genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18640191--18640264	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
18641884--18641930	19	2.6	18	77	12	51	78	4	8	8	1.07
18642984--18643019	12	3.1	12	92	4	56	80	5	13	0	0.88
18642970--18643044	17	4.5	17	73	15	66	70	4	17	8	1.27
18643075--18643137	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
18644918--18644963	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
18644910--18644983	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
18652559--18652676	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18653301--18653355	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
18654370--18654487	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18655110--18655164	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
18658298--18658348	22	2.3	21	83	12	59	70	1	19	7	1.21
18660931--18661048	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18661672--18661725	20	2.7	20	88	0	81	29	16	27	25	1.97
18662741--18662858	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18663482--18663535	20	2.7	20	88	0	81	29	16	27	25	1.97
18664552--18664669	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18665268--18665339	20	3.7	20	81	1	83	31	16	26	25	1.96
18666357--18666474	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
18667090--18667152	20	3.2	20	86	0	90	31	14	28	25	1.95
18671922--18671958	12	3.1	12	96	0	65	62	0	24	13	1.31
18674021--18674117	30	3.2	30	73	2	97	28	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18676737--18676787	5	10.0	5	76	19	52	78	0	17	3	0.90
18676737--18676785	16	3.1	16	82	11	57	79	0	16	4	0.88
18676835--18676866	12	2.7	12	95	0	55	46	12	12	28	1.78
18676868--18676901	6	5.7	6	89	0	50	70	0	17	11	1.16
18676860--18676902	18	2.4	18	80	0	50	69	2	16	11	1.28
18677942--18677968	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
18677942--18677990	10	4.8	10	85	5	53	36	32	8	22	1.84
18680116--18680152	4	9.0	4	88	5	56	24	0	0	75	0.80
18683899--18683931	12	2.6	13	90	4	50	24	0	0	75	0.80
18689558--18689606	10	4.8	10	85	5	53	36	30	8	24	1.85
18692249--18692345	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
18694832--18694875	19	2.3	19	96	0	79	38	0	13	47	1.43
18695008--18695084	33	2.3	33	91	4	120	32	12	23	31	1.92
18695027--18695094	33	2.1	33	82	0	82	35	14	25	25	1.94
18696434--18696530	30	3.2	30	73	2	97	29	14	25	29	1.95
18699058--18699102	23	1.9	24	90	4	74	77	4	8	8	1.10
18699081--18699108	14	2.0	14	100	0	56	71	7	7	14	1.29
18701361--18701414	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
18710802--18710877	40	1.9	40	83	0	98	31	32	14	21	1.93
18714413--18714509	42	2.3	42	83	0	122	31	28	15	23	1.95
18716161--18716319	48	3.3	48	91	0	255	28	22	16	32	1.96
18716332--18716450	37	3.2	37	86	3	152	27	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18719952--18720048	30	3.2	30	71	8	81	27	27	15	28	1.96
18722552--18722607	21	2.7	21	84	13	64	78	3	17	0	0.89
18722563--18722605	15	2.8	15	85	3	59	79	2	18	0	0.85
18722572--18722660	24	3.8	24	74	11	62	66	2	22	8	1.31
18722597--18722668	30	2.4	31	81	11	87	61	1	23	13	1.41
18724728--18724824	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
18736809--18736861	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18738126--18738159	9	3.9	9	88	7	52	8	11	11	67	1.42
18741554--18741611	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
18741554--18741614	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
18748138--18748214	28	2.8	28	80	5	84	31	28	10	29	1.90
18749635--18749680	24	2.0	22	88	12	67	50	17	4	28	1.65
18750608--18750695	37	2.4	37	79	12	101	9	20	5	64	1.42
18750663--18750747	18	4.6	18	74	9	73	5	22	2	69	1.22
18753733--18753779	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
18754402--18754435	17	2.1	17	88	5	52	55	5	2	35	1.39
