genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26258200--26258228	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
26267866--26267899	15	2.3	15	90	10	52	32	2	2	61	1.26
26270251--26270423	46	3.7	46	78	14	194	21	20	28	30	1.98
26270248--26270418	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	29	1.98
26280588--26280627	12	3.3	12	82	10	55	42	20	0	37	1.52
26280609--26280647	20	2.0	20	85	10	53	43	20	0	35	1.52
26282799--26282944	41	3.6	41	83	7	181	26	23	25	23	2.00
26286412--26286460	23	2.1	24	96	3	91	16	28	30	24	1.96
26291550--26291694	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
26305799--26306068	49	5.7	47	75	16	161	23	27	20	28	1.99
26306173--26306206	15	2.3	15	89	0	50	41	23	2	32	1.69
26313313--26313632	47	6.7	49	74	12	254	24	28	20	27	1.99
26313315--26313637	94	3.4	95	75	11	297	24	28	20	27	1.99
26323277--26323322	23	2.0	23	100	0	92	34	13	8	43	1.74
26324394--26324533	70	2.0	70	95	0	253	33	13	4	48	1.62
26329548--26329586	19	2.1	19	95	4	71	35	23	20	20	1.96
26334677--26334899	40	5.6	40	92	1	324	23	20	27	28	1.99
26334677--26334932	40	6.4	41	90	2	321	24	20	27	27	1.99
26337585--26337618	15	2.3	15	89	0	50	58	17	11	11	1.62
26343484--26343535	28	1.9	26	84	7	68	46	0	7	46	1.31
26346058--26346169	55	2.1	54	83	3	136	24	36	18	20	1.95
26360539--26360724	40	4.7	40	85	6	200	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26360539--26360724	80	2.3	82	85	5	247	24	21	27	25	1.99
26360539--26360757	80	2.7	79	81	7	221	26	21	27	25	1.99
26363280--26363441	86	1.9	87	85	13	228	31	26	17	24	1.97
26365170--26365212	20	2.2	20	100	0	86	34	23	20	20	1.96
26375832--26376056	49	4.5	49	87	2	288	25	17	27	28	1.98
26375825--26376066	99	2.4	99	85	2	315	25	18	27	28	1.98
26379061--26379125	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
26381367--26381504	49	2.8	49	92	0	213	25	17	27	29	1.97
26381260--26381454	106	1.8	108	87	4	297	25	17	27	30	1.97
26389082--26389251	93	1.8	93	91	3	281	28	28	21	21	1.98
26389670--26389730	30	2.0	30	87	0	86	29	24	6	39	1.80
26396835--26396917	23	3.2	28	63	33	76	24	16	28	30	1.97
26396785--26397019	47	4.9	47	84	8	269	26	18	25	29	1.98
26400005--26400069	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
26400001--26400069	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
26402207--26402444	49	4.8	49	86	3	298	26	17	27	29	1.97
26402200--26402444	99	2.5	100	85	3	325	25	17	27	28	1.98
26410716--26410822	55	1.9	55	84	3	144	24	16	23	35	1.95
26410808--26410834	12	2.2	12	100	0	54	37	22	14	25	1.93
26410753--26410890	68	2.0	67	91	4	224	28	16	22	31	1.96
26410820--26411105	56	5.1	56	87	0	394	29	15	22	33	1.94
26410820--26411105	111	2.6	112	87	3	407	29	15	22	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26410820--26411128	167	1.9	167	85	0	438	29	15	22	32	1.95
26411610--26411650	20	2.0	20	86	9	57	58	7	0	34	1.26
26419863--26419918	27	2.0	27	83	10	69	44	1	8	44	1.45
26428765--26428880	28	4.1	29	81	6	105	28	15	27	28	1.96
26432967--26433087	56	2.2	56	96	0	224	27	14	23	34	1.93
26432983--26433116	56	2.4	56	87	5	173	25	12	26	35	1.92
26435139--26435516	27	14.1	27	79	7	306	40	19	9	29	1.84
26435144--26435489	81	4.3	81	78	9	350	41	19	9	30	1.82
26438003--26438079	27	2.9	27	84	0	91	37	15	15	31	1.89
26439516--26439637	43	2.8	43	83	4	140	30	26	20	22	1.98
26446899--26446961	30	2.1	30	85	11	85	49	14	7	28	1.71
26450322--26450384	27	2.3	28	80	2	74	20	19	15	44	1.87
26450367--26450439	33	2.2	33	87	0	110	20	17	12	49	1.79
26461100--26461618	47	11.1	47	92	3	789	31	8	30	29	1.88
26461737--26461814	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
26463657--26463759	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
