genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011040--2011105	15	4.4	15	84	0	87	31	21	13	33	1.92
2017069--2017102	5	6.8	5	100	0	68	38	20	0	41	1.53
2019342--2019375	6	5.7	6	90	10	52	0	14	0	85	0.60
2019410--2019445	15	2.6	13	84	16	54	19	44	2	33	1.65
2019417--2019452	15	2.5	15	95	4	65	19	52	5	22	1.66
2025055--2025166	37	3.0	37	79	13	124	41	2	3	52	1.33
2025071--2025268	62	3.0	68	71	18	191	39	4	5	50	1.45
2041102--2041135	17	1.9	18	88	5	52	73	0	11	14	1.10
2041215--2041283	27	2.6	25	73	15	66	69	2	4	23	1.20
2041645--2041675	16	1.9	16	93	0	53	54	6	0	38	1.26
2041814--2041849	19	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
2041814--2041866	18	2.8	19	80	11	65	41	0	3	54	1.18
2042650--2042695	23	2.1	22	84	8	58	39	2	2	56	1.24
2045437--2045470	15	2.3	15	100	0	68	20	17	26	35	1.95
2046829--2046873	23	1.9	24	81	4	56	57	0	4	37	1.19
2047865--2048075	85	2.5	85	82	1	246	26	18	15	40	1.90
2047985--2048091	42	2.6	41	83	3	124	28	19	14	38	1.90
2076482--2076512	16	2.0	16	93	6	55	45	12	6	35	1.68
2082031--2082095	27	2.4	27	77	10	69	20	26	18	35	1.95
2082047--2082119	27	2.7	28	85	4	96	19	23	21	35	1.96
2082077--2082133	27	2.1	27	83	6	71	22	21	19	36	1.95
2084977--2085130	63	2.5	63	90	4	233	25	11	7	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084977--2085153	63	2.9	63	81	10	213	26	12	6	53	1.64
2090692--2090756	27	2.4	27	77	10	69	20	26	18	35	1.95
2090708--2090780	27	2.7	28	85	4	96	19	23	21	35	1.96
2090738--2090794	27	2.1	27	83	6	71	22	21	19	36	1.95
2093639--2093792	63	2.5	63	90	4	233	25	11	7	55	1.61
2093639--2093815	63	2.9	63	81	10	213	26	12	6	53	1.64
2111469--2111501	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
2111469--2111502	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
2111789--2111860	19	3.9	19	82	10	105	37	13	9	38	1.78
2111792--2111868	19	4.3	19	79	12	74	38	11	11	37	1.78
2111979--2112017	20	1.9	19	85	10	51	15	2	7	74	1.15
2112638--2112789	81	1.9	81	95	2	279	32	17	15	34	1.91
2115619--2115647	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
2117785--2118194	130	3.2	128	81	7	422	32	17	20	29	1.96
2121262--2121332	33	2.2	32	85	11	94	40	1	1	56	1.17
2129451--2129484	9	3.8	9	92	0	59	58	2	0	38	1.13
2129935--2129989	20	2.8	19	81	13	67	40	3	5	50	1.43
2129911--2130045	68	2.0	69	88	1	200	40	3	5	50	1.42
2130177--2130228	26	2.0	26	96	0	95	42	9	3	44	1.55
2132765--2132817	27	2.0	27	82	10	65	47	1	3	47	1.31
2133679--2133748	32	2.2	32	86	0	104	18	5	25	50	1.69
2138696--2138907	104	2.0	104	94	1	372	31	30	19	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139248--2139311	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2139255--2139311	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2140213--2140246	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
2141915--2142010	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
2147901--2147934	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
2156772--2156922	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
2156842--2157063	103	2.2	103	93	1	374	31	31	18	18	1.95
2156935--2156985	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
2157392--2157455	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
2157399--2157455	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
2171383--2171484	50	2.0	50	98	0	195	28	8	13	49	1.72
2172334--2172401	24	2.8	25	86	6	95	36	5	38	19	1.76
2173841--2173954	27	4.1	27	80	11	115	17	21	21	38	1.93
2176785--2176826	18	2.3	18	100	0	84	28	9	26	35	1.88
2180816--2180889	24	3.1	24	86	0	94	33	6	39	20	1.79
2181070--2181099	11	2.7	11	100	0	60	0	26	0	73	0.84
