genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1001--1250	42	5.9	42	79	10	269	17	28	34	20	1.95
1459--1537	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
1542--2552	43	23.9	43	78	6	985	16	32	33	18	1.93
1542--2552	85	12.0	86	82	3	985	16	32	33	18	1.93
1555--2583	256	4.1	253	83	6	1042	16	31	33	17	1.93
1613--2347	299	2.5	299	92	1	1192	16	32	32	18	1.93
2481--2559	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
2557--2608	25	2.1	25	92	0	86	9	21	51	17	1.73
2594--2686	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
4372--4403	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
9477--9508	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
16298--16547	42	5.9	42	79	10	269	17	28	34	20	1.95
16756--16834	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
16839--17850	43	23.9	43	77	7	980	16	32	33	17	1.93
16839--17850	85	12.0	84	82	5	716	16	32	33	17	1.93
16910--17850	299	3.2	299	86	5	1195	16	32	33	17	1.93
17778--17857	35	2.3	35	91	4	126	7	36	37	18	1.79
17856--17904	25	2.0	25	91	0	80	12	22	46	18	1.82
17892--17984	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
28386--28677	42	6.9	42	80	9	319	17	28	34	19	1.95
28886--28964	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
28969--30279	43	30.9	43	79	6	1332	16	32	33	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28969--30308	85	15.8	85	82	4	1301	16	32	33	17	1.93
29040--30074	299	3.5	299	95	1	1783	16	32	32	17	1.93
29040--30279	299	4.2	299	91	3	1782	16	32	33	17	1.93
30208--30286	34	2.3	34	93	2	131	7	35	37	18	1.80
30285--30333	25	2.0	25	91	0	80	12	22	46	18	1.82
30321--30413	42	2.2	44	90	3	145	12	27	39	19	1.88
37264--38225	267	3.6	267	99	0	1915	39	20	13	26	1.89
43596--43634	6	6.5	6	87	0	60	51	15	30	2	1.57
59503--59716	7	31.0	7	73	4	94	41	34	3	20	1.70
59505--59590	13	5.9	14	72	20	61	43	33	1	22	1.61
69810--69843	16	2.1	17	88	5	52	29	0	8	61	1.26
70003--70047	20	2.3	20	85	7	58	33	2	17	46	1.61
71882--71994	20	5.7	20	78	8	113	13	26	18	41	1.87
71882--71994	40	2.8	39	82	5	136	13	26	18	41	1.87
72103--72404	150	2.0	150	99	0	595	34	20	14	30	1.93
73217--73336	48	2.5	48	98	0	231	38	20	0	41	1.52
94594--94627	17	2.0	17	88	0	50	35	5	11	47	1.65
96733--96841	42	2.6	42	83	0	137	31	12	25	30	1.93
98473--98646	46	3.8	46	79	11	185	22	20	27	29	1.98
98469--98641	93	1.9	93	88	2	267	22	20	28	28	1.98
103984--104023	20	2.0	20	100	0	80	30	5	10	55	1.54
108254--108357	35	3.0	35	79	0	109	40	20	17	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110494--110523	16	1.9	15	93	6	51	23	0	16	60	1.36
111959--112070	51	2.2	51	90	0	170	27	22	10	39	1.87
115069--115311	96	2.4	95	82	9	272	39	2	18	38	1.66
115355--115888	127	4.2	127	88	1	768	35	16	19	29	1.93
121314--121381	20	3.3	20	86	8	100	42	1	29	26	1.64
121320--121382	11	5.9	11	88	7	103	44	0	26	28	1.55
121330--121394	31	2.1	31	88	5	96	44	0	24	30	1.54
124063--124151	30	2.9	30	75	9	81	39	13	5	41	1.68
131883--131932	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
138306--138541	50	4.5	51	84	8	323	36	14	22	27	1.93
138399--138429	13	2.3	14	94	5	55	45	0	29	25	1.54
138399--138429	7	4.6	7	92	8	55	45	0	29	25	1.54
138358--138519	57	2.9	57	84	9	221	36	13	21	28	1.92
138308--138507	107	1.9	107	95	0	364	35	14	22	28	1.92
138521--138579	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
138534--138625	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
138581--138649	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
