genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19655267--19655407	48	2.9	47	77	11	142	40	17	23	19	1.91
19655311--19655372	24	2.7	23	79	2	70	37	16	25	20	1.93
19656419--19656468	25	2.0	25	96	0	91	16	14	12	58	1.64
19667638--19667940	68	4.5	68	78	2	295	22	22	17	37	1.94
19667657--19667911	136	1.9	136	83	3	334	21	21	18	38	1.93
19673583--19673619	17	2.2	17	95	0	65	24	13	10	51	1.73
19674672--19674718	20	2.3	20	85	0	58	48	17	12	21	1.79
19683536--19683708	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
19683533--19683703	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
19692203--19692523	41	7.8	41	91	4	463	27	19	23	28	1.99
19699908--19700187	41	6.8	41	90	5	381	27	20	24	28	1.99
19701523--19701596	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
19708211--19708255	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
19710352--19710688	46	7.6	45	80	8	320	42	13	23	20	1.88
19710446--19710517	21	3.2	21	64	21	56	47	9	22	20	1.79
19710581--19710723	46	3.1	46	79	5	148	43	15	21	19	1.88
19710410--19710722	171	1.8	171	84	4	425	42	14	23	19	1.88
19713067--19713230	57	2.9	57	81	1	177	28	21	15	34	1.95
19713381--19713483	53	1.9	53	86	0	143	28	24	12	34	1.92
19715244--19715931	46	15.0	46	87	5	892	22	22	13	41	1.89
19715251--19715932	284	2.5	278	86	6	928	21	23	13	41	1.88
19715733--19715901	85	2.0	85	96	0	311	23	22	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19721475--19721533	30	2.0	29	87	9	84	55	5	0	38	1.22
19721480--19721548	29	2.3	30	85	7	88	56	5	0	37	1.23
19723717--19723821	55	1.9	55	90	0	165	40	7	7	43	1.62
19726366--19726543	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
19726366--19726543	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
19726387--19726542	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
19734471--19734648	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
19734471--19734648	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
19734492--19734647	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
19737582--19737678	38	2.5	39	86	3	124	34	9	12	44	1.74
19737664--19737722	25	2.3	25	80	8	66	30	10	11	47	1.73
19739981--19740054	36	2.1	36	97	0	139	39	8	22	29	1.83
19740549--19740651	20	5.2	20	87	0	134	14	20	24	40	1.90
19742387--19742432	18	2.3	20	85	10	60	76	10	4	8	1.15
19742505--19742544	21	2.0	20	90	5	62	57	0	5	37	1.21
19745844--19745939	27	3.4	28	88	5	124	26	12	28	33	1.92
19745872--19745956	27	3.0	27	86	5	89	30	10	24	34	1.89
19753824--19753921	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
19753852--19753936	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
19756105--19756201	38	2.5	40	86	3	126	32	9	13	44	1.75
19756187--19756245	25	2.3	25	80	8	66	30	10	11	47	1.73
19759322--19759389	21	3.4	21	82	11	81	19	19	42	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19759944--19760020	40	1.9	40	89	0	118	12	14	35	37	1.84
19764969--19765118	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
19764993--19765176	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
19770743--19770823	40	2.0	40	83	4	101	17	14	30	37	1.90
19772858--19772884	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
19776606--19776660	24	2.3	24	80	0	65	34	21	23	20	1.97
19779440--19779549	55	2.0	55	98	0	211	40	11	9	39	1.74
19779443--19779531	26	3.3	26	66	29	69	42	12	6	38	1.69
19780196--19780233	13	3.0	13	80	3	51	55	2	0	42	1.14
19781174--19781259	44	2.0	44	92	0	145	38	9	3	48	1.52
19788030--19788069	21	2.0	20	85	5	53	15	37	27	20	1.92
19794326--19794702	47	8.0	47	72	15	219	28	18	28	25	1.98
19794289--19794459	46	3.7	45	79	7	173	29	17	28	23	1.97
19795815--19795854	21	2.0	20	90	5	62	12	37	30	20	1.89
19802830--19802864	16	2.3	15	90	9	54	48	5	2	42	1.41
