genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59120617--59120833	117	1.9	117	85	1	301	20	23	13	42	1.87
59120734--59120889	46	3.4	45	88	3	213	23	23	12	41	1.88
59120665--59120797	71	1.9	71	85	0	185	19	24	12	43	1.86
59122707--59122754	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
59125857--59125901	17	2.6	17	82	0	54	31	8	20	40	1.83
59140590--59140627	8	4.8	8	83	9	51	57	0	2	39	1.12
59140589--59140635	24	2.0	24	83	8	60	59	0	4	36	1.17
59140626--59140668	19	2.3	19	84	11	61	76	0	11	11	1.02
59145791--59145870	40	2.0	39	87	2	115	27	15	26	31	1.95
59145891--59145959	28	2.5	28	82	0	75	30	17	27	24	1.97
59150048--59150072	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
59151197--59151239	20	2.2	20	100	0	86	48	18	4	27	1.68
59152983--59153018	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
59161190--59161364	70	2.5	69	85	2	217	28	14	22	33	1.94
59161368--59161744	73	5.2	71	88	6	503	29	16	20	33	1.95
59161653--59161832	88	2.1	84	86	10	247	27	16	19	36	1.93
59161364--59162014	144	4.4	147	81	11	684	29	16	20	34	1.94
59161738--59162037	75	4.1	74	83	9	373	29	16	19	34	1.93
59161509--59161975	233	2.0	228	86	8	649	28	16	19	34	1.94
59161906--59162263	125	2.8	129	79	11	378	27	15	22	34	1.94
59162168--59162309	72	2.0	73	91	1	232	21	15	23	38	1.92
59162301--59162498	73	2.8	71	84	3	256	30	14	21	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59162518--59162552	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
59162160--59162892	233	3.2	225	81	10	758	27	16	22	34	1.95
59162371--59162858	160	3.0	161	83	9	586	27	16	21	34	1.95
59162705--59162892	75	2.5	74	90	4	281	32	15	21	30	1.94
59163644--59163672	15	1.9	15	100	0	58	13	48	0	37	1.43
59163616--59163701	45	1.9	44	95	2	154	22	47	2	27	1.63
59163661--59163732	29	2.4	30	93	2	119	25	50	2	22	1.63
59164208--59164289	23	3.5	23	72	12	62	35	3	3	57	1.34
59164282--59164349	29	2.3	29	80	5	75	36	2	2	57	1.29
59164287--59164429	25	5.6	25	70	15	96	34	6	4	55	1.45
59164260--59164377	54	2.1	55	84	6	150	33	5	3	57	1.37
59164312--59164374	31	2.0	31	84	6	83	34	4	3	57	1.36
59164306--59164396	27	3.3	26	72	13	76	32	5	5	56	1.46
59164407--59164462	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
59164583--59164622	8	5.3	7	93	6	53	30	0	5	65	1.14
59164583--59164622	15	2.6	15	88	11	55	30	0	5	65	1.14
59171425--59171487	29	2.2	27	83	8	72	33	19	9	38	1.84
59171436--59171491	29	1.9	29	96	0	103	35	21	7	35	1.81
59174906--59174949	17	2.3	20	88	11	67	0	20	0	79	0.73
59193245--59193287	22	2.0	22	86	9	61	55	2	2	39	1.25
59193583--59193613	15	2.1	14	94	5	53	16	0	0	83	0.64
59195385--59195429	25	1.9	22	86	13	63	71	0	26	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59198086--59198256	86	2.0	86	100	0	342	31	23	15	29	1.95
59201842--59201889	16	3.2	15	77	8	53	27	2	0	70	0.98
59201707--59202413	143	5.0	142	85	7	927	27	6	8	58	1.50
59201707--59202424	283	2.5	279	85	6	948	27	5	8	58	1.50
59202855--59202893	20	2.0	20	89	0	60	0	33	0	66	0.92
59202848--59202908	12	4.8	12	77	16	61	0	29	0	70	0.88
59202933--59202966	3	11.3	3	93	0	59	0	38	0	61	0.96
59203049--59203090	22	1.9	22	90	0	66	11	26	40	21	1.88
59203108--59203160	27	2.0	27	100	0	106	7	37	33	20	1.81
59204049--59204079	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
59214573--59214704	35	3.6	38	77	9	132	33	22	11	32	1.90
59216314--59216360	23	2.0	23	84	8	60	36	10	23	29	1.89
59219576--59219642	34	2.0	34	90	0	107	22	25	19	32	1.97
59222831--59222856	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
59227498--59227529	6	5.3	6	92	0	55	31	0	3	65	1.08
