genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  89  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28603936--28603961	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28609091--28609121	10	3.1	10	100	0	62	38	19	9	32	1.84
28609837--28609865	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
28610601--28610647	16	3.0	16	81	12	53	42	0	0	57	0.98
28616410--28616657	50	5.0	50	74	5	205	30	24	17	28	1.97
28622029--28622067	20	2.0	20	89	0	60	33	12	2	51	1.54
28622882--28623004	58	2.1	60	92	4	205	34	9	26	29	1.88
28624514--28624724	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
28632632--28632842	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
28634231--28634272	15	2.8	15	82	10	50	61	7	2	28	1.35
28638195--28638253	31	1.9	31	100	0	118	47	3	5	44	1.42
28640252--28640331	40	2.0	40	92	0	133	20	26	15	38	1.91
28643865--28643898	16	2.1	16	88	0	50	82	0	17	0	0.67
28647406--28647440	18	1.9	18	88	11	54	40	2	0	57	1.14
28652027--28652225	39	5.1	39	88	0	299	21	22	29	27	1.99
28657850--28658154	40	7.7	40	87	4	375	24	20	28	26	1.99
28666964--28667232	46	5.8	44	77	13	188	28	19	28	23	1.98
28671187--28671392	40	5.2	40	93	0	342	27	26	23	22	2.00
28672766--28672791	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
28677194--28677411	40	5.5	40	90	2	298	24	28	23	22	1.99
28679363--28679395	9	3.7	9	100	0	66	9	0	21	69	1.15
28681925--28681979	26	2.1	26	86	6	76	30	3	9	56	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28681923--28681980	13	4.6	12	79	10	62	31	3	10	55	1.50
28682395--28682512	59	2.0	59	90	6	186	38	15	11	34	1.84
28691791--28691847	22	2.6	22	80	2	80	28	28	31	12	1.93
28692992--28693208	46	4.6	46	74	10	156	23	28	20	27	1.99
28693033--28693208	93	1.9	93	88	4	266	22	28	21	27	1.99
28710268--28710322	21	2.6	21	88	0	83	27	27	34	10	1.90
28711451--28711707	49	5.4	49	80	8	248	23	28	20	27	1.99
28711487--28711709	94	2.4	94	78	11	226	23	29	20	27	1.99
28719055--28719310	46	5.4	47	75	13	222	24	29	17	28	1.97
28719055--28719309	138	1.8	143	82	8	335	24	29	17	28	1.97
28725919--28725962	15	2.9	15	86	0	70	54	13	15	15	1.71
28739825--28739895	22	3.2	22	91	0	115	11	4	47	36	1.59
28740150--28740209	13	4.3	13	69	22	50	21	35	30	13	1.92
28740122--28740217	43	2.3	43	85	3	133	19	29	35	15	1.93
28750745--28750864	40	3.0	40	92	1	188	22	19	25	32	1.97
28759140--28759211	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
28759357--28759541	48	3.8	48	89	5	300	30	25	7	36	1.83
28759357--28759540	98	1.9	97	92	4	309	30	26	7	36	1.83
28759511--28759704	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
28759604--28759675	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
28759464--28759704	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
28765098--28765320	40	5.6	40	92	2	360	28	25	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28773295--28773516	40	5.6	40	92	1	358	27	27	22	22	1.99
28781509--28781770	40	6.6	40	94	1	447	28	25	22	23	1.99
28791734--28791846	40	2.8	40	90	1	165	24	18	23	33	1.97
28795728--28795801	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
28796601--28796775	26	6.8	26	92	0	273	26	21	23	28	1.99
28796601--28796775	52	3.4	52	94	1	309	26	21	23	28	1.99
28798642--28798832	40	4.8	40	90	2	269	23	24	29	23	1.99
28806724--28806954	40	5.8	40	90	2	331	23	22	29	24	1.99
28808338--28808429	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
28811210--28811274	29	2.2	30	89	5	98	21	30	27	20	1.98
28826900--28827081	48	3.8	48	90	0	265	28	26	18	27	1.98
28827646--28827686	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
28837532--28837646	29	4.0	29	83	6	137	29	28	14	26	1.95
28837532--28837644	57	2.0	57	85	3	156	29	29	15	26	1.96
28837952--28838022	34	2.1	34	100	0	142	40	28	8	22	1.83
28840813--28840894	34	2.5	31	80	11	83	29	19	24	26	1.98
