genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58855537--58855599	25	2.5	26	80	10	69	57	6	1	34	1.34
58855803--58855845	15	2.9	14	80	13	50	41	2	0	55	1.12
58859247--58859316	28	2.4	30	79	9	74	37	0	10	52	1.35
58865644--58865746	41	2.5	41	87	0	143	38	17	22	21	1.93
58865986--58866015	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
58866507--58866657	78	1.9	77	89	4	232	22	36	3	37	1.73
58866725--58866799	25	3.0	25	78	0	78	12	36	24	28	1.91
58878717--58878762	24	1.9	24	95	0	83	71	0	0	28	0.86
58878759--58878878	30	4.1	30	85	5	149	31	21	2	44	1.66
58879634--58879668	14	2.4	15	90	4	54	71	2	0	25	1.00
58879664--58879765	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
58880028--58880057	10	3.0	10	95	0	51	73	0	26	0	0.84
58880132--58880177	3	15.0	3	82	13	58	63	0	36	0	0.95
58880135--58880163	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
58880132--58880177	13	3.7	13	81	18	62	63	0	36	0	0.95
58880255--58880327	26	3.0	24	81	16	96	80	10	8	0	0.89
58880456--58880518	10	6.0	10	85	7	72	80	0	19	0	0.70
58880456--58880520	21	3.0	23	73	15	75	80	0	20	0	0.72
58880646--58880699	5	10.4	5	84	6	54	29	0	1	68	1.00
58880857--58881064	17	12.1	17	71	15	142	34	13	9	42	1.77
58880857--58881065	16	12.1	17	71	19	132	33	13	9	43	1.77
58880876--58881066	35	5.5	33	72	18	122	35	12	9	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58885674--58885700	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
58886244--58886317	32	2.3	32	100	0	148	24	41	22	10	1.86
58908759--58908818	19	3.3	18	69	21	54	31	8	3	56	1.45
58916810--58916856	22	2.1	22	88	0	67	36	6	23	34	1.80
58917940--58917991	26	2.0	26	100	0	104	50	11	26	11	1.73
58929891--58929925	16	2.2	17	90	10	56	62	0	14	22	1.31
58933288--58933328	13	3.1	14	75	10	50	46	14	19	19	1.84
58937469--58937514	18	2.6	18	82	0	56	17	4	2	76	1.06
58938314--58938362	25	2.0	24	84	4	62	44	10	8	36	1.68
58942074--58942134	27	2.2	28	80	8	72	32	19	9	37	1.85
58942087--58942187	27	3.7	27	87	0	130	31	23	6	37	1.82
58942182--58942565	27	14.3	27	84	0	464	34	19	20	25	1.96
58942992--58943047	22	2.5	22	75	11	60	19	21	21	37	1.94
58943214--58943315	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
58943463--58943520	25	2.3	25	81	0	71	22	20	12	44	1.84
58946550--58946580	16	1.9	16	93	0	53	19	6	9	64	1.45
58952921--58952961	16	2.4	16	92	8	64	68	0	4	26	1.10
58955292--58955356	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
58956840--58956892	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
58958504--58958614	54	2.1	54	96	0	204	26	18	12	42	1.86
58962844--58962894	24	2.2	24	82	3	59	31	0	3	64	1.11
58968539--58968596	21	2.8	20	80	12	73	68	1	1	27	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58987822--58987878	30	1.9	30	92	0	96	12	28	35	24	1.91
58998596--58999094	47	10.6	47	96	0	863	32	8	29	29	1.87
59003060--59003308	76	3.3	76	80	1	239	31	24	20	22	1.98
59003124--59003337	76	2.8	75	78	2	221	31	23	18	26	1.97
59009628--59009746	43	2.8	43	80	5	125	31	26	17	24	1.97
59011017--59011088	35	2.1	35	100	0	144	22	20	11	45	1.82
59011320--59011420	28	3.5	28	76	14	116	29	22	18	28	1.98
59011399--59011506	32	3.5	32	67	7	105	27	26	14	30	1.95
59011398--59011532	61	2.2	61	86	2	200	28	25	16	30	1.96
59016851--59016906	26	2.1	27	83	3	69	57	0	1	41	1.09
59016851--59017276	185	2.3	185	89	0	629	42	9	7	40	1.67
59019667--59019703	18	2.1	18	100	0	74	40	10	10	37	1.75
59023274--59023334	32	1.9	32	100	0	122	31	9	13	45	1.75
59027095--59027123	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
59027396--59027476	24	3.3	26	80	13	82	41	2	0	55	1.13
59028179--59028208	12	2.4	13	94	5	53	13	6	0	80	0.91
59029491--59029529	18	2.2	18	90	9	62	51	5	0	43	1.24
59031589--59031645	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
