genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820349--27820386	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
27825852--27825984	39	3.4	39	92	2	214	30	21	24	23	1.99
27825852--27826011	39	4.1	39	87	4	166	28	21	26	23	1.99
27825852--27826011	78	2.1	78	83	7	200	28	21	26	23	1.99
27826023--27826053	14	2.2	14	100	0	62	25	22	32	19	1.97
27825984--27826092	53	2.1	53	92	0	182	21	22	30	26	1.98
27826037--27826206	39	4.3	39	91	1	259	19	21	29	29	1.98
27832535--27832572	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
27833789--27833842	20	2.7	20	79	0	72	22	33	27	16	1.95
27838984--27839245	40	6.6	40	90	1	366	29	25	20	23	1.99
27858594--27858644	26	2.0	26	100	0	102	25	23	27	23	2.00
27858620--27858746	48	2.7	47	87	4	177	22	26	21	29	1.99
27858620--27858757	46	3.0	46	83	2	168	24	26	20	28	1.99
27868822--27869005	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
27868822--27869002	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
27868903--27869052	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
27875973--27876231	131	2.0	131	96	0	482	41	3	17	37	1.68
28095758--28095924	46	3.6	45	79	13	180	28	28	20	22	1.98
28095759--28095928	93	1.8	92	92	1	286	28	28	20	21	1.98
28103063--28103100	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
28103329--28103499	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
28103324--28103496	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28113118--28113174	8	6.9	8	78	6	51	26	1	3	68	1.15
28113125--28113171	16	2.9	16	90	3	67	25	0	4	70	1.05
28120269--28120372	51	2.0	51	90	3	165	30	25	13	29	1.94
28120389--28120532	28	5.4	28	75	19	139	27	22	13	36	1.91
28120401--28120532	52	2.5	52	85	9	205	27	21	13	37	1.91
28120401--28120528	24	5.0	24	78	15	132	26	21	14	38	1.91
28120639--28120728	45	2.0	45	93	0	153	24	24	12	38	1.89
28121692--28121761	25	2.8	26	86	6	108	27	21	24	27	1.99
28121990--28122155	54	3.1	54	83	0	233	26	19	18	36	1.94
28121991--28122150	81	2.0	81	89	0	248	26	20	17	36	1.94
28121992--28122150	27	5.9	27	86	0	210	25	20	17	36	1.94
28122113--28122402	54	5.4	54	80	3	255	29	9	20	40	1.84
28122114--28122402	81	3.6	79	81	6	273	29	9	20	40	1.84
28122395--28122657	81	3.2	81	89	0	391	38	6	23	31	1.80
28122395--28122632	27	8.8	27	89	0	323	39	6	23	30	1.81
28122143--28122670	27	19.6	27	80	5	264	34	7	21	36	1.82
28124386--28124410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
28127636--28127809	49	3.5	49	92	0	267	31	28	16	24	1.96
28129958--28130005	15	3.2	15	80	11	62	56	16	16	10	1.67
28132984--28133221	49	4.8	49	83	3	262	30	27	17	24	1.97
28133040--28133221	99	1.8	101	85	4	262	30	28	17	24	1.97
28142232--28142258	9	3.0	9	100	0	54	44	33	22	0	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28146415--28146460	16	2.9	16	80	0	56	47	15	23	13	1.80
28146422--28146468	24	2.0	23	87	4	67	46	12	23	17	1.82
28146683--28146740	29	2.0	29	89	0	89	27	15	27	29	1.96
28147399--28147447	20	2.5	20	93	0	80	16	8	30	44	1.76
28149219--28149256	15	2.5	15	91	4	58	0	31	0	68	0.90
28156906--28156941	10	3.5	11	88	11	58	0	33	0	66	0.92
28156906--28156943	15	2.5	15	87	12	51	0	34	0	65	0.93
28163590--28163685	40	2.3	44	85	7	128	26	30	16	27	1.97
28174224--28174271	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
28174300--28174336	9	3.8	10	86	13	51	37	10	18	32	1.86
28174307--28174352	20	2.3	20	85	7	58	39	13	19	28	1.89
28174403--28174522	25	4.8	25	81	9	129	29	20	21	28	1.98
28174403--28174510	26	4.4	25	85	8	132	30	19	21	28	1.97
28174721--28174811	38	2.7	31	76	22	103	34	17	24	24	1.96
28181245--28181422	40	4.5	40	89	3	254	24	28	23	23	1.99
28185835--28185892	11	5.6	11	72	15	61	37	12	18	31	1.88