2182334--2182447	27	4.1	27	82	7	131	16	22	22	37	1.93
2186653--2186694	19	2.3	19	95	4	77	21	19	7	52	1.69
2187133--2187243	38	2.9	38	87	0	159	34	9	17	38	1.83
2187347--2187413	29	2.3	29	76	0	71	37	19	11	31	1.88
2188604--2188728	38	3.3	38	82	2	153	36	12	12	38	1.81
2188864--2189021	45	3.5	44	73	8	131	21	17	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188851--2189021	90	1.9	89	80	4	202	22	16	22	38	1.93
2208182--2208235	27	2.0	27	92	0	90	35	5	35	24	1.79
2208985--2209223	117	2.0	117	95	0	424	40	9	22	28	1.85
2210440--2210481	19	2.2	19	95	0	75	11	23	4	59	1.51
2211242--2211281	20	2.0	22	85	14	59	32	5	15	47	1.66
2212195--2212288	24	3.8	25	71	9	68	36	23	23	17	1.95
2221546--2221591	17	2.8	16	84	15	67	56	4	2	36	1.31
2225502--2225538	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
2225688--2225738	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
2225727--2225760	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
2226459--2226508	3	17.0	3	79	4	57	32	0	4	64	1.12
2226649--2226715	23	2.9	23	78	12	75	40	0	25	34	1.56
2226863--2226958	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
2232603--2232635	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
2233893--2234005	35	3.2	34	78	9	111	18	15	32	33	1.92
2236654--2236778	18	6.9	18	81	10	84	37	12	14	36	1.83
2236653--2236778	19	6.9	19	83	10	174	38	11	14	35	1.83
2236656--2236778	54	2.3	54	85	7	169	38	12	13	35	1.83
2236661--2236778	35	3.3	35	91	3	182	38	12	13	35	1.83
2239030--2239080	25	2.0	25	100	0	102	27	23	13	35	1.93
2242000--2242058	7	8.7	7	75	17	54	84	0	15	0	0.62
2241998--2242058	9	6.6	9	81	10	70	85	0	14	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241997--2242058	11	6.1	10	80	15	74	85	0	14	0	0.60
2241997--2242052	22	2.7	22	91	8	91	85	0	14	0	0.59
2243048--2243202	79	1.9	81	90	3	251	29	25	22	22	1.99
2243127--2243270	72	2.0	72	85	9	195	32	25	20	21	1.98
2243281--2244067	206	3.8	206	94	0	1324	30	18	22	28	1.97
2244473--2244590	17	6.6	17	87	7	155	38	12	13	35	1.83
2244473--2244590	18	6.6	18	88	5	168	38	12	13	35	1.83
2244473--2244590	35	3.3	35	91	3	182	38	12	13	35	1.83
2259024--2259125	29	3.4	29	70	11	71	25	17	19	37	1.94
2259010--2259128	60	2.0	59	85	4	159	24	18	20	36	1.94
2259551--2259585	6	5.8	6	100	0	70	34	0	14	51	1.42
2264501--2264534	9	3.8	9	92	0	50	47	14	11	26	1.79
2264498--2264534	18	2.1	18	94	0	65	48	13	10	27	1.75
2264924--2264988	18	3.6	18	76	15	71	21	29	0	49	1.50
2265953--2266115	57	2.9	57	85	9	207	28	20	6	43	1.77
2272148--2272184	17	2.3	15	86	13	56	45	0	2	51	1.15
2277570--2277750	73	2.5	72	75	7	175	37	23	23	16	1.94
2277621--2277761	25	5.6	25	71	12	103	36	24	23	16	1.94
2277621--2277770	26	6.0	26	73	9	109	36	23	24	16	1.94
2282195--2282232	10	3.9	10	86	3	51	23	0	0	76	0.79
2283638--2283691	22	2.4	23	84	6	74	22	24	18	35	1.96
2283620--2283730	23	4.8	22	75	13	91	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285116--2285145	11	2.8	11	95	5	53	83	0	0	16	0.65
2286805--2286885	41	2.0	41	100	0	162	28	14	17	39	1.89
2291536--2291563	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2291893--2291926	12	2.8	12	90	0	59	29	0	0	70	0.87
2291893--2291931	12	3.4	11	86	10	51	33	0	0	66	0.92
2292143--2292185	22	2.0	22	85	0	59	60	9	11	18	1.57
2292150--2292190	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
2292151--2292200	22	2.3	22	86	6	66	60	6	16	18	1.55
2300451--2300479	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
2303245--2303424	88	2.0	88	95	0	324	31	20	15	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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