59031891--59031925	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
59032025--59032066	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
59031778--59032075	154	1.9	156	95	2	546	44	3	5	47	1.41
59032034--59032168	15	8.9	15	67	24	70	51	3	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59031817--59032132	154	2.0	155	83	7	401	46	4	3	45	1.39
59032094--59032184	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
59032074--59032292	120	1.8	119	88	6	336	50	6	3	39	1.46
59032258--59032291	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
59032324--59032518	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
59034080--59034147	34	2.0	34	100	0	136	29	23	17	29	1.97
59034291--59034447	78	2.0	78	86	0	215	26	17	24	31	1.97
59039513--59039539	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59041317--59041364	22	2.2	22	85	7	62	60	2	0	37	1.09
59041314--59041363	25	2.0	24	81	11	57	62	2	0	36	1.07
59042051--59042085	6	5.8	6	100	0	70	0	48	0	51	1.00
59045669--59045702	17	2.0	17	100	0	68	29	5	29	35	1.81
59045964--59046009	20	2.4	19	75	7	56	32	2	10	54	1.47
59047022--59047498	239	2.0	239	82	3	575	30	23	13	32	1.93
59051223--59051297	37	2.0	37	100	0	150	29	2	18	49	1.61
59063084--59063115	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
59071051--59071078	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59080052--59080106	11	4.7	11	82	10	65	38	0	0	61	0.96
59080059--59080105	13	3.8	13	83	11	71	40	0	0	59	0.97
59080052--59080120	24	3.0	23	87	10	97	40	0	0	59	0.97
59082979--59083038	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
59083114--59083161	19	2.5	19	74	12	53	29	0	6	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59083121--59083161	19	2.1	20	86	4	57	26	0	7	65	1.18
59085833--59085870	19	2.1	18	90	5	58	5	34	0	60	1.19
59088195--59088228	3	11.3	3	87	0	50	64	2	2	29	1.22
59088637--59088671	16	2.1	17	89	5	54	51	5	5	37	1.50
59088656--59088680	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
59088693--59088749	24	2.4	24	81	0	69	61	8	3	26	1.42
59089094--59089149	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
59089083--59089132	19	2.5	20	78	12	59	50	0	2	48	1.12
59089908--59089950	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
59089908--59089950	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
59090104--59090163	24	2.4	25	84	15	72	41	0	28	30	1.56
59090307--59090402	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
59096390--59096445	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
59097204--59097246	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
59097204--59097246	6	7.2	6	86	0	59	37	0	9	53	1.33
59097399--59097458	24	2.4	25	84	15	72	41	0	28	30	1.56
59097602--59097697	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
59101528--59101574	7	6.7	7	100	0	94	29	0	27	42	1.56
59110281--59110668	192	2.0	193	93	1	672	25	14	20	39	1.90
59114798--59114823	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
59115502--59115888	130	2.9	132	82	4	451	27	18	19	34	1.96
59115503--59115902	132	3.0	128	78	3	413	27	19	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59117996--59118052	20	2.8	20	79	15	62	42	3	1	52	1.28
59118158--59118198	18	2.4	17	87	4	55	56	0	0	43	0.99
59118324--59118370	13	3.5	14	85	5	62	76	2	6	14	1.08
59119167--59119232	21	3.2	21	67	16	57	28	10	21	39	1.86
59119148--59119234	40	2.2	40	87	8	124	31	9	20	39	1.84
59119438--59119526	45	2.0	45	88	4	135	22	19	20	38	1.94
59119439--59119538	45	2.2	45	85	3	130	22	19	19	40	1.92
59119660--59119695	18	2.0	18	88	0	54	52	2	8	36	1.46
59120279--59120311	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
59120596--59120735	46	3.0	46	88	2	201	18	22	13	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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