	1	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72208766--72208797	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
72210165--72210221	29	1.9	30	85	3	80	29	3	14	52	1.58
72210142--72210221	31	2.7	29	80	5	79	32	5	13	48	1.64
72210379--72210457	29	2.6	31	76	7	74	41	17	6	34	1.75
72211210--72211263	22	2.5	22	75	0	54	11	14	11	62	1.53
72213138--72213386	50	4.8	51	84	4	279	20	28	24	26	1.99
72213137--72213386	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
72213481--72213512	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
72213724--72213781	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
72214753--72214802	25	2.0	25	88	0	73	4	34	4	58	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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