genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22621047--22621104	19	2.9	19	75	14	64	39	10	12	37	1.77
22621157--22621214	19	2.9	19	75	14	64	39	10	8	41	1.70
22621555--22621605	26	2.0	26	84	7	68	39	3	1	54	1.30
22621417--22621742	171	1.9	171	85	3	458	35	12	11	39	1.81
22622165--22622229	29	2.2	31	91	5	107	52	1	0	46	1.10
22627421--22627463	20	2.2	20	83	8	52	46	0	2	51	1.13
22628332--22628500	46	3.7	46	79	13	211	28	28	20	21	1.98
22628337--22628507	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
22634920--22634959	19	2.1	19	85	0	53	42	2	0	55	1.13
22637155--22637364	79	2.6	79	85	4	271	26	28	20	25	1.99
22637155--22637417	119	2.2	120	82	4	309	26	28	19	25	1.99
22637155--22637417	40	6.6	40	84	6	277	26	28	19	25	1.99
22641910--22642075	46	3.7	45	74	17	168	22	19	28	28	1.98
22647149--22647217	21	3.2	21	66	11	59	18	26	39	15	1.91
22648640--22648805	46	3.6	46	74	15	171	30	28	19	21	1.98
22648648--22648819	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
22657564--22657661	50	2.0	50	81	0	115	41	14	13	30	1.84
22659216--22659265	26	2.0	25	88	11	75	40	2	0	58	1.10
22659971--22660000	15	2.0	15	93	0	51	33	16	6	43	1.74
22660288--22660348	32	1.9	32	83	6	79	42	8	8	40	1.64
22663704--22663748	21	2.1	22	87	4	65	22	6	11	60	1.54
22668015--22668122	55	1.9	56	86	1	155	25	34	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22668004--22668122	28	4.2	28	81	3	132	25	32	12	29	1.92
22671929--22672087	27	5.9	27	81	11	175	34	21	24	19	1.96
22671947--22672090	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
22672193--22672266	26	2.7	27	83	4	87	32	9	21	36	1.86
22673708--22673815	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22679021--22679125	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
22680724--22680831	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22682883--22682917	18	1.9	18	100	0	70	17	17	34	31	1.93
22683422--22683507	28	3.1	28	88	6	104	25	34	12	26	1.92
22683681--22683713	16	2.1	16	94	0	57	9	27	21	42	1.83
22698619--22698804	40	4.7	40	84	5	207	24	22	26	26	2.00
22698619--22698837	80	2.7	79	79	7	194	25	21	26	25	2.00
22706524--22706669	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
22706525--22706688	40	4.1	40	80	9	129	25	22	28	24	2.00
22706524--22706702	80	2.2	80	80	6	186	25	21	27	25	2.00
22716344--22716422	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22716541--22717051	96	5.4	94	93	2	835	29	29	8	32	1.87
22716541--22717051	47	10.7	47	94	2	835	29	29	8	32	1.87
22719322--22719788	233	2.0	233	99	0	916	34	19	10	35	1.87
22722511--22722567	30	1.9	30	96	0	105	28	29	10	31	1.90
22744075--22744257	40	4.6	40	82	9	207	25	27	22	24	2.00
22744075--22744258	79	2.3	80	84	6	223	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22751975--22752154	40	4.5	40	79	10	190	22	27	23	26	2.00
22751971--22752155	79	2.3	81	84	7	236	24	27	22	25	2.00
22760801--22760841	20	2.0	20	95	0	73	31	19	12	36	1.89
22761118--22761204	42	2.1	41	85	4	113	34	24	14	26	1.94
22761118--22761224	40	2.6	41	80	5	110	34	24	14	26	1.94
22767642--22767735	28	3.3	28	83	2	125	25	14	29	29	1.95
22770008--22770063	28	2.0	28	82	6	69	32	30	10	26	1.90
22770049--22770161	42	2.8	40	80	5	127	36	23	15	23	1.94
22770054--22770186	40	3.3	40	80	4	122	35	22	15	26	1.94
22774202--22774249	25	1.9	25	86	0	69	31	12	18	37	1.88
22774256--22774376	50	2.4	50	79	9	131	28	14	19	38	1.91
22774278--22774351	25	2.9	25	76	6	78	27	14	18	39	1.90
22776210--22776376	43	3.9	43	74	9	153	32	25	14	26	1.94
22783858--22784000	40	3.7	40	83	8	170	25	27	22	23	1.99
22791666--22791849	40	4.7	39	86	8	239	26	27	22	23	2.00
22791666--22791849	78	2.3	81	86	6	252	26	27	22	23	2.00
22799409--22799519	43	2.6	42	85	5	134	32	27	15	25	1.95
