genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16210117--16210173	23	2.5	23	82	0	78	10	29	36	22	1.88
16212743--16212774	7	4.6	7	100	0	64	0	28	0	71	0.86
16215386--16215610	40	5.7	40	85	5	251	26	27	21	24	1.99
16215388--16215610	119	1.9	120	81	6	274	26	27	21	24	2.00
16221571--16221730	79	2.0	79	98	0	311	25	15	21	38	1.92
16225183--16225228	19	2.3	20	88	7	76	23	10	17	47	1.79
16228435--16228606	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	22	1.99
16228428--16228603	46	3.8	46	76	12	189	28	28	21	21	1.98
16229927--16230006	39	2.0	40	85	7	110	33	20	12	33	1.90
16253415--16253588	46	3.8	46	78	13	194	29	29	20	21	1.98
16253422--16253593	93	1.8	93	91	0	281	28	30	20	20	1.98
16253465--16253608	46	3.1	46	69	7	121	30	29	18	21	1.97
16259328--16259501	46	3.8	46	76	10	174	30	28	18	21	1.97
16259335--16259506	93	1.8	93	87	0	254	29	29	19	21	1.97
16266589--16266631	19	2.3	19	92	4	70	44	23	4	27	1.73
16268441--16268560	43	2.9	41	72	13	100	25	20	25	28	1.99
16268993--16269022	13	2.3	13	94	0	51	23	3	13	60	1.48
16274688--16274846	46	3.4	46	74	11	144	30	28	20	20	1.98
16277138--16277197	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
16277138--16277197	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
16280100--16280368	46	5.8	45	72	16	183	29	27	20	22	1.98
16280153--16280374	46	4.8	47	74	12	208	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16280107--16280374	93	2.9	93	88	0	401	29	27	20	23	1.99
16288175--16288212	20	1.9	19	89	5	58	15	7	2	73	1.17
16297584--16297638	25	2.2	25	100	0	110	36	12	20	30	1.90
16297992--16298114	43	2.8	43	75	13	117	31	26	17	24	1.97
16300166--16301562	698	2.0	699	97	0	2661	29	21	15	34	1.93
16302252--16302471	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
16306832--16306960	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
16309330--16309394	29	2.3	28	84	10	96	60	15	13	10	1.60
16309330--16309392	15	4.4	15	88	7	96	61	12	14	11	1.56
16312281--16312409	46	2.8	46	89	0	195	31	27	20	21	1.98
16316558--16316663	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
16318562--16318781	43	5.1	43	92	0	359	13	24	30	31	1.93
16318961--16319043	28	2.9	28	75	7	96	24	20	30	25	1.99
16318967--16319063	28	3.4	27	73	7	77	22	18	31	26	1.97
16322439--16322533	48	2.0	48	91	0	154	31	5	30	32	1.80
16325503--16325710	53	3.9	54	82	4	231	24	24	16	35	1.95
16325690--16325897	47	4.5	47	75	10	178	23	22	17	36	1.95
16325902--16325986	44	1.9	44	81	9	102	25	24	11	37	1.90
16327103--16327131	11	2.6	11	100	0	58	31	10	17	41	1.83
16337899--16337967	22	3.1	21	87	4	84	10	24	28	36	1.88
16338100--16338152	27	2.0	27	85	7	72	16	28	26	28	1.97
16340739--16340843	53	2.0	53	82	0	129	20	27	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16364960--16365181	39	5.7	40	86	7	262	24	22	27	24	2.00
16364960--16365181	117	1.9	118	84	6	299	24	22	27	24	2.00
16364960--16365214	78	3.3	78	83	8	218	25	21	27	24	1.99
16365944--16365991	22	2.3	20	89	10	71	50	0	22	27	1.50
16373021--16373242	40	5.6	40	84	8	258	25	22	27	24	2.00
16373024--16373275	80	3.2	78	80	10	244	26	21	26	24	2.00
16373021--16373242	120	1.8	120	84	6	306	25	22	27	24	2.00
16388955--16389178	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
16388955--16389178	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
16388955--16389211	79	3.3	79	82	9	224	25	22	27	24	2.00
16401446--16401712	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
16406871--16406901	6	5.3	6	92	7	55	83	0	16	0	0.64
16424208--16424378	43	4.0	42	75	11	152	24	17	26	30	1.97
16429104--16429289	47	4.0	47	89	0	273	34	11	28	25	1.91
16429507--16429612	37	2.9	37	95	0	185	25	17	30	26	1.98
16433252--16433282	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
16433249--16433288	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
