genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7837630--7837752	50	2.4	51	89	2	185	36	16	21	25	1.94
7837734--7837883	31	4.8	31	84	4	185	30	19	24	26	1.98
7841738--7841960	46	4.8	46	84	1	286	40	14	23	21	1.90
7842663--7842713	21	2.4	21	96	0	93	13	17	21	47	1.82
7842744--7842807	19	3.2	21	75	20	82	14	25	20	40	1.89
7842726--7842807	39	2.1	39	100	0	164	14	25	20	39	1.91
7846124--7846224	50	2.0	50	100	0	202	44	19	7	27	1.79
7847119--7847150	16	2.0	16	100	0	64	43	18	6	31	1.75
7862162--7862202	21	2.0	20	90	4	64	7	19	0	73	1.07
7862168--7862202	10	3.4	10	88	4	52	5	22	0	71	1.07
7868179--7868232	26	2.1	26	85	0	72	33	16	11	38	1.84
7868193--7868251	26	2.3	26	84	0	73	33	15	13	37	1.86
7871433--7871604	43	4.0	43	78	13	201	31	27	18	22	1.97
7871433--7871590	86	1.8	85	85	9	223	31	27	18	22	1.97
7874514--7874567	28	1.9	28	88	0	81	31	29	12	25	1.93
7874554--7874649	40	2.4	39	87	1	129	33	27	16	22	1.96
7886422--7886446	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7887288--7887329	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
7896409--7896982	300	1.9	299	85	3	796	26	19	15	37	1.92
7918823--7918871	25	2.0	25	91	0	80	40	4	14	40	1.64
7921748--7921772	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
7937779--7937840	10	6.1	10	83	12	74	24	8	1	66	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942343--7942451	24	4.5	24	89	0	155	20	12	28	38	1.89
7949068--7949169	24	4.2	24	79	9	100	20	12	31	35	1.90
7950964--7950998	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
7955900--7955938	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
7956164--7956260	23	4.3	23	90	5	162	20	21	26	30	1.98
7956166--7956253	44	2.0	45	95	2	160	19	22	27	30	1.98
7970880--7971209	44	7.6	43	73	10	212	31	21	21	25	1.98
7970966--7971298	174	1.9	170	86	6	474	31	20	21	27	1.97
7973037--7973062	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7977446--7977507	5	12.6	5	76	10	65	17	0	6	75	1.00
7977728--7977757	15	2.0	15	100	0	60	0	26	33	40	1.57
7979099--7979158	10	6.0	10	77	11	61	21	6	1	70	1.20
7980603--7980717	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
7980603--7980736	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
7990382--7990420	20	2.0	20	94	0	69	23	12	30	33	1.92
7991541--7991578	20	1.9	20	94	0	67	36	28	10	23	1.88
7993523--7993570	24	2.0	24	100	0	96	45	20	8	25	1.79
7999573--7999610	20	1.9	20	88	0	58	18	0	23	57	1.40
8004932--8005022	45	2.0	45	100	0	182	31	15	15	37	1.89
8019581--8019763	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
8019582--8019765	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
8019634--8019788	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8027642--8027824	79	2.3	81	84	7	232	23	23	27	25	2.00
8027643--8027826	40	4.6	40	83	9	216	23	23	28	25	2.00
8027695--8027849	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
8030640--8030682	22	2.0	22	86	9	61	51	6	11	30	1.65
8039424--8039469	23	2.0	23	82	0	56	39	4	0	56	1.19
8045126--8045192	31	2.2	29	84	12	82	49	10	14	25	1.76
8047105--8047313	9	22.2	9	65	17	59	33	4	1	61	1.24
8047156--8047231	39	2.0	38	86	2	107	38	2	2	56	1.27
8047212--8047311	10	10.4	10	67	19	52	29	2	0	69	1.00
8047212--8047296	20	4.3	20	75	11	79	31	2	0	65	1.05
8047131--8047257	29	4.3	29	68	13	73	35	4	2	57	1.33
8058703--8059237	69	7.7	69	76	4	362	33	24	20	21	1.97
8058806--8059237	138	3.1	134	76	7	418	33	25	20	19	1.97
8062416--8062475	22	2.7	22	84	0	75	38	8	25	28	1.84
8065262--8065315	18	3.0	18	81	8	56	66	1	1	29	1.12
8066367--8066451	39	2.2	40	86	2	118	34	7	8	50	1.59