19815591--19815659	19	3.6	19	74	3	59	33	26	21	18	1.97
19815633--19815669	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
19817759--19817806	22	2.3	21	92	7	80	43	0	2	54	1.12
19817759--19817806	7	6.9	7	86	9	71	43	0	2	54	1.12
19827288--19827353	24	2.8	24	81	6	89	21	25	21	31	1.98
19830218--19830733	47	11.1	47	93	2	844	32	8	30	28	1.87
19830218--19830733	187	2.8	186	92	1	831	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19830218--19830733	140	3.7	141	92	1	844	32	8	30	28	1.87
19830852--19830929	36	2.1	36	88	2	111	24	17	32	25	1.97
19832803--19832888	43	2.0	42	97	2	163	22	15	34	27	1.94
19832870--19832943	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
19836743--19837304	47	12.1	47	91	3	859	32	8	29	28	1.87
19836743--19837304	140	4.0	141	90	2	859	32	8	29	28	1.87
19836743--19837304	187	3.0	187	89	3	857	32	8	29	28	1.87
19837423--19837501	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19839270--19839339	36	1.9	36	88	5	106	22	22	21	32	1.98
19843312--19843373	21	2.9	22	75	4	81	43	0	1	54	1.09
19843496--19843533	20	1.9	20	94	0	67	39	7	2	50	1.46
19843575--19843836	141	1.9	138	83	7	341	38	20	6	34	1.79
19848340--19848401	31	2.1	30	82	17	76	30	16	8	45	1.76
19858234--19858313	25	3.2	25	78	7	81	36	16	23	23	1.94
19871171--19871205	13	2.7	13	100	0	70	17	42	25	14	1.86
19872093--19872136	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
19872234--19872333	43	2.4	41	78	9	103	31	23	16	30	1.96
19876424--19876525	29	3.6	29	87	1	152	23	14	31	30	1.94
19876848--19876914	27	2.5	27	85	0	98	41	22	7	28	1.80
19880893--19881289	202	2.0	202	95	0	713	40	21	11	25	1.88
19883886--19883962	40	1.9	40	92	5	129	27	7	19	45	1.77
19887314--19887358	23	2.0	22	82	4	54	37	20	20	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19896934--19897049	45	2.6	45	82	8	146	17	18	18	45	1.85
19900566--19900648	42	2.0	42	86	9	116	20	30	22	26	1.98
19902308--19902406	49	2.0	49	100	0	198	34	10	16	39	1.82
19912336--19912397	24	2.6	24	89	0	88	37	3	25	33	1.72
19913514--19913544	16	1.9	16	93	0	53	19	0	3	77	0.90
19914630--19914667	16	2.4	15	87	12	58	65	0	0	34	0.93
19914812--19914869	30	1.9	30	85	0	80	31	22	13	32	1.93
19916749--19916793	18	2.5	18	100	0	90	26	4	17	51	1.65
19919659--19919691	15	2.3	15	89	5	50	27	0	3	69	1.03
19922475--19922536	31	2.0	31	100	0	124	35	16	6	41	1.74
19924516--19924590	37	2.0	37	100	0	150	29	54	0	16	1.42
19924532--19924602	18	3.9	18	68	17	56	29	53	0	16	1.44
19924987--19925023	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
19924995--19925025	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
19925332--19925357	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
19925402--19925496	41	2.3	41	87	1	129	37	21	20	21	1.94
19925589--19925632	17	2.4	17	85	11	52	47	31	0	20	1.50
19926120--19926173	24	2.3	24	90	3	83	51	3	3	40	1.37
19926465--19926515	22	2.4	21	93	3	84	23	0	27	49	1.51
19926500--19926558	28	2.1	29	81	15	70	16	0	42	40	1.49
19926510--19926590	21	3.8	21	74	11	76	18	0	44	37	1.50
19926459--19926519	7	8.6	7	83	3	68	24	0	24	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19926538--19926581	7	6.3	7	89	0	61	15	0	50	34	1.45
19926941--19926997	22	2.7	20	77	22	62	63	1	1	33	1.15
19927191--19927226	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
19927122--19927235	62	1.9	59	85	8	158	11	40	4	43	1.60
19929203--19929268	25	2.6	25	82	0	87	12	40	15	31	1.83
19931975--19932041	33	2.0	33	94	0	116	14	23	16	44	1.85
19932066--19932739	241	2.8	240	94	1	1174	33	17	14	33	1.90
19932738--19932796	9	6.6	9	86	0	82	45	23	1	28	1.63
19932738--19932796	27	2.2	27	90	0	100	45	23	1	28	1.63
19937140--19937223	31	2.7	32	76	10	91	17	3	17	60	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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