16433543--16433728	55	3.4	54	82	10	236	22	25	17	34	1.95
16444547--16444577	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
16444544--16444583	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
16444656--16444700	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
16444768--16445022	55	4.8	53	81	7	227	21	26	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16444815--16445015	108	1.8	110	88	4	309	23	26	17	32	1.96
16447443--16447525	44	1.9	43	85	7	114	32	24	15	27	1.95
16447489--16447606	39	3.0	40	74	10	107	32	20	18	28	1.96
16460894--16460947	26	2.1	26	100	0	108	33	11	12	42	1.79
16466776--16466966	98	1.9	98	91	0	310	30	19	14	35	1.92
16470275--16470420	44	3.3	43	74	2	121	27	21	18	32	1.96
16474154--16474347	44	4.4	45	81	5	225	25	22	19	33	1.97
16483633--16483856	104	2.2	104	92	1	369	17	19	32	31	1.95
16483775--16483926	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
16487279--16487403	54	2.3	57	89	9	190	55	8	20	16	1.67
16488528--16488653	42	3.1	40	80	15	143	23	21	29	26	1.99
16492286--16492513	40	5.7	40	91	5	363	25	26	23	24	2.00
16493644--16493768	53	2.4	53	90	4	200	15	20	10	53	1.71
16510593--16510717	48	2.7	49	85	7	154	28	16	29	24	1.97
16511959--16511998	21	2.0	20	95	5	71	10	35	30	25	1.88
16517347--16517466	46	2.6	46	85	5	154	28	19	29	23	1.98
16517574--16517758	49	3.8	49	74	10	148	29	20	26	23	1.99
16523583--16523712	51	2.5	52	81	4	131	27	27	17	26	1.98
16523628--16523802	51	3.5	51	80	3	149	29	27	17	26	1.97
16531733--16531839	47	2.3	47	98	0	205	32	7	29	29	1.85
16533784--16534028	49	4.9	49	85	2	310	25	17	27	28	1.98
16537065--16537209	27	5.4	27	87	1	193	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16543787--16543845	27	2.2	26	84	3	73	35	20	23	20	1.96
16543814--16543949	67	2.0	67	84	5	173	29	22	30	18	1.97
16543885--16543936	27	2.0	26	84	3	68	32	21	28	17	1.96
16544613--16544730	27	4.4	27	85	0	164	24	18	18	38	1.93
16544588--16544730	54	2.7	54	84	1	189	25	19	17	37	1.94
16546842--16546973	52	2.6	50	80	7	142	34	26	13	25	1.93
16559546--16559577	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
16561151--16561227	27	2.9	27	86	0	109	45	16	12	24	1.83
16565617--16565655	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
16566753--16567018	47	5.7	48	77	10	223	24	28	18	28	1.98
16566753--16567018	140	1.9	141	83	6	344	24	28	18	28	1.98
16576724--16576855	50	2.6	51	82	3	185	34	13	12	39	1.83
16578376--16578461	29	3.0	28	80	6	93	27	33	12	25	1.93
16578370--16578444	28	2.6	28	85	2	96	28	34	13	24	1.93
16581216--16581250	15	2.2	16	90	5	54	77	0	0	22	0.78
16582190--16582281	29	3.2	29	80	6	91	30	32	11	25	1.92
16584703--16584924	39	5.7	40	82	7	251	25	27	21	24	1.99
16584703--16584924	79	2.8	78	80	9	254	25	27	21	24	1.99
16599755--16599948	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
16599829--16599904	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
16599919--16600102	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
16599918--16600102	48	3.8	48	88	5	291	35	7	25	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16600248--16600392	37	3.9	37	94	0	245	24	19	30	25	1.98
16604311--16604387	29	2.7	29	95	0	136	28	29	16	24	1.97
16605902--16605940	16	2.4	17	91	4	62	15	5	30	48	1.66
16606777--16606813	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
16611063--16611114	21	2.4	21	83	6	59	13	9	5	71	1.30
16612709--16612747	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
16628440--16628473	14	2.4	14	90	9	52	79	0	0	20	0.73
16640896--16641070	49	3.5	49	83	3	233	27	24	20	27	1.99
16640889--16641075	100	1.9	100	93	0	320	27	24	21	26	1.99
16643108--16643152	15	3.0	15	75	12	56	62	13	8	15	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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