genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  29  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8545696--8545726	16	1.9	16	93	0	53	0	29	0	70	0.87
8545692--8545730	16	2.6	14	81	14	51	0	33	0	66	0.92
8545768--8545811	18	2.5	17	85	7	52	13	9	6	70	1.33
8546101--8546152	3	18.3	3	77	18	58	63	1	0	34	1.06
8550038--8550074	17	2.2	17	100	0	74	5	32	16	45	1.70
8550338--8550372	15	2.4	15	95	4	63	57	5	17	20	1.60
8555319--8555373	6	9.2	6	78	7	58	23	3	10	61	1.44
8555391--8555460	18	3.9	18	74	5	61	25	8	12	52	1.67
8555577--8555776	64	3.1	64	94	0	337	24	13	15	47	1.81
8555653--8555753	30	3.2	32	62	25	77	25	12	16	44	1.84
8555655--8555757	34	3.1	34	62	25	85	25	12	17	44	1.84
8556084--8556112	15	1.9	15	100	0	58	13	6	37	41	1.72
8557618--8557657	17	2.3	17	95	4	71	17	22	10	50	1.76
8557690--8557796	40	2.7	40	91	0	169	21	7	24	46	1.77
8560769--8560796	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
8567712--8567792	21	4.0	21	65	20	55	30	40	11	17	1.84
8573072--8573150	39	2.0	39	97	0	149	18	12	24	44	1.85
8579438--8579490	27	2.0	27	96	0	97	37	13	7	41	1.72
8582232--8582290	31	1.9	31	89	0	91	37	15	16	30	1.90
8582263--8582363	45	2.2	45	83	0	121	41	9	14	33	1.79
8582187--8582335	76	2.0	76	83	2	192	40	12	16	29	1.86
8586108--8586141	15	2.3	15	89	0	50	52	17	11	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8589238--8589359	45	2.7	45	83	0	154	42	12	18	27	1.85
8589238--8589405	45	3.7	45	81	0	129	42	13	17	26	1.86
8593373--8593399	10	2.7	10	100	0	54	40	7	11	40	1.69
8597124--8597314	44	4.2	43	67	17	118	31	16	24	27	1.96
8597059--8597458	147	2.9	138	83	8	538	32	16	24	27	1.96
8597375--8597458	43	2.0	43	85	4	116	33	11	25	29	1.91
8597319--8597729	177	2.3	177	83	2	513	30	16	24	28	1.96
8598041--8598079	19	2.1	19	85	9	53	20	48	20	10	1.78
8599245--8599287	21	2.0	22	86	4	61	65	4	0	30	1.13
8608479--8608581	51	2.0	51	96	0	188	32	24	12	31	1.92
8608527--8608632	37	2.6	44	75	20	136	30	23	16	29	1.97
8611492--8611576	43	2.0	44	81	6	102	23	21	20	35	1.96
8613603--8613628	12	2.2	12	100	0	52	53	7	15	23	1.67
8617289--8617478	46	4.1	46	96	0	335	40	13	23	22	1.89
8617788--8617812	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
8618853--8618898	20	2.3	20	75	17	51	26	21	23	28	1.99
8619760--8619879	46	2.6	46	86	2	152	42	16	22	18	1.89
8622310--8622829	47	11.1	47	93	1	886	31	8	30	28	1.87
8622310--8622829	139	3.7	140	93	1	875	31	8	30	28	1.87
8622948--8623026	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
8624625--8624657	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
8633583--8633617	15	2.3	15	100	0	70	34	0	8	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8635313--8635393	21	3.8	21	78	3	63	37	24	22	16	1.93
8635323--8635381	21	2.7	22	87	10	86	33	27	25	13	1.93
8641768--8641808	20	2.0	21	86	13	59	68	2	0	29	1.03
8643185--8643236	27	1.9	27	84	0	68	42	5	13	38	1.68
8648560--8648613	26	2.1	26	82	0	63	44	12	14	27	1.82
8649455--8649521	19	3.5	19	91	4	107	35	1	5	56	1.33
8649603--8649642	18	2.2	18	91	8	64	35	10	5	50	1.58
8654126--8654192	14	4.7	14	88	3	89	37	16	7	38	1.77
8656012--8656060	24	2.1	23	88	7	73	4	6	24	65	1.33
8656634--8656671	4	9.2	4	94	5	67	76	0	23	0	0.79
8656954--8656995	20	2.1	20	90	0	66	78	0	9	11	0.96
8658855--8658968	56	2.0	56	98	0	219	52	10	6	30	1.60
8660130--8660204	40	1.9	37	84	7	96	61	1	0	37	1.05
8660146--8660219	28	2.6	29	79	14	82	60	1	1	36	1.13
8660137--8660226	28	3.1	28	77	16	78	60	1	1	37	1.12
8661279--8661339	20	3.2	17	82	13	59	55	9	1	32	1.42
