genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24537364--24537388	12	2.1	12	100	0	50	8	20	40	32	1.81
24539191--24539585	27	14.7	26	77	8	292	39	19	9	31	1.84
24539191--24539585	81	4.9	79	79	5	346	39	19	9	31	1.84
24539387--24539639	27	9.3	27	73	12	108	39	20	8	31	1.83
24539631--24539793	27	6.0	27	85	0	200	36	18	19	25	1.94
24539622--24539791	81	2.1	81	85	0	232	38	17	18	26	1.92
24539997--24540091	25	3.8	25	97	0	172	26	26	22	25	2.00
24539997--24540104	25	4.4	25	89	8	127	28	24	22	25	1.99
24540312--24540394	29	2.8	30	80	14	100	31	19	24	25	1.98
24542278--24542626	27	12.9	27	78	8	298	38	20	8	31	1.83
24542604--24542743	27	5.2	27	66	10	79	35	23	10	30	1.89
24542604--24542781	81	2.2	81	96	0	329	35	23	11	29	1.90
24542629--24542890	81	3.2	81	80	6	255	32	20	16	30	1.95
24542747--24542880	27	5.0	27	86	1	171	32	18	22	26	1.97
24542860--24542922	27	2.3	28	78	8	67	15	17	25	41	1.89
24543085--24543205	25	4.8	25	87	5	163	26	24	20	28	1.99
24543085--24543205	50	2.4	51	90	4	183	26	24	20	28	1.99
24545331--24545752	27	15.6	27	77	7	347	39	20	8	31	1.83
24545745--24545905	27	6.0	27	87	0	205	35	18	19	27	1.94
24545745--24545905	54	3.0	54	87	0	232	35	18	19	27	1.94
24545885--24545948	27	2.4	27	76	10	76	18	15	25	40	1.90
24546110--24546179	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24547055--24547122	20	3.5	19	75	20	70	38	22	4	35	1.74
24547079--24547107	8	3.6	8	100	0	58	37	24	0	37	1.56
24547255--24547393	40	3.4	40	84	4	172	33	25	17	24	1.96
24551220--24551376	43	3.7	43	77	7	140	28	16	24	30	1.96
24555682--24555905	39	5.6	39	83	5	220	25	27	21	25	1.99
24555682--24555905	79	2.8	79	80	10	242	25	27	21	25	1.99
24563536--24563766	40	5.9	40	77	11	158	25	27	21	26	1.99
24563555--24563723	76	2.2	77	82	8	200	25	27	20	26	1.99
24580844--24580896	26	2.0	26	96	0	97	24	7	18	49	1.74
24581137--24581168	10	3.2	10	90	0	55	28	18	28	25	1.98
24586614--24586737	33	3.8	33	78	8	162	24	8	18	48	1.76
24592028--24592246	40	5.5	40	88	2	318	27	27	22	21	1.99
24597973--24598628	328	2.0	328	99	0	1294	25	29	16	28	1.97
24600855--24601033	40	4.5	40	92	2	274	25	28	23	22	1.99
24604771--24604808	19	2.0	19	85	10	51	44	18	0	36	1.50
24605652--24605676	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24609946--24610131	55	3.5	53	75	6	142	23	23	17	36	1.95
24610118--24610362	47	5.6	47	75	16	238	24	24	14	36	1.93
24610187--24610251	29	2.2	28	79	17	71	26	26	15	32	1.95
24610203--24610261	29	2.0	29	100	0	118	23	23	16	35	1.95
24610156--24610308	76	2.0	76	97	0	288	24	24	16	35	1.95
24610118--24610355	123	1.9	123	93	0	413	25	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24611126--24611182	30	1.9	30	82	7	71	31	22	7	38	1.81
24612262--24612325	31	2.1	31	87	0	92	20	23	17	39	1.92
24612544--24612630	25	3.5	26	72	16	85	32	22	21	22	1.98
24623370--24623465	26	3.8	26	86	5	119	27	21	23	27	1.99
24628984--24629100	43	2.8	41	79	5	110	27	16	23	32	1.96
24632410--24632660	81	3.1	81	86	1	333	40	20	18	20	1.91
24632410--24632660	27	9.3	27	88	0	297	40	20	18	20	1.91
24632803--24632873	36	2.0	36	85	0	97	25	28	29	16	1.97
24640827--24641051	40	5.7	40	91	3	305	23	22	27	27	1.99
24643169--24643202	16	2.1	16	88	5	50	41	26	5	26	1.78
24646889--24647059	43	4.0	43	78	7	168	25	16	25	32	1.96
24648901--24649163	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
24656426--24656688	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
24663140--24663297	43	3.7	43	79	8	169	27	17	24	30	1.97
24665624--24665772	40	3.6	43	82	8	123	33	25	13	27	1.93
24665675--24665776	40	2.6	40	92	1	161	34	27	15	22	1.95
24669290--24669314	7	3.6	7	100	0	50	48	12	12	28	1.76
24684251--24684372	65	1.9	65	92	0	208	24	18	22	35	1.96
