genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70701011--70701039	13	2.1	14	93	6	51	27	0	3	68	1.05
70703736--70703766	6	5.0	6	96	4	53	19	32	16	32	1.94
70705747--70705783	18	2.1	18	89	0	56	13	13	18	54	1.71
70708795--70708830	9	4.0	9	85	0	54	61	0	0	38	0.96
70708779--70708852	18	4.0	18	78	7	69	62	1	2	33	1.18
70708896--70708932	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
70708987--70709039	23	2.3	23	84	12	65	54	9	3	32	1.50
70709008--70709085	30	2.6	30	78	11	88	55	7	2	34	1.42
70709114--70709186	12	6.2	12	71	17	55	56	8	1	34	1.38
70709123--70709172	23	2.2	22	89	3	73	60	6	0	34	1.21
70711009--70711300	93	3.3	87	73	13	213	39	18	15	26	1.91
70711082--70711116	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
70711048--70711277	93	2.6	90	82	10	258	35	19	15	30	1.93
70711376--70711608	90	2.6	89	82	7	274	37	17	15	30	1.90
70711525--70711738	74	2.9	73	83	6	254	30	20	16	32	1.95
70720260--70720293	8	4.5	8	96	3	54	64	5	0	29	1.17
70720253--70720300	16	3.1	15	84	6	60	64	4	2	29	1.23
70720412--70720465	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
70720428--70720513	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
70720536--70720665	23	5.5	23	68	17	70	58	2	3	35	1.29
70721146--70721320	30	5.8	30	88	1	228	21	4	48	26	1.68
70727119--70727173	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70727271--70727327	26	2.2	25	81	9	62	57	0	10	31	1.32
70727580--70727615	9	4.0	9	85	0	54	58	2	0	38	1.13
70727577--70727614	18	2.1	18	95	0	67	60	2	0	36	1.11
70727681--70727717	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
70727774--70727829	24	2.3	24	82	14	62	57	8	3	30	1.47
70727801--70727875	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
70727913--70727956	23	2.0	22	90	4	70	61	6	0	31	1.22
70731732--70731757	11	2.4	11	100	0	52	34	0	19	46	1.50
70733603--70733645	18	2.4	19	80	7	54	51	0	4	44	1.22
70734501--70734552	6	8.7	6	97	0	86	53	0	0	46	1.00
70735052--70735115	25	2.4	25	78	14	67	59	1	1	37	1.16
70735058--70735113	25	2.2	26	87	6	78	60	1	0	37	1.07
70739819--70739889	19	3.7	19	76	17	67	56	4	0	39	1.19
70740872--70740930	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
70752845--70752871	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
70757976--70758008	14	2.4	14	95	5	59	57	15	6	21	1.59
70766151--70766207	29	2.0	29	89	6	89	33	47	1	17	1.58
70766167--70766252	37	2.3	37	84	7	129	29	52	1	17	1.52
70766338--70766382	11	4.0	11	82	2	54	31	0	26	42	1.56
70766594--70766730	63	2.2	64	83	9	165	25	4	5	64	1.35
70767198--70767434	127	1.9	126	91	0	393	30	15	15	37	1.89
70770461--70770504	20	2.2	20	87	4	61	50	25	2	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70771319--70771348	15	2.0	15	93	0	51	36	13	0	50	1.42
70773375--70773450	18	3.9	18	70	18	55	47	19	1	31	1.58
70773393--70773460	23	3.2	23	68	20	74	48	17	2	30	1.62
70773374--70773460	41	2.1	41	97	0	165	47	18	2	32	1.61
70773923--70773965	14	3.1	14	79	0	50	58	6	0	34	1.25
70774576--70774623	22	2.1	22	84	7	60	47	27	2	22	1.62
70776472--70776515	22	2.0	22	100	0	88	31	18	13	36	1.90
70777563--70777597	12	2.9	12	91	0	52	17	0	8	74	1.06
70778775--70778807	16	2.0	17	88	5	50	69	3	0	27	1.03
70781574--70782253	342	2.0	337	92	3	1108	27	13	18	41	1.88
70784235--70784314	39	2.1	39	100	0	160	26	18	27	27	1.98
70789843--70791405	442	3.6	420	75	12	1299	37	19	16	26	1.93
70793185--70793219	18	1.9	18	88	0	52	42	0	0	57	0.99
70793178--70793270	13	6.9	13	71	12	55	34	1	0	64	1.01
70793200--70793271	31	2.3	31	79	9	76	34	1	0	63	1.03
70793217--70793268	26	2.0	27	84	3	70	34	1	0	63	1.06
70794840--70794887	18	2.7	18	80	0	60	60	4	2	33	1.27
70794911--70795193	138	2.1	138	98	0	548	44	7	13	34	1.72
70798609--70798642	17	2.0	17	94	0	59	32	0	8	58	1.29
