genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17168999--17169178	81	2.3	80	83	3	213	26	26	22	24	2.00
17174158--17174278	45	2.7	45	92	0	188	33	27	16	23	1.96
17182419--17182549	47	2.8	47	87	2	174	21	16	28	34	1.94
17184206--17184246	20	2.0	20	85	4	55	48	14	7	29	1.71
17187179--17187331	23	6.7	23	80	3	164	25	19	24	30	1.98
17187179--17187331	69	2.2	69	83	2	182	25	19	24	30	1.98
17189614--17189694	27	3.0	27	89	3	119	33	20	18	27	1.96
17189679--17189963	27	10.7	27	81	6	188	42	20	5	31	1.76
17189679--17189748	26	2.7	27	80	6	90	41	17	5	35	1.73
17189730--17189961	80	2.9	80	78	9	242	43	20	5	29	1.74
17189679--17190023	54	6.4	52	76	10	214	42	18	6	32	1.77
17189730--17190046	27	11.8	27	80	5	243	42	19	6	30	1.78
17190284--17190406	41	3.0	41	93	0	201	21	21	30	26	1.98
17190549--17190608	22	2.7	22	75	10	59	20	23	23	33	1.97
17192611--17192661	16	3.2	16	86	8	68	50	21	19	7	1.72
17192618--17192662	8	5.8	8	82	12	58	51	22	22	4	1.66
17192872--17192996	29	4.3	29	86	1	171	27	13	29	29	1.94
17194253--17194344	27	3.4	26	83	8	114	28	23	7	40	1.82
17194240--17194344	54	1.9	54	83	7	133	32	22	7	37	1.83
17194336--17194525	27	7.1	27	75	13	135	41	21	8	28	1.83
17194334--17194498	53	3.1	52	78	11	147	40	20	9	29	1.83
17194343--17194525	80	2.3	80	77	11	178	42	19	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17194455--17194583	56	2.3	55	84	5	154	43	18	6	31	1.75
17194503--17194580	29	2.8	28	75	19	81	43	16	7	32	1.76
17194384--17194591	27	7.7	27	71	12	149	40	18	8	32	1.81
17194641--17194706	27	2.4	27	80	5	71	37	16	22	22	1.93
17195516--17195585	25	2.8	24	84	4	86	25	28	22	22	1.99
17195733--17195866	42	3.2	42	97	0	250	32	14	20	33	1.92
17195890--17195995	31	3.4	31	89	2	151	31	17	24	26	1.97
17201055--17201088	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
17202857--17202891	17	2.1	17	88	0	52	54	34	5	5	1.48
17204128--17204180	16	3.3	16	87	7	72	54	20	16	7	1.66
17204394--17204449	28	2.0	29	89	3	87	21	14	35	28	1.92
17213124--17213295	93	1.8	93	91	2	283	28	29	21	20	1.98
17213116--17213291	46	3.8	46	78	11	198	29	28	21	20	1.98
17213167--17213310	46	3.1	45	72	11	130	29	29	20	20	1.98
17215678--17215766	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
17215678--17215760	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
17215689--17215766	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
17217740--17217884	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
17225758--17225902	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
17229918--17230089	93	1.8	93	92	0	290	27	30	22	19	1.98
17229910--17230085	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	19	1.97
17240387--17240594	67	3.2	64	76	13	192	25	27	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244814--17244868	25	2.2	25	83	3	67	27	23	25	23	2.00
17244814--17244906	26	3.7	25	80	5	89	26	25	20	26	1.99
17244821--17244919	25	3.9	25	76	6	74	29	24	19	27	1.98
17245127--17245236	31	3.5	31	92	0	175	33	22	25	18	1.96
17247213--17247237	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
17249404--17249451	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
17249533--17249574	20	2.1	20	86	0	57	40	11	16	30	1.85
17249541--17249578	20	2.0	19	85	10	51	36	10	21	31	1.87
17249621--17249716	26	3.8	26	91	2	135	26	25	22	26	2.00
17249631--17249729	25	3.9	26	84	11	93	26	24	22	27	2.00
17251268--17251452	40	4.7	40	82	6	216	24	27	23	24	2.00
17251270--17251452	79	2.3	81	82	7	214	24	27	23	24	2.00
17252994--17253076	31	2.7	31	94	3	143	28	26	15	28	1.96
17253289--17253340	25	2.1	25	86	10	72	28	21	17	32	1.96
17253296--17253365	25	2.8	24	84	4	77	25	25	22	25	2.00
17254191--17254252	27	2.3	27	76	15	65	17	19	25	37	1.94
17254270--17254471	54	3.7	54	79	6	183	31	9	19	39	1.84
