genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  52  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16645478--16645667	49	3.8	49	82	2	227	31	24	17	27	1.97
16645483--16645679	100	2.0	101	89	2	306	31	24	17	26	1.97
16647902--16647926	11	2.3	11	100	0	50	8	16	16	60	1.58
16650805--16650933	46	2.8	46	83	4	170	20	21	26	31	1.98
16654243--16654351	37	2.9	37	94	0	182	25	31	20	22	1.98
16654497--16654681	48	3.8	48	92	4	309	30	26	7	35	1.83
16654497--16654680	98	1.9	97	93	4	318	30	26	7	35	1.83
16654651--16654797	47	3.1	47	85	0	186	27	29	10	32	1.90
16668094--16668216	28	4.4	28	85	0	165	30	29	14	25	1.95
16668225--16668306	40	2.0	40	83	0	101	34	28	14	23	1.94
16680241--16680328	44	2.0	44	90	0	140	31	28	17	22	1.96
16685982--16686164	40	4.6	39	77	9	174	25	21	26	25	2.00
16686036--16686187	79	1.9	79	84	7	202	26	19	26	26	1.99
16688287--16688414	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
16688287--16688414	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
16696336--16696463	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
16696336--16696463	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
16697584--16697845	40	6.6	40	87	3	307	24	20	28	26	1.99
16697584--16697845	79	3.3	80	83	3	307	24	20	28	26	1.99
16697584--16697845	119	2.2	120	82	4	316	24	20	28	26	1.99
16697623--16697880	79	3.3	80	83	3	229	25	20	28	25	1.99
16697585--16697880	119	2.5	119	80	4	296	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16700132--16700393	40	6.6	40	87	3	307	24	20	28	26	1.99
16700132--16700393	79	3.3	80	83	3	307	24	20	28	26	1.99
16700132--16700393	119	2.2	120	82	4	316	24	20	28	26	1.99
16700171--16700428	79	3.3	80	83	3	229	25	20	28	25	1.99
16700133--16700428	119	2.5	119	80	4	296	25	20	28	25	1.99
16714233--16714421	80	2.4	81	85	6	260	25	28	19	25	1.99
16714238--16714384	40	3.7	39	88	8	224	25	28	19	26	1.99
16714237--16714421	40	4.6	39	85	6	212	25	28	20	26	1.99
16745147--16745317	46	3.7	46	78	14	199	21	21	28	29	1.98
16745540--16745577	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
16751241--16751301	30	2.1	29	90	3	95	37	24	14	22	1.92
16753479--16753519	18	2.3	18	100	0	82	39	19	0	41	1.52
16756924--16757063	48	2.9	48	90	0	217	18	17	29	34	1.94
16765396--16765589	47	4.1	47	91	0	298	33	10	28	26	1.90
16765425--16765543	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
16765792--16765900	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
16767167--16767478	40	7.8	40	94	0	525	24	22	28	25	1.99
16771505--16771743	47	5.1	47	91	2	356	34	11	28	25	1.90
16771552--16771629	25	3.2	25	63	23	67	35	10	26	26	1.89
16771505--16771743	93	2.6	92	89	3	345	34	11	28	25	1.90
16771712--16771823	51	2.2	52	82	9	140	31	7	30	31	1.84
16771949--16772093	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16774752--16774790	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
16774752--16774798	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
16776817--16776855	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
16777015--16777042	10	2.8	10	100	0	56	28	0	21	50	1.49
16779371--16779404	16	2.1	16	94	0	59	55	0	0	44	0.99
16780793--16780842	18	2.8	18	84	6	57	62	2	2	34	1.18
16780829--16780880	20	2.6	21	75	9	54	61	1	5	30	1.30
16781335--16781419	32	2.6	32	78	9	84	63	1	4	30	1.22
16787141--16787168	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
16795341--16795398	19	3.0	19	70	5	53	41	24	15	18	1.89
16795372--16795457	38	2.3	38	79	4	102	31	25	24	18	1.98
16798024--16798319	50	5.9	50	77	3	245	26	17	25	31	1.97
16798076--16798264	101	1.9	101	89	0	297	26	19	23	29	1.98
16798517--16798546	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
