genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  250  ( 29906 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29806144--29806389	49	4.9	50	83	2	316	26	18	26	28	1.98
29809130--29809168	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
29811209--29811268	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
29811916--29812159	49	4.9	49	82	2	301	26	17	26	29	1.98
29812397--29812436	16	2.5	16	95	0	71	32	22	30	15	1.94
29818157--29818223	32	2.1	32	94	0	116	34	5	17	41	1.74
29821103--29821221	43	2.8	42	81	9	152	31	26	14	27	1.95
29821103--29821231	42	3.0	41	78	14	138	31	27	13	27	1.94
29841212--29841271	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
29842540--29842570	16	1.9	16	100	0	62	29	25	38	6	1.81
29851849--29851907	28	2.1	28	87	9	84	32	10	15	42	1.80
29851860--29851907	15	3.4	14	77	11	53	33	12	14	39	1.84
29856551--29856656	27	3.9	26	77	8	95	17	25	20	35	1.95
29857715--29857748	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
29864252--29864357	27	3.9	26	78	7	86	17	25	19	36	1.94
29873983--29874011	9	3.3	9	95	4	51	0	24	0	75	0.80
29875220--29875248	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
29875261--29875299	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
29878481--29878688	64	3.2	65	80	10	210	22	29	16	30	1.96
29880425--29880590	40	4.2	40	93	0	271	26	26	22	24	2.00
29885656--29885688	11	3.2	11	87	12	52	54	0	12	33	1.37
29886141--29886229	38	2.3	38	84	3	108	17	14	24	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29887001--29887026	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
29898103--29898175	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
29901758--29901896	37	3.8	37	94	0	224	27	30	18	23	1.98
29902043--29902478	48	9.0	48	92	3	694	31	26	5	36	1.80
29904878--29904975	29	3.4	27	75	9	97	29	29	19	21	1.97
29904854--29904950	28	3.4	30	75	9	96	26	34	18	20	1.96
29905123--29905461	43	7.9	43	94	0	552	30	32	24	12	1.92
29908316--29908385	35	2.0	35	91	0	113	34	15	20	30	1.93
29912130--29912362	120	1.9	119	89	0	358	30	10	21	37	1.87
29914935--29915091	57	2.8	57	79	3	156	30	23	14	31	1.94
29916697--29916864	47	3.5	47	80	11	166	24	32	15	27	1.95
29919721--29919890	46	3.7	45	75	13	166	22	19	28	29	1.98
29927304--29927476	46	3.7	46	78	13	210	21	20	28	29	1.98
29927301--29927471	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	28	1.98
29932829--29933004	99	1.8	96	88	6	273	23	31	19	25	1.98
29932969--29933191	46	4.8	44	76	8	142	22	29	20	27	1.98
29932825--29933186	94	3.9	94	76	12	329	22	29	20	27	1.98
29932827--29933188	140	2.5	141	78	11	398	22	29	20	27	1.98
29940205--29940368	43	3.8	43	72	10	138	26	15	26	32	1.95
29943362--29943603	40	6.1	40	90	3	337	26	27	22	23	2.00
29946538--29946578	21	2.0	21	90	0	64	41	24	0	34	1.55
29950911--29950972	27	2.3	26	86	8	81	17	25	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29952900--29953113	43	5.0	43	80	10	222	26	17	24	31	1.97
29956230--29956543	43	7.3	43	88	0	448	26	15	27	30	1.96
29956492--29956624	56	2.4	56	83	5	171	27	13	24	35	1.93
29959376--29959499	27	4.6	27	82	5	135	20	16	22	41	1.90
29959355--29959499	54	2.6	54	80	8	150	21	18	20	40	1.92
29965087--29965120	16	2.2	15	89	5	50	50	26	20	2	1.63
29965730--29965777	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
29969642--29970526	443	2.0	443	99	0	1743	28	21	13	35	1.92
29970862--29970895	16	2.2	15	89	5	50	50	26	20	2	1.63
29971505--29971552	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
29973652--29973728	25	3.3	25	70	17	83	59	2	10	27	1.43
29973662--29973736	26	3.2	25	65	31	65	60	1	10	28	1.38
29973653--29973740	45	2.0	45	97	0	167	59	2	10	28	1.42
29981574--29981671	34	2.9	34	89	0	142	24	23	23	28	2.00