70800564--70800684	61	2.0	61	90	3	190	28	14	14	42	1.85
70805169--70805193	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
70805193--70805222	2	15.5	2	93	6	53	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70815403--70815439	18	2.1	18	90	10	58	43	0	5	51	1.24
70822711--70822886	50	3.5	50	81	9	182	25	17	27	29	1.98
70823386--70823467	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
70824955--70825007	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
70827500--70827536	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
70827687--70827737	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
70827726--70827759	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
70828853--70828948	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
70834967--70835003	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
70835152--70835204	13	3.9	13	76	13	54	71	0	11	16	1.13
70835193--70835226	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
70836100--70836177	24	3.1	25	80	9	70	39	0	26	33	1.57
70836321--70836416	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
70837925--70837962	18	2.1	18	85	9	51	39	0	5	55	1.23
70838109--70838137	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
70838107--70838152	15	2.9	15	83	9	56	58	8	26	6	1.52
70838518--70838558	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
70838879--70838928	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
70839564--70839604	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
70840673--70840736	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
70840930--70841047	23	5.0	24	90	5	170	27	22	22	27	1.99
70841097--70841163	20	3.3	20	87	0	98	34	22	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70848785--70848849	32	2.0	32	93	0	112	23	23	15	38	1.92
70849057--70849160	23	4.4	24	93	3	167	27	22	21	28	1.99
70849273--70849320	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91
70853940--70854148	52	4.1	51	87	9	293	35	14	22	27	1.93
70853932--70854148	98	2.1	99	87	6	301	35	14	22	26	1.93
70854044--70854148	46	2.3	46	94	0	183	37	13	21	27	1.91
70854112--70854220	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
70858684--70858712	15	1.9	15	100	0	58	65	6	20	6	1.40
70858682--70858727	15	2.9	15	83	9	56	58	8	26	6	1.52
70859098--70859138	23	1.9	21	85	14	57	53	0	21	24	1.46
70859468--70859517	15	3.3	15	78	10	66	38	2	10	50	1.48
70859723--70859761	18	2.2	18	90	0	60	48	0	20	30	1.50
70859962--70860037	27	2.7	27	84	13	93	19	2	36	40	1.66
70862081--70862122	18	2.3	18	95	0	75	26	21	23	28	1.99
70862139--70862335	109	1.8	109	84	0	268	31	16	12	39	1.86
70862339--70862475	31	4.4	31	84	6	168	27	27	18	26	1.98
70862339--70862475	63	2.2	63	86	2	186	27	27	18	26	1.98
70872362--70872387	12	2.2	12	100	0	52	23	7	0	69	1.14
70872704--70872729	12	2.2	12	100	0	52	23	7	0	69	1.14
70872221--70872905	342	2.0	342	98	0	1325	28	13	14	43	1.83
70881655--70881695	20	2.0	20	86	9	57	60	0	7	31	1.24
70881885--70881948	32	2.0	32	100	0	128	28	6	15	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70883906--70883952	22	2.2	21	88	3	67	59	0	0	40	0.97
70884056--70884080	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
70890912--70890954	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
70894661--70894712	25	2.1	25	88	0	77	32	17	9	40	1.82
70903898--70903922	9	2.8	9	100	0	50	44	0	8	48	1.32
70904609--70904686	36	2.2	36	92	0	129	47	2	37	12	1.56
70916452--70916507	22	2.6	23	83	11	73	42	3	0	53	1.18
70918384--70918545	47	3.4	47	82	1	191	27	14	26	30	1.95
70923610--70923652	17	2.4	18	80	11	52	51	13	0	34	1.42
70925742--70925811	30	2.3	29	81	13	72	54	2	7	35	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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