genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  182  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57550830--57550908	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57551027--57551309	47	5.9	47	92	2	440	28	30	8	31	1.87
57551027--57551309	96	3.0	96	93	1	471	28	30	8	31	1.87
57559050--57559121	36	2.0	36	91	5	119	18	45	2	33	1.63
57559739--57559829	45	2.0	45	95	0	164	35	14	10	39	1.81
57560010--57560082	36	2.0	36	89	0	110	32	8	10	47	1.68
57563641--57563683	22	2.0	22	86	4	61	34	0	11	53	1.37
57572621--57572721	40	2.5	40	96	0	184	20	18	29	30	1.97
57572621--57572739	40	3.0	40	89	0	130	22	21	27	28	1.99
57577406--57577442	18	2.1	18	95	5	67	59	21	0	18	1.38
57578733--57578780	3	16.0	3	82	8	62	31	6	0	62	1.20
57578733--57578778	12	3.8	12	88	11	76	32	6	0	60	1.22
57578851--57578944	3	30.3	3	79	16	95	28	3	1	67	1.13
57578851--57578922	36	2.0	36	89	5	110	29	4	0	66	1.10
57579102--57579134	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
57579091--57579134	23	1.9	23	90	0	70	29	4	2	63	1.26
57581427--57581484	28	2.1	28	84	9	75	10	12	17	60	1.58
57583399--57583433	10	3.3	10	88	11	52	0	14	0	85	0.59
57583399--57583433	15	2.3	15	90	5	52	0	14	0	85	0.59
57584421--57584460	21	2.0	21	90	5	64	20	20	37	22	1.94
57584803--57584859	20	2.9	21	87	10	77	40	8	19	31	1.82
57584908--57585006	26	3.8	26	87	2	146	27	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57589234--57589404	44	3.7	44	72	11	144	30	18	19	30	1.96
57589377--57589712	145	2.3	145	82	5	401	32	18	19	29	1.96
57589822--57589989	89	1.9	89	83	2	221	26	14	26	32	1.94
57589786--57589998	44	4.8	44	80	3	212	29	15	24	30	1.96
57590909--57590948	6	7.2	6	94	5	59	0	0	17	82	0.67
57590909--57590948	5	7.4	5	97	2	53	0	0	17	82	0.67
57590909--57590948	10	3.6	11	90	10	64	0	0	17	82	0.67
57591326--57591446	4	29.2	4	69	9	64	21	8	4	65	1.39
57591545--57591601	3	18.3	3	89	7	87	31	5	0	63	1.17
57591544--57591618	19	3.7	21	89	10	88	30	6	0	62	1.21
57591548--57591609	19	3.2	19	95	2	106	30	6	0	62	1.20
57591545--57591618	16	4.3	18	77	19	70	31	5	0	63	1.17
57593899--57594052	77	2.0	77	91	1	247	54	2	15	27	1.54
57596298--57596322	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
57598851--57598904	16	3.3	16	82	12	58	50	0	7	42	1.30
57598843--57598904	14	4.2	15	71	19	58	53	0	6	40	1.27
57604682--57604709	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
57605203--57605240	13	2.9	13	84	7	51	57	0	2	39	1.12
57605294--57605325	14	2.2	14	94	5	55	31	6	6	56	1.49
57617519--57617567	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
57622842--57622878	4	9.2	4	100	0	74	48	27	0	24	1.51
57627862--57628012	43	3.5	43	72	9	146	29	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57628706--57628749	21	2.3	20	82	17	58	61	15	4	18	1.50
57629724--57629760	18	2.1	19	85	10	51	54	10	8	27	1.63
57631435--57631485	25	2.0	27	81	14	63	39	0	1	58	1.09
57632817--57632844	11	2.5	11	100	0	56	35	0	7	57	1.26
57634461--57634512	6	8.7	6	78	0	59	26	32	38	1	1.68
57638694--57638750	23	2.5	22	83	11	69	64	0	0	35	0.93
57646582--57646615	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
57655992--57656364	127	3.0	126	87	2	511	37	16	17	27	1.92
57659873--57659915	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
57659987--57660064	30	2.6	30	83	4	95	16	16	33	33	1.92
57661741--57661784	21	2.1	21	86	0	61	40	4	20	34	1.73
57664753--57664795	16	2.7	16	81	0	59	74	2	0	23	0.93
57665477--57665513	17	2.1	17	90	10	56	56	2	2	37	1.28
57668673--57668716	18	2.4	18	85	7	54	54	6	4	34	1.47
57677488--57677534	19	2.4	20	82	10	53	70	8	2	19	1.24
57678780--57679073	159	1.9	158	87	5	441	25	12	17	45	1.83
57682680--57682832	28	5.5	28	81	1	155	41	19	24	15	1.89
