genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11414517--11414588	28	2.5	28	81	6	72	30	0	4	65	1.12
11414831--11414881	18	2.7	19	84	3	59	23	3	5	66	1.30
11415544--11415590	24	2.0	24	83	8	60	2	25	2	70	1.10
11415558--11415590	17	1.9	17	88	11	50	0	27	0	72	0.85
11418333--11418515	40	4.6	40	82	4	226	23	24	27	25	2.00
11418329--11418517	80	2.4	80	90	1	281	24	23	26	24	2.00
11425346--11425374	15	1.9	15	100	0	58	27	20	0	51	1.47
11439317--11439351	5	7.2	5	90	6	54	17	2	0	80	0.84
11439574--11439614	21	2.0	21	90	0	64	53	2	2	41	1.27
11441490--11441850	48	7.7	48	76	11	236	27	18	29	24	1.98
11444272--11444370	35	2.8	35	76	8	103	42	18	9	30	1.81
11452419--11452546	47	2.7	46	83	7	159	28	18	29	22	1.98
11452422--11452631	46	4.5	46	79	7	187	28	19	29	23	1.98
11454868--11454942	27	2.8	27	83	0	78	36	18	8	37	1.80
11454895--11454998	27	3.9	27	85	2	129	28	18	8	44	1.79
11454882--11455023	54	2.6	54	75	2	142	34	17	8	39	1.80
11454976--11455327	54	6.5	55	75	8	267	40	19	9	30	1.83
11454976--11455250	81	3.4	78	80	9	277	40	21	8	29	1.83
11454976--11455312	27	12.4	27	76	6	218	39	19	9	31	1.83
11455366--11455457	27	3.4	27	89	3	123	34	20	25	19	1.96
11456258--11456354	26	3.8	26	90	1	153	25	22	23	27	2.00
11456573--11456651	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11463023--11463207	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
11463023--11463207	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
11465684--11465716	11	3.0	11	100	0	66	54	0	18	27	1.44
11467200--11467428	48	4.7	49	72	12	152	27	18	29	25	1.98
11467068--11467429	46	7.6	50	74	13	211	27	18	29	24	1.98
11475602--11475641	13	3.1	13	92	0	71	15	30	37	17	1.90
11479781--11479965	40	4.7	40	83	6	225	24	28	22	24	2.00
11479781--11479965	79	2.3	80	80	8	216	24	28	22	24	2.00
11486860--11486891	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
11495592--11495765	46	3.8	46	79	13	212	28	29	20	20	1.98
11495599--11495769	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
11501649--11501912	40	6.6	40	87	5	345	24	23	26	25	2.00
11503567--11503603	13	2.8	13	91	0	56	16	27	37	18	1.92
11527268--11527373	40	2.6	41	79	10	119	31	24	15	29	1.95
11527406--11527436	14	2.1	15	94	5	55	51	6	0	41	1.27
11537224--11537281	30	1.9	30	86	6	82	37	5	29	27	1.78
11537702--11537875	47	3.7	47	78	12	196	22	20	28	29	1.98
11540412--11540474	31	2.0	31	90	0	99	31	19	14	34	1.91
11544731--11544784	28	1.9	28	85	7	74	31	24	25	18	1.97
11561084--11561146	33	2.0	31	84	6	81	39	6	12	41	1.69
11562583--11562625	20	2.2	20	86	0	59	53	11	9	25	1.67
11563461--11563497	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11566324--11566361	20	1.9	20	88	0	58	52	13	5	28	1.61
11569019--11569054	19	1.9	18	88	5	54	19	38	25	16	1.92
11570571--11570856	50	5.6	50	78	2	284	29	25	18	26	1.98
11570626--11570856	103	2.3	102	81	2	268	30	25	16	27	1.97
11570572--11570856	153	1.9	153	96	0	534	29	25	18	26	1.98
11574853--11574896	19	2.4	19	88	3	63	4	22	0	72	1.02
11577754--11577814	31	2.0	31	96	0	113	54	22	9	13	1.68
11578079--11578119	21	2.0	21	90	0	64	4	51	14	29	1.63
11578530--11578558	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
11583488--11583602	42	2.7	43	81	2	135	26	20	26	27	1.99
11589804--11589852	24	2.0	24	100	0	98	48	4	8	38	1.52
11590200--11590397	42	4.7	43	76	6	165	29	19	23	27	1.98
11592218--11592448	9	25.9	9	68	15	88	32	1	18	47	1.57
11592234--11592309	36	2.1	36	90	0	116	34	2	18	44	1.64
11592267--11592393	43	3.0	43	95	0	218	32	0	18	48	1.54
11592234--11592393	79	1.9	83	85	8	220	32	1	18	47	1.57
11592377--11592406	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