8661278--8661348	19	3.7	19	80	12	74	54	11	1	32	1.44
8662027--8662090	29	2.2	28	81	13	69	40	1	3	54	1.25
8662093--8662120	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
8672830--8672895	15	4.5	15	73	17	50	24	3	1	71	1.09
8672999--8673037	13	3.1	13	88	7	62	12	0	2	84	0.72
8673003--8673061	12	5.0	11	80	10	55	13	3	3	79	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8672999--8673037	20	2.0	20	90	10	62	12	0	2	84	0.72
8678106--8678149	5	8.6	5	92	7	63	18	4	0	77	0.94
8678118--8678148	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
8678820--8678876	2	28.5	2	96	0	105	49	0	50	0	1.00
8679826--8679986	44	3.7	43	76	15	163	21	18	27	32	1.96
8683634--8683677	20	2.2	20	91	0	70	45	22	20	11	1.83
8685675--8685718	22	2.0	22	90	0	70	56	6	18	18	1.62
8697262--8697318	24	2.3	24	87	3	78	28	17	26	28	1.98
8697275--8697357	25	3.4	25	78	5	62	27	24	22	25	2.00
8706173--8706243	35	2.0	35	97	0	133	50	19	21	8	1.73
8724391--8724420	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
8724857--8724886	11	2.7	11	100	0	60	40	0	0	60	0.97
8725292--8725316	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
8725564--8725596	17	1.9	17	100	0	66	48	6	6	39	1.53
8731676--8731752	29	2.7	28	76	13	86	50	0	3	45	1.20
8732650--8732683	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
8732699--8732776	33	2.4	32	76	14	88	56	0	1	42	1.07
8732905--8732982	33	2.5	30	80	11	93	29	1	2	66	1.13
8733212--8733252	7	5.9	7	94	0	73	26	0	0	73	0.84
8736473--8736545	37	1.9	38	83	2	94	35	19	15	30	1.92
8739347--8739387	9	4.6	9	90	0	64	48	17	7	26	1.73
8739587--8739621	18	1.9	18	94	0	61	22	17	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8744276--8744303	13	2.2	13	100	0	56	46	25	0	28	1.53
8744818--8744861	21	2.1	21	100	0	88	13	0	13	72	1.12
8744975--8745044	30	2.3	30	88	11	99	58	0	2	38	1.13
8745462--8745535	28	2.6	29	87	4	98	39	5	12	43	1.65
8746832--8746885	26	2.0	28	82	13	69	68	0	0	31	0.90
8756068--8756131	19	3.1	21	88	8	73	39	14	12	34	1.83
8756083--8756131	19	2.6	19	100	0	98	42	14	12	30	1.82
8756663--8756704	20	2.2	19	83	12	50	73	0	23	2	0.94
8758022--8758069	21	2.3	22	79	17	57	35	2	0	62	1.07
8759670--8759772	49	2.1	50	96	1	190	42	4	5	46	1.49
8764507--8764547	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8768814--8768912	47	2.1	47	96	0	180	65	13	7	14	1.45
8769156--8769191	17	2.2	16	90	5	54	33	0	33	33	1.58
8769336--8769431	50	1.9	50	97	0	183	21	25	6	46	1.74
8770601--8770665	7	8.9	7	80	12	51	32	4	0	63	1.15
8774215--8774266	26	2.0	26	100	0	104	38	19	11	30	1.87
8774221--8774279	26	2.2	26	84	3	73	40	23	10	25	1.86
8776819--8776971	78	2.0	78	97	0	288	32	19	14	33	1.92
8780722--8780750	9	3.2	9	100	0	58	20	0	0	79	0.74
8780722--8780764	13	3.2	13	87	9	52	25	0	0	74	0.82
8780757--8780821	35	1.9	34	84	6	87	43	0	3	53	1.16
8780792--8780838	22	2.1	22	88	0	67	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8780749--8780935	66	2.8	64	73	13	173	39	1	3	56	1.22
8781147--8781190	19	2.2	20	92	4	72	45	0	6	47	1.29
8781147--8781190	20	2.3	19	88	11	63	45	0	6	47	1.29
8781167--8781215	16	3.1	16	78	0	53	57	0	4	38	1.18
8781628--8781671	19	2.2	20	92	4	72	45	0	6	47	1.29
8781628--8781671	20	2.3	19	88	11	63	45	0	6	47	1.29
8781648--8781696	16	3.1	16	78	0	53	57	0	4	38	1.18
8781711--8781737	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8781693--8781741	14	3.5	14	80	5	55	57	0	0	42	0.99
8780872--8782001	480	2.3	474	88	5	1312	44	4	8	43	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250