8070165--8070255	35	2.6	35	82	3	112	27	16	14	41	1.87
8071939--8071971	10	3.3	10	87	12	50	69	0	0	30	0.88
8071933--8071971	20	2.0	20	90	10	62	69	0	0	30	0.89
8083603--8083635	10	3.3	10	87	12	50	69	0	0	30	0.88
8083600--8083683	16	5.3	16	73	18	54	66	2	3	27	1.20
8083595--8083650	28	2.0	28	82	6	69	66	1	1	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8083649--8083683	16	2.1	16	94	5	61	68	2	5	22	1.24
8096350--8096382	10	3.3	10	87	12	50	69	0	0	30	0.88
8096344--8096382	20	2.0	20	90	10	62	69	0	0	30	0.89
8096342--8096397	28	2.0	28	82	6	69	66	1	1	30	1.12
8099062--8099091	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
8112050--8112081	14	2.4	14	94	5	57	87	0	12	0	0.54
8114479--8114512	10	3.4	10	83	0	50	61	5	11	20	1.50
8114467--8114520	20	2.8	18	84	15	72	61	5	7	25	1.45
8114517--8114557	21	1.9	22	90	5	66	56	2	0	41	1.13
8114506--8114660	65	2.4	65	80	9	172	61	0	3	34	1.16
8114547--8114627	23	3.7	24	73	20	95	61	0	6	32	1.20
8114538--8114652	42	2.8	41	86	11	155	61	0	4	33	1.21
8114615--8114663	17	2.9	16	85	8	62	63	0	0	36	0.95
8114592--8114648	23	2.5	23	85	5	71	63	0	3	33	1.12
8114734--8114774	22	2.0	22	85	9	59	53	0	9	36	1.34
8117555--8117642	40	2.3	38	82	7	122	34	36	13	15	1.87
8117565--8117642	40	2.0	40	92	0	129	33	35	14	16	1.89
8121147--8121187	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
8121408--8121440	11	2.9	11	95	4	57	69	0	0	30	0.88
8124297--8124330	15	2.3	15	89	0	50	17	47	14	20	1.83
8128169--8128285	62	1.9	61	82	5	148	48	5	5	39	1.52
8134626--8134706	26	3.2	26	75	13	80	22	19	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8138602--8138647	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
8138609--8138653	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
8140641--8140675	18	1.9	18	94	0	61	42	0	5	51	1.25
8141692--8141721	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
8144581--8144690	55	2.0	55	85	0	148	19	34	13	32	1.91
8147498--8147548	25	2.0	25	100	0	102	23	15	25	35	1.94
8152161--8152267	26	4.2	26	92	1	180	36	23	7	32	1.83
8159201--8159308	26	4.2	26	90	2	164	37	23	6	33	1.80
8165166--8165203	19	2.0	19	85	10	51	60	2	0	36	1.11
8187794--8187837	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
8189652--8189743	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
8189891--8189960	25	2.8	25	82	8	72	24	25	25	24	2.00
8190884--8191007	27	4.4	27	72	12	90	33	8	16	40	1.80
8191073--8191164	27	3.4	27	82	5	123	41	7	22	28	1.81
8191054--8191191	54	2.6	53	75	7	136	35	9	22	32	1.86
8193563--8193632	25	2.8	25	89	4	97	22	22	28	25	1.99
8194552--8194607	27	2.1	26	86	3	76	39	12	10	37	1.78
8194610--8194661	27	1.9	27	88	7	79	26	3	25	44	1.71
8194749--8194835	27	3.3	27	83	1	104	40	4	24	31	1.75
8200869--8200900	13	2.5	13	89	0	55	56	0	28	15	1.40
8202275--8202299	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
8204898--8204924	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8220301--8220351	24	2.1	24	85	0	66	29	41	27	1	1.67
8220301--8220351	12	4.2	12	79	0	57	29	41	27	1	1.67
8223977--8224206	40	5.8	40	81	8	254	32	14	19	33	1.92
8223974--8224206	79	2.9	79	83	3	263	32	15	19	33	1.92
8226664--8226706	20	2.2	20	100	0	86	18	9	20	51	1.74
8230550--8230578	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
8239753--8239825	11	6.8	11	79	7	71	56	1	2	39	1.22
8246278--8246313	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
8246353--8246387	18	1.9	18	100	0	70	45	0	2	51	1.16
8246352--8246394	18	2.4	18	88	0	68	48	0	4	46	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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