genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20600928--20600957	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
20603634--20603670	18	2.1	18	100	0	74	27	10	10	51	1.70
20606030--20606078	19	2.5	19	80	9	55	57	4	2	36	1.30
20606945--20606995	26	2.0	26	84	7	68	37	13	7	41	1.74
20608291--20608339	19	2.4	20	80	13	55	38	0	0	61	0.96
20608772--20608846	29	2.6	28	78	14	71	57	8	0	34	1.28
20613572--20613605	15	2.3	15	89	0	50	50	17	11	20	1.77
20615827--20616051	39	5.7	40	80	9	230	25	20	27	26	1.99
20623764--20623986	40	5.7	40	84	7	262	24	21	27	26	1.99
20623764--20624019	80	3.2	80	81	9	208	25	21	27	25	1.99
20627284--20627370	44	2.0	44	83	0	111	29	17	22	29	1.97
20633917--20634096	76	2.3	80	79	10	201	25	28	22	24	1.99
20633898--20634098	40	5.1	39	80	9	196	24	27	22	24	2.00
20641948--20642125	79	2.2	81	82	10	217	24	28	22	24	1.99
20641948--20642125	40	4.5	40	82	10	206	24	28	22	24	1.99
20652973--20653136	38	4.2	38	85	4	211	20	20	25	34	1.96
20653130--20653242	46	2.5	46	84	8	137	23	23	27	24	2.00
20656581--20656685	43	2.5	42	81	4	122	35	29	13	21	1.92
20675579--20675794	119	1.8	120	83	7	287	26	27	20	25	1.99
20675608--20675799	79	2.4	79	81	10	212	26	29	19	25	1.99
20675577--20675801	40	5.7	40	80	8	253	26	28	20	24	1.99
20683580--20683801	79	2.8	79	83	8	281	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20683580--20683803	40	5.7	40	84	7	278	25	28	21	24	1.99
20689889--20689939	26	1.9	27	88	4	77	39	21	17	21	1.93
20691006--20691081	24	3.3	24	80	14	88	46	10	28	14	1.78
20694607--20694650	19	2.4	18	85	7	54	50	0	11	38	1.39
20697132--20697170	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
20697220--20697351	25	5.4	24	94	3	212	29	19	22	28	1.98
20697222--20697374	50	3.1	49	87	8	213	30	19	22	26	1.98
20697559--20697622	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
20699909--20699959	13	4.2	13	73	14	54	13	0	15	70	1.17
20701076--20701343	43	6.2	42	74	12	186	24	16	26	32	1.96
20701076--20701276	43	4.7	42	78	7	210	24	18	26	30	1.98
20701076--20701276	84	2.4	84	88	4	271	24	18	26	30	1.98
20702707--20702739	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
20704007--20704143	48	2.9	48	82	0	157	29	24	20	26	1.99
20706715--20706750	17	2.1	18	94	5	65	27	33	16	22	1.95
20707928--20708199	27	10.1	27	85	0	312	22	18	19	40	1.91
20707928--20708199	81	3.4	81	87	1	357	22	18	19	40	1.91
20711127--20711205	38	2.1	38	95	0	140	32	26	15	25	1.95
20711739--20711811	34	2.1	34	87	0	101	23	23	20	32	1.98
20714161--20714245	44	1.9	44	88	4	127	28	12	24	34	1.92
20717731--20717953	40	5.7	40	84	7	278	24	21	27	25	1.99
20723618--20723668	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20723524--20723746	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
20724075--20724138	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
20724082--20724138	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
20728678--20728902	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
20728685--20728935	119	2.1	119	81	7	278	26	21	26	25	1.99
20734225--20734282	15	3.9	15	76	17	66	12	13	12	62	1.56
20735808--20735951	49	2.9	48	81	8	164	29	24	18	27	1.98
20740382--20740536	43	3.7	43	81	3	206	29	27	18	25	1.98
20744412--20744464	23	2.4	22	76	20	56	9	24	1	64	1.34
20753575--20753782	80	2.6	80	83	5	242	24	21	26	27	1.99
20753571--20753782	40	5.3	40	84	3	214	24	20	26	28	1.99
20755740--20755781	21	2.0	21	95	0	75	40	28	11	19	1.87
20757255--20757361	56	1.9	56	98	0	205	24	15	30	28	1.96
20759473--20759506	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
20761872--20761960	29	3.1	29	86	1	126	30	30	14	24	1.95
