genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15884769--15884810	19	2.2	19	86	4	57	21	4	4	69	1.26
15887138--15887285	67	2.2	67	83	8	176	33	17	27	21	1.96
15888341--15888417	38	2.0	38	100	0	154	50	2	15	31	1.58
15911549--15911628	31	2.6	31	82	7	108	25	26	16	32	1.96
15911848--15911942	25	3.8	25	90	0	136	25	21	25	28	1.99
15911823--15911942	50	2.4	51	78	8	131	25	21	24	29	1.99
15911988--15912022	10	3.4	10	88	7	52	34	17	17	31	1.93
15918348--15918417	25	2.8	25	91	0	104	24	22	24	28	1.99
15918463--15918497	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
15918465--15918510	21	2.2	21	84	0	56	34	19	15	30	1.93
15925382--15925433	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
15926085--15926230	27	5.4	27	88	0	202	24	20	19	35	1.95
15935130--15935247	42	2.8	41	77	2	128	28	17	23	29	1.97
15936594--15936618	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
15939743--15939837	40	2.4	40	87	0	127	30	15	26	27	1.96
15940052--15940134	38	2.2	38	86	4	114	34	4	27	32	1.78
15945730--15945757	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
15945744--15945807	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
15946001--15946072	23	3.0	24	82	10	85	26	20	20	31	1.98
15946121--15946181	20	3.0	20	87	0	95	34	19	13	32	1.90
15946691--15946718	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
15947994--15948082	42	2.1	42	85	4	117	33	12	19	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15951209--15951301	25	3.6	25	81	8	91	22	29	24	23	1.99
15951234--15951305	25	2.9	25	89	0	108	23	27	23	25	2.00
15954320--15954449	47	2.8	47	88	2	190	22	16	29	31	1.96
15956708--15956780	27	2.7	27	89	0	110	24	17	16	41	1.90
15956796--15956952	27	5.8	27	85	0	197	35	18	15	29	1.92
15956796--15956952	54	2.9	54	87	0	224	35	18	15	29	1.92
15956796--15956952	81	1.9	81	87	2	226	35	18	15	29	1.92
15957084--15957119	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
15957273--15957320	18	2.7	17	77	6	51	20	20	18	39	1.92
15962369--15962448	40	2.0	40	100	0	160	30	10	15	45	1.78
15963026--15963268	29	8.4	29	76	8	201	38	11	23	25	1.89
15963026--15963268	58	4.2	58	74	7	226	38	11	23	25	1.89
15963026--15963293	87	3.1	85	76	7	247	38	11	23	25	1.89
15963135--15963339	87	2.4	87	78	4	207	38	12	24	23	1.90
15965205--15965242	20	1.9	20	100	0	76	28	7	21	42	1.81
15967488--15967516	14	2.1	14	100	0	58	37	13	34	13	1.85
15973586--15973841	55	4.8	54	78	10	246	36	17	24	21	1.94
15974038--15974068	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
15976663--15976701	20	1.9	21	84	5	53	43	0	17	38	1.50
15979637--15979718	30	2.7	30	94	0	137	25	9	28	36	1.88
15980051--15980422	50	7.8	49	76	11	242	27	19	29	23	1.98
15980051--15980420	94	3.9	99	75	15	271	27	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15987814--15987976	40	4.1	40	88	3	213	25	22	25	26	2.00
15996040--15996209	40	4.3	40	81	3	166	24	22	26	26	2.00
15999648--15999836	95	2.0	94	85	5	256	25	28	18	27	1.98
16001430--16001477	24	2.2	23	85	14	66	60	2	4	33	1.27
16001577--16001623	21	2.2	22	92	3	78	55	17	8	19	1.67
16002332--16002361	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
16002154--16002357	96	2.1	95	84	7	270	40	1	16	41	1.58
16002444--16002730	126	2.3	126	91	1	459	31	17	21	28	1.96
16004920--16005417	116	4.3	116	95	1	883	46	9	3	39	1.54
16004920--16005417	231	2.2	232	95	1	883	46	9	3	39	1.54
16005801--16005843	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
16005897--16005962	30	2.2	30	83	5	80	6	19	45	28	1.74
16007582--16007612	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
16007639--16007688	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
16007639--16007690	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