16800238--16800445	40	5.2	40	85	1	265	32	18	27	22	1.97
16806013--16806188	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
16806010--16806181	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
16815076--16815183	42	2.5	42	79	5	128	34	24	14	26	1.94
16815066--16815178	43	2.6	42	79	6	120	32	25	15	25	1.96
16818760--16818882	43	2.9	43	83	2	149	22	14	28	34	1.94
16818760--16818922	86	1.9	84	80	6	184	26	14	26	33	1.94
16829294--16829438	40	3.6	40	82	4	166	24	24	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16837068--16837250	40	4.6	41	80	11	204	24	22	27	25	2.00
16837068--16837248	79	2.3	79	81	9	201	24	23	27	24	2.00
16841211--16841379	46	3.7	46	89	0	248	29	26	21	22	1.99
16841802--16841861	30	2.0	30	93	0	102	30	25	6	38	1.81
16844943--16844989	11	4.4	11	78	5	51	34	19	17	29	1.94
16845112--16845241	48	2.7	48	88	4	174	20	17	29	33	1.95
16845112--16845268	48	3.3	48	84	5	149	19	18	28	33	1.96
16855370--16855434	24	2.7	24	76	9	60	35	3	33	27	1.73
16856758--16856840	27	3.1	27	94	0	139	39	19	9	31	1.84
16856779--16856959	27	6.7	26	77	4	119	41	19	6	32	1.78
16856942--16857000	27	2.2	27	84	0	73	40	16	13	28	1.87
16857433--16857501	27	2.6	27	88	0	93	20	23	17	39	1.92
16871289--16871371	43	1.9	43	90	0	130	36	25	10	27	1.89
16877648--16878057	47	8.6	47	90	5	615	32	8	29	29	1.86
16877648--16878057	96	4.3	96	91	4	636	32	8	29	29	1.86
16880741--16880896	43	3.6	43	81	7	174	32	27	16	23	1.96
16885501--16885657	43	3.7	43	74	7	140	26	17	26	29	1.98
16890111--16890216	29	3.7	29	93	0	167	28	31	15	25	1.95
16898399--16898555	43	3.7	43	72	10	124	26	17	25	31	1.97
16901448--16901522	36	2.1	37	94	2	134	37	16	24	22	1.93
16903326--16903550	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
16903326--16903583	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16911567--16911790	79	2.8	79	85	6	292	24	21	28	25	1.99
16911567--16911788	119	1.9	119	83	5	297	24	22	27	25	2.00
16911567--16911790	40	5.6	39	86	4	272	24	21	28	25	1.99
16911567--16911823	119	2.2	119	81	6	290	25	21	27	25	1.99
16911567--16911823	40	6.5	40	81	7	231	25	21	27	25	1.99
16915170--16915477	38	8.1	38	89	2	458	17	20	24	37	1.94
16919943--16920019	38	2.0	38	85	9	104	24	18	23	33	1.96
16928402--16928431	15	2.0	15	100	0	60	33	26	0	40	1.57
16928450--16928662	46	4.5	47	80	10	199	23	30	17	28	1.97
16928448--16928709	45	5.6	47	75	14	174	23	29	18	28	1.98
16933500--16933722	49	4.5	49	77	7	243	27	26	18	26	1.98
16942052--16942283	49	4.7	49	79	3	257	31	25	17	25	1.97
16942052--16942282	100	2.3	99	82	2	266	31	25	17	25	1.97
16944712--16944955	49	4.9	50	79	3	251	27	18	25	28	1.98
16944713--16944952	99	2.4	98	81	3	257	27	18	25	28	1.98
16950667--16950856	50	3.8	49	78	8	179	27	18	25	28	1.98
16950661--16950854	101	1.9	101	83	2	248	26	19	25	28	1.98
16957986--16958071	40	2.2	40	95	0	154	22	22	29	26	1.99
16957986--16958098	40	2.8	40	86	4	140	23	22	28	25	1.99
16959347--16959477	27	4.9	27	85	5	142	28	20	8	42	1.81
16959347--16959478	54	2.4	54	81	7	160	28	20	8	42	1.81
16959401--16959761	27	13.3	27	76	8	194	38	19	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16959374--16959504	54	2.4	54	84	0	163	31	20	8	39	1.82
16959455--16959765	54	5.7	54	74	7	218	39	19	9	31	1.83
16959317--16959514	81	2.4	81	74	1	182	33	21	8	36	1.83
16959476--16959625	80	1.9	81	84	4	205	39	22	9	28	1.85
16959461--16959701	107	2.2	107	80	2	268	41	20	8	29	1.82
16959819--16959883	27	2.4	27	84	0	85	36	18	24	20	1.94
16960675--16960768	25	3.8	25	90	1	136	26	24	22	26	2.00
16960675--16960781	25	4.4	24	85	5	126	28	22	22	26	1.99
16960988--16961096	31	3.5	31	96	0	191	24	17	27	30	1.97
16963359--16963528	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250