genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18861773--18861829	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
18861773--18861829	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
18861773--18861840	21	3.2	21	76	15	61	1	17	4	76	1.03
18863970--18864008	20	2.0	20	89	0	60	46	15	0	38	1.46
18869999--18870056	25	2.4	24	86	11	82	24	22	20	32	1.98
18870011--18870081	25	2.9	25	87	2	99	25	22	22	29	1.99
18870129--18870187	21	2.9	21	89	2	84	32	20	10	37	1.86
18870129--18870195	10	6.6	10	83	6	82	32	19	10	37	1.86
18870650--18870746	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
18872462--18872517	13	4.6	12	85	14	71	71	7	5	16	1.27
18872462--18872518	12	4.5	13	82	12	75	71	7	5	15	1.25
18874657--18874689	13	2.5	13	86	13	50	81	3	3	12	0.91
18876947--18876988	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
18881509--18881605	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
18882509--18882551	21	2.0	21	81	9	50	30	6	13	48	1.69
18883379--18883435	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
18883379--18883435	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
18883379--18883435	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
18883483--18883513	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
18883516--18883597	30	2.7	31	75	5	78	65	1	19	13	1.32
18885705--18885801	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
18886699--18886747	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18889310--18889427	58	2.0	58	100	0	236	33	19	20	27	1.97
18893911--18893945	18	1.9	18	94	0	61	25	0	5	68	1.11
18894197--18894224	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
18912813--18912888	19	3.9	19	68	11	57	72	1	21	5	1.12
18912851--18912889	13	2.8	14	84	11	53	71	0	20	7	1.10
18914446--18914542	30	3.2	30	71	8	90	28	26	15	28	1.96
18921831--18922013	40	4.6	40	93	0	303	21	28	21	27	1.99
18924793--18924882	19	4.6	19	74	18	62	73	0	21	5	1.03
18924806--18924867	20	2.9	22	77	15	76	75	0	20	3	0.94
18930445--18930487	21	2.1	21	91	4	70	32	20	25	20	1.97
18932536--18932819	48	5.9	48	77	4	259	28	18	30	22	1.97
18932546--18932814	95	2.8	96	80	7	296	28	18	30	22	1.97
18934311--18934369	23	2.6	23	75	0	64	16	28	5	49	1.67
18934325--18934371	25	2.0	23	91	8	76	17	21	4	57	1.56
18939710--18939762	27	2.0	26	85	3	70	16	26	20	35	1.94
18939754--18939818	21	3.2	21	71	8	71	20	30	23	26	1.98
18939738--18939835	40	2.5	40	94	0	169	17	30	24	27	1.97
18939758--18939823	19	3.4	19	71	8	69	16	30	25	27	1.97
18943563--18943710	39	3.8	40	80	11	119	24	25	28	22	1.99
18943597--18943710	37	2.9	40	76	16	130	24	23	28	23	2.00
18952391--18952448	27	2.2	26	87	3	80	20	22	20	36	1.95
18955049--18955088	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18956759--18956790	12	2.7	12	100	0	64	75	6	6	12	1.19
18961991--18962030	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
18964955--18965128	46	3.8	45	78	13	194	21	20	29	28	1.98
18968043--18968106	15	4.4	15	84	11	89	10	15	12	60	1.58
18976673--18976724	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18977941--18977997	24	2.5	23	82	5	62	7	15	3	73	1.18
18983428--18983580	76	2.0	76	98	0	297	30	15	27	26	1.96
18983436--18983558	40	3.2	40	62	28	102	30	15	25	29	1.96
18983972--18984024	23	2.3	23	86	0	70	22	20	16	39	1.92
18985220--18985299	27	3.0	27	83	5	99	35	20	22	22	1.96
18985427--18985487	27	2.3	27	88	5	88	31	18	19	31	1.96
18985439--18985503	27	2.4	27	86	0	85	27	18	16	36	1.93
18986735--18986760	12	2.2	12	100	0	52	65	0	34	0	0.93
18988707--18988732	11	2.4	11	100	0	52	50	0	34	15	1.45
18993603--18993704	29	3.6	29	85	1	125	26	15	30	27	1.96
