genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18373090--18373123	10	3.2	10	91	8	50	52	8	8	29	1.62
18379930--18379969	21	1.9	21	90	10	64	20	25	20	35	1.96
18379928--18379975	11	4.5	11	77	15	55	16	27	18	37	1.92
18380744--18380808	32	2.0	32	90	0	103	41	16	16	24	1.89
18380744--18380828	32	2.8	33	82	12	101	40	17	14	28	1.88
18380757--18380848	32	3.1	29	80	12	73	44	17	10	27	1.82
18383011--18383098	30	2.9	30	75	0	95	28	14	27	29	1.95
18395656--18395839	67	2.8	64	79	7	192	23	30	16	28	1.96
18396571--18396631	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
18397833--18397920	30	2.9	30	75	0	95	29	27	14	28	1.95
18398776--18398824	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
18403423--18403595	46	3.8	45	75	12	163	23	18	28	29	1.98
18408241--18408279	20	1.9	21	84	5	53	38	15	23	23	1.92
18410765--18410811	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
18412320--18412378	26	2.3	26	88	2	84	77	3	6	11	1.07
18412356--18412420	27	2.4	26	85	14	87	75	6	13	4	1.15
18412346--18412436	13	6.5	14	71	13	55	75	5	10	7	1.17
18421109--18421214	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
18422873--18422919	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
18428600--18428855	55	4.9	52	75	13	222	36	16	25	21	1.94
18428608--18428808	108	1.8	110	88	4	309	34	16	25	22	1.95
18429047--18429077	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18434276--18434311	4	9.0	4	100	0	72	25	0	0	75	0.81
18439492--18439519	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
18443529--18443589	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
18443537--18443589	11	5.0	11	75	6	56	30	18	13	37	1.89
18443626--18443675	25	2.0	26	88	4	75	26	12	22	40	1.88
18445283--18445312	11	2.7	11	100	0	60	16	10	46	26	1.78
18455829--18455881	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18459668--18459899	27	8.7	27	78	10	237	39	18	10	31	1.85
18459668--18459952	54	5.3	54	78	8	242	38	18	11	30	1.86
18459667--18459899	81	2.9	79	85	5	308	39	18	10	30	1.85
18459772--18459966	27	7.3	26	77	9	112	38	17	12	31	1.87
18459668--18459955	81	3.6	79	82	7	201	38	19	11	30	1.87
18459851--18459971	54	2.2	54	80	2	136	37	18	14	29	1.91
18461417--18461480	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
18476792--18476967	46	3.8	46	73	5	149	20	18	29	31	1.96
18476788--18476959	93	1.8	93	87	4	258	20	18	30	30	1.96
18477650--18477686	4	9.0	4	88	5	56	24	0	0	75	0.80
18484368--18484414	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
18486085--18486190	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
18487271--18487295	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
18488808--18488854	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
18490596--18490666	15	4.7	15	78	5	81	11	19	12	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18490587--18490666	30	2.6	31	81	11	94	11	18	15	55	1.69
18495019--18495065	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
18496719--18496820	47	2.2	45	83	13	120	13	23	1	60	1.43
18501339--18501390	23	2.3	22	75	21	54	65	1	23	9	1.32
18502742--18502770	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
18504611--18504670	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
18504617--18504664	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
18508276--18508333	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
18508276--18508336	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
18509690--18509725	11	3.3	11	92	7	56	75	8	2	13	1.15
18510752--18510896	30	4.9	30	69	14	88	63	1	22	13	1.37
18510836--18510870	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
18512933--18512993	20	3.0	20	81	9	70	27	26	13	32	1.93
18512938--18512994	10	5.7	10	76	13	55	29	22	12	35	1.91
18516255--18516295	6	6.8	6	97	0	55	41	24	0	34	1.55