17254271--17254479	27	7.7	27	76	8	147	31	9	19	39	1.83
17254356--17254519	27	6.1	27	76	5	136	28	9	21	40	1.85
17254500--17254601	27	3.8	26	77	14	111	41	8	19	30	1.82
17255129--17255239	54	2.1	54	100	0	222	23	31	18	27	1.97
17255898--17255977	31	2.6	31	91	0	133	33	21	26	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17256969--17257029	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
17257520--17257751	64	3.5	64	86	5	286	31	14	28	24	1.95
17261494--17261554	30	2.0	30	87	0	86	40	4	24	29	1.76
17265208--17265307	33	3.0	33	85	1	137	27	18	22	33	1.96
17276889--17276929	21	1.9	21	85	5	55	19	41	0	39	1.52
17278954--17278993	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
17287577--17287760	40	4.6	40	87	5	230	24	26	24	24	2.00
17289624--17289745	50	2.5	49	90	1	181	29	28	17	24	1.97
17290789--17290911	27	4.6	27	86	2	158	31	22	5	39	1.78
17290789--17290911	54	2.3	54	90	2	185	31	22	5	39	1.78
17290940--17291205	27	9.8	27	79	6	241	40	19	7	31	1.80
17290939--17291198	54	4.8	54	78	3	270	41	18	8	31	1.80
17292096--17292162	24	2.8	23	84	10	82	26	23	22	26	2.00
17292107--17292175	24	2.8	24	86	6	86	27	23	21	27	1.99
17292310--17292401	42	2.2	42	94	0	157	27	11	20	40	1.88
17292425--17292503	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
17294806--17294948	27	5.3	27	84	8	166	26	25	9	39	1.85
17294977--17295157	27	6.7	27	84	3	204	41	20	8	29	1.81
17296143--17296271	25	5.2	25	83	5	138	31	20	22	25	1.98
17296142--17296282	50	2.8	48	81	7	156	30	20	22	26	1.98
17296385--17296476	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
17296500--17296583	31	2.7	31	94	1	143	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17297687--17297740	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
17300050--17300077	12	2.3	12	100	0	56	32	35	25	7	1.83
17305593--17305700	44	2.4	45	95	3	200	40	11	16	31	1.84
17315988--17316046	21	2.7	22	81	7	66	18	35	32	13	1.90
17319926--17319991	16	4.1	16	94	0	114	28	0	33	37	1.58
17320121--17320430	157	2.0	157	94	0	539	43	3	5	47	1.44
17321307--17321336	13	2.3	13	94	0	51	60	10	6	23	1.52
17324735--17324782	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
17324895--17325041	47	3.1	47	88	2	206	31	23	19	25	1.98
17324895--17325030	71	1.9	71	93	0	236	29	24	20	25	1.99
17324895--17325041	24	6.2	24	88	3	208	31	23	19	25	1.98
17325254--17325317	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
17329790--17329827	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17338435--17338461	12	2.2	12	100	0	54	40	22	18	18	1.91
17340931--17340986	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
17340920--17340986	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
17341036--17341182	24	6.2	23	88	3	213	29	21	21	27	1.98
17341036--17341182	47	3.1	47	88	2	215	29	21	21	27	1.98
17341036--17341182	71	2.1	71	93	0	249	29	21	21	27	1.98
17341395--17341458	31	2.1	31	84	0	83	35	14	21	28	1.92
17342278--17342378	22	4.4	23	70	10	73	34	13	19	31	1.91
17342313--17342400	46	1.9	46	86	2	124	32	17	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17342371--17342423	23	2.3	23	83	6	63	30	20	24	24	1.99
17343886--17343923	19	2.0	19	85	10	51	21	44	21	13	1.85
17345733--17345789	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
17345757--17345863	44	2.2	49	79	14	134	47	6	0	45	1.28
17348886--17348915	13	2.3	13	100	0	60	40	23	10	26	1.86
17354897--17354957	21	2.9	21	82	4	79	32	11	21	34	1.89
17354897--17354949	11	5.0	11	75	6	56	32	13	22	32	1.92
17362958--17363007	21	2.4	21	83	3	57	32	10	22	36	1.87
17365972--17366017	20	2.3	20	92	7	76	26	6	21	45	1.76
17366997--17367210	40	5.4	40	84	2	231	23	22	27	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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