genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  243  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75266156--75266218	32	2.0	32	83	0	81	41	12	1	44	1.52
75268132--75268167	18	2.0	18	89	10	56	44	2	0	52	1.15
75268695--75268742	25	2.0	25	84	12	64	52	2	4	41	1.32
75277370--75277403	17	2.0	18	88	11	54	32	0	0	67	0.91
75278092--75278146	23	2.5	21	75	18	58	58	10	3	27	1.49
75278209--75278246	19	2.0	20	84	5	51	23	7	2	65	1.32
75293938--75293976	7	5.7	7	96	3	71	76	0	0	23	0.78
75293936--75294022	26	3.6	23	77	16	79	66	4	0	28	1.11
75301505--75301799	144	2.0	146	93	2	506	32	10	9	47	1.69
75309781--75309922	70	2.0	70	98	0	275	45	1	16	37	1.56
75310070--75310114	20	2.2	20	84	8	54	42	0	0	57	0.98
75310420--75310480	28	2.2	28	88	5	97	52	1	0	45	1.10
75318709--75318748	21	1.9	21	85	10	55	57	5	2	35	1.34
75319496--75319533	20	1.9	20	84	10	51	44	13	2	39	1.57
75326616--75326658	23	1.9	22	90	4	68	34	6	0	58	1.25
75327513--75327583	31	2.4	29	83	4	79	35	15	8	40	1.78
75332498--75332531	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
75337137--75337170	17	2.0	17	88	0	50	44	47	0	8	1.34
75339624--75339660	19	1.9	20	88	5	58	21	0	10	67	1.21
75346670--75346694	9	2.8	9	100	0	50	12	0	56	32	1.36
75347362--75347417	18	2.7	21	81	13	64	46	0	3	50	1.19
75347382--75347444	31	2.0	31	87	0	90	39	0	6	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75352101--75352138	19	2.1	18	85	14	51	28	5	0	65	1.14
75357409--75357458	23	2.2	22	77	16	57	54	0	0	46	1.00
75357406--75357458	24	2.2	25	83	10	74	54	0	0	45	0.99
75364287--75364321	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
75367146--75367185	20	2.0	21	85	5	55	10	27	2	60	1.42
75373930--75373981	22	2.3	23	83	9	63	26	1	5	65	1.26
75375216--75375246	16	1.9	16	93	0	53	45	3	3	48	1.34
75378593--75378668	39	2.0	38	84	7	100	23	23	26	26	2.00
75379860--75380000	3	48.3	3	66	16	55	29	3	2	63	1.25
75379879--75379911	14	2.4	14	94	0	57	33	0	0	66	0.92
75379864--75379940	40	1.9	39	84	7	102	29	2	2	64	1.20
75379898--75379964	24	2.8	23	74	14	64	28	5	1	64	1.26
75399139--75399199	29	2.3	27	78	16	65	65	1	26	6	1.26
75405453--75405503	24	2.1	24	88	0	75	25	11	33	29	1.91
75407621--75407673	27	1.9	28	81	11	65	35	3	3	56	1.35
75410101--75410143	20	2.2	20	83	8	52	51	2	0	46	1.13
75411392--75411431	21	1.9	21	85	10	55	15	5	20	60	1.53
75412480--75412807	172	1.9	172	99	0	647	24	17	14	43	1.86
75415816--75416212	216	1.9	208	80	8	460	27	13	25	33	1.93
75418015--75418044	13	2.2	14	94	5	53	90	0	10	0	0.47
75418356--75418403	12	3.9	12	86	5	60	47	0	0	52	1.00
75418350--75418402	8	6.3	9	79	16	53	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75419566--75419629	22	2.9	22	86	6	85	17	23	18	40	1.91
75422451--75422619	47	3.6	47	81	13	240	21	20	28	28	1.98
75422402--75422666	93	2.8	93	96	0	476	21	20	28	29	1.98
75422409--75422673	46	5.7	46	77	15	276	21	19	29	29	1.98
75426850--75426991	53	2.7	53	91	2	214	29	27	17	25	1.97
75430120--75430156	18	2.1	18	100	0	74	48	0	0	51	1.00
75430586--75430646	30	2.0	31	81	6	72	62	3	0	34	1.12
75439503--75439567	11	5.6	13	72	20	56	58	1	0	40	1.07
75439496--75439568	33	2.2	32	82	17	89	58	1	0	39	1.06
75439501--75439560	23	2.8	20	76	14	59	60	1	0	38	1.07
75439604--75439648	15	3.1	15	84	6	58	53	0	0	46	1.00
75439592--75439672	28	2.9	28	75	14	78	46	1	1	50	1.17
75441157--75441201	19	2.2	20	84	7	56	66	0	4	28	1.11
75441208--75441243	18	2.0	18	94	0	63	52	11	5	30	1.59
75445148--75445194	21	2.2	20	75	17	51	31	2	8	57	1.41
75445199--75445228	16	1.9	16	93	6	53	33	6	0	60	1.23
75445362--75445423	29	2.1	29	82	5	72	29	1	4	64	1.23