28850610--28850818	41	5.2	40	84	3	107	25	26	23	23	2.00
28850633--28850818	41	4.6	41	87	3	243	24	25	24	25	2.00
28854238--28854340	46	2.2	48	84	3	138	34	13	24	27	1.93
28869038--28869229	40	4.8	40	92	1	287	25	29	23	21	1.99
28881917--28882030	57	2.0	57	100	0	228	33	19	17	29	1.95
28884080--28884195	42	2.8	42	78	0	115	30	24	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28894960--28895380	47	9.0	47	90	1	637	31	12	29	25	1.93
28895100--28895228	25	5.4	25	62	23	80	31	10	29	27	1.91
28894959--28895388	141	3.0	141	93	1	729	31	12	30	25	1.93
28895269--28895344	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
28895543--28895657	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
28907216--28907246	6	5.2	6	96	0	53	16	12	32	38	1.86
28915467--28915522	28	2.0	29	82	10	71	66	5	3	25	1.29
28917565--28917658	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
28918382--28918450	31	2.2	31	86	0	102	42	14	2	40	1.61
28927933--28928011	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28928130--28928652	47	11.1	47	95	0	875	28	29	8	32	1.88
28942377--28942403	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
28950710--28950736	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
28951752--28951923	43	4.0	44	75	10	142	30	25	17	26	1.97
28956235--28956267	16	2.0	17	88	5	50	51	18	0	30	1.46
28956509--28956628	50	2.4	50	97	0	222	43	20	10	25	1.84
28957364--28957428	29	2.2	30	81	13	73	23	16	6	53	1.65
28972036--28972193	50	3.4	49	80	19	212	41	20	12	25	1.88
28972109--28972183	38	2.0	38	97	0	141	38	21	13	26	1.90
28974814--28974952	43	3.3	43	77	8	131	26	26	20	25	1.99
28998103--28998144	20	2.1	20	95	0	75	21	19	19	40	1.92
29004633--29004810	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29004633--29004810	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
29012639--29012816	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
29012639--29012816	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
29014599--29014760	41	4.0	41	87	2	227	27	27	22	22	1.99
29015010--29015363	54	6.5	54	73	4	273	31	10	18	39	1.84
29015002--29015346	81	4.3	81	76	4	275	31	10	18	39	1.85
29015010--29015363	27	13.1	27	78	3	203	31	10	18	39	1.84
29015141--29015371	81	2.9	81	80	1	241	29	9	20	39	1.85
29015361--29015423	27	2.3	27	94	0	108	25	17	19	38	1.93
29015356--29015435	27	3.0	27	83	5	101	26	17	21	35	1.95
29030898--29031127	39	5.9	39	92	0	370	23	30	25	21	1.99
29035208--29035415	40	5.2	40	88	2	278	24	21	27	26	1.99
29039955--29040088	40	3.4	40	94	1	234	27	25	22	24	2.00
29041608--29041633	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
29043708--29043880	47	3.7	46	75	14	133	23	27	19	29	1.98
29043758--29043880	47	2.6	46	81	11	135	23	30	18	27	1.98
29046498--29046673	68	2.6	68	76	13	150	21	28	15	34	1.94
29048046--29048090	20	2.3	19	82	14	56	73	4	0	22	1.01
29050452--29050490	19	2.1	19	85	0	51	17	10	2	69	1.28
29053834--29053901	25	2.7	25	90	0	109	26	25	25	23	2.00
29053949--29053983	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
29053937--29053996	21	2.9	21	82	2	77	35	15	15	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29059765--29059955	105	1.8	105	97	0	364	18	36	7	37	1.80
29063277--29063301	12	2.1	12	100	0	50	24	48	20	8	1.76
29077327--29077384	25	2.3	25	82	11	66	18	10	1	68	1.26
29080404--29080557	76	2.0	76	97	0	290	35	15	12	36	1.85
29083607--29083712	52	2.0	52	94	0	185	28	16	24	30	1.97
29085158--29085186	15	2.0	15	93	6	51	41	20	0	37	1.53
29086923--29086956	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
29088219--29088342	28	4.7	28	79	13	154	27	33	14	24	1.94
29088252--29088293	21	2.0	21	100	0	84	33	33	9	23	1.87
29088224--29088320	49	2.0	49	91	0	158	26	34	13	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250