genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17642006--17642064	27	2.2	27	84	0	73	30	20	8	40	1.82
17642069--17642262	27	7.2	27	78	5	196	36	17	19	27	1.93
17642069--17642264	54	3.6	54	81	6	220	36	17	18	27	1.94
17642462--17642544	27	3.1	26	84	5	85	20	20	21	37	1.95
17642632--17642690	22	2.7	22	83	0	73	22	25	20	32	1.98
17642855--17642928	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
17643046--17643232	6	30.8	6	73	16	145	20	17	13	48	1.81
17643046--17643232	30	6.4	30	81	9	224	20	17	13	48	1.81
17643046--17643232	85	2.2	85	93	0	320	20	17	13	48	1.81
17645249--17645845	27	22.1	27	82	4	648	27	21	9	41	1.84
17645245--17645856	108	5.7	108	83	5	738	27	21	9	41	1.84
17645850--17646015	27	6.2	27	81	6	194	37	16	18	27	1.92
17645850--17646015	80	2.1	81	86	1	226	37	16	18	27	1.92
17645857--17646042	27	6.9	27	84	3	189	36	16	19	27	1.93
17646243--17646325	27	3.1	26	84	8	87	21	20	20	37	1.95
17646412--17646470	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
17646626--17646682	26	2.1	27	81	12	73	15	19	28	36	1.92
17646633--17646706	26	2.8	26	84	8	80	17	22	21	37	1.94
17646824--17647010	6	30.8	6	75	16	172	20	17	13	48	1.81
17646824--17647010	85	2.2	85	97	0	347	20	17	13	48	1.81
17646824--17647010	30	6.4	30	84	11	253	20	17	13	48	1.81
17651366--17651398	13	2.6	13	90	4	50	24	30	42	3	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17653350--17653397	24	2.0	24	87	0	69	45	4	35	14	1.64
17654610--17654651	18	2.3	18	80	8	50	9	21	42	26	1.83
17666730--17667157	3	142.7	3	66	12	139	62	3	6	28	1.34
17667071--17667120	22	2.3	21	86	6	73	68	2	8	22	1.26
17667729--17667775	11	4.3	11	81	7	51	82	2	2	12	0.84
17668783--17669085	129	2.3	132	86	4	434	26	23	18	31	1.97
17668781--17668970	44	4.4	44	68	15	135	27	20	20	32	1.97
17679180--17679233	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
17679483--17679723	49	4.8	50	80	4	265	26	17	25	30	1.98
17679487--17679722	101	2.4	99	84	3	287	25	17	25	30	1.97
17685104--17685359	80	3.2	80	88	4	360	23	21	27	26	1.99
17685104--17685333	40	5.8	40	92	1	356	23	21	28	27	1.99
17693169--17693398	40	5.8	40	89	1	329	23	22	26	27	2.00
17701766--17701823	30	1.9	30	83	13	75	24	31	25	18	1.98
17709555--17709700	31	4.7	31	93	0	240	28	26	16	28	1.97
17711131--17711352	40	5.6	40	91	1	349	28	25	22	23	1.99
17713391--17713460	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
17713925--17714053	55	2.4	54	84	6	163	31	6	17	44	1.76
17713906--17714114	54	3.9	54	77	6	188	32	10	17	40	1.83
17713900--17714132	27	8.7	26	73	9	130	31	10	18	39	1.84
17714168--17714235	29	2.4	29	92	2	111	26	35	20	17	1.95
17716973--17717010	15	2.5	15	91	0	58	60	5	23	10	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17717862--17717929	6	11.3	6	81	12	68	77	1	7	13	1.03
17717861--17717929	30	2.3	31	78	16	83	76	1	7	14	1.06
17719460--17719545	24	3.4	25	72	19	79	68	1	5	24	1.18
17719513--17719565	28	2.0	26	82	14	63	67	3	3	24	1.23
17719764--17719822	20	2.9	21	73	16	61	57	0	42	0	0.98
17723831--17724000	46	3.7	46	76	10	184	22	19	27	30	1.98
17727200--17727300	37	2.7	37	95	0	175	23	31	19	24	1.98
17727443--17728164	48	15.0	48	95	0	1264	30	28	7	34	1.84
17727899--17728025	28	5.1	27	60	27	66	28	29	7	34	1.85
17731469--17731707	40	6.0	40	93	0	388	26	30	22	20	1.98
17732432--17732635	48	4.2	48	96	0	372	30	27	6	34	1.83
17735329--17735430	37	2.8	37	87	0	141	26	28	18	26	1.98
17735579--17736436	48	17.9	48	96	1	1535	30	28	6	35	1.82
17736267--17736347	28	3.2	28	60	26	70	27	29	6	37	1.81
17743220--17743389	46	3.7	46	78	10	193	23	20	27	28	1.99
17743614--17743651	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17748440--17748476	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
17748549--17748663	29	4.0	29	73	5	99	29	13	30	26	1.94