18757628--18757688	22	2.7	21	78	12	59	3	19	1	75	1.03
18780844--18780911	21	3.2	21	66	15	59	60	7	22	10	1.54
18780822--18780919	42	2.4	42	89	1	144	58	5	23	13	1.55
18780913--18780972	24	2.5	24	77	0	66	63	0	25	11	1.28
18780965--18781003	18	2.1	19	85	4	53	66	0	23	10	1.22
18786343--18786413	33	2.1	35	84	5	92	11	22	0	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786387--18786437	15	3.5	14	79	10	66	3	17	0	78	0.90
18786362--18786448	21	4.2	21	80	4	97	6	22	0	70	1.11
18787257--18787325	29	2.3	30	90	5	113	10	10	2	76	1.11
18787369--18787416	15	3.4	14	86	8	71	16	4	4	75	1.12
18792411--18792463	27	2.0	26	81	3	61	39	9	11	39	1.74
18794022--18794065	21	2.1	21	100	0	88	13	36	9	40	1.76
18794179--18794350	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
18794171--18794346	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
18797788--18797820	17	1.9	17	93	0	57	78	0	21	0	0.75
18800544--18800608	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
18802385--18802447	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
18802445--18802500	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
18802444--18802500	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
18802462--18802565	18	5.6	18	73	10	84	6	18	3	71	1.24
18802462--18802569	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
18803418--18803452	15	2.2	16	95	5	63	22	11	37	28	1.89
18805280--18805344	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
18807121--18807183	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
18807181--18807236	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
18807180--18807236	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
18807243--18807300	18	3.3	18	82	2	73	5	13	6	74	1.20
18807275--18807304	11	2.7	11	100	0	60	0	10	6	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18807198--18807304	6	17.7	6	68	7	65	6	17	3	71	1.22
18812411--18812509	22	4.3	24	91	5	134	62	8	7	22	1.47
18812411--18812509	11	8.6	11	85	6	117	62	8	7	22	1.47
18814571--18814607	16	2.2	17	90	4	58	83	0	10	5	0.79
18817248--18817274	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
18819634--18819671	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
18819653--18819707	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
18822389--18822559	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
18822385--18822550	46	3.6	45	79	11	201	28	29	21	20	1.98
18822386--18822575	46	4.1	46	71	18	117	28	29	20	21	1.98
18824924--18824985	14	4.3	14	72	13	54	61	12	16	9	1.56
18824924--18825002	15	5.4	15	75	15	76	59	12	17	10	1.60
18824935--18825011	15	5.2	15	74	14	79	57	14	16	11	1.66
18827923--18828093	93	1.8	93	92	0	288	27	29	22	21	1.99
18827919--18828090	46	3.7	46	77	10	188	28	28	22	20	1.99
18832003--18832185	64	2.8	64	76	10	185	30	17	29	22	1.97
18832036--18832163	65	1.9	66	84	6	170	32	17	29	20	1.96
18844077--18844153	15	5.3	15	72	12	54	75	0	18	6	1.01
18844100--18844177	24	3.4	24	75	19	69	75	1	17	5	1.05
18844077--18844199	57	2.2	56	81	10	135	73	0	18	7	1.11
18845188--18845348	45	3.6	45	87	3	211	27	26	21	24	1.99
18846497--18846521	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18847004--18847088	30	2.8	30	76	0	98	28	15	25	30	1.96
18848064--18848129	20	3.2	20	70	6	53	21	27	16	34	1.95
18851164--18851220	10	5.6	10	83	4	69	10	22	21	45	1.82
18856057--18856110	21	2.6	21	80	8	58	27	14	27	29	1.95
18859932--18859971	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
18861211--18861258	14	3.4	14	88	0	69	18	29	6	45	1.74
18861617--18861692	30	2.5	29	81	12	82	15	19	0	64	1.29
18861646--18861698	18	2.9	18	80	2	61	11	18	1	67	1.30
18861668--18861692	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
18861695--18861722	12	2.3	12	100	0	56	21	14	14	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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