genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42918487--42918679	36	5.2	36	77	7	129	27	17	21	33	1.96
42918510--42918688	38	4.8	37	77	7	121	27	16	21	34	1.94
42918528--42918673	74	2.0	74	86	2	204	26	15	23	34	1.95
42921736--42921777	9	4.6	9	80	14	50	59	0	2	38	1.10
42935600--42935646	24	2.0	24	87	8	69	40	0	2	57	1.11
42935858--42935908	25	2.0	25	81	7	59	64	1	13	19	1.37
42940081--42940111	15	2.1	15	100	0	62	38	6	22	32	1.80
42946090--42946349	18	14.3	18	71	8	168	36	15	12	35	1.86
42946077--42946349	36	7.5	36	72	7	194	36	15	12	35	1.86
42946090--42946228	75	1.9	75	83	6	183	37	15	12	34	1.85
42946466--42946582	47	2.5	47	91	2	182	41	23	20	15	1.90
42947214--42947251	20	2.0	18	90	10	58	0	31	0	68	0.90
42951992--42952176	18	10.2	18	72	8	133	36	16	11	34	1.86
42952005--42952143	75	1.9	75	83	6	183	37	15	12	34	1.85
42954081--42954252	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
42954074--42954249	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
42955582--42955612	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
42957817--42957906	18	5.0	18	79	0	81	36	15	12	35	1.85
42958026--42958139	47	2.4	47	91	2	176	40	22	21	15	1.91
42958771--42958808	20	2.0	18	90	10	58	0	31	0	68	0.90
42964322--42964445	34	3.6	34	88	0	185	36	5	13	44	1.68
42964661--42964697	5	7.2	5	87	6	56	2	0	16	81	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42970727--42970764	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
42976306--42976738	45	9.7	44	73	12	287	31	17	20	29	1.96
42976397--42976699	44	6.8	44	72	13	212	33	16	19	30	1.94
42976301--42976694	181	2.2	181	93	0	680	32	17	20	30	1.95
42976912--42976944	16	1.9	18	88	11	52	45	18	33	3	1.65
42979250--42979301	3	17.0	3	80	4	59	28	1	5	63	1.28
42979357--42979381	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
42981174--42981242	36	1.9	36	100	0	138	31	17	18	31	1.94
42987150--42987186	15	2.5	15	95	0	65	37	24	13	24	1.91
42989587--42989706	45	2.6	45	85	3	143	19	19	16	45	1.86
42989675--42989885	90	2.4	89	79	4	235	21	19	19	39	1.93
42989698--42989847	45	3.3	45	86	0	210	22	20	18	38	1.93
42989912--42989944	15	2.2	15	89	10	50	57	6	0	36	1.23
42994621--42994680	30	2.0	30	86	0	84	36	13	23	26	1.92
42994997--42995286	48	6.0	48	78	2	303	29	17	26	25	1.98
42994997--42995286	96	3.0	96	86	2	375	29	17	26	25	1.98
43006919--43006965	18	2.6	17	78	15	51	27	12	21	38	1.90
43008299--43008332	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
43015126--43015166	21	2.0	21	95	0	73	53	26	4	14	1.61
43039179--43039204	9	2.9	9	100	0	52	30	57	0	11	1.34
43041990--43042014	12	2.1	12	100	0	50	32	40	0	28	1.57
43042489--43042520	16	1.9	17	93	6	57	37	31	6	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43050228--43050319	28	3.3	28	69	19	75	27	22	19	30	1.98
43050193--43050374	54	3.4	54	81	4	222	27	24	20	28	1.99
43052332--43052361	10	3.0	10	95	0	51	46	30	10	13	1.75
43053212--43053274	23	2.7	23	76	14	58	36	20	20	22	1.95
43057001--43057076	36	2.1	36	87	0	107	26	51	2	19	1.60
43057020--43057095	24	3.2	24	66	14	66	26	52	2	18	1.58
43057055--43057088	12	2.8	12	90	0	50	29	50	5	14	1.67
43057064--43057228	66	2.5	66	92	0	267	28	44	12	13	1.81
43057202--43057259	30	1.9	30	92	0	98	25	50	1	22	1.59
43057220--43057300	24	3.4	24	84	0	117	24	49	1	24	1.58
43057339--43057470	57	2.3	57	86	0	174	29	23	25	21	1.99
43059762--43059793	16	2.0	16	93	0	55	59	9	0	31	1.29
43063780--43063899	43	2.8	44	76	7	113	33	26	16	23	1.96
43071408--43071529	43	2.9	41	81	9	129	32	25	17	24	1.96
43073566--43073700	50	2.6	51	80	8	150	25	19	25	29	1.98
43073630--43073756	51	2.5	51	81	0	137	29	17	23	29	1.97
43076023--43076194	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