17763022--17763427	3	137.0	3	66	14	114	62	3	5	27	1.34
17763022--17763428	14	28.9	14	67	21	101	62	3	5	28	1.34
17763066--17763103	17	2.2	17	86	9	51	63	2	2	31	1.22
17763258--17763386	53	2.4	52	79	11	120	63	2	6	27	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17763345--17763385	16	2.7	15	85	7	55	68	2	7	21	1.26
17766086--17766155	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
17776917--17776985	15	4.7	15	69	3	50	8	15	17	57	1.62
17779767--17779937	27	6.4	27	83	5	195	21	18	19	40	1.92
17779767--17779937	53	3.2	52	85	5	209	21	18	19	40	1.92
17788417--17788594	28	6.4	28	91	2	261	26	11	27	34	1.90
17796469--17796591	28	4.4	28	92	2	185	26	12	27	33	1.92
17796494--17796605	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
17796469--17796605	55	2.4	56	85	6	170	28	11	25	34	1.91
17799867--17800038	92	1.9	92	100	0	344	30	19	22	27	1.98
17801887--17802015	39	3.3	39	94	0	213	23	27	20	29	1.99
17810241--17810310	28	2.5	28	95	2	124	42	18	18	20	1.89
17810352--17810425	27	2.7	27	87	0	103	25	16	20	37	1.93
17810862--17810941	34	2.3	35	80	8	101	25	21	23	30	1.99
17812558--17812660	32	3.2	32	93	1	145	35	23	17	23	1.95
17812558--17812681	31	3.9	32	91	1	180	35	22	16	25	1.95
17812558--17812681	63	2.0	63	87	3	178	35	22	16	25	1.95
17813044--17813131	27	3.3	27	84	6	99	30	15	17	36	1.91
17813062--17813160	27	3.7	27	85	5	103	32	13	18	36	1.89
17827104--17827143	18	2.2	18	100	0	80	15	10	20	55	1.68
17832372--17832405	11	3.1	11	95	0	59	20	0	23	55	1.43
17838371--17838405	12	2.8	12	91	4	52	68	0	20	11	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17838364--17838419	18	3.1	18	78	2	58	71	0	21	7	1.09
17839858--17839954	30	3.2	31	75	5	101	27	28	14	28	1.95
17841440--17841464	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
17842583--17842637	11	5.3	10	74	21	51	78	1	16	3	0.98
17842572--17842621	21	2.4	20	83	12	57	78	4	18	0	0.91
17842583--17842637	5	10.6	5	76	18	51	78	1	16	3	0.98
17842583--17842637	16	3.6	14	83	14	56	78	1	16	3	0.98
17842708--17842745	12	3.0	13	92	7	69	76	0	15	7	1.01
17842721--17842802	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
17844915--17845011	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
17859837--17859984	68	2.1	70	78	10	153	20	28	16	34	1.94
17864880--17864964	30	2.8	29	84	7	107	12	22	1	63	1.36
17864915--17864970	18	3.1	18	79	5	60	7	17	1	73	1.15
17864940--17864964	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
17865033--17865089	5	11.0	5	75	20	55	5	17	0	77	0.95
17865033--17865089	16	3.7	14	82	15	60	5	17	0	77	0.95
17865031--17865100	20	3.3	20	75	18	63	4	18	1	75	1.04
17867663--17867759	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
17871725--17871875	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
17871795--17872016	104	2.2	103	92	3	367	31	31	18	18	1.95
17872345--17872408	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17872352--17872408	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17879265--17879316	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
17879277--17879427	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
17879346--17879569	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
17879898--17879961	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17879905--17879961	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17882686--17882772	19	4.5	19	70	21	65	4	22	1	71	1.11
17882685--17882772	33	2.8	33	75	20	82	4	22	1	71	1.11
17882717--17882741	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
17897501--17897562	31	2.0	31	100	0	124	32	12	16	38	1.86
17898424--17898571	48	3.1	48	92	0	242	29	24	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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