18516253--18516295	12	3.6	12	90	0	68	39	25	0	34	1.56
18516283--18516348	26	2.5	27	80	11	75	13	24	0	62	1.31
18516301--18516345	20	2.2	20	84	4	54	8	26	0	64	1.23
18517152--18517230	32	2.5	31	78	9	88	10	11	2	75	1.13
18517153--18517236	33	2.5	34	86	5	118	11	11	2	73	1.18
18517274--18517318	13	3.5	13	90	3	74	15	4	4	75	1.12
18517269--18517318	26	1.9	26	92	8	84	20	8	4	68	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18523842--18523888	14	3.3	15	73	8	53	27	0	27	44	1.55
18523836--18523879	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
18523836--18523894	29	2.1	29	93	3	102	27	0	30	42	1.56
18524474--18524520	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
18525981--18526040	29	2.1	28	84	3	75	76	3	6	13	1.11
18526020--18526081	26	2.4	25	86	10	81	74	6	14	4	1.19
18527127--18527227	18	5.4	18	74	5	76	71	3	17	6	1.24
18527123--18527227	6	17.2	6	69	6	68	71	3	18	6	1.23
18528897--18528943	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
18531496--18531541	21	2.2	20	88	3	65	78	6	2	13	1.04
18537035--18537067	12	2.8	12	100	0	66	78	6	0	15	0.93
18540127--18540161	17	2.1	17	88	0	52	37	0	8	54	1.31
18543118--18543171	17	3.2	17	81	0	63	7	12	3	75	1.14
18546154--18546205	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
18546163--18546218	12	4.7	12	74	14	53	12	23	0	64	1.27
18547914--18547978	34	1.9	34	100	0	130	46	7	18	27	1.76
18547899--18548069	35	5.0	35	74	18	157	49	8	17	24	1.73
18548054--18548079	10	2.6	10	100	0	52	46	0	19	34	1.50
18553714--18553776	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
18556363--18556428	33	2.0	33	93	0	114	15	24	15	45	1.84
18572070--18572166	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
18572391--18572450	9	6.2	9	73	21	50	35	13	28	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18574660--18574770	18	6.4	17	65	19	50	8	18	3	69	1.29
18574702--18574750	16	3.0	16	79	5	62	6	18	6	69	1.31
18575771--18575884	38	2.9	39	78	10	108	15	10	4	69	1.33
18578719--18578773	11	4.7	11	84	10	58	85	1	7	5	0.80
18578719--18578788	12	5.8	12	80	8	70	80	2	10	7	1.01
18578729--18578804	26	2.8	26	84	11	100	78	2	10	7	1.04
18579798--18579828	12	2.7	12	95	5	55	80	6	12	0	0.89
18585374--18585426	23	2.3	23	80	3	63	11	5	5	77	1.11
18589550--18589612	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
18589610--18589665	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
18589609--18589665	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
18589627--18589730	18	5.6	18	73	10	84	6	18	3	71	1.24
18589627--18589734	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
18590810--18590877	11	5.7	12	73	20	54	16	7	4	72	1.24
18593739--18593798	29	2.1	28	84	9	77	76	3	15	5	1.08
18594829--18594906	6	13.3	6	71	4	61	73	3	17	5	1.18
18594922--18594984	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
18596768--18596813	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
18596761--18596833	30	2.5	30	86	6	96	21	20	19	38	1.94
18602605--18602635	16	1.9	16	93	0	53	70	6	6	16	1.29
18604886--18604939	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
18612534--18612651	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18613644--18613698	20	2.8	20	88	0	83	29	14	29	27	1.95
18614943--18614997	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
18616630--18616674	12	3.6	13	85	8	58	13	6	4	75	1.15
18618450--18618479	15	2.1	14	93	6	51	70	6	6	16	1.31
18620733--18620786	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
18626049--18626093	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
18626854--18626900	14	3.3	15	80	14	55	2	21	2	74	1.03
18626869--18626939	18	3.7	18	73	26	65	4	18	4	73	1.16
18639801--18639832	12	2.5	13	95	5	57	78	6	9	6	1.10
18640199--18640244	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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