genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66900476--66900547	22	3.0	23	72	20	60	52	1	4	41	1.29
66900786--66900826	17	2.4	17	87	4	55	24	2	2	70	1.11
66913730--66913841	55	2.0	55	92	0	188	43	13	11	31	1.80
66916007--66916051	19	2.2	20	84	7	56	53	24	0	22	1.46
66916361--66916426	31	2.2	31	83	2	89	43	7	1	46	1.41
66917996--66918031	14	2.4	16	82	17	51	25	5	0	69	1.10
66944438--66944537	51	2.0	51	95	0	182	31	12	22	35	1.90
66945181--66945319	58	2.4	59	80	12	155	28	13	11	46	1.78
66957214--66957278	21	3.2	21	74	12	82	12	26	21	40	1.88
66957196--66957284	39	2.3	39	100	0	178	13	24	23	38	1.91
66959255--66959527	3	91.7	3	68	15	147	30	7	3	58	1.43
66961263--66961395	18	7.5	17	86	8	178	37	12	10	39	1.78
66961263--66961416	35	4.4	35	91	4	222	38	12	10	38	1.77
66961788--66962140	83	4.2	83	95	0	616	27	20	20	31	1.97
66962064--66962657	119	5.0	119	94	0	1035	29	18	18	33	1.95
66962649--66962828	44	4.1	44	74	8	177	28	24	15	31	1.96
66963709--66963757	14	3.7	13	84	10	64	2	14	0	83	0.73
66963708--66963754	21	2.2	21	88	7	69	2	14	0	82	0.75
66969511--66969574	31	2.1	31	81	16	73	62	0	1	35	1.05
66969520--66969576	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
66971977--66972186	52	4.1	51	86	9	286	35	14	22	27	1.93
66971969--66972186	98	2.1	100	86	7	296	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66972082--66972297	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
66972150--66972295	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
66973468--66973660	49	3.9	49	93	0	314	23	15	30	30	1.95
66976798--66977006	52	4.1	51	87	9	293	35	14	22	27	1.93
66976790--66977006	98	2.1	99	87	6	301	35	14	22	26	1.93
66976902--66977117	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
66976970--66977115	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
66977827--66977942	18	6.5	18	89	4	155	37	12	10	40	1.77
66977827--66977951	35	3.5	36	83	9	157	37	12	9	40	1.76
66978138--66978190	20	2.7	20	84	0	70	32	11	0	56	1.35
66978237--66978418	3	60.7	3	71	8	113	29	5	3	61	1.36
66978490--66978523	17	2.0	17	88	0	50	32	8	2	55	1.45
66982470--66982553	26	3.2	26	93	0	141	35	25	5	33	1.80
66989135--66989173	17	2.3	17	86	0	51	48	5	0	46	1.24
66989146--66989178	17	1.9	17	93	0	57	39	9	0	51	1.34
66992966--66993026	29	2.1	29	100	0	122	44	13	16	26	1.84
67005073--67005125	22	2.3	23	83	6	63	13	7	7	71	1.29
67005516--67005585	32	2.3	30	78	9	77	48	1	2	47	1.25
67010172--67010260	21	4.1	21	85	5	99	12	24	10	52	1.69
67010192--67010260	21	3.3	21	89	2	104	11	26	8	53	1.65
67015894--67015982	31	3.0	29	79	11	90	35	1	11	51	1.45
67020262--67020299	14	2.7	14	91	0	58	47	5	7	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67020283--67020326	19	2.3	19	88	4	61	31	9	9	50	1.65
67020403--67020439	17	2.2	18	90	9	60	40	0	5	54	1.24
67023660--67023781	61	2.1	57	90	6	190	50	6	30	13	1.66
67026964--67027007	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
67026978--67027018	11	3.9	11	78	12	50	53	7	2	36	1.42
67026949--67027136	58	3.4	55	70	14	145	57	6	2	33	1.38
67026989--67027099	45	2.5	45	74	14	104	57	6	1	34	1.34
67027065--67027190	19	5.8	22	66	28	74	56	6	2	34	1.38
67027068--67027164	39	2.4	38	80	14	90	57	6	1	35	1.30
67027116--67027205	27	3.2	27	81	10	94	54	5	5	34	1.47
67027379--67027419	21	1.9	22	90	5	66	51	7	4	36	1.51
67027381--67027447	28	2.4	28	78	12	66	49	5	4	40	1.48
67029282--67029332	21	2.4	21	83	0	66	23	37	13	25	1.92
67029400--67029697	88	3.4	86	79	6	278	35	19	16	28	1.94
67029394--67029938	175	3.3	164	76	12	406	34	20	17	28	1.95
67029636--67030005	76	4.8	76	91	0	533	31	21	18	28	1.97
