genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20893729--20893814	43	2.0	43	100	0	172	39	18	4	37	1.72
20895161--20895203	20	2.3	18	81	14	52	41	0	20	37	1.53
20895958--20896176	49	4.6	49	72	11	159	28	21	27	23	1.99
20896003--20896222	49	4.6	47	76	6	176	27	20	28	24	1.99
20902216--20902386	92	1.8	93	93	3	301	28	29	20	21	1.98
20902209--20902383	46	3.8	46	77	15	200	29	29	20	20	1.97
20909771--20909941	92	1.8	93	93	3	301	28	29	21	21	1.98
20909764--20909938	46	3.8	46	77	15	200	29	29	20	20	1.98
20910355--20910415	30	2.0	30	83	0	77	31	19	6	42	1.77
20919236--20919276	9	4.6	9	85	8	57	56	19	0	24	1.42
20919333--20919425	19	5.1	19	72	12	86	48	13	8	29	1.73
20919323--20919451	54	2.4	54	93	0	213	44	14	8	32	1.76
20924415--20924469	29	1.9	29	82	10	69	43	5	25	25	1.76
20930222--20930369	43	3.5	42	78	7	138	28	25	18	27	1.98
20934913--20934938	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
20943603--20943628	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
20947643--20947726	28	3.2	28	67	25	83	25	15	30	28	1.96
20947583--20947770	50	3.8	50	82	8	204	25	17	28	28	1.98
20947584--20947770	101	1.9	99	85	4	259	25	17	28	28	1.98
20949563--20949702	49	2.8	51	82	2	176	25	20	27	27	1.99
20953350--20953484	50	2.7	51	86	8	186	25	15	27	31	1.96
20953401--20953482	26	3.2	26	66	19	73	25	12	29	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20957506--20957683	49	3.7	48	79	10	195	22	29	20	27	1.98
20957928--20957979	6	8.7	6	100	0	104	84	0	0	15	0.62
20961838--20961929	47	2.0	47	91	0	148	25	14	14	46	1.81
20979970--20980145	46	3.8	46	72	12	162	21	19	28	29	1.98
20979967--20980137	93	1.8	93	88	0	261	21	20	29	28	1.98
20982989--20983050	23	2.6	24	87	2	81	40	4	0	54	1.22
20983007--20983054	20	2.4	19	76	13	51	41	2	0	56	1.11
20985049--20985089	20	2.0	20	90	9	66	31	12	12	43	1.79
20985923--20985947	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
21006767--21006944	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
21006764--21006944	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
21014774--21014951	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
21014771--21014951	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
21016531--21016658	39	3.3	39	87	0	193	32	21	25	21	1.98
21016530--21016684	78	2.0	76	83	5	195	30	22	25	20	1.98
21024470--21024597	39	3.3	39	84	0	175	32	20	25	22	1.98
21024469--21024623	78	2.0	76	80	5	168	31	20	25	22	1.98
21027179--21027216	20	1.9	20	84	10	51	39	7	10	42	1.69
21031953--21031992	20	2.0	20	85	0	53	42	15	32	10	1.79
21037807--21037832	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
21044227--21044386	40	4.0	40	96	0	284	20	20	29	29	1.98
21045762--21045955	40	4.9	40	86	7	263	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045762--21045948	78	2.4	79	88	4	279	25	28	22	23	1.99
21053797--21053976	40	4.6	40	88	6	260	26	27	22	23	2.00
21053797--21053976	78	2.3	79	86	6	249	26	27	22	23	2.00
21055658--21055821	40	4.1	40	93	0	274	20	20	30	29	1.97
21063917--21063997	42	1.9	42	87	5	119	38	13	18	29	1.89
21063920--21064014	42	2.3	42	81	3	102	40	15	14	29	1.88
21065422--21065456	17	2.0	18	88	5	54	22	45	22	8	1.79
21068144--21068175	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
21074642--21074811	46	3.7	46	75	7	166	23	29	19	27	1.98
21074642--21074814	93	1.9	92	84	6	233	23	29	19	27	1.98
21081049--21081085	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
21083793--21083963	43	4.0	43	92	0	270	29	33	23	12	1.92
21083956--21084039	38	2.2	38	89	0	132	32	26	20	21	1.98
21090705--21090812	43	2.5	43	96	0	198	31	31	26	10	1.89
21093097--21093195	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