11592610--11592638	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
11592917--11592946	8	3.8	8	100	0	60	53	0	10	36	1.35
11593219--11593266	19	2.5	19	74	9	53	68	4	2	25	1.18
11595867--11595987	59	2.1	59	84	3	154	38	4	35	22	1.73
11596092--11596665	114	5.0	114	81	6	579	37	22	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11596998--11597047	21	2.3	23	80	13	61	36	44	0	20	1.52
11597003--11597055	21	2.5	21	78	6	54	37	45	0	16	1.48
11597051--11597104	7	7.4	7	83	6	63	51	29	0	18	1.46
11597051--11597104	15	3.7	14	80	7	63	51	29	0	18	1.46
11597051--11597104	22	2.5	22	84	6	74	51	29	0	18	1.46
11597126--11597168	14	3.0	15	83	6	54	41	32	4	20	1.73
11597408--11597474	21	3.2	21	78	0	71	46	40	0	13	1.43
11597436--11597544	7	15.6	7	72	7	69	51	30	0	17	1.52
11597457--11597544	21	4.2	21	76	2	79	52	27	1	19	1.53
11597457--11597544	28	3.1	29	79	9	85	52	27	1	19	1.53
11606283--11606312	16	1.9	16	93	6	53	50	13	23	13	1.77
11611144--11611191	6	8.0	6	95	0	87	81	0	2	16	0.79
11612852--11612943	27	3.5	26	70	8	78	27	11	26	34	1.91
11617434--11617622	43	4.4	43	94	0	315	30	14	21	33	1.93
11628825--11628931	43	2.5	43	87	0	160	28	28	19	23	1.98
11631526--11631676	81	1.9	81	81	5	189	46	20	9	23	1.80
11634154--11634193	21	1.9	21	94	0	71	20	2	5	72	1.15
11634562--11634610	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
11634569--11634614	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
11635223--11635464	41	5.9	41	88	0	313	21	26	22	29	1.99
11635222--11635474	123	2.1	123	89	1	382	21	24	22	31	1.98
11635446--11635502	29	1.9	30	92	3	98	26	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11636825--11636881	9	5.8	10	76	15	57	38	8	19	33	1.82
11636824--11636898	20	3.8	20	91	6	111	38	9	18	33	1.83
11636843--11636898	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
11636948--11637070	52	2.4	51	86	2	176	26	21	22	28	1.99
11636948--11637070	26	4.8	26	83	1	142	26	21	22	28	1.99
11641721--11641808	44	2.0	44	93	4	151	34	15	23	26	1.95
11641862--11642035	50	3.6	49	81	2	190	26	18	31	24	1.98
11643890--11643925	19	1.9	19	88	5	56	33	0	22	44	1.53
11651847--11652540	47	14.6	47	94	1	1127	32	8	29	29	1.87
11651847--11652540	96	7.3	94	92	2	1109	32	8	29	29	1.87
11666119--11666674	206	2.7	205	89	1	824	31	18	21	28	1.97
11671256--11671471	46	4.7	46	83	10	278	21	20	29	29	1.98
11671246--11671471	93	2.4	92	86	6	289	21	20	29	28	1.98
11674664--11674940	138	2.0	138	95	0	500	36	17	18	27	1.93
11680591--11680687	48	2.0	48	97	0	185	35	22	17	24	1.95
11680591--11680660	22	2.8	25	66	24	58	37	20	17	25	1.94
11680609--11680682	22	3.2	22	68	20	69	32	22	18	25	1.97
11684056--11684089	17	2.0	17	88	11	52	55	29	8	5	1.54
11691067--11691110	17	2.5	18	81	7	54	75	2	9	13	1.14
11693409--11693442	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
11702950--11703041	28	3.2	28	79	1	103	26	30	13	30	1.93
11703258--11703292	16	2.2	16	89	0	52	11	20	25	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11710820--11710892	28	2.6	28	82	0	92	27	32	13	26	1.94
11716280--11716304	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
11724300--11724337	17	2.2	17	95	0	67	31	18	21	28	1.97
11737403--11737432	14	2.1	14	93	0	51	66	10	6	16	1.41
11751010--11751036	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
11754089--11754199	50	2.2	50	85	3	161	36	17	25	21	1.95
11758465--11758503	7	5.3	7	82	11	51	33	2	38	25	1.70
11758691--11758716	6	4.3	6	100	0	52	34	34	15	15	1.89
11759017--11759086	24	2.9	24	82	4	88	20	28	35	15	1.93
11759497--11759617	58	2.1	59	88	1	181	24	18	24	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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