75445621--75445674	3	17.3	3	92	3	81	66	0	0	33	0.92
75449672--75449719	23	2.1	23	88	0	69	41	2	10	45	1.50
75449971--75450080	54	2.1	49	82	9	130	31	6	2	59	1.37
75450068--75450106	19	2.0	19	85	14	53	30	5	2	61	1.31
75450134--75450193	31	1.9	31	93	0	102	38	5	0	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75450896--75450945	19	2.7	18	82	11	66	34	0	2	64	1.05
75450954--75450993	19	2.2	18	86	4	53	42	0	2	55	1.13
75462387--75462411	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
75462834--75462878	5	8.6	5	82	4	54	77	2	0	20	0.87
75462834--75462878	19	2.4	18	80	16	56	77	2	0	20	0.87
75466466--75466533	25	2.6	27	75	15	70	60	2	2	33	1.27
75468763--75468796	17	2.0	17	94	0	59	23	2	0	73	0.97
75477477--75477517	22	1.9	21	85	14	57	41	4	14	39	1.67
75480574--75480626	26	2.0	26	85	7	72	35	5	3	54	1.42
75485417--75485474	30	1.9	30	96	0	107	44	17	8	29	1.78
75493605--75493643	20	1.9	21	89	5	62	53	0	10	35	1.35
75499425--75499462	20	1.9	20	84	10	51	42	13	0	44	1.43
75500022--75500085	31	2.1	30	82	8	76	48	1	1	48	1.20
75500054--75500097	22	2.0	23	82	13	56	50	0	2	47	1.13
75502343--75502367	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
75507734--75507790	29	1.9	30	85	3	80	49	10	1	38	1.48
75508278--75508312	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
75508476--75508506	11	2.9	11	95	4	55	0	9	12	77	0.99
75511450--75511490	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
75514025--75514170	37	4.0	37	91	1	224	25	22	15	36	1.93
75514134--75514238	46	2.3	46	94	0	183	27	21	13	37	1.91
75514177--75514511	46	6.3	52	75	18	282	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75514134--75514517	98	3.7	98	74	18	384	28	22	14	34	1.93
75514203--75514338	69	2.0	69	97	0	254	28	22	16	32	1.96
75529062--75529097	16	2.2	16	100	0	72	27	0	5	66	1.13
75529135--75529205	34	2.1	35	97	2	135	28	12	35	23	1.92
75538938--75538993	28	2.0	28	100	0	112	42	25	3	28	1.71
75540523--75540578	23	2.4	24	88	8	80	33	1	1	62	1.16
75566405--75566429	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
75572219--75572287	29	2.3	31	82	5	88	43	8	7	40	1.63
75576828--75576856	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
75580974--75581016	19	2.1	21	87	12	63	46	0	0	53	1.00
75583424--75583476	27	2.0	27	81	7	63	39	0	9	50	1.35
75584781--75584890	53	2.1	53	100	0	220	55	10	3	30	1.52
75597630--75597672	18	2.4	18	84	11	61	51	6	0	41	1.29
75599821--75599891	30	2.4	30	79	11	83	50	2	4	42	1.36
75599830--75599891	15	4.2	15	80	10	65	53	3	3	40	1.33
75600784--75600830	19	2.4	21	83	16	66	34	10	2	53	1.48
75610390--75610432	17	2.5	18	81	11	54	46	2	0	51	1.13
75613625--75613664	20	2.0	20	85	0	53	25	7	25	42	1.80
75615822--75615860	17	2.2	18	90	4	62	23	12	15	48	1.79
75625415--75625441	10	2.7	10	100	0	54	55	0	7	37	1.28
75626913--75626967	28	2.0	28	82	10	69	36	12	1	49	1.52
75631006--75631044	14	2.7	14	80	4	51	51	7	10	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75649206--75649379	69	2.5	70	89	1	262	37	20	12	29	1.88
75650337--75650371	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
75651768--75651968	81	2.4	82	89	4	298	32	12	14	40	1.83
75655367--75655447	40	2.0	41	83	7	103	54	2	3	39	1.32
75656709--75656765	21	2.9	21	71	12	66	57	0	0	42	0.98
75664669--75664726	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
75664938--75664969	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
75665068--75665199	50	2.6	50	83	3	167	26	25	28	19	1.99
75668111--75668156	25	2.0	25	83	12	62	36	8	26	28	1.86
75669644--75669721	39	1.9	38	82	10	93	55	1	10	33	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250