21107347--21107430	38	2.2	38	91	0	132	32	22	20	25	1.98
21108784--21108892	37	2.9	37	93	2	175	27	30	18	23	1.98
21109095--21109361	47	5.7	47	94	0	462	26	28	12	32	1.92
21109188--21109262	22	3.3	22	68	23	64	26	29	12	32	1.92
21113378--21113809	40	10.8	40	92	1	659	24	28	22	24	2.00
21115077--21115184	37	2.9	37	93	1	173	27	30	18	23	1.98
21115500--21115577	25	3.2	25	64	29	69	29	28	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21115386--21115643	47	5.5	47	95	0	464	25	29	12	32	1.93
21124172--21124207	13	2.8	13	95	0	63	5	44	25	25	1.75
21125211--21125422	46	4.6	46	75	10	148	24	28	17	29	1.98
21137574--21137609	18	1.9	19	88	5	56	11	44	30	13	1.79
21140708--21140761	27	2.0	27	100	0	108	51	7	7	33	1.58
21141167--21141192	9	2.9	9	100	0	52	53	0	23	23	1.46
21150166--21150355	40	4.7	41	84	2	267	28	28	22	20	1.98
21150166--21150355	81	2.3	81	86	1	265	28	28	22	20	1.98
21158744--21158779	18	1.9	19	88	5	56	22	30	22	25	1.99
21173204--21173294	39	2.3	40	84	1	121	31	14	29	24	1.94
21175551--21175597	24	2.0	24	95	0	85	38	23	0	38	1.55
21175892--21175943	18	2.8	18	94	2	86	40	23	15	21	1.91
21181851--21181907	30	1.9	30	88	0	87	28	22	10	38	1.87
21183100--21183360	40	6.5	40	82	1	263	35	17	27	19	1.94
21183160--21183219	20	3.0	19	83	9	75	43	15	25	16	1.86
21183225--21183360	20	6.8	20	66	9	71	35	18	25	20	1.95
21185299--21185329	16	1.9	16	93	0	53	45	9	0	45	1.36
21187777--21187843	24	2.8	24	82	8	75	0	31	1	67	1.00
21187802--21187844	15	2.7	16	78	10	52	0	27	0	72	0.85
21187777--21187839	21	2.9	21	83	7	63	0	31	1	66	1.01
21187777--21187843	12	5.6	12	77	11	66	0	31	1	67	1.00
21188284--21188332	25	2.0	25	100	0	98	34	24	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21190696--21190958	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
21204684--21204799	50	2.4	47	90	5	180	26	24	15	33	1.95
21206631--21206736	37	2.9	37	92	5	187	25	30	19	24	1.98
21206922--21207241	48	6.9	48	87	8	473	31	27	6	34	1.83
21207114--21207191	37	2.1	37	97	0	147	32	25	6	35	1.81
21207062--21207243	85	2.1	86	92	2	303	32	25	6	35	1.81
21210468--21210644	40	4.4	40	82	4	225	27	28	21	23	1.99
21218890--21219145	40	6.4	40	82	5	324	27	28	21	23	1.99
21218890--21219145	79	3.2	80	92	3	403	27	28	21	23	1.99
21230053--21230149	43	2.3	43	96	0	185	16	22	40	20	1.91
21232316--21232348	15	2.1	16	94	5	59	30	21	6	42	1.77
21232913--21233128	47	4.7	45	75	12	188	22	30	19	27	1.98
21232858--21233128	94	2.9	91	75	11	271	21	29	20	28	1.98
21233468--21233525	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
21237120--21237200	36	2.2	36	91	4	135	37	11	14	37	1.82
21237114--21237200	19	4.7	19	91	5	151	36	10	16	36	1.82
21252114--21252180	30	2.2	30	86	0	98	10	23	46	19	1.81
21254182--21254324	6	24.7	6	83	11	124	2	4	10	82	0.91
21254183--21254329	15	9.3	15	77	17	79	3	4	10	82	0.92
21254200--21254329	1	130.0	1	68	0	71	3	3	9	83	0.87
21254176--21254329	29	5.3	28	78	13	127	3	3	9	82	0.92
21254446--21254476	15	2.1	15	93	0	53	32	16	29	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254561--21254692	23	5.7	22	71	10	102	17	3	35	43	1.67
21254569--21254692	48	2.7	46	81	6	135	16	4	35	44	1.66
21254848--21254882	18	1.9	18	100	0	70	28	2	22	45	1.67
21257673--21257730	26	2.2	26	93	0	98	32	24	13	29	1.94
21257699--21257916	49	4.4	49	84	3	292	28	26	18	26	1.98
21257699--21257916	100	2.2	99	85	3	294	28	26	18	26	1.98
21258284--21258347	13	4.9	13	75	7	67	31	7	26	34	1.85
21259297--21259404	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
21262769--21262951	39	4.7	40	82	8	216	25	28	21	24	1.99
21262769--21262951	79	2.3	80	80	10	207	25	28	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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