67029931--67030117	91	2.1	89	88	2	275	37	19	16	26	1.92
67038340--67038378	12	2.9	13	85	14	53	43	7	23	25	1.80
67042353--67042396	21	2.1	21	95	4	81	54	4	6	34	1.47
67042508--67042597	27	3.2	27	81	10	94	54	5	5	34	1.47
67043136--67043206	19	3.8	19	74	18	62	64	1	2	30	1.16
67045420--67045824	186	2.3	170	84	7	510	35	6	14	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67047414--67047473	30	2.0	31	96	3	113	40	6	0	53	1.27
67048245--67048290	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
67048371--67048408	18	2.1	18	100	0	76	55	0	0	44	0.99
67048371--67048413	18	2.6	16	82	13	59	53	0	0	46	1.00
67054166--67054251	28	3.1	27	80	12	104	30	3	2	63	1.23
67054399--67054444	24	2.0	24	86	4	67	30	8	4	56	1.49
67054608--67054662	27	2.0	27	83	13	69	23	3	5	67	1.28
67058193--67058284	20	4.3	21	71	18	57	38	0	2	59	1.09
67058264--67058297	17	2.1	15	89	10	50	41	0	0	58	0.98
67061292--67061339	24	2.0	24	95	0	87	29	18	25	27	1.98
67062239--67062425	101	1.8	102	83	3	252	23	19	18	37	1.94
67068765--67068808	15	2.9	15	86	0	52	18	38	9	34	1.82
67075608--67075650	21	2.1	20	86	4	59	32	2	0	65	1.06
67081774--67081799	13	2.0	13	100	0	52	15	7	38	38	1.76
67086304--67086342	20	1.9	20	89	5	60	33	2	2	61	1.23
67092932--67093307	66	5.7	66	70	2	207	13	26	18	40	1.88
67092932--67093317	132	2.9	132	82	3	463	13	26	18	40	1.88
67093130--67093575	198	2.3	199	90	3	652	15	24	21	39	1.91
67093133--67093575	66	6.7	65	68	10	254	15	24	21	39	1.91
67094996--67095060	29	2.3	29	82	12	82	21	1	4	72	1.11
67095006--67095060	22	2.5	22	85	8	69	23	0	5	70	1.07
67095077--67095114	17	2.2	17	86	9	51	36	2	2	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67095406--67095451	20	2.1	23	88	11	71	65	0	2	32	1.05
67103306--67103335	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
67112902--67112970	33	2.1	33	97	0	129	28	1	23	46	1.61
67114312--67114375	31	2.1	31	90	0	101	37	23	14	25	1.92
67138310--67138432	46	2.6	46	83	6	149	24	30	17	27	1.97
67148967--67149016	10	5.2	10	80	9	59	0	44	0	56	0.99
67148967--67149012	4	11.5	4	85	0	56	0	45	0	54	0.99
67157257--67157308	20	2.5	20	78	3	59	38	0	3	57	1.17
67160131--67160156	12	2.2	12	100	0	52	23	11	7	57	1.59
67162194--67162289	35	2.8	35	90	1	149	29	14	22	33	1.94
67177853--67178010	44	3.6	44	74	10	169	29	17	20	31	1.96
67177856--67178026	88	1.9	88	83	6	222	29	16	22	30	1.96
67179401--67179440	16	2.5	16	88	8	55	25	10	2	62	1.39
67179410--67179469	20	2.7	24	70	20	65	21	8	6	63	1.45
67179401--67179466	20	3.3	20	78	4	62	21	6	6	66	1.35
67179551--67179582	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
67179690--67179728	4	9.5	4	83	5	51	25	5	2	66	1.25
67179741--67179774	6	5.7	6	96	0	59	17	11	2	67	1.34
67179824--67179882	25	2.4	25	100	0	118	33	11	3	50	1.56
67181623--67181895	46	5.9	46	92	0	395	22	23	13	39	1.90
67183401--67183452	27	1.9	27	88	0	77	50	1	11	36	1.50
67183973--67184006	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67185076--67185105	15	2.0	15	93	0	51	16	6	43	33	1.74
67185110--67185164	25	2.2	24	84	9	67	12	0	38	49	1.41
67185960--67186134	57	3.1	56	91	3	282	36	16	15	32	1.90
67186071--67186389	167	1.9	167	85	3	442	37	17	16	28	1.91
67186073--67186331	81	3.1	82	69	10	218	40	14	16	28	1.88
67186349--67186456	54	2.0	54	92	0	180	40	18	12	27	1.87
67186242--67186685	140	3.1	140	86	5	608	38	18	14	27	1.90
67186670--67186705	15	2.6	14	87	12	56	58	5	13	22	1.56
67186670--67186705	14	2.5	15	91	8	58	58	5	13	22	1.56
67186544--67186771	87	2.6	88	88	6	343	37	19	16	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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