genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14442821--14442947	66	1.9	66	83	3	166	15	44	10	29	1.79
14449140--14449216	24	3.3	23	76	7	75	53	3	1	41	1.27
14454145--14454182	10	3.8	10	86	10	51	47	0	10	42	1.38
14454141--14454182	19	2.2	19	87	8	59	47	0	9	42	1.36
14466208--14466254	9	5.3	9	79	5	51	55	12	10	21	1.67
14466214--14466255	18	2.4	17	84	7	57	54	14	9	21	1.68
14467398--14467449	21	2.5	22	78	9	63	65	5	11	17	1.44
14470273--14470303	16	2.0	16	93	6	55	80	6	0	12	0.89
14473605--14473676	32	2.3	30	76	9	72	75	1	2	20	1.01
14484004--14484256	129	2.0	129	92	0	425	28	25	16	29	1.97
14488546--14488597	26	2.0	26	100	0	104	34	23	7	34	1.83
14497276--14497329	25	2.2	25	82	0	63	27	24	14	33	1.94
14500105--14500147	20	2.1	21	83	12	54	41	16	0	41	1.48
14502667--14502785	57	2.1	58	82	4	143	27	18	6	47	1.74
14505337--14505390	26	2.1	26	92	0	90	33	7	22	37	1.82
14512348--14512455	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
14519910--14519938	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
14527073--14527254	91	2.0	91	97	0	346	29	19	21	29	1.97
14531621--14531645	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14535172--14535209	13	2.8	13	92	4	58	42	0	13	44	1.43
14536155--14536193	18	2.2	18	100	0	78	20	0	28	51	1.48
14539131--14539174	20	2.2	20	83	4	52	52	13	27	6	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14541770--14541820	26	2.0	26	100	0	102	41	15	0	43	1.47
14546952--14547017	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
14546969--14547121	19	8.2	19	91	7	251	35	16	9	37	1.82
14546969--14547121	36	4.1	37	89	8	231	35	16	9	37	1.82
14546969--14547121	55	2.7	55	96	2	279	35	16	9	37	1.82
14552435--14552468	16	2.1	17	88	5	52	26	23	5	44	1.76
14577118--14577357	50	4.8	50	81	2	257	31	25	17	25	1.97
14584011--14584153	60	2.3	62	80	10	152	27	24	19	28	1.99
14585631--14585685	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
14588628--14588757	41	3.2	41	76	2	145	22	22	18	36	1.95
14591076--14591169	43	2.2	42	83	7	109	31	25	14	27	1.95
14591292--14591341	26	1.9	26	95	0	91	56	8	2	34	1.40
14602835--14602867	14	2.4	14	95	5	59	18	33	24	24	1.97
14603032--14603068	18	2.0	19	89	5	58	27	18	10	43	1.83
14613523--14613552	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
14619961--14620188	49	4.6	49	81	3	258	31	27	15	25	1.96
14619961--14620188	101	2.3	98	83	2	276	31	27	15	25	1.96
14624723--14624788	33	2.0	33	88	5	98	30	25	4	39	1.76
14626995--14627071	38	2.0	39	89	2	120	33	23	9	33	1.86
14627725--14627768	22	1.9	24	86	9	65	38	15	2	43	1.60
14632225--14632332	45	2.5	45	77	8	109	25	17	27	29	1.97
14641624--14641723	33	3.0	33	92	0	173	24	12	33	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14645332--14645364	16	2.1	16	100	0	66	45	24	12	18	1.83
14656757--14656874	43	2.8	43	80	3	132	23	18	27	29	1.98
14663272--14664475	603	2.0	599	88	2	1797	46	20	12	20	1.82
14669217--14669290	38	1.9	38	100	0	148	29	22	29	17	1.97
14671942--14672503	48	11.6	47	78	8	495	24	28	19	27	1.99
14671942--14672503	144	3.9	143	86	7	688	24	28	19	27	1.99
14672423--14672516	48	2.0	48	91	0	152	31	31	13	22	1.93
14674066--14674101	14	2.6	14	86	0	54	75	0	2	22	0.94
14675230--14675281	25	2.1	25	100	0	104	15	32	26	25	1.95
14676412--14676492	25	3.3	25	80	1	83	28	22	25	23	1.99
14681100--14681197	38	2.5	38	83	6	108	47	11	6	34	1.64
14682805--14682896	25	3.7	25	82	4	107	30	20	23	25	1.99
14682798--14682909	50	2.3	51	78	4	122	29	21	22	26	1.99
14685782--14685954	46	3.8	45	79	10	197	21	19	30	28	1.98
14685775--14685946	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
14694444--14694556	48	2.4	46	82	8	140	27	22	22	28	1.99