59231256--59231292	6	6.2	6	100	0	74	83	0	0	16	0.64
59232371--59232416	3	15.3	3	90	0	74	34	2	0	63	1.07
59232569--59232633	19	3.5	20	76	19	77	36	0	0	63	0.95
59233211--59233271	31	2.0	31	87	6	90	57	13	8	21	1.62
59241371--59241425	27	2.0	27	100	0	110	34	10	21	32	1.89
59242570--59242694	64	1.9	65	85	9	175	56	13	13	16	1.68
59242652--59242801	80	1.9	78	86	4	212	51	16	14	18	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59250172--59250218	18	2.6	18	82	0	67	48	8	36	6	1.59
59250711--59250880	84	2.0	85	84	5	220	28	16	18	36	1.93
59258047--59258086	19	2.2	18	90	4	62	15	27	5	52	1.63
59260070--59260100	1	31.0	1	100	0	62	0	100	0	0	0.00
59261575--59261601	13	2.1	13	100	0	54	7	14	29	48	1.71
59261896--59261966	31	2.3	31	82	4	81	38	8	11	42	1.71
59263077--59263162	42	2.0	42	86	4	120	31	13	17	37	1.89
59267673--59267698	9	2.9	9	100	0	52	46	11	23	19	1.82
59271322--59271361	15	2.7	15	84	3	55	45	7	0	47	1.31
59289004--59289065	31	2.0	31	96	0	115	40	9	3	46	1.53
59289408--59289491	40	2.1	40	100	0	168	23	20	23	32	1.98
59294094--59294145	10	5.3	10	79	2	61	73	1	0	25	0.94
59294094--59294160	20	3.3	21	81	8	77	70	1	0	28	0.96
59294094--59294171	21	3.8	21	78	11	74	69	1	1	28	1.04
59294179--59294227	25	2.0	24	92	4	80	57	2	0	40	1.10
59298950--59298986	18	2.1	18	94	0	65	59	5	8	27	1.48
59302051--59302088	20	1.9	20	88	0	58	26	21	15	36	1.93
59302731--59302770	21	2.0	20	85	5	53	32	0	25	42	1.55
59308077--59308160	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
59314711--59314770	31	1.9	31	96	0	111	33	21	11	33	1.90
59314999--59315032	10	3.4	10	87	0	50	26	58	11	2	1.47
59329582--59329622	21	1.9	22	90	5	66	58	4	7	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59331971--59332055	42	2.0	42	100	0	170	47	16	9	27	1.77
59332753--59332786	17	1.9	18	88	5	52	0	0	17	82	0.67
59333176--59333223	25	1.9	25	95	0	87	47	2	10	39	1.49
59335979--59336020	3	13.7	3	95	5	75	33	33	0	33	1.58
59350937--59351398	130	3.6	130	82	4	513	27	17	17	37	1.93
59355452--59355509	13	4.5	13	84	0	80	24	8	27	39	1.84
59359159--59359221	24	2.6	24	80	9	67	25	4	6	63	1.38
59359180--59359236	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
59359428--59359482	16	3.6	16	73	14	53	38	1	3	56	1.28
59359432--59359510	41	2.0	39	85	9	106	35	1	3	59	1.24
59359687--59359782	3	31.3	3	83	8	122	31	5	1	62	1.24
59372121--59372560	44	10.3	44	85	5	589	29	16	31	22	1.96
59372121--59372549	128	3.4	125	87	5	599	28	16	31	22	1.96
59372121--59372560	84	5.1	84	88	3	610	29	16	31	22	1.96
59373999--59374061	24	2.6	24	80	9	67	25	4	6	63	1.38
59374020--59374076	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
59374262--59374316	16	3.6	16	73	14	53	38	1	3	56	1.28
59374266--59374344	41	2.0	39	85	9	106	35	1	3	59	1.24
59374527--59374582	3	18.0	3	75	14	51	30	7	1	60	1.33
59377487--59377572	3	28.7	3	68	9	50	56	5	0	37	1.23
59377494--59377567	11	6.7	11	69	10	53	55	6	0	37	1.27
59377467--59377567	33	3.2	32	89	8	140	53	6	0	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59379468--59379643	48	3.7	48	70	7	135	39	19	16	24	1.91
59381507--59382058	201	2.7	201	90	5	844	38	15	13	31	1.87
59384294--59384333	17	2.3	18	86	4	55	45	12	5	37	1.64
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59388830--59388860	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
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59391419--59391451	11	3.1	11	91	8	59	54	9	18	18	1.69
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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