26463741--26463814	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
26467610--26468121	47	11.1	47	92	3	781	32	8	30	28	1.88
26467789--26467861	22	3.3	22	62	11	58	31	10	28	28	1.91
26467610--26468121	185	2.8	184	90	2	778	32	8	30	28	1.88
26467610--26468121	232	2.2	229	89	3	778	32	8	30	28	1.88
26468240--26468318	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26471010--26471177	40	4.2	40	84	3	232	23	20	27	27	1.99
26471414--26471457	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
26473435--26473517	41	2.0	41	95	0	148	21	21	24	32	1.98
26477691--26477741	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
26484564--26484648	42	2.0	42	93	0	143	30	17	21	30	1.96
26485470--26485521	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26489581--26489761	46	3.9	47	72	12	149	29	19	29	22	1.98
26496613--26496740	47	2.8	43	81	11	148	27	18	30	23	1.98
26496763--26496892	47	2.8	48	82	8	169	29	20	28	22	1.98
26507941--26508116	23	7.7	23	81	7	205	23	21	25	30	1.99
26507941--26508106	69	2.4	69	84	9	230	22	21	25	29	1.99
26507941--26508106	46	3.6	46	86	4	228	22	21	25	29	1.99
26510161--26510291	27	4.8	28	87	1	180	28	19	9	42	1.83
26510269--26510512	27	9.1	27	79	7	210	40	21	8	29	1.82
26510188--26510316	54	2.4	54	84	2	161	31	18	9	40	1.82
26510269--26510628	54	6.6	54	76	6	237	39	20	9	30	1.85
26510269--26510512	81	3.0	80	84	4	312	40	21	8	29	1.82
26510650--26510745	27	3.5	26	83	8	104	36	22	19	20	1.95
26514192--26514252	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
26515310--26515443	42	3.2	42	91	0	205	30	17	20	32	1.95
26515467--26515543	31	2.5	31	83	8	111	32	18	22	27	1.97
26518429--26518537	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26518683--26518867	48	3.8	48	89	1	262	31	26	6	35	1.82
26518665--26518872	98	2.1	98	84	6	278	31	26	7	34	1.84
26527164--26527383	40	5.6	40	79	7	218	25	22	26	26	2.00
26527164--26527383	80	2.8	78	83	5	246	25	22	26	26	2.00
26537804--26537844	21	1.9	22	85	5	57	46	21	4	26	1.72
26553741--26553987	55	4.6	55	80	9	239	22	25	16	35	1.95
26556135--26556181	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
26556225--26556263	20	2.0	20	94	0	69	35	10	20	33	1.86
26556314--26556515	24	8.4	24	96	0	359	29	20	22	27	1.98
26567959--26568197	55	4.5	54	77	8	224	22	25	17	35	1.95
26572293--26572326	16	2.1	16	100	0	68	11	11	23	52	1.70
26572402--26572554	27	5.7	27	86	1	173	25	15	19	39	1.91
26572402--26572559	54	2.9	54	83	0	201	25	15	20	39	1.91
26572402--26572559	81	2.0	80	92	1	262	25	15	20	39	1.91
26572626--26572673	24	2.0	24	100	0	96	33	12	16	37	1.86
26581839--26581900	32	1.9	32	96	0	115	30	0	25	43	1.55
26585115--26585154	21	1.9	21	89	0	62	45	0	22	32	1.53
26585574--26585624	24	2.1	24	85	7	68	17	27	21	33	1.96
26593236--26593305	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
26601094--26601163	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
26608883--26608952	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
26613991--26614085	37	2.6	37	93	0	154	28	32	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26614070--26614099	14	2.1	14	93	0	51	26	40	13	20	1.89
26614033--26614136	51	2.0	51	96	0	190	25	35	17	22	1.95
26614084--26614185	37	2.8	37	98	0	195	22	34	19	23	1.97
26613996--26614173	88	2.0	88	94	0	311	25	33	17	22	1.96
26614333--26614517	48	3.8	48	87	4	264	32	24	5	36	1.80
26614333--26614516	98	1.9	97	87	4	273	32	25	5	36	1.80
26614487--26614634	47	3.1	47	88	0	215	27	28	10	33	1.90
26618659--26619126	40	11.8	40	91	1	728	25	27	21	25	1.99
26618659--26619120	197	2.3	197	91	2	739	25	27	21	24	1.99
26620391--26620571	37	4.9	37	93	1	301	26	31	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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