22801350--22801400	25	2.0	25	100	0	102	15	47	3	33	1.64
22813702--22813786	43	2.0	43	92	0	143	25	17	28	28	1.98
22815843--22815887	21	2.1	21	100	0	90	33	33	0	33	1.58
22816878--22816922	22	2.0	22	87	8	65	31	2	20	46	1.62
22825452--22825614	48	3.4	48	85	1	193	35	26	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22827813--22827843	8	3.9	8	91	0	53	48	0	38	12	1.42
22850554--22850593	18	2.1	19	86	13	55	45	5	0	50	1.23
22853846--22853966	27	4.5	27	93	0	197	22	14	23	40	1.90
22858864--22858922	31	1.9	31	86	6	84	49	11	10	28	1.72
22859917--22859974	30	1.9	31	96	3	109	55	1	5	37	1.33
22869517--22869543	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
22870053--22870104	7	7.0	7	84	6	59	50	0	17	32	1.47
22870053--22870104	15	3.5	14	84	10	59	50	0	17	32	1.47
22881967--22882001	6	5.8	6	100	0	70	51	0	31	17	1.45
22890367--22890437	28	2.6	26	76	12	63	26	8	9	54	1.61
22895122--22895185	29	2.2	29	82	0	74	29	17	32	20	1.95
22896255--22896289	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
22896328--22896377	27	1.9	26	84	8	66	48	20	16	16	1.82
22895476--22898008	842	3.0	841	93	1	4270	28	14	22	34	1.93
22901026--22901193	49	3.4	49	75	10	139	22	27	23	26	1.99
22902509--22902618	42	2.6	42	81	5	125	29	26	16	28	1.97
22904412--22904453	20	2.2	20	91	8	70	26	19	2	52	1.58
22906688--22906721	17	2.1	15	89	10	50	20	11	2	64	1.39
22910059--22910189	47	2.8	49	80	11	157	25	16	31	27	1.96
22929430--22929467	15	2.5	15	91	4	58	36	7	23	31	1.84
22933870--22933923	18	2.8	19	73	21	58	31	7	1	59	1.36
22935239--22935309	33	2.2	33	84	5	90	36	22	16	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22935477--22935519	22	2.0	22	85	0	59	39	23	23	13	1.90
22938394--22938577	40	4.6	40	82	5	237	26	22	25	26	2.00
22948139--22948307	84	2.0	84	95	0	302	28	2	21	47	1.63
22951434--22951790	47	7.6	45	72	14	210	22	28	19	28	1.98
22951434--22951790	94	3.8	93	80	10	363	22	28	19	28	1.98
22954033--22954093	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22957723--22957774	26	2.0	27	84	3	70	30	3	28	36	1.75
22958421--22958586	57	2.9	56	85	6	210	25	16	21	36	1.94
22958249--22958586	29	11.8	29	77	10	290	24	16	22	37	1.93
22958497--22958586	28	3.2	28	84	9	128	28	12	23	35	1.91
22969301--22969335	16	2.2	16	100	0	70	42	25	0	31	1.55
22978941--22978993	19	2.8	19	100	0	106	20	20	26	32	1.98
22982511--22982575	33	2.0	33	100	0	130	56	3	6	33	1.39
22990816--22990919	42	2.4	44	80	9	133	30	27	16	25	1.96
22992078--22992102	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
22997457--22997767	47	6.6	47	93	1	505	28	30	8	33	1.86
22997507--22997585	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
22997457--22997767	143	2.2	141	94	1	541	28	30	8	33	1.86
23001792--23002063	40	6.8	40	93	0	436	25	29	21	23	1.99
23003477--23003880	47	8.6	47	95	1	684	28	29	8	32	1.86
23003527--23003605	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
23009875--23009979	23	4.4	24	90	7	153	35	20	19	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23009875--23009979	47	2.2	48	88	8	153	35	20	19	24	1.96
23014673--23014801	46	2.8	46	94	2	215	19	21	28	30	1.98
23021727--23021902	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
23021724--23021895	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
23033450--23033862	46	8.7	48	74	14	254	23	29	19	27	1.98
23033451--23033862	48	8.7	46	72	16	167	23	29	19	27	1.98
23042349--23042414	33	2.0	33	96	0	123	28	15	16	39	1.89
23044589--23044637	20	2.5	20	86	0	62	32	12	14	40	1.83
23057064--23057203	44	3.3	42	80	8	151	33	25	16	25	1.96
23057058--23057201	42	3.4	42	79	8	148	34	24	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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