18993603--18993711	58	1.9	57	84	1	146	27	15	30	26	1.96
18993590--18993704	29	4.0	29	82	6	119	28	14	28	27	1.95
18994981--18995036	27	2.1	27	100	0	112	44	26	10	17	1.82
18996812--18996935	43	2.9	43	89	1	178	22	30	20	25	1.98
18996861--18996976	43	2.7	46	85	7	136	25	30	21	22	1.99
19002330--19002373	19	2.3	19	84	7	54	22	22	11	43	1.85
19005195--19005369	27	6.5	26	83	5	156	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19005194--19005369	54	3.3	54	81	9	182	27	14	27	30	1.95
19005195--19005348	81	1.9	79	84	5	202	27	14	27	29	1.96
19011484--19011661	27	6.6	27	81	3	187	26	14	27	30	1.95
19011489--19011640	82	1.9	81	86	4	216	26	13	27	31	1.94
19011481--19011661	82	2.2	81	80	2	211	27	14	27	30	1.95
19014585--19014617	17	1.9	17	93	0	57	84	0	9	6	0.76
19016594--19016733	44	3.2	44	67	16	119	35	21	22	20	1.96
19016527--19017091	88	6.5	88	88	0	803	34	21	23	21	1.97
19016527--19017089	175	3.2	176	88	1	817	34	20	23	21	1.97
19016527--19017091	263	2.1	261	89	1	860	34	21	23	21	1.97
19017113--19017634	44	11.5	44	70	14	294	32	17	20	28	1.96
19017294--19017450	41	3.6	41	71	15	143	33	17	17	31	1.94
19017199--19017707	92	5.5	92	81	8	579	33	17	19	28	1.95
19017121--19017720	184	3.3	181	80	10	669	33	17	20	28	1.95
19017386--19017542	41	3.6	41	71	18	136	33	21	17	28	1.95
19019101--19019582	3	160.0	3	66	20	109	28	8	2	60	1.39
19019240--19019345	28	3.7	28	74	14	92	27	9	0	62	1.32
19019330--19019367	17	2.2	17	90	0	58	31	7	2	57	1.41
19019409--19019441	17	1.9	17	88	11	50	21	12	6	60	1.53
19019503--19019596	41	2.3	41	85	9	120	28	10	0	60	1.30
19019712--19019745	15	2.3	15	89	0	50	35	14	0	50	1.44
19024497--19024636	36	3.8	36	72	16	99	9	23	3	63	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19024499--19024636	18	7.4	18	70	8	89	9	23	3	63	1.40
19027091--19027176	24	3.5	24	75	6	75	25	15	26	32	1.95
19035418--19035587	46	3.7	46	74	17	172	21	21	28	27	1.99
19035415--19035585	93	1.8	93	91	2	281	21	21	29	27	1.99
19036459--19036501	20	2.2	20	82	0	50	51	2	2	44	1.27
19038799--19038994	39	4.9	39	90	3	268	23	21	29	25	1.99
19038762--19039017	40	6.4	40	88	5	292	24	22	28	24	1.99
19038762--19039017	79	3.2	80	84	7	308	24	22	28	24	1.99
19046283--19046455	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
19046283--19046452	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
19047930--19048550	27	23.2	27	89	1	876	36	18	19	25	1.95
19048774--19048883	27	4.1	27	81	6	100	22	20	18	38	1.94
19049187--19049243	27	2.1	27	83	6	71	14	22	26	36	1.92
19049377--19049448	31	2.3	31	85	0	90	22	19	11	47	1.80
19051498--19051876	27	14.1	27	90	1	566	35	20	18	24	1.95
19052694--19052828	49	2.8	47	79	9	121	26	16	29	27	1.97
19052693--19052778	24	3.5	24	74	3	73	25	16	27	30	1.97
19066349--19066497	60	2.5	59	80	9	160	26	24	20	28	1.99
19067990--19068053	31	2.1	31	90	0	101	21	20	17	40	1.91
19068263--19068322	26	2.4	25	81	10	68	31	20	20	28	1.97
19068280--19068348	26	2.7	25	84	2	84	30	20	24	24	1.99
19068276--19068371	25	3.8	25	76	10	81	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19068502--19068547	24	1.9	24	86	0	65	28	15	23	32	1.95
19076320--19076404	26	3.4	25	87	9	111	27	22	22	28	1.99
19076333--19076428	26	3.8	26	90	2	126	25	21	25	28	1.99
19080316--19080386	33	2.1	35	82	10	85	21	25	9	43	1.83
19083692--19083750	29	2.0	29	87	6	84	23	32	15	28	1.95
19085569--19085635	22	3.3	22	64	33	58	34	8	13	43	1.75
19085555--19085635	39	2.1	39	92	0	135	29	8	14	46	1.75
19087655--19087698	15	3.1	15	90	6	65	75	4	6	13	1.17
19089861--19089968	23	4.6	22	71	14	83	62	2	23	11	1.40
19095898--19095951	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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