28185837--28185892	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
28185943--28186048	26	4.3	24	83	11	117	26	19	24	29	1.99
28190911--28191063	67	2.3	66	83	6	188	30	15	31	22	1.95
28192418--28192476	29	2.0	29	96	0	109	37	6	27	28	1.82
28195329--28195365	19	1.9	19	88	0	56	18	13	5	62	1.50
28198761--28198861	42	2.5	41	84	9	127	25	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28210551--28210620	34	2.1	34	94	0	122	34	14	27	24	1.94
28215763--28215913	43	3.5	43	76	6	153	31	16	21	30	1.95
28223427--28223597	43	4.0	43	76	7	143	28	15	25	30	1.96
28227916--28228278	47	7.7	49	70	13	201	23	29	20	26	1.99
28227922--28228102	49	3.7	47	75	11	150	25	30	19	23	1.98
28234163--28234228	30	2.2	30	88	0	96	22	27	13	36	1.92
28234221--28234281	29	2.1	30	81	3	70	18	24	13	44	1.85
28235556--28235678	46	2.7	46	92	0	192	20	20	29	30	1.97
28236983--28237058	30	2.6	30	87	2	109	26	27	10	35	1.89
28238613--28238749	41	3.3	42	82	4	161	35	23	16	24	1.94
28239955--28240030	31	2.4	30	87	12	93	23	22	10	43	1.84
28241717--28241755	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
28243222--28243300	39	2.0	39	95	0	140	43	18	6	31	1.76
28244288--28244383	50	1.9	50	84	0	129	40	18	9	31	1.83
28244650--28244727	41	1.9	41	86	5	113	30	33	20	15	1.94
28246257--28246762	27	18.7	27	78	5	234	37	20	8	33	1.83
28246406--28246763	54	6.6	54	79	4	310	39	21	8	30	1.83
28246420--28246678	81	3.2	81	87	1	333	42	20	8	28	1.81
28246795--28246882	27	3.3	27	88	3	115	36	20	25	18	1.95
28247686--28247831	52	2.8	52	92	2	242	28	23	21	26	1.99
28247686--28247834	26	5.8	26	87	0	212	27	22	22	27	1.99
28247979--28248070	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28248094--28248172	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
28254319--28254392	38	2.0	37	82	12	89	33	2	20	43	1.66
28259958--28260448	27	18.2	27	84	4	605	27	21	9	41	1.84
28260453--28260648	54	3.6	54	85	2	259	35	18	19	26	1.95
28260453--28260648	27	7.3	27	87	0	230	35	18	19	26	1.95
28260847--28260929	27	3.1	26	82	5	94	20	21	19	38	1.93
28261017--28261075	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
28261240--28261313	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
28261431--28261497	25	2.7	23	84	11	80	20	13	14	50	1.77
28261456--28261617	6	26.8	6	77	15	165	19	16	14	50	1.78
28261456--28261617	30	5.4	30	89	4	254	19	16	14	50	1.78
28263638--28263707	30	2.3	30	85	0	95	22	30	15	31	1.95
28263701--28263774	30	2.5	31	80	8	91	18	20	10	50	1.77
28263701--28263764	29	2.1	31	85	5	87	15	23	10	50	1.76
28274115--28274146	14	2.3	14	94	0	55	9	15	43	31	1.78
28279207--28279238	14	2.3	14	94	0	55	9	12	46	31	1.73
28282385--28282420	3	12.0	3	100	0	72	0	33	33	33	1.58
28282359--28282579	24	8.7	24	71	11	147	10	30	28	30	1.90
28282360--28282606	27	9.4	27	76	10	192	10	31	27	30	1.90
28282360--28282624	30	9.8	30	71	17	115	12	30	27	30	1.93
28282530--28282611	24	3.2	24	73	21	67	14	29	26	29	1.95
28288935--28288968	13	2.7	13	90	4	52	23	26	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28300082--28300119	19	2.0	19	100	0	76	47	26	10	15	1.78
28312879--28312976	49	2.0	49	93	0	169	40	24	9	25	1.84
28321698--28321734	15	2.5	15	95	0	65	5	21	5	67	1.31
28324913--28324968	20	2.8	20	80	0	58	39	14	19	26	1.90
28329021--28329094	29	2.5	29	91	2	112	31	9	22	36	1.86
28329021--28329210	29	6.5	29	73	8	95	26	10	22	40	1.86
28333229--28333270	20	2.2	20	84	12	54	19	7	4	69	1.31
28333263--28333316	13	4.2	13	82	0	63	29	3	1	64	1.21
28347237--28347390	42	3.6	42	79	6	168	31	16	24	27	1.96
28353744--28353791	20	2.3	20	78	3	51	25	8	2	64	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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