142953--142998	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
142960--143004	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
146815--146862	26	1.9	24	87	8	69	64	4	0	31	1.12
146833--146878	22	2.2	20	84	7	56	69	4	0	26	1.07
146938--146970	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148247--148378	42	3.1	42	74	6	124	25	23	25	25	2.00
149108--149140	17	1.9	17	100	0	66	24	6	12	57	1.57
149965--150025	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
158670--158702	13	2.5	13	95	0	57	45	12	18	24	1.83
160751--160805	20	2.8	20	82	0	74	25	27	16	30	1.96
161092--161322	45	4.9	45	82	12	282	38	15	19	25	1.91
161144--161257	57	2.0	57	98	0	219	37	15	18	28	1.92
161150--161281	57	2.3	57	89	2	185	37	13	20	28	1.91
161099--161300	102	2.0	102	98	0	386	37	15	19	27	1.92
164480--164534	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
164821--165035	45	4.8	45	94	0	367	38	15	20	26	1.92
174482--174529	22	2.1	23	85	11	64	16	2	8	72	1.18
180807--180852	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
180814--180858	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
182169--182340	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
182162--182337	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
196482--196530	25	2.0	25	95	0	89	20	14	26	38	1.91
196489--196543	25	2.2	25	86	0	74	25	16	21	36	1.94
198930--198988	29	2.0	30	93	3	102	27	0	6	66	1.17
210681--210737	29	1.9	30	86	10	82	12	29	38	19	1.88
212983--213056	32	2.4	31	82	8	98	39	4	9	47	1.55
213549--213588	17	2.4	17	91	0	62	42	0	7	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213655--213725	34	2.1	33	87	7	99	50	1	0	47	1.09
221722--221769	25	1.9	25	87	8	71	41	4	12	41	1.62
234900--234969	35	2.0	35	86	5	97	20	25	27	27	1.99
238245--238372	63	2.0	63	98	0	247	32	10	15	40	1.82
243724--243796	33	2.2	33	95	2	130	54	8	15	21	1.66
258613--258649	19	2.1	18	85	14	51	67	5	18	8	1.36
261669--261735	34	2.0	34	96	0	125	56	14	0	28	1.39
273558--273613	10	5.6	10	80	0	67	39	16	1	42	1.58
273563--273613	20	2.5	20	90	0	84	39	15	1	43	1.58
282738--282782	18	2.5	19	74	25	53	66	0	0	33	0.92
285709--285741	2	16.5	2	93	0	57	48	48	3	0	1.17
292360--292719	69	5.2	69	76	2	184	23	17	19	40	1.92
292294--292713	138	3.0	136	76	2	392	22	17	20	40	1.92
320176--320221	19	2.4	19	92	0	74	47	10	10	30	1.73
322989--323051	24	2.6	24	78	9	65	44	22	15	17	1.86
324763--324826	28	2.3	28	97	0	119	40	26	10	21	1.86
325653--325741	16	5.3	17	72	15	60	29	1	3	66	1.15
325653--325740	23	3.9	23	73	22	71	29	1	3	65	1.16
325687--325765	7	10.9	7	74	12	61	34	2	3	59	1.29
325725--325770	13	3.5	13	85	8	58	34	4	0	60	1.16
337912--338691	220	3.6	219	90	2	1144	31	18	22	27	1.97
338254--338417	89	1.9	89	87	5	235	30	18	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338978--339010	17	1.9	17	93	0	57	51	33	0	15	1.43
339521--339581	28	2.2	28	100	0	122	39	24	13	22	1.90
340405--340493	16	5.3	17	73	15	60	28	1	3	67	1.14
340405--340492	23	3.9	22	75	20	83	28	1	3	67	1.14
340457--340519	14	4.6	14	78	11	60	31	3	1	63	1.19
340463--340513	26	2.0	26	84	0	66	33	3	1	60	1.26
344836--345011	46	3.8	46	78	10	196	18	21	30	28	1.97
344832--345004	93	1.9	93	92	0	292	19	21	31	27	1.97
350964--351021	21	2.8	21	78	17	59	68	8	0	22	1.16
351235--351350	43	2.7	44	81	7	132	23	15	25	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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