14694444--14694576	45	2.9	47	81	7	146	26	21	23	28	1.99
14702880--14702910	15	2.1	15	100	0	62	35	12	6	45	1.68
14708852--14709131	48	5.9	48	71	11	209	28	25	19	25	1.99
14709404--14709538	67	2.0	67	100	0	270	40	16	2	40	1.63
14710843--14710960	58	2.0	58	90	4	184	27	10	22	38	1.87
14713010--14713048	6	6.5	6	96	0	69	35	0	35	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14713435--14713468	17	1.9	18	94	5	61	26	0	8	64	1.22
14715757--14715971	45	4.9	45	80	5	217	26	20	26	26	1.99
14727513--14727880	48	7.6	48	76	9	272	28	17	29	24	1.97
14727560--14727830	146	1.8	148	85	4	388	27	16	29	25	1.97
14727482--14727878	194	2.0	193	85	5	523	28	17	28	25	1.97
14730164--14730261	28	3.5	27	77	10	90	27	16	30	25	1.96
14730212--14730315	54	1.9	54	80	7	122	30	16	27	25	1.96
14730366--14730432	32	2.1	32	85	0	89	38	10	19	31	1.85
14734664--14734709	23	2.0	23	95	0	83	36	26	19	17	1.94
14750015--14750055	16	2.4	18	84	8	50	53	12	0	34	1.38
14752054--14752123	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
14763608--14763646	20	2.0	20	84	0	51	38	0	17	43	1.50
14768761--14768932	59	2.9	58	83	3	236	32	30	14	22	1.94
14772189--14772313	37	3.4	37	95	0	223	24	31	19	24	1.98
14772463--14772902	48	9.1	48	95	1	790	32	25	5	36	1.80
14772463--14772902	146	3.0	146	96	1	805	32	25	5	36	1.80
14776683--14776746	23	3.0	23	61	25	59	23	28	23	25	2.00
14776366--14776752	40	9.7	40	91	0	594	26	28	21	23	1.99
14778009--14778154	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
14778301--14778741	48	9.1	48	92	2	738	32	25	5	36	1.80
14778301--14778741	98	4.6	96	92	1	738	32	25	5	36	1.80
14778301--14778741	146	3.0	146	95	0	778	32	25	5	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14781120--14781152	14	2.4	14	94	0	57	45	15	18	21	1.85
14790444--14790476	14	2.4	14	100	0	66	60	0	0	39	0.97
14794909--14794955	24	2.0	24	100	0	94	38	12	8	40	1.74
14796143--14796188	4	11.0	4	86	9	65	21	2	2	73	1.04
14796143--14796188	21	2.2	21	88	7	67	21	2	2	73	1.04
14796143--14796190	17	2.9	16	90	6	69	20	2	2	75	1.02
14796542--14796601	10	5.9	10	74	14	52	58	1	0	40	1.08
14796557--14796630	28	2.6	28	82	4	76	59	2	1	36	1.20
14813620--14813644	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
14820806--14820853	14	3.3	15	77	14	55	58	0	4	37	1.18
14822016--14822131	9	12.1	9	69	15	72	30	3	3	62	1.28
14822022--14822106	10	8.8	10	70	21	56	30	2	3	63	1.24
14822203--14822289	27	3.3	26	71	14	79	32	2	4	60	1.29
14822328--14822417	31	3.0	30	82	8	101	47	12	7	32	1.69
14824909--14824961	27	1.9	27	84	3	70	16	11	1	69	1.26
14833950--14834412	230	2.0	230	95	0	827	35	23	12	28	1.91
14851890--14852262	158	2.4	158	83	5	441	28	13	20	38	1.89
14854363--14854425	30	2.1	30	93	0	108	58	12	3	25	1.49
14862572--14862611	16	2.5	17	74	25	50	62	10	7	20	1.50
14869660--14869684	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
14869661--14869792	62	2.1	62	88	5	196	27	21	7	43	1.79
14870551--14870631	11	7.3	11	70	22	53	53	1	1	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14870562--14870631	37	1.9	35	83	13	88	54	1	1	42	1.18
14877168--14877318	38	3.9	38	85	1	176	31	26	20	21	1.98
14877168--14877318	76	2.0	78	84	5	200	31	26	20	21	1.98
14884781--14884971	38	4.9	38	92	1	229	30	25	23	20	1.99
14887934--14888002	30	2.4	30	82	4	79	30	18	10	40	1.84
14890596--14890661	13	5.1	13	81	7	89	36	24	7	31	1.83
14892635--14892690	22	2.5	22	91	0	76	16	32	39	12	1.85
14901945--14902040	4	24.8	4	71	22	55	25	2	0	72	0.95
14901932--14902003	22	3.1	22	84	13	74	22	1	0	76	0.86
14901923--14902024	34	3.1	30	86	12	114	23	1	0	73	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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