20768590--20768647	30	1.9	30	89	0	89	36	8	24	31	1.85
20769187--20769270	44	1.9	44	85	4	116	39	11	25	23	1.89
20769410--20769531	47	2.6	47	92	0	199	36	13	22	27	1.92
20769510--20769915	54	7.6	54	78	9	397	35	17	24	22	1.95
20769457--20769903	209	2.1	209	96	0	822	35	16	24	23	1.95
20769564--20769864	155	1.9	154	82	6	367	34	16	24	23	1.95
20770029--20770062	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20774461--20774620	43	3.8	43	76	11	159	30	24	16	28	1.97
20780087--20780147	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20781947--20781997	16	3.2	16	82	0	57	52	23	15	7	1.68
20782213--20782324	28	4.0	29	82	4	122	28	14	28	28	1.95
20798943--20799124	40	4.5	40	89	2	258	31	28	17	22	1.97
20802856--20802900	24	1.9	23	82	13	56	55	4	0	40	1.20
20808530--20808602	24	3.0	24	97	0	137	31	15	12	41	1.84
20812849--20812887	18	2.1	19	90	4	62	64	2	0	33	1.08
20813848--20813887	19	2.2	19	86	8	57	40	12	5	42	1.64
20816541--20816573	18	1.9	17	88	11	50	24	39	18	18	1.92
20824064--20824288	40	5.7	40	85	5	269	25	28	21	24	1.99
20824066--20824288	119	1.9	120	83	6	292	25	28	21	24	1.99
20832222--20832428	40	5.2	40	82	8	217	26	28	20	24	1.99
20832222--20832428	79	2.6	79	81	6	211	26	28	20	24	1.99
20840534--20840593	27	2.2	27	88	5	86	25	15	25	35	1.94
20842542--20842590	24	2.0	24	100	0	98	20	34	16	28	1.94
20842584--20842897	46	6.6	49	74	11	153	24	29	18	27	1.98
20842584--20842860	46	5.8	48	74	10	212	23	30	18	27	1.98
20847319--20847364	17	2.6	17	89	3	65	41	2	23	32	1.67
20848836--20849022	50	3.7	49	81	7	225	29	25	18	26	1.98
20848793--20849022	50	4.6	50	79	6	218	30	25	18	26	1.98
20855548--20855588	8	4.8	8	88	11	55	12	9	0	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20855547--20855588	9	4.7	9	85	8	59	11	9	0	78	0.96
20855544--20855633	18	5.1	17	69	22	51	12	8	3	75	1.15
20855548--20855651	55	1.9	55	84	7	140	15	8	2	73	1.20
20855707--20855752	21	2.1	22	84	11	60	36	0	2	60	1.09
20855672--20855760	22	4.0	23	72	19	71	40	0	2	57	1.11
20855776--20855846	37	1.9	36	88	2	106	43	1	4	50	1.30
20856418--20856448	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
20856410--20856447	16	2.4	16	90	0	58	42	2	0	55	1.14
20856525--20856587	29	2.2	28	88	8	92	53	3	1	41	1.26
20856565--20856633	10	7.3	9	79	6	66	49	2	1	46	1.25
20856565--20856633	19	3.7	18	75	9	66	49	2	1	46	1.25
20856603--20856641	20	1.9	21	94	5	71	58	0	0	41	0.98
20860122--20860244	30	4.1	30	85	3	149	29	26	20	23	1.99
20861640--20861681	19	2.3	19	91	4	68	33	33	14	19	1.91
20863491--20863568	34	2.3	33	78	10	86	71	5	6	16	1.25
20863567--20863630	26	2.4	28	81	7	78	45	1	3	50	1.27
20863567--20863632	27	2.5	26	82	5	78	43	1	3	51	1.26
20863792--20863830	18	2.2	18	90	0	60	33	0	0	66	0.92
20864092--20864178	22	4.0	21	69	23	63	56	2	0	41	1.12
20864090--20864180	23	4.1	22	72	13	62	54	2	0	42	1.12
20864163--20864214	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
20864222--20864310	18	5.1	18	70	18	55	74	2	11	12	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20864259--20864300	9	4.8	9	88	5	68	78	0	9	11	0.96
20865662--20865891	50	4.6	49	80	6	241	31	24	17	26	1.97
20865662--20865891	101	2.3	99	84	4	275	31	24	17	26	1.97
20875569--20875830	54	4.9	54	84	9	290	24	24	15	35	1.94
20882772--20882888	29	4.0	29	81	0	126	28	29	12	29	1.93
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20886039--20886224	53	3.5	52	81	7	212	27	26	13	32	1.94
20886304--20886337	17	2.1	16	88	5	50	23	11	2	61	1.43
20889061--20889316	39	6.6	39	89	1	363	28	26	21	22	1.99
20893050--20893083	17	2.0	17	94	0	59	61	8	0	29	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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