genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11763096--11763166	34	2.1	35	89	2	108	35	12	25	26	1.92
11768261--11768329	35	2.0	35	85	0	93	37	7	24	30	1.83
11778409--11778494	42	2.0	42	100	0	172	27	24	6	40	1.81
11780481--11780505	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
11780623--11781169	43	12.9	42	76	7	342	21	32	28	17	1.96
11780579--11781023	85	5.2	84	76	9	269	21	34	27	17	1.95
11780623--11781023	128	3.1	128	75	9	313	21	33	27	16	1.95
11781906--11782024	58	2.1	58	90	0	184	23	17	25	33	1.96
11796985--11797028	21	2.1	21	100	0	88	13	36	31	18	1.90
11800619--11800718	43	2.3	43	80	8	105	19	39	25	17	1.92
11800770--11801686	127	7.2	124	79	6	747	19	31	31	17	1.95
11800640--11801730	43	25.7	41	76	6	645	19	32	30	17	1.95
11800770--11801686	85	10.8	84	76	7	743	19	31	31	17	1.95
11800770--11801686	43	21.6	43	79	4	828	19	31	31	17	1.95
11801548--11801814	43	6.3	43	79	5	213	20	34	26	18	1.96
11801548--11801814	86	3.1	85	78	7	238	20	34	26	18	1.96
11801505--11801814	42	7.3	42	77	5	223	20	33	27	18	1.96
11802036--11802159	24	5.2	24	83	0	149	18	35	35	10	1.85
11802562--11802682	58	2.1	59	85	4	165	27	20	20	31	1.98
11806135--11806204	35	2.0	35	88	0	104	38	10	24	27	1.87
11811485--11811604	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
11813052--11813505	47	9.6	47	90	2	637	33	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11815493--11815562	35	2.0	35	91	0	113	40	8	24	27	1.84
11821768--11821960	85	2.3	86	79	6	196	22	33	27	16	1.95
11821851--11822760	339	2.7	339	80	4	920	19	31	31	17	1.95
11821846--11822874	43	24.2	43	78	4	939	19	31	31	17	1.95
11821846--11822874	85	12.1	85	77	5	881	19	31	31	17	1.95
11823547--11823738	85	2.3	85	78	7	185	22	32	28	16	1.95
11823474--11824580	128	8.7	128	78	5	795	19	32	30	16	1.95
11823616--11824695	128	8.5	128	79	5	586	19	31	31	17	1.95
11823630--11824626	382	2.6	379	81	4	1085	19	31	31	17	1.95
11823625--11824695	43	25.2	43	79	4	1005	19	31	31	17	1.95
11823630--11824695	85	12.6	85	78	5	935	19	31	31	17	1.95
11825367--11825741	85	4.4	86	78	7	196	21	32	29	15	1.95
11825445--11826897	43	34.2	43	78	5	1183	19	32	30	17	1.95
11825353--11826938	128	12.4	128	76	7	840	20	32	30	17	1.95
11825450--11826659	339	3.6	338	78	6	1137	19	31	31	17	1.95
11826517--11826910	171	2.3	169	80	5	429	20	34	28	16	1.94
11827087--11827148	24	2.6	24	82	5	72	20	30	38	9	1.85
11834426--11834502	32	2.4	32	82	0	100	45	6	23	24	1.76
11838942--11839018	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
11843149--11843269	58	2.1	59	92	1	199	23	19	23	32	1.98
11843941--11843971	5	6.2	5	92	0	53	22	22	38	16	1.92
11854554--11854635	43	1.9	42	85	7	112	23	34	26	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11854614--11855437	43	19.4	43	77	6	759	19	31	31	17	1.95
11854614--11855437	85	9.7	85	77	6	701	19	31	31	17	1.95
11854525--11855375	170	5.0	170	79	6	821	20	31	30	17	1.96
11856735--11856857	46	2.7	46	92	0	192	21	21	29	27	1.99
11863894--11864060	46	3.7	46	86	7	254	21	21	28	28	1.99
11863939--11864005	20	3.3	20	68	12	64	22	20	29	26	1.99
11863894--11864055	87	1.9	87	96	0	297	20	21	29	28	1.98
11865376--11865511	42	3.2	42	82	3	157	17	33	31	16	1.93
11865903--11865947	23	2.0	23	86	4	65	44	17	6	31	1.75
11865929--11865979	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
11865900--11865957	22	2.6	22	84	7	73	41	18	5	34	1.73
11871036--11871088	19	3.0	17	76	10	61	35	20	9	33	1.85
11871266--11871409	43	3.4	42	82	3	180	18	29	31	19	1.96
11871664--11871806	42	3.4	42	70	15	114	19	28	29	22	1.98
11871800--11873479	43	39.5	43	79	5	1423	18	30	31	19	1.96
11871800--11873494	213	8.0	210	78	8	1486	18	30	31	19	1.96
11871814--11873519	256	6.7	252	78	5	1497	18	30	31	19	1.96