57682680--57682832	55	2.8	56	81	2	182	41	19	24	15	1.89
57682914--57683049	73	1.9	73	82	3	175	38	17	26	17	1.92
57682958--57683153	101	2.0	100	84	1	257	39	21	22	16	1.92
57688985--57689043	28	2.1	28	84	6	75	38	23	25	11	1.89
57692024--57692072	19	2.5	19	80	3	53	24	4	20	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57692195--57692284	19	4.7	19	79	6	83	30	7	16	45	1.76
57692185--57692260	38	2.0	40	82	10	95	30	3	18	47	1.67
57692234--57692284	20	2.6	19	85	11	68	33	9	13	43	1.77
57692417--57692510	19	4.8	19	75	6	82	36	4	14	44	1.65
57697913--57698255	41	8.4	41	88	0	481	34	26	19	19	1.95
57698412--57698451	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
57699360--57699410	24	2.1	24	82	7	59	58	1	1	37	1.20
57700377--57700419	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
57700866--57701047	61	3.0	61	95	2	337	19	7	17	55	1.65
57702994--57703711	290	2.5	290	98	0	1391	36	13	12	37	1.83
57703916--57703971	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
57704077--57704221	9	16.2	9	81	1	157	46	15	1	36	1.54
57709956--57710022	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
57710099--57710216	43	2.7	43	97	0	218	22	32	18	26	1.97
57718864--57718892	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
57720185--57720275	46	1.9	47	84	4	121	29	12	26	31	1.92
57721971--57722011	9	4.2	10	84	12	50	58	9	0	31	1.31
57730370--57730411	5	8.4	5	79	10	50	19	0	2	78	0.86
57730370--57730421	25	2.1	24	89	3	77	23	0	1	75	0.91
57732456--57732507	18	3.0	16	79	17	52	38	3	5	51	1.44
57732642--57732679	17	2.3	16	90	4	58	42	0	0	57	0.98
57744017--57744052	16	2.2	16	100	0	72	61	11	11	16	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57744897--57745009	56	2.0	56	87	3	165	28	17	25	28	1.98
57744953--57745560	71	8.4	72	86	7	749	29	16	21	32	1.95
57745287--57745529	83	3.1	82	85	12	332	29	17	19	33	1.94
57745216--57745520	155	2.0	153	92	3	506	29	17	20	33	1.95
57745663--57745760	50	2.0	50	82	8	119	27	21	28	22	1.99
57746850--57746901	9	6.1	8	74	12	50	78	3	3	13	1.02
57746976--57747013	18	2.1	18	85	9	51	0	47	0	52	1.00
57747683--57747734	8	6.0	8	78	12	50	36	3	3	55	1.36
57752563--57752596	4	8.2	4	93	6	59	76	0	0	23	0.79
57752563--57752596	13	2.7	13	95	4	61	76	0	0	23	0.79
57756270--57756663	207	1.9	203	91	5	650	25	20	20	33	1.97
57765855--57765903	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
57768718--57769703	409	2.4	409	90	0	1535	36	13	15	34	1.87
57779331--57779369	16	2.4	16	88	12	62	53	0	12	33	1.39
57780457--57780550	33	2.8	33	85	3	107	38	9	22	29	1.86
57780564--57780659	33	2.9	33	81	3	104	32	14	22	30	1.94
57781941--57781975	15	2.3	15	95	0	61	25	20	17	37	1.94
57786956--57787027	5	14.4	5	100	0	144	40	0	0	59	0.97
57787049--57787109	11	6.0	10	72	14	54	72	4	22	0	1.04
57789169--57789265	18	5.4	18	79	0	104	35	13	13	38	1.84
57789162--57789265	36	2.9	36	83	0	118	34	13	13	38	1.84
57789390--57789490	45	2.2	45	87	0	148	41	17	17	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57790662--57790741	24	3.5	21	71	15	61	2	26	3	67	1.20
57798401--57798437	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
57804660--57804698	20	2.0	20	89	0	60	41	0	28	30	1.57
57820076--57820108	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
57820389--57820658	46	5.9	46	85	2	346	21	22	14	41	1.89
57822705--57822826	60	2.0	61	98	1	237	27	19	16	36	1.93
57826426--57826459	17	2.0	17	88	0	50	67	5	8	17	1.37
57831227--57831267	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
57834146--57834170	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
57835377--57835489	35	3.2	35	87	1	109	33	12	21	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250