24684435--24684498	26	2.5	26	83	14	80	25	18	15	40	1.90
24691903--24691993	27	3.4	27	74	11	80	31	26	14	27	1.95
24693203--24693386	39	4.6	41	84	8	222	23	22	28	25	1.99
24697877--24697960	25	3.4	24	82	9	80	26	22	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24697890--24697959	25	2.8	25	89	4	97	25	22	27	24	2.00
24698875--24699071	27	7.2	27	80	5	148	33	10	15	40	1.81
24698941--24699091	81	1.9	81	86	5	216	29	8	18	43	1.80
24698942--24699091	27	5.6	27	85	6	171	30	8	18	42	1.80
24699123--24699320	27	7.3	27	86	2	245	37	8	24	28	1.85
24699123--24699320	54	3.7	54	88	1	272	37	8	24	28	1.85
24699123--24699320	81	2.4	81	88	1	272	37	8	24	28	1.85
24722731--24722830	43	2.4	42	81	1	110	30	24	18	28	1.97
24724463--24724638	46	3.8	46	77	10	196	21	19	28	30	1.97
24724460--24724630	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	29	1.98
24741534--24741705	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
24741527--24741702	46	3.8	46	78	14	200	29	28	20	21	1.98
24741578--24741721	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
24747706--24747779	37	2.0	36	94	2	130	33	32	16	17	1.92
24749094--24749268	45	3.8	46	79	13	207	29	29	20	20	1.98
24749101--24749271	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
24749097--24749287	46	4.2	45	76	12	183	28	28	20	21	1.98
24763640--24763792	40	3.8	40	87	3	211	26	23	26	23	2.00
24767515--24767685	93	1.8	93	92	2	290	29	29	21	20	1.98
24767508--24767682	46	3.8	45	79	14	196	30	28	20	20	1.98
24778576--24778743	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
24778599--24778743	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24783422--24783506	38	2.2	38	87	4	116	24	24	22	28	1.99
24783422--24783553	40	3.4	38	80	11	124	25	24	22	28	2.00
24791342--24791366	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
24791780--24791884	42	2.5	42	76	4	113	27	19	21	31	1.97
24791741--24791897	43	3.7	43	71	15	128	26	18	24	30	1.98
24793007--24793120	43	2.7	43	88	2	167	24	21	25	28	1.99
24797081--24797141	30	2.0	30	90	0	95	9	18	29	42	1.82
24799397--24799553	43	3.7	42	75	7	138	25	18	24	31	1.97
24807856--24807926	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
24809339--24809450	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
24809339--24809450	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
24815595--24815664	24	3.0	24	91	4	115	35	1	37	25	1.65
24817078--24817189	27	4.1	27	80	7	120	16	24	21	37	1.94
24817078--24817189	54	2.1	54	84	3	145	16	24	21	37	1.94
24819152--24819804	334	2.0	334	100	0	1306	33	23	12	30	1.92
24823622--24823672	25	2.1	25	85	3	68	27	19	21	31	1.97
24823721--24823766	21	2.2	21	84	7	67	36	19	10	32	1.87
24834187--24834300	43	2.7	44	81	10	139	28	18	20	33	1.96
24835960--24836024	34	1.9	33	84	3	85	27	20	21	30	1.98
24836046--24836089	22	2.0	23	90	4	72	22	54	2	20	1.56
24845569--24845638	34	2.1	33	83	2	86	28	21	21	28	1.99
24848806--24848928	29	4.3	29	92	1	203	30	30	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24864855--24864906	26	2.0	26	88	7	79	36	1	15	46	1.57
24871255--24871324	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
24872132--24872196	27	2.4	27	79	5	69	24	24	15	35	1.94
24872250--24872455	27	7.6	27	77	6	128	32	9	18	39	1.83
24872254--24872383	56	2.4	54	82	2	143	30	6	19	43	1.77
24872230--24872463	54	4.3	53	76	4	180	30	8	20	40	1.83
24872314--24872463	81	1.9	81	85	5	214	28	8	21	42	1.81
24872313--24872496	27	6.8	27	80	5	169	28	9	20	40	1.84
24872313--24872496	81	2.3	81	79	9	198	28	9	20	40	1.84
24872495--24872692	27	7.3	27	83	2	218	40	8	23	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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