11873835--11873867	17	1.9	17	100	0	66	21	24	30	24	1.99
11886667--11886733	35	1.9	35	90	0	107	38	10	23	26	1.87
11887219--11890343	43	73.4	42	79	5	2582	17	32	31	18	1.94
11887179--11887340	84	1.9	86	83	5	213	20	30	30	19	1.97
11887219--11890249	128	23.7	128	78	6	2680	17	32	31	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11887303--11890251	680	4.3	681	85	3	3495	17	32	31	18	1.94
11887219--11890343	298	10.5	298	80	5	2694	17	32	31	18	1.94
11892723--11892764	17	2.5	17	88	3	59	7	47	33	11	1.68
11896638--11896751	58	1.9	59	89	1	176	35	21	17	24	1.95
11899770--11899940	93	1.8	93	87	2	254	28	28	20	22	1.98
11899762--11899937	46	3.8	46	74	15	164	29	28	19	22	1.98
11905595--11905714	58	2.1	59	88	1	179	34	23	17	25	1.96
11908604--11908686	41	2.0	41	100	0	166	34	12	24	28	1.91
11911240--11912058	43	19.2	43	84	4	912	16	32	33	17	1.92
11911240--11911938	85	8.2	85	85	3	863	16	34	32	17	1.92
11911240--11912035	128	6.2	127	84	4	881	16	33	32	17	1.92
11911192--11912094	128	7.1	128	81	5	777	16	32	33	17	1.93
11911192--11912094	85	10.6	85	82	5	812	16	32	33	17	1.93
11911917--11912094	43	4.2	43	76	7	146	16	26	37	19	1.93
11920298--11920322	12	2.1	12	100	0	50	24	16	44	16	1.86
11926040--11926142	37	2.8	37	92	0	170	25	33	19	22	1.97
11926283--11926722	48	9.0	48	92	3	718	32	27	5	34	1.80
11926283--11926722	146	3.0	144	90	3	711	32	27	5	34	1.80
11926283--11926722	98	4.5	98	96	0	785	32	27	5	34	1.80
11930941--11931061	58	2.1	59	90	1	190	33	24	17	23	1.96
11931813--11932555	43	17.4	43	83	4	889	16	33	32	18	1.93
11931813--11932555	85	8.7	85	86	3	885	16	33	32	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11932193--11932638	43	10.5	42	71	17	148	15	30	33	20	1.94
11938171--11938199	14	2.0	15	93	6	51	13	31	41	13	1.84
11943518--11943835	43	7.4	43	85	5	371	19	32	31	17	1.95
11945418--11945537	58	2.1	59	90	1	188	33	23	18	25	1.97
11945808--11945832	13	1.9	13	100	0	50	8	28	40	24	1.83
11951496--11952159	128	5.2	128	82	4	752	17	34	30	18	1.94
11951497--11952154	85	7.7	85	82	4	720	17	33	30	18	1.94
11951577--11952302	128	5.7	128	79	5	543	17	32	31	18	1.94
11951496--11952248	43	17.7	43	81	3	776	17	33	30	18	1.94
11951447--11952306	85	10.1	85	80	6	551	17	32	31	18	1.94
11963840--11964062	119	1.9	120	83	6	292	24	27	22	25	2.00
11963838--11964062	40	5.7	40	84	6	278	24	28	22	24	2.00
11967302--11968058	377	2.0	377	100	0	1514	28	17	24	28	1.97
11968752--11968872	58	2.1	59	92	1	199	33	24	18	23	1.97
11969623--11970589	43	22.7	43	81	6	981	16	32	32	18	1.93
11969623--11970494	85	10.2	86	83	3	996	15	33	32	18	1.93
11969623--11970494	128	6.8	127	82	5	958	15	33	32	18	1.93
11969572--11970589	128	8.0	125	80	8	943	16	32	32	18	1.93
11970386--11970616	128	1.8	128	84	3	322	18	28	33	19	1.95
11970386--11970645	128	2.0	128	82	2	317	17	28	34	19	1.95
11974307--11974427	58	2.1	59	90	1	190	33	22	18	26	1.97
11981015--11981090	24	3.2	23	71	14	64	9	34	35	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11981340--11982474	43	26.7	43	85	5	1272	15	33	32	18	1.92
11981292--11982474	85	13.9	85	84	5	1290	15	33	32	18	1.92
11981292--11982474	128	9.3	128	84	4	1324	15	33	32	18	1.92
11989975--11990095	58	2.1	59	85	1	163	34	23	16	24	1.95
11992821--11992918	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
11992849--11992931	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
11992821--11992932	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
12001146--12001243	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
12001174--12001256	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
12001146--12001257	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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