16007639--16007702	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
16009209--16009262	16	3.4	16	77	10	56	51	1	31	14	1.53
16012743--16012968	111	2.0	113	86	6	316	29	15	9	45	1.78
16012869--16013064	99	2.0	100	93	1	340	30	12	9	48	1.72
16022205--16022271	33	2.0	33	100	0	134	34	8	14	41	1.78
16023264--16023322	28	2.1	27	81	9	66	62	5	6	25	1.41
16024398--16024459	31	2.0	31	90	0	97	35	4	32	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16025753--16025786	18	1.9	18	88	5	52	11	23	44	20	1.84
16025902--16026058	27	5.9	27	79	3	167	23	12	19	44	1.85
16025902--16026014	53	2.2	52	88	1	163	25	9	20	44	1.82
16025902--16026027	53	2.4	53	86	1	146	23	11	18	46	1.82
16025902--16026052	80	1.9	78	84	2	203	23	12	19	44	1.85
16032854--16033073	40	5.6	40	82	4	250	25	25	23	25	2.00
16036923--16037147	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
16036925--16037147	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
16045185--16045354	39	4.3	40	89	3	186	26	27	21	24	1.99
16045213--16045354	39	3.6	39	92	1	223	26	28	20	24	1.99
16056564--16056749	48	3.9	48	78	5	180	25	20	26	26	1.99
16056567--16056749	96	1.9	96	81	6	219	25	21	26	26	1.99
16057901--16057946	20	2.3	20	92	3	76	21	32	32	13	1.92
16073813--16073858	20	2.3	20	96	3	85	10	21	45	21	1.82
16083958--16084100	48	3.0	47	76	10	146	28	21	20	28	1.98
16083959--16084210	96	2.7	93	78	10	228	27	20	23	28	1.99
16084973--16085048	25	3.0	25	100	0	152	43	7	23	25	1.80
16098321--16098362	9	4.9	9	85	2	52	45	2	21	30	1.65
16102301--16102372	36	2.1	34	84	5	90	25	4	0	70	1.04
16105537--16105573	17	2.2	17	100	0	74	40	10	21	27	1.86
16107792--16107826	16	2.2	16	100	0	70	17	5	31	45	1.71
16117934--16118106	46	3.7	46	76	7	152	29	20	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16132069--16132447	48	7.9	47	82	5	359	26	18	29	25	1.98
16132079--16132447	144	2.6	143	81	6	406	26	19	29	25	1.98
16132082--16132447	96	3.8	96	84	3	452	26	19	29	25	1.98
16139720--16139761	12	3.2	12	90	10	57	35	0	2	61	1.09
16147485--16147522	20	1.9	20	84	10	51	42	7	5	44	1.56
16147524--16147687	70	2.4	69	88	1	229	48	3	9	39	1.51
16147529--16147687	69	2.3	70	88	1	230	48	3	9	38	1.51
16149276--16149336	31	2.0	31	87	3	88	27	3	11	57	1.49
16151869--16151960	27	3.4	27	78	0	85	25	23	16	34	1.95
16157155--16157263	37	2.9	37	90	0	173	26	29	19	24	1.98
16157409--16157592	47	3.8	48	90	5	300	30	26	6	35	1.82
16157417--16157663	47	5.2	47	82	12	190	29	27	8	35	1.85
16157418--16157639	95	2.3	96	84	9	276	29	27	8	34	1.86
16161627--16161976	40	8.8	40	91	1	551	25	28	22	24	1.99
16163231--16163301	37	1.9	37	94	0	124	25	30	19	23	1.98
16163447--16163631	48	3.8	48	92	4	309	30	26	7	35	1.83
16163447--16163630	98	1.9	97	93	4	318	30	26	7	35	1.83
16163601--16163747	47	3.1	47	90	0	231	26	29	11	32	1.91
16169004--16169174	46	3.7	47	83	9	183	27	19	30	22	1.98
16168963--16169207	47	5.2	45	74	10	147	28	20	28	23	1.99
16178026--16178193	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
16178049--16178193	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16183959--16184125	40	4.2	40	80	6	151	25	27	22	23	2.00
16190086--16190215	71	1.9	69	81	10	160	33	16	29	20	1.95
16192747--16192778	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
16192988--16193369	50	7.6	50	75	6	267	31	25	16	26	1.96
16193040--16193373	101	3.3	101	87	1	427	31	25	17	26	1.97
16192988--16193369	151	2.5	149	80	6	385	31	25	16	26	1.96
16193725--16193771	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
16198712--16198883	46	3.7	45	79	11	154	27	18	29	23	1.98
16198810--16198931	46	2.6	46	84	7	140	31	19	26	22	1.98
16200129--16200169	22	1.9	21	85	5	55	12	41	26	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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