29981661--29981716	18	3.1	18	72	10	60	39	19	19	21	1.93
29982061--29982128	27	2.5	27	87	0	91	26	22	11	39	1.88
29982116--29982174	27	2.2	27	84	0	73	23	18	16	40	1.91
29982142--29982393	81	3.1	78	82	6	281	38	16	13	31	1.88
29982170--29982400	81	2.9	81	89	0	345	38	16	13	30	1.88
29982169--29982399	27	8.6	27	88	1	302	38	16	13	30	1.88
29984274--29984454	46	3.8	46	77	16	197	28	29	21	20	1.98
29985896--29986142	125	2.0	125	89	0	377	41	21	20	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29989007--29989056	23	2.2	23	82	13	59	40	20	16	24	1.91
29989106--29989183	27	2.9	27	83	7	88	19	20	23	37	1.95
29989145--29989205	27	2.3	27	85	0	77	19	21	21	37	1.94
29989200--29989457	27	9.7	27	85	2	299	36	15	15	32	1.89
29989200--29989458	106	2.4	106	85	3	335	36	15	15	33	1.89
29989214--29989451	79	3.0	79	84	4	302	37	15	14	32	1.88
29992740--29992911	43	4.0	43	75	8	170	23	15	26	34	1.95
30001183--30001212	8	3.8	8	90	0	51	53	10	23	13	1.69
30009597--30009639	18	2.3	18	84	4	50	18	41	20	18	1.90
30024825--30024998	50	3.5	50	91	0	267	27	28	19	24	1.99
30025246--30025306	26	2.3	27	94	2	106	32	16	13	37	1.87
30025286--30025450	54	3.1	53	84	0	213	30	9	23	37	1.85
30025286--30025450	27	6.2	26	79	6	170	30	9	23	37	1.85
30027996--30028051	28	2.0	29	89	10	89	14	23	44	17	1.85
30041964--30042093	56	2.3	56	92	2	208	32	24	15	27	1.95
30043465--30043531	33	2.0	33	100	0	134	52	17	2	26	1.59
30044591--30044722	56	2.4	56	88	0	192	33	24	12	30	1.91
30044672--30044941	43	6.3	43	82	4	303	30	27	14	27	1.95
30044701--30044937	128	1.8	129	84	2	325	29	27	15	27	1.96
30053683--30053722	16	2.8	14	85	14	55	52	0	2	45	1.14
30062017--30062064	20	2.3	21	85	3	62	50	10	16	22	1.76
30065907--30066078	93	1.8	93	92	0	290	22	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30065911--30066085	46	3.8	46	77	13	187	21	21	28	28	1.99
30072780--30072955	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
30072777--30072948	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
30077514--30077620	27	3.9	26	79	9	106	40	20	21	17	1.92
30079043--30079113	24	3.0	24	89	0	106	25	36	2	35	1.71
30085266--30085375	27	4.0	26	76	13	96	40	20	20	18	1.92
30085285--30085375	28	3.3	28	74	11	89	37	21	21	18	1.94
30086800--30086870	24	3.0	24	91	0	115	23	38	1	36	1.64
30089942--30090139	43	4.6	43	83	1	218	23	13	24	38	1.91
30089927--30090139	86	2.5	86	82	1	257	23	13	23	39	1.90
30089943--30090168	86	2.6	86	79	4	249	22	14	24	38	1.92
30089936--30090180	129	1.9	129	81	5	298	22	15	24	37	1.92
30092531--30092639	34	3.3	33	84	5	121	24	22	19	33	1.97
30092549--30092639	34	2.7	34	89	3	141	25	23	18	32	1.97
30092668--30092743	33	2.3	33	78	17	86	26	26	15	31	1.96
30096541--30096576	17	2.1	17	94	0	63	16	13	11	58	1.63
30106141--30106405	46	5.7	44	75	12	187	28	21	27	22	1.99
30123092--30123322	112	2.1	113	94	2	403	31	26	12	28	1.93
30123417--30123456	21	1.9	21	100	0	80	20	30	40	10	1.85
30125425--30125515	13	7.5	13	83	14	131	48	14	0	37	1.44
30125425--30125517	23	3.9	23	90	8	150	48	13	0	37	1.43
30126030--30126068	7	5.7	7	82	17	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30126028--30126068	20	2.0	20	90	9	66	68	0	0	31	0.90
30127730--30127773	18	2.5	18	81	3	54	29	0	2	68	1.02
30129481--30129519	17	2.2	17	86	4	51	33	0	5	61	1.18
30132942--30132997	28	2.0	27	96	3	103	51	0	16	32	1.44
30134967--30135036	29	2.4	29	83	9	97	50	8	1	40	1.42
30135661--30135704	18	2.4	19	84	3	63	18	0	6	75	1.02
30135666--30135707	15	2.8	15	85	7	50	16	0	4	78	0.91
30135872--30135944	31	2.4	31	79	9	94	39	12	13	34	1.82
30141499--30141549	23	2.2	23	80	13	61	50	0	1	47	1.12
30141871--30141895	11	2.3	11	100	0	50	28	8	28	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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