43076016--43076191	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
43083591--43083762	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
43083584--43083759	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
43088872--43088934	33	1.9	33	100	0	126	31	14	9	44	1.77
43095218--43095290	27	2.7	26	83	6	83	47	1	12	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43097745--43097864	42	2.9	42	75	2	107	29	18	26	25	1.98
43102856--43102931	38	2.0	38	87	12	113	25	3	6	64	1.35
43108953--43109042	33	2.9	30	82	11	117	38	10	12	38	1.76
43110753--43110910	68	2.3	68	96	0	289	24	29	14	31	1.94
43110753--43110928	68	2.6	67	91	3	246	24	28	14	32	1.95
43117338--43117484	19	7.2	19	66	23	59	59	2	1	36	1.20
43117333--43117389	19	2.9	19	79	10	62	64	0	0	35	0.93
43117343--43117410	28	2.4	29	82	9	95	55	0	0	44	0.99
43117338--43117475	10	14.4	9	67	15	64	60	2	1	35	1.21
43117434--43117484	10	5.3	10	74	9	52	58	1	1	37	1.20
43117346--43117484	28	4.9	27	71	15	93	58	2	1	37	1.22
43117424--43117484	19	3.2	19	85	2	86	60	3	1	34	1.23
43117737--43117807	20	3.4	19	70	21	54	35	2	0	61	1.10
43117736--43117816	43	1.9	42	87	12	121	34	2	1	61	1.17
43117776--43117863	37	2.3	39	82	7	108	32	0	2	64	1.06
43117976--43118219	89	2.7	88	80	4	283	35	10	18	36	1.84
43117976--43118219	88	2.7	87	79	4	272	35	10	18	36	1.84
43119181--43119205	13	1.9	13	100	0	50	48	20	16	16	1.82
43127873--43127901	14	2.1	14	100	0	58	13	27	20	37	1.91
43129704--43129742	19	2.1	19	90	0	60	64	5	0	30	1.15
43131018--43131070	15	3.3	15	73	19	52	43	0	1	54	1.11
43131171--43131205	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43132248--43132272	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
43132297--43132557	41	6.3	41	83	10	134	37	24	20	16	1.93
43132371--43132589	41	5.4	41	90	2	336	35	25	21	17	1.95
43153779--43153814	17	2.1	17	89	0	54	2	30	5	61	1.33
43167235--43167281	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
43167544--43167651	43	2.5	43	86	0	144	23	16	31	28	1.96
43167622--43167681	29	2.1	29	93	0	102	16	16	33	33	1.92
43167579--43167723	72	2.0	72	89	0	218	22	16	31	29	1.96
43167651--43167808	43	3.7	43	88	0	235	25	18	28	26	1.98
43167551--43167767	115	1.9	115	91	0	353	23	17	30	28	1.97
43168760--43168798	20	2.0	20	94	0	69	43	15	12	28	1.83
43177434--43177464	16	1.9	16	100	0	62	64	0	3	32	1.09
43178267--43178335	35	2.0	34	83	8	86	43	0	1	55	1.08
43185085--43185147	33	1.9	33	96	0	117	39	17	14	28	1.89
43191631--43191657	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
43192333--43192399	23	2.8	24	75	8	66	47	2	1	47	1.26
43193894--43193942	23	2.1	24	84	3	64	57	2	0	40	1.10
43194398--43194473	34	2.2	35	81	4	84	42	2	7	47	1.46
43196891--43197108	87	2.4	87	74	8	188	34	19	7	38	1.79
43197057--43197183	66	1.9	66	86	0	182	34	14	6	44	1.71
43198406--43198455	26	1.9	26	92	8	84	54	26	2	18	1.54
43198405--43198456	9	5.9	9	86	8	72	53	25	1	19	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43207279--43207406	45	2.9	45	84	1	186	23	23	12	40	1.88
43217780--43217885	55	1.9	56	80	7	126	43	3	6	46	1.47
43220842--43220890	20	2.5	20	93	0	80	24	6	20	48	1.72
43224040--43224064	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
43224906--43224969	26	2.5	26	92	0	101	17	12	31	39	1.87
43224910--43224981	26	2.8	26	86	0	72	19	9	27	43	1.82
43239994--43240053	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
43240715--43240782	33	2.1	32	94	2	118	54	14	4	26	1.59
43242198--43242274	23	3.2	23	66	10	64	38	0	20	40	1.53
43242176--43242274	49	2.0	49	96	0	180	38	1	20	40	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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